BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254D05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 115,670,093 - 115,830,114
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItga2, LOC100040975, Itga1
Upstream geneArl15, A430090L17Rik, Ndufs4, LOC100040958, Fst, 4930467J12Rik, Mocs2
Downstream genePelo, LOC100041023, LOC547402, LOC100041045
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254D05.bB6Ng01-254D05.g
ACCGA060733GA060734
length180997
definitionB6Ng01-254D05.b B6Ng01-254D05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,670,093 - 115,670,272)(115,829,127 - 115,830,114)
sequence
actattggtcaaaataggtattaagaaaaaatatgtgtccaatttaaaaa
gttattattttttatttatttgtgtatatatatatatatatgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtatatatatgtatatatgtatatatata
tatatatatatatatatatatacatatata
gaattcaagactaagcatgcttagagcctaaatatttatgcatgagattg
gttctctttcctctctgtttccttgtttcagatctcacctgaactttcat
cttgtctctctcacctcacttccctccaatttacccacaacaatgtaggc
aaataggttccgcatgacactcctctgtaaatggaagtcatgtatggtga
cacacacctataggccagcacttgggaggaggaggcagggtgagcacata
ttgtaggctagcctgggctacctggtagggtcctgcctcaaaaatgagtg
gatggaagaatacatacatgcatacatacatacatacatgcatacataca
tacatacatacaagtttgatggtatttaaacttagtttttaatacaatcc
ataataacatccatgatttgaacttcatctaactcttcagcctcagcttc
tatccagctacactgaacttcatgcacttcgcaaccaagtgatgctttct
tcctaagactttactgagtctgtgctaagttcagattcatgtgctgttgt
gatccacacaatttgctttcatgcttcagttttaagacacttgagatatt
gtcctttatttcttttgtatcattatcccatggcctggttaaatgtcaga
tacatagctttgtttgttttgttttgtttgtttgtttgttttgtttttgt
tttgttccagtcaggtcttaaaatagctcaagtaggctttaagctcacta
tgtaattgggtaaatggcctttgaacttgtgaatctcctgttctttccta
ctgatgccaccaccaccaaagcaccaggacatgcaccccctagctagact
ctttctctttactatgtgtatgagcgcatgtcagtatgtgtgccagtgtc
tacagaagacagagatggtatgggatctcttagagctgtacttctgggca
ttgagagacataagatgtggcacttcatcactggaatctcaaggctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_115670093_115670272
seq2: B6Ng01-254D05.b_54_233

seq1  ACTATTGGTCAAAATAGGTATTAAGAAAAAATATGTGTCCAATTTAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGGTCAAAATAGGTATTAAGAAAAAATATGTGTCCAATTTAAAAA  50

seq1  GTTATTATTTTTTATTTATTTGTGTATATATATATATATATGTGTGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTATTTTTTATTTATTTGTGTATATATATATATATATGTGTGTGTG  100

seq1  TGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATATATATGTATATATGTATATATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATATATATGTATATATGTATATATATA  150

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATA  180
      |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATATATATATATATATATATACATATATA  180

seq1: chr13_115829127_115830114
seq2: B6Ng01-254D05.g_70_1066 (reverse)

seq1  AAGCCTTGAGAT--CAGTGCTG-AGTGCCCACATCTTGTGTCTCTCAACT  47
      ||||||||||||  ||||| || |||| ||||||||| ||||||||||  
seq2  AAGCCTTGAGATTCCAGTGATGAAGTG-CCACATCTTATGTCTCTCAATG  49

seq1  GCCAGAAATACAAGCTCTAAGAGATCCCATACCATCTCTGTCCTCTGTAG  97
       |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCCAGAAGTAC-AGCTCTAAGAGATCCCATACCATCTCTGTCTTCTGTAG  98

seq1  ACACTGGCACACATACTGACATGCGCTCATACACATAAGTAAAGAG-AAG  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  ACACTGGCACACATACTGACATGCGCTCATACACAT-AGTAAAGAGAAAG  147

seq1  AGTCTAGCTAGGGGGTGCATGTCCTGGTGCTTTGGTGGTGGTGGCATCAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGCTAGGGGGTGCATGTCCTGGTGCTTTGGTGGTGGTGGCATCAG  197

seq1  TAGG-AAGAACAGGAGA-TCACAAGTTC-AAGGCCATTT--CCCATTACA  241
      |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||  || ||||||
seq2  TAGGAAAGAACAGGAGATTCACAAGTTCAAAGGCCATTTACCCAATTACA  247

seq1  TAGTGAGCTTGAAGCCTACTTGAGCTA-TTTAAGACCTGACTGGAACAAA  290
      |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGCTTAAAGCCTACTTGAGCTATTTTAAGACCTGACTGGAACAAA  297

seq1  ACAAAAAC-AAACAAACAAACAAACAAAACAAAACAAACAAAAGCTATGT  339
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACAAAAACAAAACAAACAAACAAACAAAACAAAACAAAC-AAAGCTATGT  346

seq1  ATCTGACATTTAACCAGGCCATGGGATAATGATACAAAAGAAATAAAGGA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACATTTAACCAGGCCATGGGATAATGATACAAAAGAAATAAAGGA  396

seq1  CAATATCTCAAGTGTCTTAAAACTGAAGCATG-AAGCAAATTGTGTGGAT  438
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAATATCTCAAGTGTCTTAAAACTGAAGCATGAAAGCAAATTGTGTGGAT  446

seq1  CACAACAGCACATGAATCTGAACTTAGCACAGACTCAGTAAAGTCTTAGG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAGCACATGAATCTGAACTTAGCACAGACTCAGTAAAGTCTTAGG  496

seq1  AAGAAAGCATCACTTGGTTGCGAAGTGCATGGAGTTCAGTGTAGCTGGAT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGCATCACTTGGTTGCGAAGTGCATGAAGTTCAGTGTAGCTGGAT  546

seq1  AGAAGCTGAGGCTGAAGAGTTAGATGAAGTTCAAATCATGGATGTTATTA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTGAGGCTGAAGAGTTAGATGAAGTTCAAATCATGGATGTTATTA  596

seq1  TGGATTGTATTAAAAACTAAGTTTAAATACCATCAAACTTGTATGTATGT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGTATTAAAAACTAAGTTTAAATACCATCAAACTTGTATGTATGT  646

seq1  ATGTATGTATGCATGTATGTATGTATGTATGCATGTATGTATTCTTCCAT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGCATGTATGTATGTATGTATGCATGTATGTATTCTTCCAT  696

seq1  CCACTCATTTTTGAGGCAGGACCCTACCAGGTAGCCCAGGCTAGCCTACA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCATTTTTGAGGCAGGACCCTACCAGGTAGCCCAGGCTAGCCTACA  746

seq1  ATATGTGCTCACCCTGCCTCCTCCTCCCAAGTGCTGGCCTATAGGTGTGT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGCTCACCCTGCCTCCTCCTCCCAAGTGCTGGCCTATAGGTGTGT  796

seq1  GTCACCATACATGACTTCCATTTACAGAGGAGTGTCATGCGGAACCTATT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCATACATGACTTCCATTTACAGAGGAGTGTCATGCGGAACCTATT  846

seq1  TGCCTACATTGTTGTGGGTAAATTGGAGGGAAGTGAGGTGAGAGAGACAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTACATTGTTGTGGGTAAATTGGAGGGAAGTGAGGTGAGAGAGACAA  896

seq1  GATGAAAGTTCAGGTGAGATCTGAAACAAGGAAACAGAGAGGAAAGAGAA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAGTTCAGGTGAGATCTGAAACAAGGAAACAGAGAGGAAAGAGAA  946

seq1  CCAATCTCATGCATAAATATTTAGGCTCTAAGC-TGCTTAGTCTTGAATT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCAATCTCATGCATAAATATTTAGGCTCTAAGCATGCTTAGTCTTGAATT  996

seq1  C  988
      |
seq2  C  997