BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255C20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 103,180,835 - 103,285,247
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePik3r1
Downstream geneCd180, Mast4, EG621312, EG432800, LOC432801
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255C20.bB6Ng01-255C20.g
ACCGA061449GA061450
length1,1191,164
definitionB6Ng01-255C20.b B6Ng01-255C20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,284,111 - 103,285,247)(103,180,835 - 103,182,014)
sequence
gaattcttcacaagtccctggtgactaaggacagtggattttaactcatg
aaacatttcaaaaagggaatgtgaagatctatagtccttccagtagccaa
taatttgctagagttttacatttaccaataaagcagtgaacagaatgtgc
tcctagaattgagtcaggtagaactgtgggtaatttcagttttttttttt
aagtcaataaggaaaaataatagctggcttctcaccctgaaaatccaaag
tctaaagagaagcaagcttttgatatgtatatggatagacattttaaact
tcatttacataaggtttagagaaaggagaagaatatacagtgtggttcat
ataataaatacttaggaaataattatggctattttaaaagtctgtaatag
cctttttctccttttttgatctattttaactcagacactctacttttact
aacatgttcatatgttaagctttggagcaggacagtgatttaaccaggat
acataaataaatgaataaatgaatgtcacaagaaactaaagcctattcaa
cttttgagtcttcagcttttaaagtaatataaaggaagaactcaaatcca
tttctaaaataagcttctctctgctctctctctctctctctctctctctc
tctctctcattccctctttcctaataaccaagtaatcccatccatcaaac
ctcaatgctaatgaacttggggcctttgctttctaaataaaagtgatttc
tatgttgccgtgtctctgaaattaactatgggattattggaattgttagt
tatagctcttctggtgatttgagagtgaagagtactcaagttagagacag
caagggcagttagcactagagataaccagatggcgagaggcaagcacaag
aacataagtaacagaaaccaatgctacatgacaacatcagaacccagttc
tcccaccacatcaatctctggatacccttaggaacctcaaagcagattca
gatcgaaaatctgtctcacgaatatgatagagatttagacgacataaata
ctcactaataaatatagagaacacaggttaactagtagagcctaagagaa
ccaaacaaatctctaagaa

gaattctgcttagctttaaccccaaactcaaggaacgctcttctttcccc
aagtagctcgccctcttttggacttcggcccacaactgcctcagtttcca
ctctgacctgtcactcaattcagactttgtgctctgcttctgtctgtctg
tgtgggtaagggagaacactttcagatggaaaaatgggtctgcataaagg
ctcgactagattttctcctgtgaggagacaccttcctgcttgtcgttaat
ctaaaaaatgggtgcttagagtcttctagatttctacttatttatactag
ggaagaaagccatttctagtcaaagcacatttgtcctaatggattttttt
ttcctgcttattactctgctgtgagggtcactgagaaaagaacaagtgga
ttgtatgaaggaagtaggtccagtcagtaagaaaatttgaagatgacctg
gtggtggccatgtttctatcaaagaaaggactttctgcatttgtttctga
taacctttatgaaccagccacaccatcgtgaacaatgcataattataaag
acgatgaagccaattctgagaataaaaatgagagggaaaaaaatgaactg
gaaaacaaaacaaagacacttatttagtaagccctttaaagggttagaac
tgagaagttaagtctggaaagataggcttgggaaagagcttttaagtgaa
gaatgcctttaaatagtccagcctcttccagtggggaaatcaccaaagtc
tgaccctgaatgtgctcaagtcaatgtacacacagattgccagtatacag
taccctcatagttaacattgtatgtctgctctgtagatgtggtaacatct
gctaaggacctttgaaaatagcaatgttcttcacagacattctggatatc
attattaagccatgttattatgtagtcaggtgaatcccttacccaaattt
tccaattgctttttatcaatcaactctgttattaattaaaactgataagg
agcgatgccatagtttcaagcacacttgcccaattaaacttgttctaacc
agaggtgacatccatgatgctatttatactaggattctaattattagaca
cccacagacggcgatgtgcatagacaacttcactggtttccagccgtaaa
ttctgtcaaagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_103284111_103285247
seq2: B6Ng01-255C20.b_44_1162 (reverse)

seq1  TTCTTTAAGAGATTTGTTTGTTTCCTCTTTAAGGGCTTCTACTAGTTTAC  50
      |||||  ||||||||||||| || |||||  |||   |||||||||| ||
seq2  TTCTT--AGAGATTTGTTTGGTT-CTCTT--AGG--CTCTACTAGTTAAC  43

seq1  CTGTGTTCTCCTATATTTATTTAAGTGAGTTATTTATGTCCTTCTTAAAT  100
      ||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||| |   |||||
seq2  CTGTGTTCT-CTATATTTATT--AGTGAG-TATTTATGTCGT--CTAAAT  87

seq1  TCCTCTATCATATTCGTGAGACAGAATTTTCGATCTGAATCTTGCTTTTG  150
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||
seq2  --CTCTATCATATTCGTGAGACAG-ATTTTCGATCTGAATC-TGC-TTTG  132

seq1  AGGTTCCTAAGGGTATCCAGAGATTGATGTGGTGGGAGAACTGGGTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCTAAGGGTATCCAGAGATTGATGTGGTGGGAGAACTGGGTTCTG  182

seq1  ATGTTGTCATGTAGCATTGGTTTCTGTTACTTATGTTCTTGTGCTTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTCATGTAGCATTGGTTTCTGTTACTTATGTTCTTGTGCTTGCCT  232

seq1  CTCGCCATCTGGTTATCTCTAGTGCTAACTGCCCTTGCTGTCTCTAACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCCATCTGGTTATCTCTAGTGCTAACTGCCCTTGCTGTCTCTAACTT  282

seq1  GAGTACTCTTCACTCTCAAATCACCAGAAGAGCTATAACTAACAATTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACTCTTCACTCTCAAATCACCAGAAGAGCTATAACTAACAATTCCA  332

seq1  ATAATCCCATAGTTAATTTCAGAGACACGGCAACATAGAAATCACTTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCCCATAGTTAATTTCAGAGACACGGCAACATAGAAATCACTTTTA  382

seq1  TTTAGAAAGCAAAGGCCCCAAGTTCATTAGCATTGAGGTTTGATGGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAAGCAAAGGCCCCAAGTTCATTAGCATTGAGGTTTGATGGATGG  432

seq1  GATTACTTGGTTATTAGGAAAGAGGGAATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACTTGGTTATTAGGAAAGAGGGAATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  482

seq1  AGAGAGAGAGAGAGCAGAGAGAAGCTTATTTTAGAAATGGATTTGAGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGCAGAGAGAAGCTTATTTTAGAAATGGATTTGAGTTC  532

seq1  TTCCTTTATATTACTTTAAAAGCTGAAGACTCAAAAGTTGAATAGGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTATATTACTTTAAAAGCTGAAGACTCAAAAGTTGAATAGGCTTT  582

seq1  AGTTTCTTGTGACATTCATTTATTCATTTATTTATGTATCCTGGTTAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTTGTGACATTCATTTATTCATTTATTTATGTATCCTGGTTAAAT  632

seq1  CACTGTCCTGCTCCAAAGCTTAACATATGAACATGTTAGTAAAAGTAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCCTGCTCCAAAGCTTAACATATGAACATGTTAGTAAAAGTAGAG  682

seq1  TGTCTGAGTTAAAATAGATCAAAAAAGGAGAAAAAGGCTATTACAGACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGAGTTAAAATAGATCAAAAAAGGAGAAAAAGGCTATTACAGACTT  732

seq1  TTAAAATAGCCATAATTATTTCCTAAGTATTTATTATATGAACCACACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATAGCCATAATTATTTCCTAAGTATTTATTATATGAACCACACTG  782

seq1  TATATTCTTCTCCTTTCTCTAAACCTTATGTAAATGAAGTTTAAAATGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCTTCTCCTTTCTCTAAACCTTATGTAAATGAAGTTTAAAATGTC  832

seq1  TATCCATATACATATCAAAAGCTTGCTTCTCTTTAGACTTTGGATTTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATATACATATCAAAAGCTTGCTTCTCTTTAGACTTTGGATTTTCA  882

seq1  GGGTGAGAAGCCAGCTATTATTTTTCCTTATTGACTTAAAAAAAAAAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGAAGCCAGCTATTATTTTTCCTTATTGACTTAAAAAAAAAAACT  932

seq1  GAAATTACCCACAGTTCTACCTGACTCAATTCTAGGAGCACATTCTGTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTACCCACAGTTCTACCTGACTCAATTCTAGGAGCACATTCTGTTC  982

seq1  ACTGCTTTATTGGTAAATGTAAAACTCTAGCAAATTATTGGCTACTGGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTATTGGTAAATGTAAAACTCTAGCAAATTATTGGCTACTGGAA  1032

seq1  GGACTATAGATCTTCACATTCCCTTTTTGAAATGTTTCATGAGTTAAAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTATAGATCTTCACATTCCCTTTTTGAAATGTTTCATGAGTTAAAAT  1082

seq1  CCACTGTCCTTAGTCACCAGGGACTTGTGAAGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTCCTTAGTCACCAGGGACTTGTGAAGAATTC  1119


seq1: chr13_103180835_103182014
seq2: B6Ng01-255C20.g_65_1228

seq1  GAATTCTGCTTAGCTTTAACCCCAAACTCAAGGAACGCTCTTCTTTCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTTAGCTTTAACCCCAAACTCAAGGAACGCTCTTCTTTCCCC  50

seq1  AAGTAGCTCGCCCTCTTTTGGACTTCGGCCCACAACTGCCTCAGTTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGCTCGCCCTCTTTTGGACTTCGGCCCACAACTGCCTCAGTTTCCA  100

seq1  CTCTGACCTGTCACTCAATTCAGACTTTGTGCTCTGCTTCTGTCTGTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACCTGTCACTCAATTCAGACTTTGTGCTCTGCTTCTGTCTGTCTG  150

seq1  TGTGGGTAAGGGAGAACACTTTCAGATGGAAAAATGGGTCTGCATAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTAAGGGAGAACACTTTCAGATGGAAAAATGGGTCTGCATAAAGG  200

seq1  CTCGACTAGATTTTCTCCTGTGAGGAGACACCTTCCTGCTTGTCGTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGACTAGATTTTCTCCTGTGAGGAGACACCTTCCTGCTTGTCGTTAAT  250

seq1  CTAAAAAATGGGTGCTTAGAGTCTTCTAGATTTCTACTTATTTATACTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAAATGGGTGCTTAGAGTCTTCTAGATTTCTACTTATTTATACTAG  300

seq1  GGAAGAAAGCCATTTCTAGTCAAAGCACATTTGTCCTAATGGATTTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAAGCCATTTCTAGTCAAAGCACATTTGTCCTAATGGATTTTTTT  350

seq1  TTCCTGCTTATTACTCTGCTGTGAGGGTCACTGAGAAAAGAACAAGTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCTTATTACTCTGCTGTGAGGGTCACTGAGAAAAGAACAAGTGGA  400

seq1  TTGTATGAAGGAAGTAGGTCCAGTCAGTAAGAAAATTTGAAGATGACCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGAAGGAAGTAGGTCCAGTCAGTAAGAAAATTTGAAGATGACCTG  450

seq1  GTGGTGGCCATGTTTCTATCAAAGAAAGGACTTTCTGCATTTGTTTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGCCATGTTTCTATCAAAGAAAGGACTTTCTGCATTTGTTTCTGA  500

seq1  TAACCTTTATGAACCAGCCACACCATCGTGAACAATGCATAATTATAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTTATGAACCAGCCACACCATCGTGAACAATGCATAATTATAAAG  550

seq1  ACGATGAAGCCAATTCTGAGAATAAAAATGAGAGGGAAAAAAATGAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATGAAGCCAATTCTGAGAATAAAAATGAGAGGGAAAAAAATGAACTG  600

seq1  GAAAACAAAACAAAGACACTTATTTAGTAAGCCCTTTAAAGGGTTAGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAAAACAAAGACACTTATTTAGTAAGCCCTTTAAAGGGTTAGAAC  650

seq1  TGAGAAGTTAAGTCTGGAAAGATAGGCTTGGGAAAGAGCTTTTAAGTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGTTAAGTCTGGAAAGATAGGCTTGGGAAAGAGCTTTTAAGTGAA  700

seq1  GAATGCCTTTAAATAGTCCAGCCTCTTCCAGTGGGGAAATCACCAAAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCTTTAAATAGTCCAGCCTCTTCCAGTGGGGAAATCACCAAAGTC  750

seq1  TGACCCTGAATGTGCTCAAGTCAATGTACACACAGATTGCCAGTATACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTGAATGTGCTCAAGTCAATGTACACACAGATTGCCAGTATACAG  800

seq1  TACCCTCATAGTTAACATTGTATGTCTGCTCTGTAGATGTGGTAACATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCATAGTTAACATTGTATGTCTGCTCTGTAGATGTGGTAACATCT  850

seq1  GCTAAGGACCTTTGAAAATAGCAATGTTCTTCACAGACATTCTGGATATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGGACCTTTGAAAATAGCAATGTTCTTCACAGACATTCTGGATATC  900

seq1  ATTATTAAGCCATG-TATTATGGAGTCAGGTGAAATCCCTACCCAAA-TT  948
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  || |||||||| ||
seq2  ATTATTAAGCCATGTTATTATGTAGTCAGGTGAATCCCTTACCCAAATTT  950

seq1  TCCAATTGCTTTTTATCAAATCAACTCTGTTATTAAATTAAAACTGATAA  998
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCAATTGCTTTTTATC-AATCAACTCTGTTATT-AATTAAAACTGATAA  998

seq1  AGGAAGCGAATGCCATAGGTTTCAAGCACAACCTTTGCCCAATTAAACTT  1048
        | |||| |||||||| ||||||||||||    ||||||||||||||||
seq2  --GGAGCG-ATGCCATA-GTTTCAAGCACA---CTTGCCCAATTAAACTT  1041

seq1  G-TCTAACCCAGAGGTGACATCCAATGATGCTATTTTATACTTAGATTTT  1097
      | ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||  ||
seq2  GTTCTAA-CCAGAGGTGACATCC-ATGATGCTA-TTTATACTAGGA--TT  1086

seq1  CTATTTTAATAAGACACCAACAAGACCGGCAGATGTTGCAATAGACAAC-  1146
      ||| ||  || ||||||| || ||| |||| |||| ||| ||||||||| 
seq2  CTAATT--ATTAGACACCCAC-AGA-CGGC-GATG-TGC-ATAGACAACT  1129

seq1  TCACTGTGTTCCAGGCCGTAAA-TCTG-CAAAGAGA  1180
      ||||||  ||||| |||||||| |||| ||||||||
seq2  TCACTGGTTTCCA-GCCGTAAATTCTGTCAAAGAGA  1164


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |