BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255G14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 29,059,829 - 29,179,801
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePrl4a1, Prl5a1, LOC100042388, LOC100042393, LOC100042399, Ppia-ps13_297.1, LOC626683, 2610307P16Rik, Sox4
Downstream geneLOC100041135, Cdkal1, E2f3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255G14.bB6Ng01-255G14.g
ACCGA061624GA061625
length1,1481,130
definitionB6Ng01-255G14.b B6Ng01-255G14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,178,666 - 29,179,801)(29,059,829 - 29,060,961)
sequence
gaattctaggcccaatcctctcttggccttaaattcatgatgagcgtctc
taatataaacacctcacattgagactggtgaggtggccctgtgagtaaag
gcacttactgggtaagcctgaagacctgagtgagggctccagaaaccacg
taaaggtagaaggagagctctgtctccacaaagtcaccctctgccctcca
catgtatgctgtggcacacataccgcacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacccctcattcacacagataatttttaaagac
aaaccataaatctgtaatatcaaggatccaaaacattttgagccttggca
tgataccacaagctgaaaaagtccacacataaagctgtctctctcacctc
gcttccacctgtgactataggaatggataaactgtacttcaaaattattt
aacattttagattataaagttatttaaaatgttatataaaattactctct
ggctatataaaccatgtgctcctgtggaactctgtcctctgggcatcgct
atgttggcaatagagaagccatgattaccacacaagattgagccccatag
catccttcttaaaaggtcaaggaatgaacacaaagcggcacacaaaaaga
taggtgagagcttacaccttatctgtaaaatggaggcagaaagagaactg
gcctggtgtaagcttttaaaacctcaaaggccacccccagtgatgtaccc
actccaacaaggccacacctcctaatccttcttccacaacttggagccaa
acattcaaatatatgagcctatggggctcattggcattcagacccaccac
actgtatttacatttctttatgtgtccgtctctatagtctcctcatttga
cctatgtaaatgctactgagtgtctgatgaccttgtattaattcaccggt
tcgtgtccttacatataaataagtttggggacgaggtgaggcttcctttc
tacttccataagacttagcaagtaccccatgtgtgtgcctgcattacgtg
taattcatggtgtgtgcatgttatgagtgtgtcctggatcctcctgtggt
gtgcctttccgagcaattactagctctccagataaaacgatctcaagt

gaattccatcaacagaatggaaatggatggggctgaagtatagaggggtt
cagttcctagcacctatgtggtggcttacaactgttcagactgcctgaaa
ctttctataggctttggaggacaccgggcacgcgtgtagtggacatatga
tctgttcaggaagaatacttacatacctaaaataaaaataaatctttaaa
aatacaggaagaggccagagatgtagttcagtagtagagcacttgtctag
catgaaagagagcctgggtttgacttcttacactgccaaaagataaagcc
taagaggccatgtccaagatgggagtctggagtagagggctagaaggcag
aagaaaatcttaacttccaagcaatttggaatacctgttgatgtgggtaa
tactgcagatatgcagctcctttcaaatgtttgtcttatgtcagtttctg
tgagcatgtcacagaatatgtcactaataacagtaagatcaagtgaaaaa
aatcaccaatgaaaaggttacttgagtatcctctggaatatcctaatatg
gttgaaaaccaagcaacatacttctaaagcactcgcccttcagtgtgaac
tcacacttgcaccttggctgaagttgaagtaaagtaaagccagtgaacgt
aaaaggcagagcaattacaaagataagggcacaactcagtgaagcaagga
gcagatgtgctacagagaacgagaagttacttcttagaagtcattcatac
tcctagcaagactaagtcaaagaaagaagccacacaaatgagcaataacc
aaagtgtatatccaaaaagattatacagatacaaaaaaaaaacccaaaaa
aacaaaaccaaccaaccaaaatcacccctgagaaaatggggagctggggg
gatagtacagtccaagaaagcacttgtggaataattatgaggacctgagt
ttcatccgtagaggtttacatatgaaaccaggcctggtggtgcttgcctg
taattctagtgctgggagatgagaacgacagacgacagagacagatagac
tttgctgactagcagaattagtctactggcaagtcccaagctggccagga
agacttctcagaaaataggtgggttggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_29178666_29179801
seq2: B6Ng01-255G14.b_47_1194 (reverse)

seq1  ACTTGAGATTCCTTTTATCTGGAG-CCTAGTAATTGCCTCCGGAAAGCAC  49
      |||||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| | || ||||
seq2  ACTTGAGA-TCGTTTTATCTGGAGAGCTAGTAATTG-CTCGGAAAGGCAC  48

seq1  A-CACAG--AGACCCA-GACACACTCAT-ACATGCACACA-CATGAA-TA  92
      | |||||   || ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||
seq2  ACCACAGGAGGATCCAGGACACACTCATAACATGCACACACCATGAATTA  98

seq1  CACGT-ATGCAAGCACACACATGGGGTACTTGCTAGTCCTTATGG-AGTA  140
      ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||
seq2  CACGTAATGCAGGCACACACATGGGGTACTTGCTAAGTCTTATGGAAGTA  148

seq1  GAAA-GAAGCCTCACCTCGTCCCCAAACTTATTTATATGTAAGGACACGA  189
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAGCCTCACCTCGTCCCCAAACTTATTTATATGTAAGGACACGA  198

seq1  ACC-GTGAATTAATAC-AGGTCATCAGACACTCAGTAGCATTTACATAGG  237
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGTGAATTAATACAAGGTCATCAGACACTCAGTAGCATTTACATAGG  248

seq1  TCAAATGAGGAGACTATAGAGACGGACACATAAAGAAATGTAAATACAGT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGAGGAGACTATAGAGACGGACACATAAAGAAATGTAAATACAGT  298

seq1  GTGGT-GGTCTGAATGCCAATGAGCCCCATAGGCTCATATATTTGAATGT  336
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGGTCTGAATGCCAATGAGCCCCATAGGCTCATATATTTGAATGT  348

seq1  TTGGCTCCAAGTTGTGGAAGAAGGATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCCAAGTTGTGGAAGAAGGATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGT  398

seq1  GGGTACATCACTGGGGGTGGCCTTTGAGGTTTTAAAAGCTTACACCAGGC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACATCACTGGGGGTGGCCTTTGAGGTTTTAAAAGCTTACACCAGGC  448

seq1  CAGTTCTCTTTCTGCCTCCATTTTACAGATAAGGTGTAAGCTCTCACCTA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTCTTTCTGCCTCCATTTTACAGATAAGGTGTAAGCTCTCACCTA  498

seq1  TCTTTTTGTGTGCCGCTTTGTGTTCATTCCTTGACCTTTTAAGAAGGATG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTGTGTGCCGCTTTGTGTTCATTCCTTGACCTTTTAAGAAGGATG  548

seq1  CTATGGGGCTCAATCTTGTGTGGTAATCATGGCTTCTCTATTGCCAACAT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGGCTCAATCTTGTGTGGTAATCATGGCTTCTCTATTGCCAACAT  598

seq1  AGCGATGCCCAGAGGACAGAGTTCCACAGGAGCACATGGTTTATATAGCC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGATGCCCAGAGGACAGAGTTCCACAGGAGCACATGGTTTATATAGCC  648

seq1  AGAGAGTAATTTTATATAACATTTTAAATAACTTTATAATCTAAAATGTT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTAATTTTATATAACATTTTAAATAACTTTATAATCTAAAATGTT  698

seq1  AAATAATTTTGAAGTACAGTTTATCCATTCCTATAGTCACAGGTGGAAGC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTTTGAAGTACAGTTTATCCATTCCTATAGTCACAGGTGGAAGC  748

seq1  GAGGTGAGAGAGACAGCTTTATGTGTGGACTTTTTCAGCTTGTGGTATCA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAGAGAGACAGCTTTATGTGTGGACTTTTTCAGCTTGTGGTATCA  798

seq1  TGCCAAGGCTCAAAATGTTTTGGATCCTTGATATTACAGATTTATGGTTT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGGCTCAAAATGTTTTGGATCCTTGATATTACAGATTTATGGTTT  848

seq1  GTCTTTAAAAATTATCTGTGTGAATGAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTAAAAATTATCTGTGTGAATGAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  898

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGGTATGTGTGCCACAGCATACATG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGGTATGTGTGCCACAGCATACATG  948

seq1  TGGAGGGCAGAGGGTGACTTTGTGGAGACAGAGCTCTCCTTCTACCTTTA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGCAGAGGGTGACTTTGTGGAGACAGAGCTCTCCTTCTACCTTTA  998

seq1  CGTGGTTTCTGGAGCCCTCACTCAGGTCTTCAGGCTTACCCAGTAAGTGC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTTTCTGGAGCCCTCACTCAGGTCTTCAGGCTTACCCAGTAAGTGC  1048

seq1  CTTTACTCACAGGGCCACCTCACCAGTCTCAATGTGAGGTGTTTATATTA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTCACAGGGCCACCTCACCAGTCTCAATGTGAGGTGTTTATATTA  1098

seq1  GAGACGCTCATCATGAATTTAAGGCCAAGAGAGGATTGGGCCTAGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGCTCATCATGAATTTAAGGCCAAGAGAGGATTGGGCCTAGAATTC  1148


seq1: chr13_29059829_29060961
seq2: B6Ng01-255G14.g_68_1197

seq1  GAATTCCATCAACAGAATGGAAATGGATGGGGCTGAAGTATAGAGGGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCAACAGAATGGAAATGGATGGGGCTGAAGTATAGAGGGGTT  50

seq1  CAGTTCCTAGCACCTATGTGGTGGCTTACAACTGTTCAGACTGCCTGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCTAGCACCTATGTGGTGGCTTACAACTGTTCAGACTGCCTGAAA  100

seq1  CTTTCTATAGGCTTTGGAGGACACCGGGCACGCGTGTAGTGGACATATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTATAGGCTTTGGAGGACACCGGGCACGCGTGTAGTGGACATATGA  150

seq1  TCTGTTCAGGAAGAATACTTACATACCTAAAATAAAAATAAATCTTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCAGGAAGAATACTTACATACCTAAAATAAAAATAAATCTTTAAA  200

seq1  AATACAGGAAGAGGCCAGAGATGTAGTTCAGTAGTAGAGCACTTGTCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGGAAGAGGCCAGAGATGTAGTTCAGTAGTAGAGCACTTGTCTAG  250

seq1  CATGAAAGAGAGCCTGGGTTTGACTTCTTACACTGCCAAAAGATAAAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAGAGAGCCTGGGTTTGACTTCTTACACTGCCAAAAGATAAAGCC  300

seq1  TAAGAGGCCATGTCCAAGATGGGAGTCTGGAGTAGAGGGCTAGAAGGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGCCATGTCCAAGATGGGAGTCTGGAGTAGAGGGCTAGAAGGCAG  350

seq1  AAGAAAATCTTAACTTCCAAGCAATTTGGAATACCTGTTGATGTGGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATCTTAACTTCCAAGCAATTTGGAATACCTGTTGATGTGGGTAA  400

seq1  TACTGCAGATATGCAGCTCCTTTCAAATGTTTGTCTTATGTCAGTTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCAGATATGCAGCTCCTTTCAAATGTTTGTCTTATGTCAGTTTCTG  450

seq1  TGAGCATGTCACAGAATATGTCACTAATAACAGTAAGATCAAGTGAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATGTCACAGAATATGTCACTAATAACAGTAAGATCAAGTGAAAAA  500

seq1  AATCACCAATGAAAAGGTTACTTGAGTATCCTCTGGAATATCCTAATATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCAATGAAAAGGTTACTTGAGTATCCTCTGGAATATCCTAATATG  550

seq1  GTTGAAAACCAAGCAACATACTTCTAAAGCACTCGCCCTTCAGTGTGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAAACCAAGCAACATACTTCTAAAGCACTCGCCCTTCAGTGTGAAC  600

seq1  TCACACTTGCACCTTGGCTGAAGTTGAAGTAAAGTAAAGCCAGTGAACGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTTGCACCTTGGCTGAAGTTGAAGTAAAGTAAAGCCAGTGAACGT  650

seq1  AAAAGGCAGAGCAATTACAAAGATAAGGGCACAACTCAGTGAAGCAAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCAGAGCAATTACAAAGATAAGGGCACAACTCAGTGAAGCAAGGA  700

seq1  GCAGATGTGCTACAGAGAACGAGAAGTTACTTCTTAGAAGTCATTCATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGTGCTACAGAGAACGAGAAGTTACTTCTTAGAAGTCATTCATAC  750

seq1  TCCTAGCAAGACTAAGTCAAAGAAAGAAGCCACACAAATGAGCAATAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCAAGACTAAGTCAAAGAAAGAAGCCACACAAATGAGCAATAACC  800

seq1  AAAGTGTATATCCAAAAAGATTATACAGATACAAAAAAAAAACCCAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTATATCCAAAAAGATTATACAGATACAAAAAAAAAACCCAAAAA  850

seq1  AACAAAACCAACCAACCAAAATCACCCCTGAGAAAATGGGGAGCTGGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACCAACCAACCAAAATCACCCCTGAGAAAATGGGGAGCTGGGGG  900

seq1  GATAGTACAGT-CAAGAAAGCACTTGTGGAATAATTATGAGGACCTGAGT  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTACAGTCCAAGAAAGCACTTGTGGAATAATTATGAGGACCTGAGT  950

seq1  TTCATCCGTAGAGG-TTACATATGAAAACCCAGGCCTGGTGGTGCTTGCC  998
      |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCGTAGAGGTTTACATATGAAA--CCAGGCCTGGTGGTGCTTGCC  998

seq1  TGTAATTCTAGTGCTGGGGAGATGGAGACAGACAGACGACAGGAGACAGA  1048
      ||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||
seq2  TGTAATTCTAGTGCT-GGGAGAT-GAGAACGACAGACGACA-GAGACAGA  1045

seq1  TAGACCTTTGCTGACTAGCCAGAA-TAGTCTACTTGGCAAGTCCCAGGCT  1097
      |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||
seq2  TAGA-CTTTGCTGACTAG-CAGAATTAGTCTAC-TGGCAAGTCCCAAGCT  1092

seq1  GG-CAGG-AGAC-TCTCAGAAAAATAAGGTGGG-TGGTGA  1133
      || |||| |||| ||||||||||   ||||||| ||||||
seq2  GGCCAGGAAGACTTCTCAGAAAA--TAGGTGGGTTGGTGA  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |