BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256C15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 105,678,650 - 105,829,250
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG238836, Rgs7bp
Upstream geneErbb2ip, LOC100040086, D130037M23Rik, Nln, Sgtb, 2410002O22Rik, LOC100040518, Trim23, Ppwd1, Cenpk, Adamts6, LOC667518, Sdccag10, 3110031B13Rik, A930021C24Rik
Downstream gene4933425L06Rik, LOC100040646, LOC100040656, Rnf180, Htr1a, EG668025
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256C15.bB6Ng01-256C15.g
ACCGA062194GA062195
length1,1251,119
definitionB6Ng01-256C15.b B6Ng01-256C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,828,127 - 105,829,250)(105,678,650 - 105,679,766)
sequence
gaattcaaggggaaatggagattcaatcctaaaattgctctactatacag
taagcgcttcatacttcttggattgtacatcttaaagatttgaggagtta
ggtcatgattcccatttagtaaaatgcattctactctagttcattctttc
cttctgtaccatgaaatacttgggacatgcacagactaagaggccaatac
atggaaaatgagacaagggtccattcatcatcttaatctcgagtccctgt
cctattggtactttacgagctgttacagaactccatttgtttttccgtta
tgatcctcacctgatgttgctcatgaatggcagacagtgtagacaggcac
ccctatgaggatggtacccaagttctccctctctaaatgatggagatgag
gaaacaaatggccagaatctccaaggactgatttggaaatgagtatttgg
gtgagggcagctgttgtctccacaagaaaagtgctcctggtactgtagga
tgggtggagcctcggcttccatttcgtgggttcttctcaccaccacaaat
gactcagaataaatttggggagctcacctggagtgtctgaaaagccccca
ctgtgtgcacaaactggtgggggaggattaagatccctgccaattgatgc
tgcgtaggatttgacaagcatccctctcttctaaactgggtgaagtctgt
aattcctgtcttagtcttaagccctagtggcagcatctgttgaagccagc
ctcataccatccctgaatgacgaggaaattgctcagattattacaagcca
ctgcattagccatcactcacgatcgctctacagttgttccttccataaaa
caagccgtaccaattgtttttatattcagagagtcaatcttttcttttct
gaggctgaagtatgttttgagctaccagatctgttccgacttcgagtggc
tttaaatgattccctacgtcttcctggtagttagcgtccaggtacgctgc
agctcccgtgggagaatgtgaggcgagttcagttgttctattgagggtct
cgcagagcagccacctcggttcattccagggagacgctggctcatctctt
tcagcttcaacaaagaggcgttctc
gaattcagctttttccagaaaagaatcttctgattttctatgtggatatg
cacatgcacaggtatataaacacatgtgcatgtgtcatcctgatccttgg
catctgaaggtgtgggcttggtgatggaggaatcatctaaagtcactgtg
atgagctgtcaccttttctgacttcagcctggaccttttcttgaagttaa
ggtcgcattctgcctttagtccaatggctctcagccttcctaatgctgcg
aacctttaacacagttcctcataaaattatttttgttgatacttcataac
tgtaactttgctactgttaagaattggaatataaatatatgatgtgcagg
atatgcgaccttgaaaggggtcacagcccacaggttgagaaccacggcta
tagctccgggatgaacttcaatgtttgatgaggtgcaggtgtctctgtgt
tcactgaatgccgtgccatcctgtaggtaacgtgtttgtagactctaaac
catagctttttttttccaatttttttattagatattttcttcatttacaa
ttcaaacggtatcccaaaatcccttataccctccccccaccctgctctcc
aacccacccactcctgcttcctgggcctggcatttccctgtattcgggca
tataatttttgcaagaccaagggcctctcctcccaatgatggctgactag
gccatcttgtgctacatatgcagctagagacacgagctcagggggtactg
tttagttcatattgctgttcctcctatagggttgcagaccccttcagcta
gttctttcattaggggccctgttttccatccaataaatgactgtgagcat
ccacttctgtatttgccaggcactggcatagcctcacaagagtcatctat
atcaggatctgtcggcaaaatcttgctggcatatgcaattgtgtctgtgt
ttggttgttgattatgtaaatcatagcttatttatgtttcaatgatatga
gtcctgattatccagtgccactacttcatgaatggccaatatttaatgga
agctactatatagtgagagaccaaccttacttcatcttggtactggtctc
attcttaagagaggagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_105828127_105829250
seq2: B6Ng01-256C15.b_45_1169 (reverse)

seq1  GAGAACGCCTCTT--GTGAAGCTG-AAGAGATGAGCCAGCGTCT-CCTGG  46
      |||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGAACGCCTCTTTGTTGAAGCTGAAAGAGATGAGCCAGCGTCTCCCTGG  50

seq1  AATGAACCGAGGTGGCCTTGCTTCTGCGAGACCCTCAATAG-ACACCTGA  95
      ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  AATGAACCGAGGTGGC--TGC-TCTGCGAGACCCTCAATAGAACAACTGA  97

seq1  ACTCGCCTCACATTCTCCCACGGGAGCTGCAGCGGTACCTGGACGCTAAC  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTCGCCTCACATTCTCCCACGGGAGCTGCAGC-GTACCTGGACGCTAAC  146

seq1  TACCAGGAAGACGTAGGGAATCATTTAAAGCCACTCGAAGTCGGAACAGA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGGAAGACGTAGGGAATCATTTAAAGCCACTCGAAGTCGGAACAGA  196

seq1  TCTGGTAGCTCAAAACATACTTCAGCCTCAGAAAAGAAAAGATTGACTCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAGCTCAAAACATACTTCAGCCTCAGAAAAGAAAAGATTGACTCT  246

seq1  CTGAATATAAAAACAATTGGTACGGCTTGTTTTATGGAAGGAACAACTGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATATAAAAACAATTGGTACGGCTTGTTTTATGGAAGGAACAACTGT  296

seq1  AGAGCGATCCTGAGTGATGGCTAATGCAGTGGCTTGTAATAATCTGAGCA  345
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGATCGTGAGTGATGGCTAATGCAGTGGCTTGTAATAATCTGAGCA  346

seq1  ATTTCCTCGTCATTCAGGGATGGTATGAGGCTGGCTTCAACAGATGCTGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTCGTCATTCAGGGATGGTATGAGGCTGGCTTCAACAGATGCTGC  396

seq1  CACTAGGGCTTAAGACTAAGACAGGAATTACAGACTTCACCCAGTTTAGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGGGCTTAAGACTAAGACAGGAATTACAGACTTCACCCAGTTTAGA  446

seq1  AGAGAGGGATGCTTGTCAAATCCTACGCAGCATCAATTGGCAGGGATCTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGATGCTTGTCAAATCCTACGCAGCATCAATTGGCAGGGATCTT  496

seq1  AATCCTCCCCCACCAGTTTGTGCACACAGTGGGGGCTTTTCAGACACTCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCCCCCACCAGTTTGTGCACACAGTGGGGGCTTTTCAGACACTCC  546

seq1  AGGTGAGCTCCCCAAATTTATTCTGAGTCATTTGTGGTGGTGAGAAGAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGCTCCCCAAATTTATTCTGAGTCATTTGTGGTGGTGAGAAGAAC  596

seq1  CCACGAAATGGAAGCCGAGGCTCCACCCATCCTACAGTACCAGGAGCACT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGAAATGGAAGCCGAGGCTCCACCCATCCTACAGTACCAGGAGCACT  646

seq1  TTTCTTGTGGAGACAACAGCTGCCCTCACCCAAATACTCATTTCCAAATC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTGGAGACAACAGCTGCCCTCACCCAAATACTCATTTCCAAATC  696

seq1  AGTCCTTGGAGATTCTGGCCATTTGTTTCCTCATCTCCATCATTTAGAGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTGGAGATTCTGGCCATTTGTTTCCTCATCTCCATCATTTAGAGA  746

seq1  GGGAGAACTTGGGTACCATCCTCATAGGGGTGCCTGTCTACACTGTCTGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAACTTGGGTACCATCCTCATAGGGGTGCCTGTCTACACTGTCTGC  796

seq1  CATTCATGAGCAACATCAGGTGAGGATCATAACGGAAAAACAAATGGAGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATGAGCAACATCAGGTGAGGATCATAACGGAAAAACAAATGGAGT  846

seq1  TCTGTAACAGCTCGTAAAGTACCAATAGGACAGGGACTCGAGATTAAGAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAACAGCTCGTAAAGTACCAATAGGACAGGGACTCGAGATTAAGAT  896

seq1  GATGAATGGACCCTTGTCTCATTTTCCATGTATTGGCCTCTTAGTCTGTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATGGACCCTTGTCTCATTTTCCATGTATTGGCCTCTTAGTCTGTG  946

seq1  CATGTCCCAAGTATTTCATGGTACAGAAGGAAAGAATGAACTAGAGTAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCCAAGTATTTCATGGTACAGAAGGAAAGAATGAACTAGAGTAGA  996

seq1  ATGCATTTTACTAAATGGGAATCATGACCTAACTCCTCAAATCTTTAAGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTTTACTAAATGGGAATCATGACCTAACTCCTCAAATCTTTAAGA  1046

seq1  TGTACAATCCAAGAAGTATGAAGCGCTTACTGTATAGTAGAGCAATTTTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAATCCAAGAAGTATGAAGCGCTTACTGTATAGTAGAGCAATTTTA  1096

seq1  GGATTGAATCTCCATTTCCCCTTGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAATCTCCATTTCCCCTTGAATTC  1125

seq1: chr13_105678650_105679766
seq2: B6Ng01-256C15.g_67_1185

seq1  GAATTCAGCTTTTTCCAGAAAAGAATCTTCTGATTTTCTATGTGGATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTTTTTCCAGAAAAGAATCTTCTGATTTTCTATGTGGATATG  50

seq1  CACATGCACAGGTATATAAACACATGTGCATGTGTCATCCTGATCCTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCACAGGTATATAAACACATGTGCATGTGTCATCCTGATCCTTGG  100

seq1  CATCTGAAGGTGTGGGCTTGGTGATGGAGGAATCATCTAAAGTCACTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAAGGTGTGGGCTTGGTGATGGAGGAATCATCTAAAGTCACTGTG  150

seq1  ATGAGCTGTCACCTTTTCTGACTTCAGCCTGGACCTTTTCTTGAAGTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTGTCACCTTTTCTGACTTCAGCCTGGACCTTTTCTTGAAGTTAA  200

seq1  GGTCGCATTCTGCCTTTAGTCCAATGGCTCTCAGCCTTCCTAATGCTGCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGCATTCTGCCTTTAGTCCAATGGCTCTCAGCCTTCCTAATGCTGCG  250

seq1  AACCTTTAACACAGTTCCTCATAAAATTATTTTTGTTGATACTTCATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTAACACAGTTCCTCATAAAATTATTTTTGTTGATACTTCATAAC  300

seq1  TGTAACTTTGCTACTGTTAAGAATTGGAATATAAATATATGATGTGCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTTTGCTACTGTTAAGAATTGGAATATAAATATATGATGTGCAGG  350

seq1  ATATGCGACCTTGAAAGGGGTCACAGCCCACAGGTTGAGAACCACGGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCGACCTTGAAAGGGGTCACAGCCCACAGGTTGAGAACCACGGCTA  400

seq1  TAGCTCCGGGATGAACTTCAATGTTTGATGAGGTGCAGGTGTCTCTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCGGGATGAACTTCAATGTTTGATGAGGTGCAGGTGTCTCTGTGT  450

seq1  TCACTGAATGCCGTGCCATCCTGTAGGTAACGTGTTTGTAGACTCTAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAATGCCGTGCCATCCTGTAGGTAACGTGTTTGTAGACTCTAAAC  500

seq1  CATAGCTTTTTTTTTCCAATTTTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTTTTTTTTTCCAATTTTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTACAA  550

seq1  TTCAAACGGTATCCCAAAATCCCTTATACCCTCCCCCCACCCTGCTCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACGGTATCCCAAAATCCCTTATACCCTCCCCCCACCCTGCTCTCC  600

seq1  AACCCACCCACTCCTGCTTCCTGGGCCTGGCATTTCCCTGTATTCGGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACCCACTCCTGCTTCCTGGGCCTGGCATTTCCCTGTATTCGGGCA  650

seq1  TATAATTTTTGCAAGACCAAGGGCCTCTCCTCCCAATGATGGCTGACTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTTTGCAAGACCAAGGGCCTCTCCTCCCAATGATGGCTGACTAG  700

seq1  GCCATCTTGTGCTACATATGCAGCTAGAGACACGAGCTCAGGGGGTACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTGTGCTACATATGCAGCTAGAGACACGAGCTCAGGGGGTACTG  750

seq1  TTTAGTTCATATTGCTGTTCCTCCTATAGGGTTGCAGACCCCTTCAGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTCATATTGCTGTTCCTCCTATAGGGTTGCAGACCCCTTCAGCTA  800

seq1  GTTCTTTCATTAGGGGCCCTGTTTTCCATCCAATAAATGACTGTGAGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTCATTAGGGGCCCTGTTTTCCATCCAATAAATGACTGTGAGCAT  850

seq1  CCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGGCATAGCCTCACAAGAGTCATCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGGCATAGCCTCACAAGAGTCATCTAT  900

seq1  ATCAGGGATCTGTCGGCAAAATCTTGCTGGCATATGCAATTGTGTCTGTG  950
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCA-GGATCTGTCGGCAAAATCTTGCTGGCATATGCAATTGTGTCTGTG  949

seq1  TTTGGTTGTTGATTATGTAAATCATAGC-TATTTATGTTTCAATGATATG  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTGTTGATTATGTAAATCATAGCTTATTTATGTTTCAATGATATG  999

seq1  AGTCCTGATTATCCAGTG-CACTACTCATTGAAATGGCC-ATATTTAATG  1047
      |||||||||||||||||| |||||||   || ||||||| ||||||||||
seq2  AGTCCTGATTATCCAGTGCCACTACTTCATG-AATGGCCAATATTTAATG  1048

seq1  G-AGCTACTATATAGTGAGAGACCAAACCTACTCCATCTTGGAACTGGTC  1096
      | |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||
seq2  GAAGCTACTATATAGTGAGAGACCAACCTTACTTCATCTTGGTACTGGTC  1098

seq1  TCCATCTTAAGAGAGGAGAAA  1117
      ||  |||||||||||||||||
seq2  TCATTCTTAAGAGAGGAGAAA  1119