BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256M21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 112,848,965 - 113,009,759
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040716, LOC100041161
Upstream gene4732495G21Rik, LOC100040640, EG621953, Gpbp1, LOC100040666, Mier3, Map3k1, LOC668181
Downstream geneLOC100041175, Ankrd55, LOC100040725, Il6st, Il31ra, LOC100041240, Ddx4, 9130023D20Rik, Ppap2a, LOC100041282, Skiv2l2, Dhx29, LOC667756, Ccnu, EG622408, EG622422, 2310016C16Rik, Cdc20b, Gzma, 1700084D21Rik, Gzmk, Esm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256M21.bB6Ng01-256M21.g
ACCGA062669GA062670
length1,1161,053
definitionB6Ng01-256M21.b B6Ng01-256M21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,848,965 - 112,850,089)(113,008,702 - 113,009,759)
sequence
gaattctataaatgccaaataaagaagaaatgcagagcctgctgcagaag
ggccaagtcatccccttgcccgctgtcctttgcctctaacctcgagccag
gataagggtaggtgctcagtttctagtttccacgacctccagaggaggag
tggtccacatttatccactgtgcctacccgggagcctgggcttgggtaat
atgttctctgaggggaactctgaggagaaaccctgggaagagtacccgag
gcccagcctctgtgcacccacacccacactgggctggagtttgttcctca
gatcccttgaccatctgtgttctggcccagacacaccaagatcatcatca
ctaaatggccagagctccactggagagaagggagaaaaggtctctgtagg
aggctaagtaccgcatctctccatttctcccttacccagcccccaaaaga
tgtcaatgccctaattcttggagcctgtgtgttatgtagataagagggct
ttgcaggttgcactatgctaaggcaataggtgtgaggattcctggatttg
tagagaaatgtgatctttccaaggctcctcgtaaggggaggagtcagagg
agagaagccagtgtatattggaagcagactggagagactggaggcaggat
cttgaagccaggaaacccagggggactctgatgattctagcttatggcta
gttgacataaaactagctagcacagctactgcacccagctttatgtgggt
tcttagagttcaaactcaggttctcatgttggcatgggcaagtaccttta
cccactaagccacttccccagacccaaatctgggtttgaaacaagatcct
cagtgatatttaaatgcacggtagagttttcctagggcgacttgaagcat
ttcagattcctgagccaaggcaggttggtgttagaagcttcccacagaca
ttcatgcgaagctgaatgtggaggtagtggtttaggataaagggattttc
agactggttcaccaagacagtctgctcagcactggactgttgtacgccat
gctagactgtaatggtgaagggccttgggagatgcacgctttcaaggttc
agaacctaggcagaca
gaattccaggaagcacatataagcatctagctagtttgtcacatggacgt
gctgaaacccattctctgaacatggcaatctgtcctcttctcaagctagc
ttgtctgctctggtttgcggctctcgtgtatttgagaccccaattgctcc
ttggaacaggttctgtgtcttttgtatgtactaagtttaatgtgagaatg
aaacagagcccctgggtgcctgcaaagctcgtcactgagaatctctctga
gtcctgtcccttaggggttctctgctgtgctggtctatagctgtagggag
gatacctagccgatctaggccaatgcgctccttcaaggcactgcgtgcct
aaaccattcttattctgagaggaggataagaaagcatcatttgatttgga
ttttgatgcctcctttgcccctgatgaatccacaagagggaggagggctc
ccagttgtccctctgggccccaattatcttgtctaatttcttgctgtaag
gcaggctttggcctgacatacccagacataattactcagtggctgactct
tatttaaataattatcataatcgaccaagaggacatttcgttctttggac
atggatgtgagacgcatgtggtttcccagaagaaatcttgcaggcataaa
gtctaaggttcctccctgggtctctgccaactcttaggcagagtttacct
gtcaatgccaacgtggggcaagggaacgcttctccccagcttcttggtct
ttcctcaggaactctgggtttcaaccgagactaacatcttacaaaaagca
caacagaagaacatggctaatttcccaagtaggctaaatcaggctgtcag
aacttgaagttaaaaaaaaaatctcccagccaccacagtcacaggatggg
atcttggttgctggatttaggtgggatctgatgatgggatttagaatcca
catgagtacatctttaggtggttgtctatgaggatgcttcagagaggcta
cctagcaggaggacacctaccctggcacagatcagctaggtccagactga
aga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_112848965_112850089
seq2: B6Ng01-256M21.b_46_1161

seq1  GAATTCTATAAATGCCAAATAAAGAAGAAATGCAGAGCCTGCTGCAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAAATGCCAAATAAAGAAGAAATGCAGAGCCTGCTGCAGAAG  50

seq1  GGCCAAGTCATCCCCTTGCCCGCTGTCCTTTGCCTCTAACCTCGAGCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGTCATCCCCTTGCCCGCTGTCCTTTGCCTCTAACCTCGAGCCAG  100

seq1  GATAAGGGTAGGTGCTCAGTTTCTAGTTTCCACGACCTCCAGAGGAGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGGGTAGGTGCTCAGTTTCTAGTTTCCACGACCTCCAGAGGAGGAG  150

seq1  TGGTCCACATTTATCCACTGTGCCTACCCGGGAGCCTGGGCTTGGGTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCACATTTATCCACTGTGCCTACCCGGGAGCCTGGGCTTGGGTAAT  200

seq1  ATGTTCTCTGAGGGGAACTCTGAGGAGAAACCCTGGGAAGAGTACCCGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTCTGAGGGGAACTCTGAGGAGAAACCCTGGGAAGAGTACCCGAG  250

seq1  GCCCAGCCTCTGTGCACCCACACCCACACTGGGCTGGAGTTTGTTCCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCCTCTGTGCACCCACACCCACACTGGGCTGGAGTTTGTTCCTCA  300

seq1  GATCCCTTGACCATCTGTGTTCTGGCCCAGACACACCAAGATCATCATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTTGACCATCTGTGTTCTGGCCCAGACACACCAAGATCATCATCA  350

seq1  CTAAATGGCCAGAGCTCCACTGGAGAGAAGGGAGAAAAGGTCTCTGTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGGCCAGAGCTCCACTGGAGAGAAGGGAGAAAAGGTCTCTGTAGG  400

seq1  AGGCTAAGTACCGCATCTCTCCATTTCTCCCTTACCCAGCCCCCAAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAAGTACCGCATCTCTCCATTTCTCCCTTACCCAGCCCCCAAAAGA  450

seq1  TGTCAATGCCCTAATTCTTGGAGCCTGTGTGTTATGTAGATAAGAGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATGCCCTAATTCTTGGAGCCTGTGTGTTATGTAGATAAGAGGGCT  500

seq1  TTGCAGGTTGCACTATGCTAAGGCAATAGGTGTGAGGATTCCTGGATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGTTGCACTATGCTAAGGCAATAGGTGTGAGGATTCCTGGATTTG  550

seq1  TAGAGAAATGTGATCTTTCCAAGGCTCCTCGTAAGGGGAGGAGTCAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAATGTGATCTTTCCAAGGCTCCTCGTAAGGGGAGGAGTCAGAGG  600

seq1  AGAGAAGCCAGTGTATATTGGAAGCAGACTGGAGAGACTGGAGGCAGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCCAGTGTATATTGGAAGCAGACTGGAGAGACTGGAGGCAGGAT  650

seq1  CTTGAAGCCAGGAAACCCAGGGGGACTCTGATGATTCTAGCTTATGGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGCCAGGAAACCCAGGGGGACTCTGATGATTCTAGCTTATGGCTA  700

seq1  GTTGACATAAAACTAGCTAGCACAGCTACTGCACCCAGCTTTATGTGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACATAAAACTAGCTAGCACAGCTACTGCACCCAGCTTTATGTGGGT  750

seq1  TCTTAGAGTTCAAACTCAGGTTCTCATGTTGGCATGGGCAAGTACCTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAGTTCAAACTCAGGTTCTCATGTTGGCATGGGCAAGTACCTTTA  800

seq1  CCCACTAAGCCACTTCCCCAGACCCAAATCTGGGTTTGAAACAAGATCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTAAGCCACTTCCCCAGACCCAAATCTGGGTTTGAAACAAGATCCT  850

seq1  CAGGTGATATTTAAATGCACGGTAGAGTTTTCCTAGGGCGACTTGAAGCA  900
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-GTGATATTTAAATGCACGGTAGAGTTTTCCTAGGGCGACTTGAAGCA  899

seq1  TTTCAGATTCCTGAGCCAAGGCAGGTTGGTGTTAGAAGCTTCCCACAGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATTCCTGAGCCAAGGCAGGTTGGTGTTAGAAGCTTCCCACAGAC  949

seq1  ATTCATGCGAAGCTGAAGGTGGGAGGTAGTGGTTTAGGATAAA-GGATTT  999
      ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATTCATGCGAAGCTGAATGT-GGAGGTAGTGGTTTAGGATAAAGGGATTT  998

seq1  TCAGACTGGTTCACCAAGACAGCCTGCTCAGCACTGGACTGTTGTACGCC  1049
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTGGTTCACCAAGACAGTCTGCTCAGCACTGGACTGTTGTACGCC  1048

seq1  ATGCTAGACTGTAATGTTGGAAGGGGCCTGGGAAGATGCACGCTTTCAAG  1099
      |||||||||||||||| ||  | |||||| || |||||||||||||||| 
seq2  ATGCTAGACTGTAATGGTG--AAGGGCCTTGGGAGATGCACGCTTTCAA-  1095

seq1  GGTTCAAGGAACCCTAGGTGCAGACA  1125
      ||||||  ||| |||||  |||||||
seq2  GGTTCA--GAA-CCTAG--GCAGACA  1116

seq1: chr13_113008702_113009759
seq2: B6Ng01-256M21.g_67_1119 (reverse)

seq1  TCTTCAGTCTGGGACCCTAGCTG-TCTGTGGCAGGGT--GTGTCTTCCCT  47
      ||||||||||||   |||||||| |||||| ||||||  ||||| | |||
seq2  TCTTCAGTCTGG--ACCTAGCTGATCTGTGCCAGGGTAGGTGTCCT-CCT  47

seq1  GCTTAGTTAAGCCTCTCTGGAAGCATCCTCATAGACA--CACCTAAAGAT  95
      |||  ||  ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  GCTAGGT--AGCCTCTCT-GAAGCATCCTCATAGACAACCACCTAAAGAT  94

seq1  GTACTTCCATTGTGATTCTAAATCCCATCAATCAAGATCCAACCTAAATC  145
      |||||  |||   |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||
seq2  GTACT--CATGTGGATTCTAAATCCCATC-ATC-AGATCCCACCTAAATC  140

seq1  CAGCAACCAAGATCCCATCCTGTGACTGTGGTGGCTGGGAGATTTTTTTT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACCAAGATCCCATCCTGTGACTGTGGTGGCTGGGAGATTTTTTTT  190

seq1  TTAACTTCAAGTTCTGACAGCCTGATTTTAGCCTACTT-GGAAATTAGCC  244
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  TTAACTTCAAGTTCTGACAGCCTGA-TTTAGCCTACTTGGGAAATTAGCC  239

seq1  ATGTTCTTCTGTTGTGCTTTTTGTAAGATGTTAGTCTCGGTTGAAACCCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTCTGTTGTGCTTTTTGTAAGATGTTAGTCTCGGTTGAAACCCA  289

seq1  GAGTTCCTGAGGAAAGACCAAGAAGCTGGGGAGAAGCGTTCCCTTGCCCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCTGAGGAAAGACCAAGAAGCTGGGGAGAAGCGTTCCCTTGCCCC  339

seq1  ACGTTGGCATTGACAGGTAAACTCTGCCTAAGAGTTGGCAGAGACCCAGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGGCATTGACAGGTAAACTCTGCCTAAGAGTTGGCAGAGACCCAGG  389

seq1  GAGGAACCTTAGACTTTATGCCTGCAAGATTTCTTCTGGGAAACCACATG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACCTTAGACTTTATGCCTGCAAGATTTCTTCTGGGAAACCACATG  439

seq1  CGTCTCACATCCATGTCCAAAGAACGAAATGTCCTCTTGGTCGATTATGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTCACATCCATGTCCAAAGAACGAAATGTCCTCTTGGTCGATTATGA  489

seq1  TAATTATTTAAATAAGAGTCAGCCACTGAGTAATTATGTCTGGGTATGTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATTTAAATAAGAGTCAGCCACTGAGTAATTATGTCTGGGTATGTC  539

seq1  AGGCCAAAGCCTGCCTTACAGCAAGAAATTAGACAAGATAATTGGGGCCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAAGCCTGCCTTACAGCAAGAAATTAGACAAGATAATTGGGGCCC  589

seq1  AGAGGGACAACTGGGAGCCCTCCTCCCTCTTGTGGATTCATCAGGGGCAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGACAACTGGGAGCCCTCCTCCCTCTTGTGGATTCATCAGGGGCAA  639

seq1  AGGAGGCATCAAAATCCAAATCAAATGATGCTTTCTTATCCTCCTCTCAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCATCAAAATCCAAATCAAATGATGCTTTCTTATCCTCCTCTCAG  689

seq1  AATAAGAATGGTTTAGGCACGCAGTGCCTTGAAGGAGCGCATTGGCCTAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAATGGTTTAGGCACGCAGTGCCTTGAAGGAGCGCATTGGCCTAG  739

seq1  ATCGGCTAGGTATCCTCCCTACAGCTATAGACCAGCACAGCAGAGAACCC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGCTAGGTATCCTCCCTACAGCTATAGACCAGCACAGCAGAGAACCC  789

seq1  CTAAGGGACAGGACTCAGAGAGATTCTCAGTGACGAGCTTTGCAGGCACC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGGACAGGACTCAGAGAGATTCTCAGTGACGAGCTTTGCAGGCACC  839

seq1  CAGGGGCTCTGTTTCATTCTCACATTAAACTTAGTACATACAAAAGACAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCTCTGTTTCATTCTCACATTAAACTTAGTACATACAAAAGACAC  889

seq1  AGAACCTGTTCCAAGGAGCAATTGGGGTCTCAAATACACGAGAGCCGCAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTGTTCCAAGGAGCAATTGGGGTCTCAAATACACGAGAGCCGCAA  939

seq1  ACCAGAGCAGACAAGCTAGCTTGAGAAGAGGACAGATTGCCATGTTCAGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGCAGACAAGCTAGCTTGAGAAGAGGACAGATTGCCATGTTCAGA  989

seq1  GAATGGGTTTCAGCACGTCCATGTGACAAACTAGCTAGATGCTTATATGT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGTTTCAGCACGTCCATGTGACAAACTAGCTAGATGCTTATATGT  1039

seq1  GCTTCCTGGAATTC  1058
      ||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGGAATTC  1053