BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260B06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 11,731,483 - 11,880,110
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRyr2
Upstream geneLOC100039648, Zp4
Downstream geneLOC100039678, Mtr, LOC100039826, Actn2, EG432725, Heatr1, LOC546246, Lgals8, LOC100039900, Edaradd, Ero1lb, LOC664862, EG238507, LOC100039744, EG630757
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260B06.bB6Ng01-260B06.g
ACCGA065092GA065093
length1,2201,162
definitionB6Ng01-260B06.b B6Ng01-260B06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,731,483 - 11,732,703)(11,878,931 - 11,880,110)
sequence
gaattccgggggatgaagagaaaggataagacctgagcactaagggcagg
atctgataaaggttctgtagcctctaccatgtccccacttatagagccaa
caccttttagaaccccaatagggagaagaagccaagacatcttcattgca
tcctctgaggttgaatttgtcatgtaactccacaggagtttgctccctaa
agctttggtgcagttgtaggaccagaaatgaaagcatgagaagtgggcaa
tatcctagaaacagatctgagagatgctaccaaaagccacacccagcacc
taagggcttcttaaccgtcaattgaatgggagataccctctaaagggatg
acaagagtcactcgtttccacaaatcctctgcaatggattttgcttcttt
taagtcatttttgttttgtttgtaatgatagcttgtgataaaccttttat
agagatcaacaaaatcagcctaatacagagttaagaagaaccagaatttc
ttgatagatttgggagaaggggattggggcggggacaatgattgatgtga
gagcacatatgcatgtatgggtgtgtgcagaggtcagaagtcaacctcca
gtgccttcatttcttagaggccacccactttgacttttgagacagggtct
ctctctctggagctcactaattaacccaggttttctggtcaacgaatcac
aggcatcagcctgtttctcttcccctactgctgggattacaggcaccaat
tatctattgcagctggctttttatgtgagttatggccagagctcgggtcc
tcttgtttgagaggcaggttctttattgactgagccatcttcccagctcc
tcatggtagggtttaaagaacaacaacaacaacaaaagaattgatgctac
tctgtgggtttatgtcagacagatcacatgatgtgtgaattacgccctct
cttgacaagagcagatgtaactgagacatcataaatggcagatgagatta
gatgtgggtttcttttatcagtgtccctaggtctggattaacctgctcca
ccataccatttctccgttagggctgtgcgctgaacagaagaatagttgga
tggaaggggatcaccctttttcattgccttcatctttctttctggagctc
agcccctggcttcctgaataaagaaaggaaggccgaaccactccataaca
gtttctccatttaaaacaaa
gaattcatatgtggcctgagctggcactgaaccccatggccatcttcctg
ccttaatcttccatttgctgggcttatagatgtgagtcacccactttgct
tggcttcattaaaaaccaaggaaatagataaatgttaaatataagattga
accatgggctaaaatcaccagggagaaaggttatcaatgtgtcagttgcc
agagaaccatggacaaaattcaccaaaagtttcagtgtgaaatggaatgg
ttataggcttggaagattaaagaagagtttatgcaaaagacaaaatgaat
ccccacacagcagcatttactggacaggtgcttaaacaagatggtttttc
acaaggtcataagatgacctcagacaaatggtttccagcaactcctagtt
atgtgttttaacaacagaatgaaatagttctcataacacattggttaaat
ctagtttcgtttaacgtcacagaggctctttccactacaggtcaagccct
ccatgttgtcaggtactacagggaactgtgtgctttcccagtaagatgca
tcttccagtccttttttcactttcaccattgagcctgggtctcaccaagt
tgacctggctggccttgaattcactctggaacctaggctgaccttgaact
tgaaatctccctaccttagcctcttggggagctgagataatagaccttaa
ccactcactggtttgactctgtttggcttttggggactttgtgtttggtt
gagtgacagacatgcaacctcagagtgaaaaagaaatatgtagatcctcc
ttttagaaatcaaagaaggcttctaggtgaactcagatattagaggcaca
ggagataattgggcaagcagagatcacgattatggtctagtcagagactc
agcatgtgtcaagtagtagaagagatatgggacattttcggtggcctgct
agtggcacagtagggtcacagttagagatccaagtgccatggtacagaga
gagaggtgagactgaccgtgaagacgcgcatcgacaaagagctttttgtc
actgtgtgattttatttataaggggctaacattggtgagaggtgaatgct
tgtcctgactgagcacgactctctgaatgtacgagcatgaaacctgaatg
tgtggcaggggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_11731483_11732703
seq2: B6Ng01-260B06.b_42_1261

seq1  GAATTCCGGGGGATGAAGAGAAAGGATAAGACCTGAGCACTAAGGGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGGGGGATGAAGAGAAAGGATAAGACCTGAGCACTAAGGGCAGG  50

seq1  ATCTGATAAAGGTTCTGTAGCCTCTACCATGTCCCCACTTATAGAGCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATAAAGGTTCTGTAGCCTCTACCATGTCCCCACTTATAGAGCCAA  100

seq1  CACCTTTTAGAACCCCAATAGGGAGAAGAAGCCAAGACATCTTCATTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTTAGAACCCCAATAGGGAGAAGAAGCCAAGACATCTTCATTGCA  150

seq1  TCCTCTGAGGTTGAATTTGTCATGTAACTCCACAGGAGTTTGCTCCCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGAGGTTGAATTTGTCATGTAACTCCACAGGAGTTTGCTCCCTAA  200

seq1  AGCTTTGGTGCAGTTGTAGGACCAGAAATGAAAGCATGAGAAGTGGGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGGTGCAGTTGTAGGACCAGAAATGAAAGCATGAGAAGTGGGCAA  250

seq1  TATCCTAGAAACAGATCTGAGAGATGCTACCAAAAGCCACACCCAGCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTAGAAACAGATCTGAGAGATGCTACCAAAAGCCACACCCAGCACC  300

seq1  TAAGGGCTTCTTAACCGTCAATTGAATGGGAGATACCCTCTAAAGGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGCTTCTTAACCGTCAATTGAATGGGAGATACCCTCTAAAGGGATG  350

seq1  ACAAGAGTCACTCGTTTCCACAAATCCTCTGCAATGGATTTTGCTTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGTCACTCGTTTCCACAAATCCTCTGCAATGGATTTTGCTTCTTT  400

seq1  TAAGTCATTTTTGTTTTGTTTGTAATGATAGCTTGTGATAAACCTTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCATTTTTGTTTTGTTTGTAATGATAGCTTGTGATAAACCTTTTAT  450

seq1  AGAGATCAACAAAATCAGCCTAATACAGAGTTAAGAAGAACCAGAATTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCAACAAAATCAGCCTAATACAGAGTTAAGAAGAACCAGAATTTC  500

seq1  TTGATAGATTTGGGAGAAGGGGATTGGGGCGGGGACAATGATTGATGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGATTTGGGAGAAGGGGATTGGGGCGGGGACAATGATTGATGTGA  550

seq1  GAGCACATATGCATGTATGGGTGTGTGCAGAGGTCAGAAGTCAACCTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATATGCATGTATGGGTGTGTGCAGAGGTCAGAAGTCAACCTCCA  600

seq1  GTGCCTTCATTTCTTAGAGGCCACCCACTTTGACTTTTGAGACAGGGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTCATTTCTTAGAGGCCACCCACTTTGACTTTTGAGACAGGGTCT  650

seq1  CTCTCTCTGGAGCTCACTAATTAACCCAGGTTTTCTGGTCAACGAATCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTGGAGCTCACTAATTAACCCAGGTTTTCTGGTCAACGAATCAC  700

seq1  AGGCATCAGCCTGTTTCTCTTCCCCTACTGCTGGGATTACAGGCACCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCAGCCTGTTTCTCTTCCCCTACTGCTGGGATTACAGGCACCAAT  750

seq1  TATCTATTGCAGCTGGCTTTTTATGTGAGTTATGGCCAGAGCTCGGGTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATTGCAGCTGGCTTTTTATGTGAGTTATGGCCAGAGCTCGGGTCC  800

seq1  TCTTGTTTGAGAGGCAGGTTCTTTATTGACTGAGCCATCTTCCCAGCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTGAGAGGCAGGTTCTTTATTGACTGAGCCATCTTCCCAGCTCC  850

seq1  TCATGGTAGGGTTTAAAGAACAACAACAACAACAAAAGAATTGATGCTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTAGGGTTTAAAGAACAACAACAACAACAAAAGAATTGATGCTAC  900

seq1  TCTGTGGGTTTATGTCAGACAGATCACATGATGTGTGAATTACGCCCTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGGTTTATGTCAGACAGATCACATGATGTGTGAATTACGCCCTCT  950

seq1  CTTGACAAGAGCAGGATGTAACTGAGACATCAATAAATGGCAGATGAGAA  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  CTTGACAAGAGCA-GATGTAACTGAGACATC-ATAAATGGCAGATGAG-A  997

seq1  TTAGATGTGGGTTTC-TTTATCAGTGTCCCTAGGTCTGGATTAACCTGCT  1049
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGTGGGTTTCTTTTATCAGTGTCCCTAGGTCTGGATTAACCTGCT  1047

seq1  CCACCATACCATTTCTCCGTTAGGGCTGTGCGGCTGAACAGAAGAATAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  
seq2  CCACCATACCATTTCTCCGTTAGGGCTGTGC-GCTGAACAGAAGAATAGT  1096

seq1  TTGATGG-AGGGGATCAACCCTTTTCA-TGGCTTCATC-TTCTTCTGGGA  1146
      | ||||| ||||||||| || |||||| || ||||||| |||||   |||
seq2  TGGATGGAAGGGGATCACCCTTTTTCATTGCCTTCATCTTTCTTTCTGGA  1146

seq1  GCTCAGCCCCTGGTTTCTGAAATAAAAAGAAAAGAAAAAGCAG-ACAACT  1195
      ||||||||||||| |||   |||  ||||||| |  || || | || |||
seq2  GCTCAGCCCCTGGCTTCCTGAAT--AAAGAAAGG--AAGGCCGAACCACT  1192

seq1  ACATAACA-TTTCT-CATTTAAAACAAA  1221
       ||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  CCATAACAGTTTCTCCATTTAAAACAAA  1220

seq1: chr13_11878931_11880110
seq2: B6Ng01-260B06.g_64_1225 (reverse)

seq1  GCCCCTGCCACA---TCA-GTCTCATGCTTTCGTCCCATCAGAGTTCTGT  46
      ||||||||||||   ||| || ||||||  |||| |  ||||||    ||
seq2  GCCCCTGCCACACATTCAGGTTTCATGC--TCGTACATTCAGAG---AGT  45

seq1  GGGCCTCAGTGCAGGGACAAAAGCATGTCACCTCTCACC-ATGTTAGCCC  95
       |  |||||| ||||   | |||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  CGTGCTCAGT-CAGG---ACAAGCAT-TCACCTCTCACCAATGTTAGCCC  90

seq1  CCTATAAAATAAAATCACACAGTGACCAAAAAGCTCTTTGTCGAATGCCT  145
      | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  
seq2  CTTAT-AAATAAAATCACACAGTGA-CAAAAAGCTCTTTGTCG-ATGC--  135

seq1  TCTGTCTTCACGGTCAGTCTCACCTCTCTTCCTCTGTACCATGGCACCTT  195
         ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||
seq2  -GCGTCTTCACGGTCAGTCTCACCTCTCT--CTCTGTACCATGGCA-CTT  181

seq1  GGATCTCTAACCTGTGACCCTACTGTGCCACTAGCAGGCCACCGAAAATG  245
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTCTAA-CTGTGACCCTACTGTGCCACTAGCAGGCCACCGAAAATG  230

seq1  TCCCATATCTTCTTCTACCTACTTTGACACATGCTGAGTCTCTGACTAGA  295
      ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATATC-TCTTCTA-CTAC-TTGACACATGCTGAGTCTCTGACTAGA  277

seq1  CCATAATCGTGATCTCTGCTTGCCCAATTATCTCCTGTGCCTCTAATATC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATCGTGATCTCTGCTTGCCCAATTATCTCCTGTGCCTCTAATATC  327

seq1  TGAGTTCACCTAGAAGCCTTCTTTGATTTCTAAAAGGAGGATCTACATAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCACCTAGAAGCCTTCTTTGATTTCTAAAAGGAGGATCTACATAT  377

seq1  TTCTTTTTCACTCTGAGGTTGCATGTCTGTCACTCAACCAAACACAAAGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTCACTCTGAGGTTGCATGTCTGTCACTCAACCAAACACAAAGT  427

seq1  CCCCAAAAGCCAAACAGAGTCAAACCAGTGAGTGGTTAAGGTCTATTATC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAAGCCAAACAGAGTCAAACCAGTGAGTGGTTAAGGTCTATTATC  477

seq1  TCAGCTCCCCAAGAGGCTAAGGTAGGGAGATTTCAAGTTCAAGGTCAGCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCCCAAGAGGCTAAGGTAGGGAGATTTCAAGTTCAAGGTCAGCC  527

seq1  TAGGTTCCAGAGTGAATTCAAGGCCAGCCAGGTCAACTTGGTGAGACCCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCCAGAGTGAATTCAAGGCCAGCCAGGTCAACTTGGTGAGACCCA  577

seq1  GGCTCAATGGTGAAAGTGAAAAAAGGACTGGAAGATGCATCTTACTGGGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAATGGTGAAAGTGAAAAAAGGACTGGAAGATGCATCTTACTGGGA  627

seq1  AAGCACACAGTTCCCTGTAGTACCTGACAACATGGAGGGCTTGACCTGTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACACAGTTCCCTGTAGTACCTGACAACATGGAGGGCTTGACCTGTA  677

seq1  GTGGAAAGAGCCTCTGTGACGTTAAACGAAACTAGATTTAACCAATGTGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAAGAGCCTCTGTGACGTTAAACGAAACTAGATTTAACCAATGTGT  727

seq1  TATGAGAACTATTTCATTCTGTTGTTAAAACACATAACTAGGAGTTGCTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAACTATTTCATTCTGTTGTTAAAACACATAACTAGGAGTTGCTG  777

seq1  GAAACCATTTGTCTGAGGTCATCTTATGACCTTGTGAAAAACCATCTTGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCATTTGTCTGAGGTCATCTTATGACCTTGTGAAAAACCATCTTGT  827

seq1  TTAAGCACCTGTCCAGTAAATGCTGCTGTGTGGGGATTCATTTTGTCTTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCACCTGTCCAGTAAATGCTGCTGTGTGGGGATTCATTTTGTCTTT  877

seq1  TGCATAAACTCTTCTTTAATCTTCCAAGCCTATAACCATTCCATTTCACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAAACTCTTCTTTAATCTTCCAAGCCTATAACCATTCCATTTCACA  927

seq1  CTGAAACTTTTGGTGAATTTTGTCCATGGTTCTCTGGCAACTGACACATT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACTTTTGGTGAATTTTGTCCATGGTTCTCTGGCAACTGACACATT  977

seq1  GATAACCTTTCTCCCTGGTGATTTTAGCCCATGGTTCAATCTTATATTTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCTTTCTCCCTGGTGATTTTAGCCCATGGTTCAATCTTATATTTA  1027

seq1  ACATTTATCTATTTCCTTGGTTTTTAATGAAGCCAAGCAAAGTGGGTGAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATCTATTTCCTTGGTTTTTAATGAAGCCAAGCAAAGTGGGTGAC  1077

seq1  TCACATCTATAAGCCCAGCAAATGGAAGATTAAGGCAGGAAGATGGCCAT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCTATAAGCCCAGCAAATGGAAGATTAAGGCAGGAAGATGGCCAT  1127

seq1  GGGGTTCAGTGCCAGCTCAGGCCACATATGAATTC  1180
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTCAGTGCCAGCTCAGGCCACATATGAATTC  1162