BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260H05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 109,316,797 - 109,464,313
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde4d, EG668144
Upstream geneLOC100040820, Zswim6, 3021401N23Rik, 2810008M24Rik, Ndufa12l, Ercc8, LOC668123, LOC621498, Elovl7, LOC668129, LOC100040524, Depdc1b
Downstream geneLOC621663, LOC100040968
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260H05.bB6Ng01-260H05.g
ACCGA065371GA065372
length1,1341,154
definitionB6Ng01-260H05.b B6Ng01-260H05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,463,178 - 109,464,313)(109,316,797 - 109,317,971)
sequence
gaattctcataaattcaaactttccagcattcttcctccttagtcataca
caccatttcccttcaggagacaattgctccaagggttgaggaatgagcat
cctctttgtctgtctcttgagctcagtggggaacacagctgtttgacaga
tggcattacttttttccctcttctctccgaatgaatactaactggaaggc
aggtccctctggtatgaaaatgctgcccctgatcgtcctctctaaagcct
ttaagaaagcatttttaccaccttcctactgccgctttcttctctcaaat
gcaagaacaagggactaggcagagcaaagagtgaagactgatgtcacaaa
agaaagcaaaactaagtcattttccagatgacaggagcaactgccttggc
ctttcattagccccacttcttagcacacgaaaagcagtagccctataggt
ccagtagaatattggtggtttaagtttctagttgagtgacaagacctgaa
aggcaaagctgtccacgggagagctggcatttctgcctcccctaactttt
atagttcatacaattcaattttgttgggcttcaaagggtaattcaaagac
cattttataaccaaaggctctgtaggtctcaaggaatagctcatcgatta
gatggaaggaaggtgtgaggattgtatagccattttgcagtagccttggg
aaagacttggttgtaattattatatttgtatttatttctataggtgtttc
agcaactttccatgcaataatatgaaacccaatagcatgcactgggacac
catggagggagggtgagcccttgtgggatgctgaacatgatttaagtaga
gaaggttttctattttctattattctaagaatacaaatagctaaatgaag
tttccactcgggagaactgaagaaatgtgcttacaccaagctgtcagatg
caatactcaagccacatcacacaacaggccaccattgctactacatctgg
gatcgagaagctgcctcccaacagcgctttgcccagtgatgaagtgagta
gcacagggcaggaaggagctcgtttattcttctagaatctagagctcacc
tagaagggaaagctgctgactcttcagctatagc
gaattctcattgtctgccttttctcggttgctaacaccctggaatgcgag
cctgttgagtggctttcataccatttcaatcatgaataatacagttgtgt
aaaaatagacaaagtgtaggtctcttagaagcctacaatttgctcggcct
aactgatgttaaacaaatgcttgaatatgtaaattaatgtctggcagcag
tacctggggtggagaaaatgaagccgtgtatagatggactagtagtggag
ttgaatggagaacgggtactcagggaaggcttctgaagtgaggagcaagc
ggtgaggagctggacaaagtgttttcagcagaggaattagcaggtgcaaa
ggctgctgggacttgcaatgggaagaaaggtaagaaacgtggcgagcaga
caaccagggtctagctcatgcagcgcctttttgaacagtaacatctttgc
gcttagactctgagttcagtggcaatctgtaggtccttttagatatgatc
tgatgtctggctgccgtgtgaataggctactgtagggagtcaagctttga
atcctgtgatagttgagttggagaaagatgctgaggggcccttgggcgag
ttggagtggagtcagcgtgagaggagggcagatcctttaagatgtgtttc
atttaaataatctaaatttagagagcatgatcagctctgcaaagctgagc
atatggagagtgtttcccacagcagacccagcatacatccggtgacatct
gagttaattttaggtagtgtgtcacatgaatggatgtctgtctacatttt
aacggctacttaggaatttgcggctcattaggaaactcacatgtaaatct
tgtggttacagtttttatttttagtaagtatgaagtattaagtctacagt
aaggtagtaaaaattagacacattgggctatctggagtgagctgctactg
ggactgttgataaggctcactttctaggagagcatgacctcagtgtttta
tacatgtgaggacattagaaatagactttatcagtatttatgatcgtagc
tccacattagatgatgtctactggttcaatatacctctgtggaatgtgat
gttaacttagcatttttgtcattaggtctggcctcgaggataagatgcat
ctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_109463178_109464313
seq2: B6Ng01-260H05.b_40_1173 (reverse)

seq1  GCTATAGCTGAAGAGTCAGCAGC-TTCCCTCTTAGGTGAGCTCTAGATCT  49
      ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||  
seq2  GCTATAGCTGAAGAGTCAGCAGCTTTCCCTTCTAGGTGAGCTCTAGATTC  50

seq1  TAGAAG-ATACACGAGCCCCCTTCCTTCCCTGTGGCTACTCACTTCATCA  98
      |||||| ||| ||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAATAAACGAG-CTCCTTCCTGCCCTGT-GCTACTCACTTCATCA  98

seq1  CTGGGGCAAAGCGCTGTTGGGAGGCAGCTTCTCGATCCCAGATGTAGTAG  148
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-GGGCAAAGCGCTGTTGGGAGGCAGCTTCTCGATCCCAGATGTAGTAG  147

seq1  CAATGGTGGCCCTGTTGTGTGATGTGGCTTGAGTATTGCATCTGACAGCT  198
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTGG-CCTGTTGTGTGATGTGGCTTGAGTATTGCATCTGACAGCT  196

seq1  TGGTGTAAGCACATTTCTTCAGTTCTCCCGAGTGGAAACTTCATTTAGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTAAGCACATTTCTTCAGTTCTCCCGAGTGGAAACTTCATTTAGCT  246

seq1  ATTTGTATTCTTAGAATAATAGAAAATAGAAAACCTTCTCTACTTAAATC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTATTCTTAGAATAATAGAAAATAGAAAACCTTCTCTACTTAAATC  296

seq1  ATGTTCAGCATCCCACAAGGGCTCACCCTCCCTCCATGGTGTCCCAGTGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAGCATCCCACAAGGGCTCACCCTCCCTCCATGGTGTCCCAGTGC  346

seq1  ATGCTATTGGGTTTCATATTATTGCATGGAAAGTTGCTGAAACACCTATA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATTGGGTTTCATATTATTGCATGGAAAGTTGCTGAAACACCTATA  396

seq1  GAAATAAATACAAATATAATAATTACAACCAAGTCTTTCCCAAGGCTACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAATACAAATATAATAATTACAACCAAGTCTTTCCCAAGGCTACT  446

seq1  GCAAAATGGCTATACAATCCTCACACCTTCCTTCCATCTAATCGATGAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATGGCTATACAATCCTCACACCTTCCTTCCATCTAATCGATGAGC  496

seq1  TATTCCTTGAGACCTACAGAGCCTTTGGTTATAAAATGGTCTTTGAATTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTTGAGACCTACAGAGCCTTTGGTTATAAAATGGTCTTTGAATTA  546

seq1  CCCTTTGAAGCCCAACAAAATTGAATTGTATGAACTATAAAAGTTAGGGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGAAGCCCAACAAAATTGAATTGTATGAACTATAAAAGTTAGGGG  596

seq1  AGGCAGAAATGCCAGCTCTCCCGTGGACAGCTTTGCCTTTCAGGTCTTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAAATGCCAGCTCTCCCGTGGACAGCTTTGCCTTTCAGGTCTTGT  646

seq1  CACTCAACTAGAAACTTAAACCACCAATATTCTACTGGACCTATAGGGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAACTAGAAACTTAAACCACCAATATTCTACTGGACCTATAGGGCT  696

seq1  ACTGCTTTTCGTGTGCTAAGAAGTGGGGCTAATGAAAGGCCAAGGCAGTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTTCGTGTGCTAAGAAGTGGGGCTAATGAAAGGCCAAGGCAGTT  746

seq1  GCTCCTGTCATCTGGAAAATGACTTAGTTTTGCTTTCTTTTGTGACATCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGTCATCTGGAAAATGACTTAGTTTTGCTTTCTTTTGTGACATCA  796

seq1  GTCTTCACTCTTTGCTCTGCCTAGTCCCTTGTTCTTGCATTTGAGAGAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCACTCTTTGCTCTGCCTAGTCCCTTGTTCTTGCATTTGAGAGAAG  846

seq1  AAAGCGGCAGTAGGAAGGTGGTAAAAATGCTTTCTTAAAGGCTTTAGAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCGGCAGTAGGAAGGTGGTAAAAATGCTTTCTTAAAGGCTTTAGAGA  896

seq1  GGACGATCAGGGGCAGCATTTTCATACCAGAGGGACCTGCCTTCCAGTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGATCAGGGGCAGCATTTTCATACCAGAGGGACCTGCCTTCCAGTTA  946

seq1  GTATTCATTCGGAGAGAAGAGGGAAAAAAGTAATGCCATCTGTCAAACAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCATTCGGAGAGAAGAGGGAAAAAAGTAATGCCATCTGTCAAACAG  996

seq1  CTGTGTTCCCCACTGAGCTCAAGAGACAGACAAAGAGGATGCTCATTCCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTCCCCACTGAGCTCAAGAGACAGACAAAGAGGATGCTCATTCCT  1046

seq1  CAACCCTTGGAGCAATTGTCTCCTGAAGGGAAATGGTGTGTATGACTAAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTTGGAGCAATTGTCTCCTGAAGGGAAATGGTGTGTATGACTAAG  1096

seq1  GAGGAAGAATGCTGGAAAGTTTGAATTTATGAGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGAATGCTGGAAAGTTTGAATTTATGAGAATTC  1134

seq1: chr13_109316797_109317971
seq2: B6Ng01-260H05.g_62_1215

seq1  GAATTCTCATTGTCTGCCTTTTCTCGGTTGCTAACACCCTGGAATGCGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTGTCTGCCTTTTCTCGGTTGCTAACACCCTGGAATGCGAG  50

seq1  CCTGTTGAGTGGCTTTCATACCATTTCAATCATGAATAATACAGTTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGAGTGGCTTTCATACCATTTCAATCATGAATAATACAGTTGTGT  100

seq1  AAAAATAGACAAAGTGTAGGTCTCTTAGAAGCCTACAATTTGCTCGGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGACAAAGTGTAGGTCTCTTAGAAGCCTACAATTTGCTCGGCCT  150

seq1  AACTGATGTTAAACAAATGCTTGAATATGTAAATTAATGTCTGGCAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATGTTAAACAAATGCTTGAATATGTAAATTAATGTCTGGCAGCAG  200

seq1  TACCTGGGGTGGAGAAAATGAAGCCGTGTATAGATGGACTAGTAGTGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGGGGTGGAGAAAATGAAGCCGTGTATAGATGGACTAGTAGTGGAG  250

seq1  TTGAATGGAGAACGGGTACTCAGGGAAGGCTTCTGAAGTGAGGAGCAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGGAGAACGGGTACTCAGGGAAGGCTTCTGAAGTGAGGAGCAAGC  300

seq1  GGTGAGGAGCTGGACAAAGTGTTTTCAGCAGAGGAATTAGCAGGTGCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGAGCTGGACAAAGTGTTTTCAGCAGAGGAATTAGCAGGTGCAAA  350

seq1  GGCTGCTGGGACTTGCAATGGGAAGAAAGGTAAGAAACGTGGCGAGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTGGGACTTGCAATGGGAAGAAAGGTAAGAAACGTGGCGAGCAGA  400

seq1  CAACCAGGGTCTAGCTCATGCAGCGCCTTTTTGAACAGTAACATCTTTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGGGTCTAGCTCATGCAGCGCCTTTTTGAACAGTAACATCTTTGC  450

seq1  GCTTAGACTCTGAGTTCAGTGGCAATCTGTAGGTCCTTTTAGATATGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGACTCTGAGTTCAGTGGCAATCTGTAGGTCCTTTTAGATATGATC  500

seq1  TGATGTCTGGCTGCCGTGTGAATAGGCTACTGTAGGGAGTCAAGCTTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTGGCTGCCGTGTGAATAGGCTACTGTAGGGAGTCAAGCTTTGA  550

seq1  ATCCTGTGATAGTTGAGTTGGAGAAAGATGCTGAGGGGCCCTTGGGCGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTGATAGTTGAGTTGGAGAAAGATGCTGAGGGGCCCTTGGGCGAG  600

seq1  TTGGAGTGGAGTCAGCGTGAGAGGAGGGCAGATCCTTTAAGATGTGTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTGGAGTCAGCGTGAGAGGAGGGCAGATCCTTTAAGATGTGTTTC  650

seq1  ATTTAAATAATCTAAATTTAGAGAGCATGATCAGCTCTGCAAAGCTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATAATCTAAATTTAGAGAGCATGATCAGCTCTGCAAAGCTGAGC  700

seq1  ATATGGAGAGTGTTTCCCACAGCAGACCCAGCATACATCCGGTGACATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAGAGTGTTTCCCACAGCAGACCCAGCATACATCCGGTGACATCT  750

seq1  GAGTTAATTTTAGGTAGTGTGTCACATGAATGGATGTCTGTCTACATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAATTTTAGGTAGTGTGTCACATGAATGGATGTCTGTCTACATTTT  800

seq1  AACGGCTACTTAGGAATTTGCGGCTCATTAGGAAACTCACATGTAAATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGCTACTTAGGAATTTGCGGCTCATTAGGAAACTCACATGTAAATCT  850

seq1  TGTGGTTACAGTTTTTATTTTTAGTAAGTATGAAGTATTAAGTCTACAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTACAGTTTTTATTTTTAGTAAGTATGAAGTATTAAGTCTACAGT  900

seq1  AAAGGTAGTAAAAATTAGACACATT-GGCTATCTGGAGTGGAGCTGCTAC  949
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  -AAGGTAGTAAAAATTAGACACATTGGGCTATCTGGAGT-GAGCTGCTAC  948

seq1  TGGGACTGTTGATAAGGCTCACTTTCTAGGGAGAGCAATGA-CTCAGGTG  998
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||   
seq2  TGGGACTGTTGATAAGGCTCACTTTCTA-GGAGAGC-ATGACCTCAG--T  994

seq1  GTTTTATACCATGTGAGGACCATTAG-AATAGACTTTATCAGTTATTTAT  1047
      |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  GTTTTATA-CATGTGAGGA-CATTAGAAATAGACTTTATCAG-TATTTAT  1041

seq1  TGAATCGTAGGCTCCACATTAGATGATGTCTTACTGAGTCTCAATATAAC  1097
         |||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |
seq2  --GATCGTA-GCTCCACATTAGATGATGTC-TACTG-GT-TCAATATACC  1085

seq1  TCTGTGAGATGTGAGTGGGTAAAACCTTAGCA-TTTTGTCATTAAAGAGT  1146
      ||||||  ||||||    || ||  ||||||| |||||||||||    ||
seq2  TCTGTGGAATGTGA---TGTTAA--CTTAGCATTTTTGTCATTA---GGT  1127

seq1  CTGGCCTCAGAAGGAGAAGATGCATCTAG  1175
      ||||||||   |||| |||||||||||||
seq2  CTGGCCTC--GAGGATAAGATGCATCTAG  1154