BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261L22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 45,467,880 - 45,619,032
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMylip, Gmpr
Upstream geneEG667157, Jarid2, Dtnbp1, Hsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204, LOC100039533
Downstream geneAtxn1, 5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282, Gm1574, Rbm24, Cap2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261L22.bB6Ng01-261L22.g
ACCGA066337GA066338
length1,1321,068
definitionB6Ng01-261L22.b B6Ng01-261L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,467,880 - 45,469,015)(45,617,956 - 45,619,032)
sequence
gaattcaaactttagctctctccaacttggagttagaggaggggtaaagc
atcagatggaggagtgtgggttagcagctcagcacagggagaggagcatg
tctggaggtgtgcggcactcaaaggcagctgtgttctggagcagaagttg
atgttctgggcccttctctgagaacaggcaggatactgctgccatggtaa
gaagatgggagtcaagcctaggtataaaaggaattgagatttcaccagga
ggaagaggtccacaccaactgtacacaacctcttctaggaaataccaaaa
aaagagagcttgcttcctggctcatcccgagaccagtattacccaaacca
gataaatgtcagaaaagccaactgtcacttggctttatctgtgtgtaaaa
ggtctgtttatatttgttttgaatattcttttttgttgtttttgataccc
actccccctctttatatcatcagaacagtttttttttccagtcacattga
ttcatatctataattccaggtgaggtggaaaggaattgcaagttaaaagc
tacactgagctacatgatcctgtctgggatcaaaaaaatgtcataagcaa
acaaaagcaacagcgatgaaacaccttattcgtgtcttctacaatgtcat
cccctccccatttactttgagctagtggcaaaagagaggcaggctcttcc
catcctggccttctatgttgccgtgcagctgagcagagctggcaggaagg
aagcttgcattctctacgcaattctttgtaatcataaaagattgctttta
atttgagcatccagtgtagattcacatcagagacattgtaacatatattt
atagactaaagaggtttagaaaactgtaagatttatactttaaaggctta
tctcattataatttgctctttatgaaatattcccttccagctgggcacag
tggcacatgcctgtaatcccagcactaagcagggtatactagggacaatc
tgggccacaccgtatgatagaccctactttaacacacacacatacacaca
cacacatacacacacacacacaacatactataacacatgtaatcacatat
aaccacacacatgtattccatataccacatag

gaattccaggatagacagggctacacagagaaaccctgtctcaggaaaaa
aaaaaaagtttaatgacaagtgctattcaagaccaccacatcccagtcag
ggccagggcttctgttctagaattccaaggttttctcccaagtggcctga
aagaaagttaccacagaggcgactgaaaggagcatcaggtggaactaggt
actcatgggtggcgctgggcacaagaagggacagcaacttcaccatgccc
tggtacaggccttcccaattagaaacgaaggcactgttcccctctgatcc
tgcccagtggcaggtgatcatgggcaaacaagtctaaatgtgccacgtaa
gggatggtctttatcttcagggctcccttgcttcccaaaggaggttttat
attttgtgttaatgtggtgttataataagtccccacacctaagagcaaat
cagggtgtctgcagtaaatgtgggataaccgcttctagtctttactgaga
tgctgggaacgagagaagggactgacctctccctgaaatactcggagtat
ttttggacatacaagcaagctaaactctaactctcacgtacaacaaacac
acatttgttttcccaagcactaactaattcccagcagaatgtccttacaa
cttatctcagttcagattgtacctggacatcgtgtcagatcccataggtc
tgagctcagtcccagaagactgcttcacacgtcagaagccagccctgaac
agtagactccatagctcctgcctggtttggcttcatgtccaaggttcgag
gctagagtggctcacagactcaaacacacacgctggctggcttactaact
tagcaaaggctatgaagggacagagagaaggcagatgaagatttagctca
agggagggtaagtcctcagaggagctgtgtcagaatccaaggctcaacta
agattctcccggcagctctatcatcccgaagtctatctcagaagtacagg
cctggggagtgaggatgcttgagctagtgtgaagactcatttcctcagct
gatggtgctgctcaaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_45467880_45469015
seq2: B6Ng01-261L22.b_45_1176

seq1  GAATTCAAACTTTAGCTCTCTCCAACTTGGAGTTAGAGGAGGGGTAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTTTAGCTCTCTCCAACTTGGAGTTAGAGGAGGGGTAAAGC  50

seq1  ATCAGATGGAGGAGTGTGGGTTAGCAGCTCAGCACAGGGAGAGGAGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATGGAGGAGTGTGGGTTAGCAGCTCAGCACAGGGAGAGGAGCATG  100

seq1  TCTGGAGGTGTGCGGCACTCAAAGGCAGCTGTGTTCTGGAGCAGAAGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGGTGTGCGGCACTCAAAGGCAGCTGTGTTCTGGAGCAGAAGTTG  150

seq1  ATGTTCTGGGCCCTTCTCTGAGAACAGGCAGGATACTGCTGCCATGGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTGGGCCCTTCTCTGAGAACAGGCAGGATACTGCTGCCATGGTAA  200

seq1  GAAGATGGGAGTCAAGCCTAGGTATAAAAGGAATTGAGATTTCACCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGGAGTCAAGCCTAGGTATAAAAGGAATTGAGATTTCACCAGGA  250

seq1  GGAAGAGGTCCACACCAACTGTACACAACCTCTTCTAGGAAATACCAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGTCCACACCAACTGTACACAACCTCTTCTAGGAAATACCAAAA  300

seq1  AAAGAGAGCTTGCTTCCTGGCTCATCCCGAGACCAGTATTACCCAAACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGCTTGCTTCCTGGCTCATCCCGAGACCAGTATTACCCAAACCA  350

seq1  GATAAATGTCAGAAAAGCCAACTGTCACTTGGCTTTATCTGTGTGTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATGTCAGAAAAGCCAACTGTCACTTGGCTTTATCTGTGTGTAAAA  400

seq1  GGTCTGTTTATATTTGTTTTGAATATTCTTTTTTGTTGTTTTTGATACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTTTATATTTGTTTTGAATATTCTTTTTTGTTGTTTTTGATACCC  450

seq1  ACTCCCCCTCTTTATATCATCAGAACAGTTTTTTTTTCCAGTCACATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCCTCTTTATATCATCAGAACAGTTTTTTTTTCCAGTCACATTGA  500

seq1  TTCATATCTATAATTCCAGGTGAGGTGGAAAGGAATTGCAAGTTAAAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATCTATAATTCCAGGTGAGGTGGAAAGGAATTGCAAGTTAAAAGC  550

seq1  TACACTGAGCTACATGATCCTGTCTGGGATCAAAAAAATGTCATAAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGAGCTACATGATCCTGTCTGGGATCAAAAAAATGTCATAAGCAA  600

seq1  ACAAAAGCAACAGCGATGAAACACCTTATTCGTGTCTTCTACAATGTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGCAACAGCGATGAAACACCTTATTCGTGTCTTCTACAATGTCAT  650

seq1  CCCCTCCCCATTTACTTTGAGCTAGTGGCAAAAGAGAGGCAGGCTCTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCCATTTACTTTGAGCTAGTGGCAAAAGAGAGGCAGGCTCTTCC  700

seq1  CATCCTGGCCTTCTATGTTGCCGTGCAGCTGAGCAGAGCTGGCAGGAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGGCCTTCTATGTTGCCGTGCAGCTGAGCAGAGCTGGCAGGAAGG  750

seq1  AAGCTTGCATTCTCTACGCAATTCTTTGTAATCATAAAAGATTGCTTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGCATTCTCTACGCAATTCTTTGTAATCATAAAAGATTGCTTTTA  800

seq1  ATTTGAGCATCCAGTGTAGATTCACATCAGAGACATTGTAACATATATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGCATCCAGTGTAGATTCACATCAGAGACATTGTAACATATATTT  850

seq1  ATAGACTAAAGAGGTTTAGAAAACTGTAAGATTTATACTTT-AAGGCTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATAGACTAAAGAGGTTTAGAAAACTGTAAGATTTATACTTTAAAGGCTTA  900

seq1  TCTCATTATAATTTGCTCTTTATGAAATATT-CCTTCCAGCTGGGCACAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTATAATTTGCTCTTTATGAAATATTCCCTTCCAGCTGGGCACAG  950

seq1  TGGCACATGCCTGTAATCCCAGCACTAAGCAGGGTATAACTAGGGACCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TGGCACATGCCTGTAATCCCAGCACTAAGCAGGGTAT-ACTAGGGA-CAA  998

seq1  TCTGGGCCACACCGTATGATAGGACCCTACCTTTAACACACACACATACA  1048
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCCACACCGTATGATA-GACCCTA-CTTTAACACACACACATACA  1046

seq1  CCACACACACATACACACACACACACAAACATACATAT-ACACATGTATT  1097
       ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |
seq2  -CACACACACATACACACACACACAC-AACATAC-TATAACACATGTAAT  1093

seq1  CACATATA--CACACACATGTATTCACATATACACACATAG  1136
      ||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  CACATATAACCACACACATGTATTC-CATATAC-CACATAG  1132


seq1: chr13_45617956_45619032
seq2: B6Ng01-261L22.g_62_1129 (reverse)

seq1  CCCTCTGAGCAGCACCATCAGCTGA-GAAATGAGTCTTCAACACCTAACC  49
      |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| | 
seq2  CCCT-TGAGCAGCACCATCAGCTGAGGAAATGAGTCTTC-ACA-CTAGCT  47

seq1  CTCCAAGGCATCCCCTCCACT-CCCAGGCCTGTACTTCCTGAGATAGACT  98
      |    | ||||||    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  C----AAGCATCC---TCACTCCCCAGGCCTGTACTT-CTGAGATAGACT  89

seq1  TCGGGATGATAGAGCTGCCGGGAGAATCTTAGTTGAGCCTTGGATTCCTG  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCGGGATGATAGAGCTGCCGGGAGAATCTTAGTTGAGCCTTGGATT-CTG  138

seq1  ACACAGCTCCTCTGAGGACTTACCCTCCCTTGAGCTAAATCTTCATCTGC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCTCCTCTGAGGACTTACCCTCCCTTGAGCTAAATCTTCATCTGC  188

seq1  CTTCTCTCTGT-CCTTCATAGCCTTTGCTAAGTTAGTAAGCCAGCCAGCG  247
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTCTGTCCCTTCATAGCCTTTGCTAAGTTAGTAAGCCAGCCAGCG  238

seq1  TGTGTGTTTGAGTCTGTGAGCCACTCTAGCCTCGAACCTTGGACATGAAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTGAGTCTGTGAGCCACTCTAGCCTCGAACCTTGGACATGAAG  288

seq1  CCAAACCAGGCAGGAGCTATGGAGTCTACTGTTCAGGGCTGGCTTCTGAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCAGGCAGGAGCTATGGAGTCTACTGTTCAGGGCTGGCTTCTGAC  338

seq1  GTGTGAAGCAGTCTTCTGGGACTGAGCTCAGACCTATGGGATCTGACACG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAGCAGTCTTCTGGGACTGAGCTCAGACCTATGGGATCTGACACG  388

seq1  ATGTCCAGGTACAATCTGAACTGAGATAAGTTGTAAGGACATTCTGCTGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCAGGTACAATCTGAACTGAGATAAGTTGTAAGGACATTCTGCTGG  438

seq1  GAATTAGTTAGTGCTTGGGAAAACAAATGTGTGTTTGTTGTACGTGAGAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGTTAGTGCTTGGGAAAACAAATGTGTGTTTGTTGTACGTGAGAG  488

seq1  TTAGAGTTTAGCTTGCTTGTATGTCCAAAAATACTCCGAGTATTTCAGGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTTTAGCTTGCTTGTATGTCCAAAAATACTCCGAGTATTTCAGGG  538

seq1  AGAGGTCAGTCCCTTCTCTCGTTCCCAGCATCTCAGTAAAGACTAGAAGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCAGTCCCTTCTCTCGTTCCCAGCATCTCAGTAAAGACTAGAAGC  588

seq1  GGTTATCCCACATTTACTGCAGACACCCTGATTTGCTCTTAGGTGTGGGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATCCCACATTTACTGCAGACACCCTGATTTGCTCTTAGGTGTGGGG  638

seq1  ACTTATTATAACACCACATTAACACAAAATATAAAACCTCCTTTGGGAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTATAACACCACATTAACACAAAATATAAAACCTCCTTTGGGAAG  688

seq1  CAAGGGAGCCCTGAAGATAAAGACCATCCCTTACGTGGCACATTTAGACT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGAGCCCTGAAGATAAAGACCATCCCTTACGTGGCACATTTAGACT  738

seq1  TGTTTGCCCATGATCACCTGCCACTGGGCAGGATCAGAGGGGAACAGTGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCCCATGATCACCTGCCACTGGGCAGGATCAGAGGGGAACAGTGC  788

seq1  CTTCGTTTCTAATTGGGAAGGCCTGTACCAGGGCATGGTGAAGTTGCTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGTTTCTAATTGGGAAGGCCTGTACCAGGGCATGGTGAAGTTGCTGT  838

seq1  CCCTTCTTGTGCCCAGCGCCACCCATGAGTACCTAGTTCCACCTGATGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTGTGCCCAGCGCCACCCATGAGTACCTAGTTCCACCTGATGCT  888

seq1  CCTTTCAGTCGCCTCTGTGGTAACTTTCTTTCAGGCCACTTGGGAGAAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCAGTCGCCTCTGTGGTAACTTTCTTTCAGGCCACTTGGGAGAAAA  938

seq1  CCTTGGAATTCTAGAACAGAAGCCCTGGCCCTGACTGGGATGTGGTGGTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAATTCTAGAACAGAAGCCCTGGCCCTGACTGGGATGTGGTGGTC  988

seq1  TTGAATAGCACTTGTCATTAAACTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGGGTTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATAGCACTTGTCATTAAACTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGGGTTT  1038

seq1  CTCTGTGTAGCCCTGTCTATCCTGGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGTAGCCCTGTCTATCCTGGAATTC  1068


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |