BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265N17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 29,113,522 - 29,250,331
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041135
Upstream genePrl4a1, Prl5a1, LOC100042388, LOC100042393, LOC100042399, Ppia-ps13_297.1, LOC626683, 2610307P16Rik, Sox4
Downstream geneCdkal1, E2f3, Mboat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265N17.bB6Ng01-265N17.g
ACCGA069400GA069401
length1,130854
definitionB6Ng01-265N17.b B6Ng01-265N17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,249,205 - 29,250,331)(29,113,522 - 29,114,371)
sequence
gaattctccagtttcattccaagttcacccaggtagagctcctgatttgg
gtggttttggggttgggcggctagctgtgtttgaacaagcctggcagaga
ttcagaggcagctccaatttggaagctaggcccctgaggacaaggaagtc
aggatttgataacatgctctgtcctggcttgagctccgtgcaggtggatg
agtttacacaggctcatcctccgcaagaagacatccctcagagaggccga
cttagttccccttcgtatcttagacccttaccccttcctgtcaactgacc
ctttcctcagagtgacttttcacactctgcttaaaatgaccaaataacca
gtcctagaggacaagatctagagctcagatgacggtgaagagtctcgtgg
gatgaaaaacatgcagtttgtgttggaatgaagccacatacctgagcttc
ttggtccctgatagcgagaggaagaagatggcggccaagactggagagat
taccttgaagtcagggaagctcaagtattggctagaacacagttggattt
aagccttatttgtctgcaatctaaggtttagcaaagcctggcgtagaagc
agatttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcacacgcgcatgcgtgtgt
atgtgaatgtgtgtacctgtgtatgtgtgtgtgtatgcatgtgctctcac
gtgtacacgtgcacatgtgtgttgtgtagcggtcagagaatagcctctgg
tgttgttcttcagttgctgctccacttgttgggttttcgttgtcactgtt
gtcgttggaagcatgaaaggtctctcactggcctggaaactcgccaagac
taagctggctgatcccgtgagccccaggaactagccagtttccacttgct
cagtgctggctgtttacattacaaacacacagggttttcattttattctt
tttgtttgtttttgttttgtaaaacatattgctctgggagctgggactca
gtctttgtgattgcaagcaagcactttttcagctgctgccccaagtccct
gatcttccttacagtgaatcaagatcatcttctgaccgaacatacaggca
cacctggcagagggctcagtactgctgcat

gaattctttaaaaaaaaaaatcacacagtgatatactgttaaatactgaa
gtttgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgttataccttctgtattctgcatc
tcttctaggttgtgatttttacaggctttttgagttcattatttaaggtt
tgtttttaattgtaattatgtccatatgtctgtgagtgtattaactgtga
gttctggcacctggggagatgagaggttcaagttgagctggggttattgg
aggttgggagccacacagtgcaggggctgggaattgctcttaatactgac
ctgttgctctagccccgaagttcgtttttaagttcccaaccagaaagtct
atggagacagaccacagtcattagtttccttgtttgtttaatgttttgga
gaaagtgcaagagatatgtgattgcacgtgtatacatataaacacacacc
acacatataaacacatctaatctaaaacatgtacctgtgtatgtgcacac
acatacattcttgtactgggctaaggaatagcatgatgaaaataacagag
gaataagaaaaaaaatgggaaaatatacagcagcataaggaagatgaccc
caaccaatgtcctcttgctttttaagacaagcactgagtctgtcattcaa
tcttgtacatgtaagtacactctgagactgttactacatttcatattctg
tgttgtaaatggcctaaacatttagtatatcaaggatatgggttagggat
atactccagttatttatagtgcttacctgacacgcataaggtcctggggt
ccatcccctagaacttacaaactaactaaactgacttactgactaactaa
ctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_29249205_29250331
seq2: B6Ng01-265N17.b_49_1178 (reverse)

seq1  ATGCAGCAGTACTGAGGCCCTCTGCCAGGTGTGCCTGGTATGGTCCGTTC  50
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || || ||
seq2  ATGCAGCAGTACTGA-GCCCTCTGCCAGGTGTGCCT-GTAT-GTTCGGTC  47

seq1  AG-AGATGATCTTGATTCAACTGTAAGGGAGATCAGGGACTTGGGGGCAG  99
      || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  AGAAGATGATCTTGATTC-ACTGTAAGGAAGATCAGGGACTT-GGGGCAG  95

seq1  CAGCCTGAAAAGTGCTTGCTTTGCAACCACAAAGACCTGAGTTCCAGCT-  148
      ||||   |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||| 
seq2  CAGCTGAAAAAGTGCTTGC-TTGCAATCACAAAGA-CTGAGTCCCAGCTC  143

seq1  CCAGAGC-ATATG-TTTACAAAACAAAAACAAACAAAAAGA--TAAATG-  193
      ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||| 
seq2  CCAGAGCAATATGTTTTACAAAACAAAAACAAACAAAAAGAATAAAATGA  193

seq1  AAACCCTGTGTGTTTGTAATGTAAACAGCCAGCACTGAGCAAGTGGAAAC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTGTGTGTTTGTAATGTAAACAGCCAGCACTGAGCAAGTGGAAAC  243

seq1  TGGCTAGTTCCTGGGGCTCAC-GGATCAGCCAGCTTAGTCTTGGCGAG-T  291
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGGCTAGTTCCTGGGGCTCACGGGATCAGCCAGCTTAGTCTTGGCGAGTT  293

seq1  TCCAGGCCAGTGAGAGACC-TTCATGCTTCCAACGACAACAGTGACAACG  340
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCCAGTGAGAGACCTTTCATGCTTCCAACGACAACAGTGACAACG  343

seq1  AAAACCCAACAAGTGGAGCAGCAACTGAAGAACAACACCAGAGGCTATTC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCAACAAGTGGAGCAGCAACTGAAGAACAACACCAGAGGCTATTC  393

seq1  TCTGACCGCTACACAACACACATGTGCACGTGTACACGTGAGAGCACATG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCGCTACACAACACACATGTGCACGTGTACACGTGAGAGCACATG  443

seq1  CATACACACACACATACACAGGTACACACATTCACATACACACGCATGCG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACACACACATACACAGGTACACACATTCACATACACACGCATGCG  493

seq1  CGTGTGCACACACACACACACACACACACACAAATCTGCTTCTACGCCAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGCACACACACACACACACACACACACAAATCTGCTTCTACGCCAG  543

seq1  GCTTTGCTAAACCTTAGATTGCAGACAAATAAGGCTTAAATCCAACTGTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCTAAACCTTAGATTGCAGACAAATAAGGCTTAAATCCAACTGTG  593

seq1  TTCTAGCCAATACTTGAGCTTCCCTGACTTCAAGGTAATCTCTCCAGTCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCCAATACTTGAGCTTCCCTGACTTCAAGGTAATCTCTCCAGTCT  643

seq1  TGGCCGCCATCTTCTTCCTCTCGCTATCAGGGACCAAGAAGCTCAGGTAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCGCCATCTTCTTCCTCTCGCTATCAGGGACCAAGAAGCTCAGGTAT  693

seq1  GTGGCTTCATTCCAACACAAACTGCATGTTTTTCATCCCACGAGACTCTT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTCATTCCAACACAAACTGCATGTTTTTCATCCCACGAGACTCTT  743

seq1  CACCGTCATCTGAGCTCTAGATCTTGTCCTCTAGGACTGGTTATTTGGTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTCATCTGAGCTCTAGATCTTGTCCTCTAGGACTGGTTATTTGGTC  793

seq1  ATTTTAAGCAGAGTGTGAAAAGTCACTCTGAGGAAAGGGTCAGTTGACAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGCAGAGTGTGAAAAGTCACTCTGAGGAAAGGGTCAGTTGACAG  843

seq1  GAAGGGGTAAGGGTCTAAGATACGAAGGGGAACTAAGTCGGCCTCTCTGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGTAAGGGTCTAAGATACGAAGGGGAACTAAGTCGGCCTCTCTGA  893

seq1  GGGATGTCTTCTTGCGGAGGATGAGCCTGTGTAAACTCATCCACCTGCAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTCTTCTTGCGGAGGATGAGCCTGTGTAAACTCATCCACCTGCAC  943

seq1  GGAGCTCAAGCCAGGACAGAGCATGTTATCAAATCCTGACTTCCTTGTCC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCAAGCCAGGACAGAGCATGTTATCAAATCCTGACTTCCTTGTCC  993

seq1  TCAGGGGCCTAGCTTCCAAATTGGAGCTGCCTCTGAATCTCTGCCAGGCT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGGCCTAGCTTCCAAATTGGAGCTGCCTCTGAATCTCTGCCAGGCT  1043

seq1  TGTTCAAACACAGCTAGCCGCCCAACCCCAAAACCACCCAAATCAGGAGC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAAACACAGCTAGCCGCCCAACCCCAAAACCACCCAAATCAGGAGC  1093

seq1  TCTACCTGGGTGAACTTGGAATGAAACTGGAGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTGGGTGAACTTGGAATGAAACTGGAGAATTC  1130


seq1: chr13_29113522_29114371
seq2: B6Ng01-265N17.g_67_919

seq1  GAATTCTTTAAAAAAAAAAATCACACAGTGATATACTGTTAAATACTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAAAAAAAAATCACACAGTGATATACTGTTAAATACTGAA  50

seq1  GTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTTATACCTTCTGTATTCTGCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTTATACCTTCTGTATTCTGCATC  100

seq1  TCTTCTAGGTTGTGATTTTTACAGGCTTTTTGAGTTCATTATTTAAGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAGGTTGTGATTTTTACAGGCTTTTTGAGTTCATTATTTAAGGTT  150

seq1  TGTTTTTAATTGTAATTATGTCCATATGTCTGTGAGTGTATTAACTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTAATTGTAATTATGTCCATATGTCTGTGAGTGTATTAACTGTGA  200

seq1  GTTCTGGCACCTGGGGAGATGAGAGGTTCAAGTTGAGCTGGGGTTATTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGCACCTGGGGAGATGAGAGGTTCAAGTTGAGCTGGGGTTATTGG  250

seq1  AGGTTGGGAGCCACACAGTGCAGGGGCTGGGAATTGCTCTTAATACTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGGAGCCACACAGTGCAGGGGCTGGGAATTGCTCTTAATACTGAC  300

seq1  CTGTTGCTCTAGCCCCGAAGTTCGTTTTTAAGTTCCCAACCAGAAAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTCTAGCCCCGAAGTTCGTTTTTAAGTTCCCAACCAGAAAGTCT  350

seq1  ATGGAGACAGACCACAGTCATTAGTTTCCTTGTTTGTTTAATGTTTTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGACAGACCACAGTCATTAGTTTCCTTGTTTGTTTAATGTTTTGGA  400

seq1  GAAAGTGCAAGAGATATGTGATTGCACGTGTATACATATAAACACACACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGCAAGAGATATGTGATTGCACGTGTATACATATAAACACACACC  450

seq1  ACACATATAAACACATCTAATCTAAAACATGTACCTGTGTATGTGCACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATAAACACATCTAATCTAAAACATGTACCTGTGTATGTGCACAC  500

seq1  ACATACATTCTTGTACTGGGCTAAGGAATAGCATGATGAAAATAACAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATTCTTGTACTGGGCTAAGGAATAGCATGATGAAAATAACAGAG  550

seq1  GAATAAGAAAAAAAATGGGAAAATATACAGCAGCATAAGGAAGATGACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGAAAAAAAATGGGAAAATATACAGCAGCATAAGGAAGATGACCC  600

seq1  CAACCAATGTCCTCTTGCTTTTTAAGACAAGCACTGAGTCTGTCATTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAATGTCCTCTTGCTTTTTAAGACAAGCACTGAGTCTGTCATTCAA  650

seq1  TCTTGTACATGTAAGTACACTCTGAGACTGTTACTACATTTCATATTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTACATGTAAGTACACTCTGAGACTGTTACTACATTTCATATTCTG  700

seq1  TGTTGTAAATGGCCTAAACATTTAGTATATCAAGGATATGGGTTAGGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTAAATGGCCTAAACATTTAGTATATCAAGGATATGGGTTAGGGAT  750

seq1  ATACTCCAGTTA-TTATAGTGCTTACCTGACATGCATAAGGCCCT-GGGT  798
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||
seq2  ATACTCCAGTTATTTATAGTGCTTACCTGACACGCATAAGGTCCTGGGGT  800

seq1  CCAATCCCTAGAACTGCCAAACTAACT-AACTGACTAACTGACTAACTAA  847
      |||  ||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  CCATCCCCTAGAACTTACAAACTAACTAAACTGACTTACTGACTAACTAA  850

seq1  CTA  850
      |||
seq2  CTA  853


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |