BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268I22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 6,217,440 - 6,325,104
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039395
Upstream gene1700016G22Rik, Klf6, LOC100039388
Downstream genePitrm1, Pfkp, LOC100039532, LOC667611
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268I22.bB6Ng01-268I22.g
ACCGA071383GA071384
length1,1291,120
definitionB6Ng01-268I22.b B6Ng01-268I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,217,440 - 6,218,575)(6,323,980 - 6,325,104)
sequence
gaattccttctttcctacattgcgtttgtcagagattttgccacagcaat
gaaaaatatgatacaagctatcaggccatgtgcagataaactacattttt
tgtcttattgtttttcctattcatcttaacaaagagtagaataaactttc
ttatttttagaagactgagtcaagggcaggtaagtaatttggcacagaga
agactctacaactcctgggcttggccaggcagggagtgtaagtggaagac
agctcacacaagacaggaaaagacataaagactttgactgtggagagcta
gtaggatcccttggtgtcattaggagaaattttaaagcaggcttctgatt
aagaaaggcgatttctgctaaaatatagacatcaagtagtatgtcagaaa
gtcaaaaagaccttgaatattttcatgatccaaatgttaacatttactta
agccactaatgaaagttaaaatttagttaaaattcaaaccttatgcattc
tctggagccttatattacacatttcactactttgaaagcaaaacttttta
gccctttggatattttctagaatattaaaggagggacctgcttgtaaaag
ggatctatcaagacaggagacttaattcggggctagtatttgatggctca
gtgggtaagagagcttgctgtataagtaagaggcttaatttcaaattcca
gtgtccatgcaaaaaccctgcttggctgcacatgcctctaactccactgt
tagggcataagtgaacagtaacagacagactctgagagggagtgaactga
aataagctttcatttcaatgagatactatgttaaaaataataaggtagat
agagtgatatctaatctctacttgcattcatagaggtacgtacacacaca
aatgtgcatatgctacactcatatcacacacacagcaaagcaaaatttat
aaactatgcaaaagcaattagtgcttcctctcatttgtaccatttaggga
tttatcaggtcttgtggctgtcacttagctatcaccaaaagagtttgctt
tctgtgcaagacagagcctttaaaattctcccgtcagcaattgtagagtt
tgtccacttccctctaaacaagccttaga

gaattcagcgatagagggctgacttagcacacataaaaccctgagtttga
tcctctgcattgcagcaaaatatcatgataatgaaggtaaaatgctgcat
gagttttaaaatctgcatgggggcaataggaccccaggagccttcaagtc
taaataaaggtgcagattctagaaagagacaaagcatagtcgtgtgagtg
cagtggctgaggagtgggctcagggagacacatactccctacaggtcctg
gcatttggtctgctgtggaactgaaatcacctctgactttttcctggagg
tcataatgtcatagatgttactgtgctcagtgcctttaaaaatgaggaat
gttagttccttctgtctaacaagagaagagatggtgggatagggagtaga
ggacaggacagttgattcttaaataaatttccctgggtagcacagcagaa
caataaaagcagcttccatcaagaaagaactgggttcaaattctatgtta
gctttaaaggtttcttagccactcctggagatcagttgtgcgaatgtctc
cacttacttccatatctaatataagtgtgtgtctgctggtgaggctatat
gaataatatccactttatggagatttgcaagcactaaatccatatacaca
gaagtcttagcagggtaatcatttgtactcaataaacaaaaccgtaatat
tttctttatcatgctaatccctagtcatcaagaaaataacagagaattat
aagcccaggggaatgggatcagtgtagaacacttactgtgcctttaaaga
aaggtttcatttaagagccttagagataaagtacatggtctgaagcatat
taactgtttttctctttaaaccacagaattaactcgtgagctgggctttg
aaataacatcttggatatcaggaatttcttaatacttttgactaggaggc
acagggccctgatatccactgggcattctactggcaggaaaaacgtatgt
tttcggagatgattgtggcctcagctctccttagcttggcatctgatttg
agaaggaagattcagggtactggggttgcagaatcagcaaatgaacaaca
tagattttgcaagatatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_6217440_6218575
seq2: B6Ng01-268I22.b_46_1174

seq1  GAATTCCTTCTTTCCTACATTGCGTTTGTCAGAGATTTTGCCACAGCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTTTCCTACATTGCGTTTGTCAGAGATTTTGCCACAGCAAT  50

seq1  GAAAAATATGATACAAGCTATCAGGCCATGTGCAGATAAACTACATTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATATGATACAAGCTATCAGGCCATGTGCAGATAAACTACATTTTT  100

seq1  TGTCTTATTGTTTTTCCTATTCATCTTAACAAAGAGTAGAATAAACTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTATTGTTTTTCCTATTCATCTTAACAAAGAGTAGAATAAACTTTC  150

seq1  TTATTTTTAGAAGACTGAGTCAAGGGCAGGTAAGTAATTTGGCACAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTAGAAGACTGAGTCAAGGGCAGGTAAGTAATTTGGCACAGAGA  200

seq1  AGACTCTACAACTCCTGGGCTTGGCCAGGCAGGGAGTGTAAGTGGAAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTACAACTCCTGGGCTTGGCCAGGCAGGGAGTGTAAGTGGAAGAC  250

seq1  AGCTCACACAAGACAGGAAAAGACATAAAGACTTTGACTGTGGAGAGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACACAAGACAGGAAAAGACATAAAGACTTTGACTGTGGAGAGCTA  300

seq1  GTAGGATCCCTTGGTGTCATTAGGAGAAATTTTAAAGCAGGCTTCTGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATCCCTTGGTGTCATTAGGAGAAATTTTAAAGCAGGCTTCTGATT  350

seq1  AAGAAAGGCGATTTCTGCTAAAATATAGACATCAAGTAGTATGTCAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGCGATTTCTGCTAAAATATAGACATCAAGTAGTATGTCAGAAA  400

seq1  GTCAAAAAGACCTTGAATATTTTCATGATCCAAATGTTAACATTTACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAAAGACCTTGAATATTTTCATGATCCAAATGTTAACATTTACTTA  450

seq1  AGCCACTAATGAAAGTTAAAATTTAGTTAAAATTCAAACCTTATGCATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTAATGAAAGTTAAAATTTAGTTAAAATTCAAACCTTATGCATTC  500

seq1  TCTGGAGCCTTATATTACACATTTCACTACTTTGAAAGCAAAACTTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGCCTTATATTACACATTTCACTACTTTGAAAGCAAAACTTTTTA  550

seq1  GCCCTTTGGATATTTTCTAGAATATTAAAGGAGGGACCTGCTTGTAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTGGATATTTTCTAGAATATTAAAGGAGGGACCTGCTTGTAAAAG  600

seq1  GGATCTATCAAGACAGGAGACTTAATTCGGGGCTAGTATTTGATGGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTATCAAGACAGGAGACTTAATTCGGGGCTAGTATTTGATGGCTCA  650

seq1  GTGGGTAAGAGAGCTTGCTGTATAAGTAAGAGGCTTAATTTCAAATTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAAGAGAGCTTGCTGTATAAGTAAGAGGCTTAATTTCAAATTCCA  700

seq1  GTGTCCATGCAAAAACCCTGCTTGGCTGCACATGCCTCTAACTCCACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCATGCAAAAACCCTGCTTGGCTGCACATGCCTCTAACTCCACTGT  750

seq1  TAGGGCATAAGTGAACAGTAACAGACAGACTCTGAGAGGGAGTGAACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCATAAGTGAACAGTAACAGACAGACTCTGAGAGGGAGTGAACTGA  800

seq1  AATAAGCTTTCATTTCAATGAGATACTATGTTAAAAATAATAAGGTAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCTTTCATTTCAATGAGATACTATGTTAAAAATAATAAGGTAGAT  850

seq1  AGAGTGATATCTAATCTCTACTTGCATTCATAGAGGTACGTACACACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGATATCTAATCTCTACTTGCATTCATAGAGGTACGTACACACACA  900

seq1  AATGTGCATATGCTACACTCATATCACACACACAGCAAAAGCAAAATTTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATGTGCATATGCTACACTCATATCACACACACAGC-AAAGCAAAATTTA  949

seq1  TAAACTATGCAAAAGCAATTAGTGCTTCCCTCTCATTTGTACCATTTAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTATGCAAAAGCAATTAGTGCTT-CCTCTCATTTGTACCATTTAGG  998

seq1  GATTTATCAGGTCTTGTGGCTGTCACTTAGCTTATCACCCAAAGAGTTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  GATTTATCAGGTCTTGTGGCTGTCACTTAGC-TATCACCAAAAGAGTTTG  1047

seq1  CTTTCTGTTGCCAAGAACAGAGCCTTAAAAATTCTTCCCGTCAGC-ATTG  1099
      ||||||||   |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||
seq2  CTTTCTGT--GCAAG-ACAGAGCCTTTAAAATTC-TCCCGTCAGCAATTG  1093

seq1  TAGAAGTTTGTCAACCTCCCCTCT-AACAAGCCCTAGA  1136
      ||| |||||||| | || |||||| |||||||| ||||
seq2  TAG-AGTTTGTCCA-CTTCCCTCTAAACAAGCCTTAGA  1129


seq1: chr13_6323980_6325104
seq2: B6Ng01-268I22.g_64_1183 (reverse)

seq1  TATATAACTTGCAAAAATCTATGTTG-TCATTTGCTGATTCTGCAA-CCC  48
      |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  TATATATCTTGC-AAAATCTATGTTGTTCATTTGCTGATTCTGCAACCCC  49

seq1  AGTACCCCTGATTCTTCCTTCTCAAATTCAGATGCCAAGGCCTAAAGGAG  98
      |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||
seq2  AGTA-CCCTGAATCTTCCTTCTCAAA-TCAGATGCCAAG--CT-AAGGAG  94

seq1  AGCTGAGGCCACAATCATCTCCGAAAACATACGTTTTTTCCTGCCAGTAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGGCCACAATCATCTCCGAAAACATACG-TTTTTCCTGCCAGTAG  143

seq1  AATGCCCAGTGGATATCAGGGCCCTGTGCCTCCTAGTCAAAAGTATTAAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCCAGTGGATATCAGGGCCCTGTGCCTCCTAGTCAAAAGTATTAAG  193

seq1  AAATTCCTGATATCCAAGATGTTATTTCAAAGCCCAGCTCACGAGTTAAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCTGATATCCAAGATGTTATTTCAAAGCCCAGCTCACGAGTTAAT  243

seq1  TCTGTGGTTTAAAGAGAAAAACAGTTAATATGCTTCAGACCATGTACTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTTTAAAGAGAAAAACAGTTAATATGCTTCAGACCATGTACTTT  293

seq1  ATCTCTAAGGCTCTTAAATGAAACC-TTCTTTAAAGGCACAGTAAGTGTT  347
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAGGCTCTTAAATGAAACCTTTCTTTAAAGGCACAGTAAGTGTT  343

seq1  CTACACTGATCCCATTCCCCTGGGCTTATAATTCTCTGTTATTTTTCTTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTACACTGATCCCATTCCCCTGGGCTTATAATTCTCTGTTA-TTTTCTTG  392

seq1  ATGACTAGGGATTAGCATGATAAAGAAAATATTACGGTTTTGTTTATTGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTAGGGATTAGCATGATAAAGAAAATATTACGGTTTTGTTTATTGA  442

seq1  GTACAAATGATTACCCTGCTAAGACTTCTGTGTATATGGATTTAGTGCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAATGATTACCCTGCTAAGACTTCTGTGTATATGGATTTAGTGCTT  492

seq1  GCAAATCTCCATAAAGTGGATATTATTCATATAGCCTCACCAGCAGACAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATCTCCATAAAGTGGATATTATTCATATAGCCTCACCAGCAGACAC  542

seq1  ACACTTATATTAGATATGGAAGTAAGTGGAGACATTCGCACAACTGATCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTATATTAGATATGGAAGTAAGTGGAGACATTCGCACAACTGATCT  592

seq1  CCAGGAGTGGCTAAGAAACCTTTAAAGCTAACATAGAATTTGAACCCAGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGTGGCTAAGAAACCTTTAAAGCTAACATAGAATTTGAACCCAGT  642

seq1  TCTTTCTTGATGGAAGCTGCTTTTATTGTTCTGCTGTGCTACCCAGGGAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTGATGGAAGCTGCTTTTATTGTTCTGCTGTGCTACCCAGGGAA  692

seq1  ATTTATTTAAGAATCAACTGTCCTGTCCTCTACTCCCTATCCCACCATCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTAAGAATCAACTGTCCTGTCCTCTACTCCCTATCCCACCATCT  742

seq1  CTTCTCTTGTTAGACAGAAGGAACTAACATTCCTCATTTTTAAAGGCACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTGTTAGACAGAAGGAACTAACATTCCTCATTTTTAAAGGCACT  792

seq1  GAGCACAGTAACATCTATGACATTATGACCTCCAGGAAAAAGTCAGAGGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGTAACATCTATGACATTATGACCTCCAGGAAAAAGTCAGAGGT  842

seq1  GATTTCAGTTCCACAGCAGACCAAATGCCAGGACCTGTAGGGAGTATGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCAGTTCCACAGCAGACCAAATGCCAGGACCTGTAGGGAGTATGTG  892

seq1  TCTCCCTGAGCCCACTCCTCAGCCACTGCACTCACACGACTATGCTTTGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGAGCCCACTCCTCAGCCACTGCACTCACACGACTATGCTTTGT  942

seq1  CTCTTTCTAGAATCTGCACCTTTATTTAGACTTGAAGGCTCCTGGGGTCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTAGAATCTGCACCTTTATTTAGACTTGAAGGCTCCTGGGGTCC  992

seq1  TATTGCCCCCATGCAGATTTTAAAACTCATGCAGCATTTTACCTTCATTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCCCCCATGCAGATTTTAAAACTCATGCAGCATTTTACCTTCATTA  1042

seq1  TCATGATATTTTGCTGCAATGCAGAGGATCAAACTCAGGGTTTTATGTGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATATTTTGCTGCAATGCAGAGGATCAAACTCAGGGTTTTATGTGT  1092

seq1  GCTAAGTCAGCCCTCTATCGCTGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTCAGCCCTCTATCGCTGAATTC  1120


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |