BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268P05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 29,113,522 - 29,281,990
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041135
Upstream genePrl4a1, Prl5a1, LOC100042388, LOC100042393, LOC100042399, Ppia-ps13_297.1, LOC626683, 2610307P16Rik, Sox4
Downstream geneCdkal1, E2f3, Mboat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268P05.bB6Ng01-268P05.g
ACCGA071678GA071679
length7741,102
definitionB6Ng01-268P05.b B6Ng01-268P05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,113,522 - 29,114,294)(29,280,894 - 29,281,990)
sequence
gaattctttaaaaaaaaaaatcacacagtgatatactgttaaatactgaa
gtttgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgttataccttctgtattctgcatc
tcttctaggttgtgatttttacaggctttttgagttcattatttaaggtt
tgtttttaattgtaattatgtccatatgtctgtgagtgtattaactgtga
gttctggcacctggggagatgagaggttcaagttgagctggggttattgg
aggttgggagccacacagtgcaggggctgggaattgctcttaatactgac
ctgttgctctagccccgaagttcgtttttaagttcccaaccagaaagtct
atggagacagaccacagtcattagtttccttgtttgtttaatgttttgga
gaaagtgcaagagatatgtgattgcacgtgtatacatataaacacacacc
acacatataaacacatctaatctaaaacatgtacctgtgtatgtgcacac
acatacattcttgtactgggctaaggaatagcatgatgaaaataacagag
gaataagaaaaaaaatgggaaaatatacagcagcataaggaagatgaccc
caaccaatgtcctcttgctttttaagacaagcactgagtctgtcattcaa
tcttgtacatgtaagtacactctgagactgtttactacatttcatattct
gtgttgtaaatggcctaaacatttagtatatcaaggatatgggttaggga
tatactccagttattatagtgctt

gaattctttaggagctgacaagtctctgctcaggtctaggaagacactca
gaaggtcaagtgcttgccatgggaccgtgagcacctacaccagaacctat
gtaagaagccaagcgtggtgatgcgtgttaatagtgtcagcactggagag
gcagaggcgagtagcagctccttggagcttactggccagccaccctaacc
tactggccaagttacaaaccagtgagagattctgtctttaaaaacaagag
aatgtcacctgaggaaaaacaccaaggttgactcctgacctctatacata
tatgtgtgcatatgtacccacacatgaactgaatgtccacagacactgtg
tgagtatcatgtgacatgttggtgcttacatatttactcactgagactta
accattaaaccatgttatcccctaaagatgtccccagcagccacaaatct
atcatgaaatatatcatggcaataaaagtggcttgtgacaggcaagctgc
cactgaagtgtgtaaaataattttttaaaactgggttaaaacagtaggag
gcatgattgtctaccagaaataaatgacagttggaggtcgtcaaatatag
atagtttcccactcctgtatggtcaatgaactattatttttagtgttctc
tctgtctctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgcatttgtgtgtaatta
cacaacatctcaacagtgccccccccttgactccatatcttgcccagaat
ttctttgtattcaaatctaatgtttagtaaagagatcaggaatggatggg
ttgatatgttgacccaccaaaatggattataaatgaattgatagagttgg
ggataagaaaggagaaaactctgaggaaataaagcatacttccacagtct
ttatagagctccttgcttatgtgaaattggctgtaactttaccctaatat
tggccagtcacaattaattataatatcactctttgagtagccctgttaat
gcacacagcagcatgctggaggctctttctcattaccactcaattatcac
accttctccctggggggaagtattaagcacttctcttgtttacagaataa
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_29113522_29114294
seq2: B6Ng01-268P05.b_47_820

seq1  GAATTCTTTAAAAAAAAAAATCACACAGTGATATACTGTTAAATACTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAAAAAAAAATCACACAGTGATATACTGTTAAATACTGAA  50

seq1  GTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTTATACCTTCTGTATTCTGCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTTATACCTTCTGTATTCTGCATC  100

seq1  TCTTCTAGGTTGTGATTTTTACAGGCTTTTTGAGTTCATTATTTAAGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAGGTTGTGATTTTTACAGGCTTTTTGAGTTCATTATTTAAGGTT  150

seq1  TGTTTTTAATTGTAATTATGTCCATATGTCTGTGAGTGTATTAACTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTAATTGTAATTATGTCCATATGTCTGTGAGTGTATTAACTGTGA  200

seq1  GTTCTGGCACCTGGGGAGATGAGAGGTTCAAGTTGAGCTGGGGTTATTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGCACCTGGGGAGATGAGAGGTTCAAGTTGAGCTGGGGTTATTGG  250

seq1  AGGTTGGGAGCCACACAGTGCAGGGGCTGGGAATTGCTCTTAATACTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGGAGCCACACAGTGCAGGGGCTGGGAATTGCTCTTAATACTGAC  300

seq1  CTGTTGCTCTAGCCCCGAAGTTCGTTTTTAAGTTCCCAACCAGAAAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTCTAGCCCCGAAGTTCGTTTTTAAGTTCCCAACCAGAAAGTCT  350

seq1  ATGGAGACAGACCACAGTCATTAGTTTCCTTGTTTGTTTAATGTTTTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGACAGACCACAGTCATTAGTTTCCTTGTTTGTTTAATGTTTTGGA  400

seq1  GAAAGTGCAAGAGATATGTGATTGCACGTGTATACATATAAACACACACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGCAAGAGATATGTGATTGCACGTGTATACATATAAACACACACC  450

seq1  ACACATATAAACACATCTAATCTAAAACATGTACCTGTGTATGTGCACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATAAACACATCTAATCTAAAACATGTACCTGTGTATGTGCACAC  500

seq1  ACATACATTCTTGTACTGGGCTAAGGAATAGCATGATGAAAATAACAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATTCTTGTACTGGGCTAAGGAATAGCATGATGAAAATAACAGAG  550

seq1  GAATAAGAAAAAAAATGGGAAAATATACAGCAGCATAAGGAAGATGACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGAAAAAAAATGGGAAAATATACAGCAGCATAAGGAAGATGACCC  600

seq1  CAACCAATGTCCTCTTGCTTTTTAAGACAAGCACTGAGTCTGTCATTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAATGTCCTCTTGCTTTTTAAGACAAGCACTGAGTCTGTCATTCAA  650

seq1  TCTTGTACATGTAAGTACACTCTGAGACTG-TTACTACATTTCATATTCT  699
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTACATGTAAGTACACTCTGAGACTGTTTACTACATTTCATATTCT  700

seq1  GTGTTGTAAATGGCCTAAACATTTAGTATATCAAGGATATGGGTTAGGGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTAAATGGCCTAAACATTTAGTATATCAAGGATATGGGTTAGGGA  750

seq1  TATACTCCAGTTATTATAGTGCTT  773
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCCAGTTATTATAGTGCTT  774


seq1: chr13_29280894_29281990
seq2: B6Ng01-268P05.g_68_1169 (reverse)

seq1  CCTTA-TCTGTAAAACAGAG-AGTGC-TAATACCT-CCCCCAGGGAGAAG  46
      ||||| ||||||||  |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||
seq2  CCTTATTCTGTAAACAAGAGAAGTGCTTAATACTTCCCCCCAGGGAGAAG  50

seq1  GTGTGATTAATTGAGTGGTTAATGAGAAAGAGCCTCCAGCATGCTGCTGT  96
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGA-TAATTGAGTGG-TAATGAGAAAGAGCCTCCAGCATGCTGCTGT  98

seq1  GTGCATTAACA-GGCTACTCAAAGAGTTGATATTATTATTAATTGTGACT  145
      ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  GTGCATTAACAGGGCTACTCAAAGAG-TGATATTATAATTAATTGTGACT  147

seq1  GGCCAATATTAGGGTAAAGTTACAGCCAATTTCACAT-AGCAAGGAGCTC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGCCAATATTAGGGTAAAGTTACAGCCAATTTCACATAAGCAAGGAGCTC  197

seq1  TAT-AAGACTGTGGAAGTATGCTTTATTTCCTCAGAGTTTTCTCCTTTCT  243
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGACTGTGGAAGTATGCTTTATTTCCTCAGAGTTTTCTCCTTTCT  247

seq1  TATCCCCAACTCTATC-ATTCATTTATAATCCATTTTGGTGGGTCAACAT  292
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCCAACTCTATCAATTCATTTATAATCCATTTTGGTGGGTCAACAT  297

seq1  ATCAACCCATCCATTCCTGATCTCTTTACTAAACATTAGATTTGAATACA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCCATCCATTCCTGATCTCTTTACTAAACATTAGATTTGAATACA  347

seq1  AAGAAATTCTGGGCAAGATATGGAGTCAAGGGGGGGGCACTGTTGAGATG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATTCTGGGCAAGATATGGAGTCAAGGGGGGGGCACTGTTGAGATG  397

seq1  TTGTGTAATTACACACAAATGCACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAATTACACACAAATGCACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAG  447

seq1  ACAGAGAGAACACTAAAAATAATAGTTCATTGACCATACAGGAGTGGGAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGAACACTAAAAATAATAGTTCATTGACCATACAGGAGTGGGAA  497

seq1  ACTATCTATATTTGACGACCTCCAACTGTCATTTATTTCTGGTAGACAAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTATATTTGACGACCTCCAACTGTCATTTATTTCTGGTAGACAAT  547

seq1  CATGCCTCCTACTGTTTTAACCCAGTTTTAAAAAATTATTTTACACACTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTCCTACTGTTTTAACCCAGTTTTAAAAAATTATTTTACACACTT  597

seq1  CAGTGGCAGCTTGCCTGTCACAAGCCACTTTTATTGCCATGATATATTTC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCAGCTTGCCTGTCACAAGCCACTTTTATTGCCATGATATATTTC  647

seq1  ATGATAGATTTGTGGCTGCTGGGGACATCTTTAGGGGATAACATGGTTTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGATTTGTGGCTGCTGGGGACATCTTTAGGGGATAACATGGTTTA  697

seq1  ATGGTTAAGTCTCAGTGAGTAAATATGTAAGCACCAACATGTCACATGAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTAAGTCTCAGTGAGTAAATATGTAAGCACCAACATGTCACATGAT  747

seq1  ACTCACACAGTGTCTGTGGACATTCAGTTCATGTGTGGGTACATATGCAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACAGTGTCTGTGGACATTCAGTTCATGTGTGGGTACATATGCAC  797

seq1  ACATATATGTATAGAGGTCAGGAGTCAACCTTGGTGTTTTTCCTCAGGTG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATGTATAGAGGTCAGGAGTCAACCTTGGTGTTTTTCCTCAGGTG  847

seq1  ACATTCTCTTGTTTTTAAAGACAGAATCTCTCACTGGTTTGTAACTTGGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTCTTGTTTTTAAAGACAGAATCTCTCACTGGTTTGTAACTTGGC  897

seq1  CAGTAGGTTAGGGTGGCTGGCCAGTAAGCTCCAAGGAGCTGCTACTCGCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGTTAGGGTGGCTGGCCAGTAAGCTCCAAGGAGCTGCTACTCGCC  947

seq1  TCTGCCTCTCCAGTGCTGACACTATTAACACGCATCACCACGCTTGGCTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCTCCAGTGCTGACACTATTAACACGCATCACCACGCTTGGCTT  997

seq1  CTTACATAGGTTCTGGTGTAGGTGCTCACGGTCCCATGGCAAGCACTTGA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATAGGTTCTGGTGTAGGTGCTCACGGTCCCATGGCAAGCACTTGA  1047

seq1  CCTTCTGAGTGTCTTCCTAGACCTGAGCAGAGACTTGTCAGCTCCTAAAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGAGTGTCTTCCTAGACCTGAGCAGAGACTTGTCAGCTCCTAAAG  1097

seq1  AATTC  1097
      |||||
seq2  AATTC  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |