BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269D12
Chromosome13 (Build37)
Map Location 12,758,659 - 12,899,459
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG238507, LOC100039744, EG630757, Prl2c3
Upstream geneRyr2, LOC100039678, Mtr, LOC100039826, Actn2, EG432725, Heatr1, LOC546246, Lgals8, LOC100039900, Edaradd, Ero1lb, LOC664862
Downstream geneLOC100039999, LOC100039754, Prl2c2, LOC434483, LOC674723, Prl2c5, LOC630611, LOC100039786, LOC385049, LOC630663, LOC100040108, Gpr137b, LOC664960, Nid1, Lyst, LOC100039831, Gng4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269D12.bB6Ng01-269D12.g
ACCGA071875GA071876
length1,1491,034
definitionB6Ng01-269D12.b B6Ng01-269D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,758,659 - 12,759,819)(12,898,442 - 12,899,459)
sequence
gaattcaataaaagacgttgttataggactggggaagaagggaatctgga
aagcctggggctcttcccaggagaagtggagatccaggaattaggaggca
atctggggagtcagtggaacccaaagccaagctgggtgtgacaacgaagg
cctgtgcttccagcacaccagaggcgatagcaggcagatcaacagttcaa
ggacagcctctgctacactgcaaatttgaggccagtttggactatgtgag
gccatgtctcaggaaccaggagaaagaatataaaatcaccctgtggcttc
agtggtgacctttaatacaggatgtcacctcaccacggcttggctgctgg
gacatgactgctaagggtccagcaagagcgccttattaggtagagagcaa
gaggcaacttgctgtgcccctgtgggtgagtgcagatgcgcttagtcagt
gagtcctggaagcagtggggtccacaagggaggaacaagaaatgcatggc
tgtgggcatggaaaccacagacaagaacaatccctgatttgccaaaagcc
tgtgagaatcccaactttctgcgccagtgaaccccagtcactatgaaaat
ggtggacgctggatatgtgtgcccatagcacaggatcccaggctcaggag
atcacatcaccccatacaactcaaacaaacttcaggcatagggttagccc
acagacagagtcgcttttgtaaggaacatctgagtctagaaacagtccca
taggtgagaacgtctattggcaggagagggtgagtatgtcactgggagaa
gtctcatcagaggagcttcctacttcaatctgtgggcaagtctcagccct
acttgtatacttctcctgggtgacgccccacactgagctgtccccacctc
cagaggtttccatatgttcctcttcttggttttagaggcaacaagattga
cacagttgcctggttgctcccatgggtctgggaaggctaagtagcagcta
accagtagtttaccgctaggctgaccagtagggcacgtcttcttttcact
gttgacctctgtgacgtttgtatatgctgacccagagttgcattattagg
ggtgtgccctgttgaatgggtgtgtcacctgtggcaagagcttgaatac
gaattcttttgcaatgttaaaaaggaaaaaaaaaagtatgcttcctgtct
cctaagaatcaaagggttgggtcttgggatgcttgtggattcataagata
atcaagaggaaagcctgcagtaaatgactggatggatatataaaataaaa
gactggacctcttttctgcagaagatgagctattcagataaattttttag
gattaaaaggacagaactggttggagaacatggacacacaagttaagact
ggtccttgcaccctcacctgatccctctttttcccatcccacctagcccc
agttcatcctcaaaatcaattgtccttccttcacagtgttgtgcccagat
tgcaaaatccccgaggagaccaccaagaaccacaactccaaagcaagcat
atgagagtctttagaaggcgtttgcaagccttgccattacatgattggta
agaggtttatgggaaagttgtttggtttgttttaggtgccaaggccacaa
cggctctggcccagctgggagaggagtaattagtaccctttgtggtattt
ccatgaactgctttgtgactcccaagggtcatcatttgggtgggggaggg
ttgctaggaagtggtatctactaagtgcagaaaaagtatgtatcaggact
ggtgactcccaacagctgcagctggccggatgtttcacacaggcacttgg
taatactcatgtttctggtcctctacttaggtctatcaccagcaagatcc
tcatgtttctcttccagaccttcctgttactttagcttttcttggtctgt
ggactgtaacatgtttggtcatttacttatagccaataaccacagggatg
tgttaatctttcctgtgatgatattctcaagatccatccactttgcatgt
aaattcatggatgttacctattgttaacagcagtgataatactccattgt
gtaactggaataaaattttatcagttcttccagtttaggtattttctcag
aatgtttcttaattttctggcctcttatgaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_12758659_12759819
seq2: B6Ng01-269D12.b_47_1195

seq1  GAATTCAATAAAAGACGTTGTTATAGGACTGGGGAAGAAGGGAATCTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAAAGACGTTGTTATAGGACTGGGGAAGAAGGGAATCTGGA  50

seq1  AAGCCTGGGGCTCTTCCCAGGAGAAGTGGAGATCCAGGAATTAGGAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGGGGCTCTTCCCAGGAGAAGTGGAGATCCAGGAATTAGGAGGCA  100

seq1  ATCTGGGGAGTCAGTGGAACCCAAAGCCAAGCTGGGTGTGACAACGAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGGAGTCAGTGGAACCCAAAGCCAAGCTGGGTGTGACAACGAAGG  150

seq1  CCTGTGCTTCCAGCACACCAGAGGCGATAGCAGGCAGATCAACAGTTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCTTCCAGCACACCAGAGGCGATAGCAGGCAGATCAACAGTTCAA  200

seq1  GGACAGCCTCTGCTACACTGCAAATTTGAGGCCAGTTTGGACTATGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCCTCTGCTACACTGCAAATTTGAGGCCAGTTTGGACTATGTGAG  250

seq1  GCCATGTCTCAGGAACCAGGAGAAAGAATATAAAATCACCCTGTGGCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTCTCAGGAACCAGGAGAAAGAATATAAAATCACCCTGTGGCTTC  300

seq1  AGTGGTGACCTTTAATACAGGATGTCACCTCACCACGGCTTGGCTGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGACCTTTAATACAGGATGTCACCTCACCACGGCTTGGCTGCTGG  350

seq1  GACATGACTGCTAAGGGTCCAGCAAGAGCGCCTTATTAGGTAGAGAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGACTGCTAAGGGTCCAGCAAGAGCGCCTTATTAGGTAGAGAGCAA  400

seq1  GAGGCAACTTGCTGTGCCCCTGTGGGTGAGTGCAGATGCGCTTAGTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAACTTGCTGTGCCCCTGTGGGTGAGTGCAGATGCGCTTAGTCAGT  450

seq1  GAGTCCTGGAAGCAGTGGGGTCCACAAGGGAGGAACAAGAAATGCATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTGGAAGCAGTGGGGTCCACAAGGGAGGAACAAGAAATGCATGGC  500

seq1  TGTGGGCATGGAAACCACAGACAAGAACAATCCCTGATTTGCCAAAAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCATGGAAACCACAGACAAGAACAATCCCTGATTTGCCAAAAGCC  550

seq1  TGTGAGAATCCCAACTTTCTGCGCCAGTGAACCCCAGTCACTATGAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGAATCCCAACTTTCTGCGCCAGTGAACCCCAGTCACTATGAAAAT  600

seq1  GGTGGACGCTGGATATGTGTGCCCATAGCACAGGATCCCAGGCTCAGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGACGCTGGATATGTGTGCCCATAGCACAGGATCCCAGGCTCAGGAG  650

seq1  ATCACATCACCCCATACAACTCAAACAAACTTCAGGCATAGGGTTAGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATCACCCCATACAACTCAAACAAACTTCAGGCATAGGGTTAGCCC  700

seq1  ACAGACAGAGTCGCTTTTGTAAGGAACATCTGAGTCTAGAAACAGTCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGAGTCGCTTTTGTAAGGAACATCTGAGTCTAGAAACAGTCCCA  750

seq1  TAGGTGAGAACGTCTATTGGCAGGAGAGGGTGAGTATGTCACTGGGAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAGAACGTCTATTGGCAGGAGAGGGTGAGTATGTCACTGGGAGAA  800

seq1  GTCTCATCAGAGGAGCTTCCTACTTCAATCTGTGGGCAAGTCTCAGCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCATCAGAGGAGCTTCCTACTTCAATCTGTGGGCAAGTCTCAGCCCT  850

seq1  ACTTGTATACTTCTCCTGGGTGACGCCCCACACTGAGCTGTCCCCACCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTATACTTCTCCTGGGTGACGCCCCACACTGAGCTGTCCCCACCTC  900

seq1  CAGAGGTTTCCATATGTTCCTCTTCTTGGTTTTAGAGGCAACAAGATTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGTTTCCATATGTTCCTCTTCTTGGTTTTAGAGGCAACAAGATTGA  950

seq1  CACAGTTGCCTGGTTGCTCCCATGGGTCTGGGAAGGCTAAGTAGCAGGCT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACAGTTGCCTGGTTGCTCCCATGGGTCTGGGAAGGCTAAGTAGCA-GCT  999

seq1  AACCAGTAGGTTTACCGCTAGGCTGACCAGTAGGGCACGTCTTCCTTTTT  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  AACCAGTA-GTTTACCGCTAGGCTGACCAGTAGGGCACGTCTTC--TTTT  1046

seq1  CACTTGTTGACCTCTGTGACGTTTTGTATATGCTTGACCCAGGAGGTGGC  1100
      ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   || ||
seq2  CAC-TGTTGACCTCTGTGACG-TTTGTATATGC-TGACCCAG--AGTTGC  1091

seq1  ATTATTAGGGGGTGTGGCCCTGTTGGAATGGGTGTGTCA-CTGTGGGCAA  1149
      ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||
seq2  ATTATTA-GGGGTGT-GCCCTGTT-GAATGGGTGTGTCACCTGT-GGCAA  1137

seq1  GAGCTTTAATAC  1161
      |||||| |||||
seq2  GAGCTTGAATAC  1149

seq1: chr13_12898442_12899459
seq2: B6Ng01-269D12.g_64_1097 (reverse)

seq1  TTATTCATAAGA-GCCAGAAA--TTAGAAACATTCT-AG-ATATACCTAA  45
      |||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| || | ||||||||
seq2  TTATTCATAAGAGGCCAGAAAATTAAGAAACATTCTGAGAAAATACCTAA  50

seq1  ACT-GAAGAACTGATAAAATTTTA-TCCATTTACACAATGGAGTATTA-C  92
      ||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |
seq2  ACTGGAAGAACTGATAAAATTTTATTCCAGTTACACAATGGAGTATTATC  100

seq1  CCTGCTGTTAACAATA-GTAACAT-CATGAATTTACATGC-AAGTGGATG  139
       ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTGCTGTTAACAATAGGTAACATCCATGAATTTACATGCAAAGTGGATG  150

seq1  GATCTTGAGAATATCATCACA-GAAAGATTAACACAT-CCTGTGGTTATT  187
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GATCTTGAGAATATCATCACAGGAAAGATTAACACATCCCTGTGGTTATT  200

seq1  GGCTATAAGTAAATGA-CAAACATGTTACAGTCCACAGACCAAGAAAAGC  236
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATAAGTAAATGACCAAACATGTTACAGTCCACAGACCAAGAAAAGC  250

seq1  T-AAGTAACAGGAAGGTCTGGAAGAGAAACATGAGGATCTTGCTGGTGAT  285
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAACAGGAAGGTCTGGAAGAGAAACATGAGGATCTTGCTGGTGAT  300

seq1  AGACCTAAGTAGAGGACCAGAAACATGAGTATTACCAAGTGCCTGTGTGA  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTAAGTAGAGGACCAGAAACATGAGTATTACCAAGTGCCTGTGTGA  350

seq1  AACATCCGGCCAGCTGCAGCTGTTGGGAGTCACCAGTCCTGATACATAC-  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AACATCCGGCCAGCTGCAGCTGTTGGGAGTCACCAGTCCTGATACATACT  400

seq1  TTTTCTGCACTTAGTAGATACCACTTCCTAGCAACCCTCCCCCACCCAAA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGCACTTAGTAGATACCACTTCCTAGCAACCCTCCCCCACCCAAA  450

seq1  TGATGACCCTTGGGAGTCACAAAGCAGTTCATGGAAATACCACAAAGGGT  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACCCTTGGGAGTCACAAAGCAGTTCATGGAAATACCACAAAGGGT  500

seq1  ACTAATTACTCCTCTCCCAGCTGGGCCAGAGCCGTTGTGGCCTTGGCACC  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTACTCCTCTCCCAGCTGGGCCAGAGCCGTTGTGGCCTTGGCACC  550

seq1  TAAAACAAACCAAACAACTTTCCCATAAACCTCTTACCAATCATGTAATG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAACCAAACAACTTTCCCATAAACCTCTTACCAATCATGTAATG  600

seq1  GCAAGGCTTGCAAACGCCTTCTAAAGACTCTCATATGCTTGCTTTGGAGT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGCTTGCAAACGCCTTCTAAAGACTCTCATATGCTTGCTTTGGAGT  650

seq1  TGTGGTTCTTGGTGGTCTCCTCGGGGATTTTGCAATCTGGGCACAACACT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTCTTGGTGGTCTCCTCGGGGATTTTGCAATCTGGGCACAACACT  700

seq1  GTGAAGGAAGGACAATTGATTTTGAGGATGAACTGGGGCTAGGTGGGATG  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGAAGGACAATTGATTTTGAGGATGAACTGGGGCTAGGTGGGATG  750

seq1  GGAAAAAGAGGGATCAGGTGAGGGTGCAAGGACCAGTCTTAACTTGTGTG  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAGAGGGATCAGGTGAGGGTGCAAGGACCAGTCTTAACTTGTGTG  800

seq1  TCCATGTTCTCCAACCAGTTCTGTCCTTTTAATCCTAAAAAATTTATCTG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTTCTCCAACCAGTTCTGTCCTTTTAATCCTAAAAAATTTATCTG  850

seq1  AATAGCTCATCTTCTGCAGAAAAGAGGTCCAGTCTTTTATTTTATATATC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTCATCTTCTGCAGAAAAGAGGTCCAGTCTTTTATTTTATATATC  900

seq1  CATCCAGTCATTTACTGCAGGCTTTCCTCTTGATTATCTTATGAATCCAC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGTCATTTACTGCAGGCTTTCCTCTTGATTATCTTATGAATCCAC  950

seq1  AAGCATCCCAAGACCCAACCCTTTGATTCTTAGGAGACAGGAAGCATACT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCCCAAGACCCAACCCTTTGATTCTTAGGAGACAGGAAGCATACT  1000

seq1  TTTTTTTTTCCTTTTTAACATTGCAAAAGAATTC  1018
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCCTTTTTAACATTGCAAAAGAATTC  1034