BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269I21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 81,289,560 - 81,405,927
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpr98
Upstream geneEG666933, Arrdc3, LOC666964, LOC100043074, LOC218368, LOC666979, EG666984
Downstream geneLysmd3, Polr3g, 2900024O10Rik, Cetn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269I21.bB6Ng01-269I21.g
ACCGA072119GA072120
length1,100957
definitionB6Ng01-269I21.b B6Ng01-269I21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,289,560 - 81,290,660)(81,404,980 - 81,405,927)
sequence
gaattccaaatggagaatgaagcatttgattttgtagtctattagttaat
tttcccccatccagtgaaatttagacagtgcaagaaacatagaagaaaac
cttaaataaatggtatatatcagactgattctgactggttctcattagac
agaaccatattgtagaagccagtagctgcagtaacttgcaatatttagtg
ataactaaggtgtgggcattgtccaagccaagtggtgcagtgtcttgtca
ggagaagcatcacggggttcccagactagcttacgcattagccttcttgt
ggctgaaatctggagatgtttatgagatgtatggaagcatggaatagatt
cagtgggtttttacagtaatatttcagcattttaatgattgatgaggttc
tacttatgcctcccagccacgaattagcttggtaattatttccctcattg
ttaaacaaatttggaagtactttggcttaagtcatttaagaaagcagatc
tataaatagtagcatggatccactaacaaatgacaaactcatgatggagg
gatgactcacaggttaagagcccatacagggtctgagttcagttcccagc
atccctactgggtggctcacaactgcctataactccacaggctttgaact
tctccacacaatggccttgctgcccaggtagagaatacagaatgttacaa
gtcctgtctctcagctgcagcagtctctctgccactgagttttctccagc
tagcagggcttctcagagaatccctctgttctgctcttcatgcctcagtc
tgatcttatacaagggcctgttttgggttgtcagcctttccctttctggt
tctttccacaaagctcaatattttctgtgtgaaccagcctcatctcaaac
tataatctttttgttttgtgtttttttttttttttaactttctccattaa
aaccttttaaaccataaattctggatcactcaaaaacgtttcagacatgt
aaattttccagtgcactcagaaattgtaacagcaactccagcagtgaggc
taatgttcttacctattgagagttccccttcacacaatgatggacctgaa


gaattctccttttcaatagagctacagtctcagcttaagagcagacatta
gttcttatttgtattaaagtattgcaaacctgaatcttcatgtcatagca
tgctaccttgaagtctcttggtaggaactatggatgtgtgaaatgcatgg
tagttatcttctgaatggtgatggcttgacagttatgatctgctttcttg
tgaggagatttttgtaattaaacctctaaggctttaatatgtaaacgctc
ctagttttctagtagcttgtcaagttgaaggtcatgttgatttcataaga
taccaaaggtctagtgtcatatcttcattagaatgttggaagacagcatg
tgtgaaaccgtccactcctaagattattctttgcagggttgcttttaatt
agcattgtgttttctttaaagtatctcactattcatagcctctttccagc
tttaagaatgtggtaagttgccatctctatgaaattttccatctcattta
gccaagcacatgttaatgtttataagctccagtgatctctccttttccat
tctttttattaatacttttattcccacctctgtctctctgtgtctctctc
tctgtgtctctgtctctctatctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtc
tctccctgtcctgagcaagctttatcagtcaaggagattggagtacttac
tgatggttttgctgttgggaccccacatccagttttctttttggatatta
attttgcatcttcttaagttaccctccagtgaagcagaaaataccctcaa
ggagaaaatttctaaatgttttggtaatttctttgcacctactttccctg
tggtatttgtatttgtaatttttttttcacatttcattgtggggggtgga
agggtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_81289560_81290660
seq2: B6Ng01-269I21.b_49_1148

seq1  GAATTCCAAATGGAGAATGAAGCATTTGATTTTGTAGTCTATTAGTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATGGAGAATGAAGCATTTGATTTTGTAGTCTATTAGTTAAT  50

seq1  TTTCCCCCATCCAGTGAAATTTAGACAGTGCAAGAAACATAGAAGAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCCATCCAGTGAAATTTAGACAGTGCAAGAAACATAGAAGAAAAC  100

seq1  CTTAAATAAATGGTATATATCAGACTGATTCTGACTGGTTCTCATTAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATAAATGGTATATATCAGACTGATTCTGACTGGTTCTCATTAGAC  150

seq1  AGAACCATATTGTAGAAGCCAGTAGCTGCAGTAACTTGCAATATTTAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCATATTGTAGAAGCCAGTAGCTGCAGTAACTTGCAATATTTAGTG  200

seq1  ATAACTAAGGTGTGGGCATTGTCCAAGCCAAGTGGTGCAGTGTCTTGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTAAGGTGTGGGCATTGTCCAAGCCAAGTGGTGCAGTGTCTTGTCA  250

seq1  GGAGAAGCATCACGGGGTTCCCAGACTAGCTTACGCATTAGCCTTCTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGCATCACGGGGTTCCCAGACTAGCTTACGCATTAGCCTTCTTGT  300

seq1  GGCTGAAATCTGGAGATGTTTATGAGATGTATGGAAGCATGGAATAGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAAATCTGGAGATGTTTATGAGATGTATGGAAGCATGGAATAGATT  350

seq1  CAGTGGGTTTTTACAGTAATATTTCAGCATTTTAATGATTGATGAGGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGTTTTTACAGTAATATTTCAGCATTTTAATGATTGATGAGGTTC  400

seq1  TACTTATGCCTCCCAGCCACGAATTAGCTTGGTAATTATTTCCCTCATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATGCCTCCCAGCCACGAATTAGCTTGGTAATTATTTCCCTCATTG  450

seq1  TTAAACAAATTTGGAAGTACTTTGGCTTAAGTCATTTAAGAAAGCAGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAAATTTGGAAGTACTTTGGCTTAAGTCATTTAAGAAAGCAGATC  500

seq1  TATAAATAGTAGCATGGATCCACTAACAAATGACAAACTCATGATGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATAGTAGCATGGATCCACTAACAAATGACAAACTCATGATGGAGG  550

seq1  GATGACTCACAGGTTAAGAGCCCATACAGGGTCTGAGTTCAGTTCCCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTCACAGGTTAAGAGCCCATACAGGGTCTGAGTTCAGTTCCCAGC  600

seq1  ATCCCTACTGGGTGGCTCACAACTGCCTATAACTCCACAGGCTTTGAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTACTGGGTGGCTCACAACTGCCTATAACTCCACAGGCTTTGAACT  650

seq1  TCTCCACACAATGGCCTTGCTGCCCAGGTAGAGAATACAGAATGTTACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACACAATGGCCTTGCTGCCCAGGTAGAGAATACAGAATGTTACAA  700

seq1  GTCCTGTCTCTCAGCTGCAGCAGTCTCTCTGCCACTGAGTTTTCTCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTCTCTCAGCTGCAGCAGTCTCTCTGCCACTGAGTTTTCTCCAGC  750

seq1  TAGCAGGGCTTCTCAGAGAATCCCTCTGTTCTGCTCTTCATGCCTCAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGGCTTCTCAGAGAATCCCTCTGTTCTGCTCTTCATGCCTCAGTC  800

seq1  TGATCTTATACAAGGGCCTGTTTTGGGTTGTCAGCCTTTCCCTTTCTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTATACAAGGGCCTGTTTTGGGTTGTCAGCCTTTCCCTTTCTGGT  850

seq1  TCTTTCCACAAAGCTCAATATTTTCTGTGTGAACCAGCCTCATCTCAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCACAAAGCTCAATATTTTCTGTGTGAACCAGCCTCATCTCAAAC  900

seq1  TATAATCTTTTTGTTTTGTGTTTTTTTTTTTTTTTAACTTTCTCCATTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCTTTTTGTTTTGTGTTTTTTTTTTTTTTTAACTTTCTCCATTAA  950

seq1  AACC-TTTAAACCATAAATTCTGGATCACTCAAAAACGTTTCAGACATGT  999
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTTAAACCATAAATTCTGGATCACTCAAAAACGTTTCAGACATGT  1000

seq1  AAATTTTCCAAGTGCACTCAGATATTGTAACAGCAACTCCAGCAGTGAGG  1049
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCC-AGTGCACTCAGAAATTGTAACAGCAACTCCAGCAGTGAGG  1049

seq1  CCAAATGTTC-TACCTATTGAGAG-TCCCCTTCACACAATGGATGGACCC  1097
       | ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||
seq2  -CTAATGTTCTTACCTATTGAGAGTTCCCCTTCACACAAT-GATGGA-CC  1096

seq1  TGAA  1101
      ||||
seq2  TGAA  1100


seq1: chr13_81404980_81405927
seq2: B6Ng01-269I21.g_66_1022 (reverse)

seq1  ACACCC-TCCA-CCCCCACAATG-AATGTGAAAAAAAAATTAC-AATAC-  45
      |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  ACACCCTTCCACCCCCCACAATGAAATGTGAAAAAAAAATTACAAATACA  50

seq1  AATACCACA-GGAAAGTAGGTGCAAAGAAATTACCAAAACATTTAGAAA-  93
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AATACCACAGGGAAAGTAGGTGCAAAGAAATTACCAAAACATTTAGAAAT  100

seq1  TTTCTCCTTGA-GGTATTTTCTGCTTCACTGGAGGGTAACTTAAGAAGAT  142
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTTGAGGGTATTTTCTGCTTCACTGGAGGGTAACTTAAGAAGAT  150

seq1  GCAAAA-TAATATCCAAAAAGAAAACTGGATGTGGGGTCCCAACAGCAAA  191
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTAATATCCAAAAAGAAAACTGGATGTGGGGTCCCAACAGCAAA  200

seq1  ACCATCAGTAAGTACTCCAATCTCCTTGACTGATAAAGCTTGCTCAGGAC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCAGTAAGTACTCCAATCTCCTTGACTGATAAAGCTTGCTCAGGAC  250

seq1  AGGGAGAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGAC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGAC  300

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGATAGAGAGACAGAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGATAGAGAGACAGAG  350

seq1  ACACAGAGAGAGAGACACAGAGAGACAGAGGTGGGAATAAAAGTATTAAT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGAGAGAGACACAGAGAGACAGAGGTGGGAATAAAAGTATTAAT  400

seq1  AAAAAGAATGGAAAAGGAGAGATCACTGGAGCTTATAAACATTAACATGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAATGGAAAAGGAGAGATCACTGGAGCTTATAAACATTAACATGT  450

seq1  GCTTGGCTAAATGAGATGGAAAATTTCATAGAGATGGCAACTTACCACAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCTAAATGAGATGGAAAATTTCATAGAGATGGCAACTTACCACAT  500

seq1  TCTTAAAGCTGGAAAGAGGCTATGAATAGTGAGATACTTTAAAGAAAACA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGCTGGAAAGAGGCTATGAATAGTGAGATACTTTAAAGAAAACA  550

seq1  CAATGCTAATTAAAAGCAACCCTGCAAAGAATAATCTTAGGAGTGGACGG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTAATTAAAAGCAACCCTGCAAAGAATAATCTTAGGAGTGGACGG  600

seq1  TTTCACACATGCTGTCTTCCAACATTCTAATGAAGATATGACACTAGACC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACACATGCTGTCTTCCAACATTCTAATGAAGATATGACACTAGACC  650

seq1  TTTGGTATCTTATGAAATCAACATGACCTTCAACTTGACAAGCTACTAGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTATCTTATGAAATCAACATGACCTTCAACTTGACAAGCTACTAGA  700

seq1  AAACTAGGAGCGTTTACATATTAAAGCCTTAGAGGTTTAATTACAAAAAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGGAGCGTTTACATATTAAAGCCTTAGAGGTTTAATTACAAAAAT  750

seq1  CTCCTCACAAGAAAGCAGATCATAACTGTCAAGCCATCACCATTCAGAAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACAAGAAAGCAGATCATAACTGTCAAGCCATCACCATTCAGAAG  800

seq1  ATAACTACCATGCATTTCACACATCCATAGTTCCTACCAAGAGACTTCAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTACCATGCATTTCACACATCCATAGTTCCTACCAAGAGACTTCAA  850

seq1  GGTAGCATGCTATGACATGAAGATTCAGGTTTGCAATACTTTAATACAAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCATGCTATGACATGAAGATTCAGGTTTGCAATACTTTAATACAAA  900

seq1  TAAGAACTAATGTCTGCTCTTAAGCTGAGACTGTAGCTCTATTGAAAAGG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACTAATGTCTGCTCTTAAGCTGAGACTGTAGCTCTATTGAAAAGG  950

seq1  AGAATTC  948
      |||||||
seq2  AGAATTC  957


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |