BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270D06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 115,567,274 - 115,681,582
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMocs2, Itga2
Upstream geneArl15, A430090L17Rik, Ndufs4, LOC100040958, Fst, 4930467J12Rik
Downstream geneLOC100040975, Itga1, Pelo, LOC100041023, LOC547402, LOC100041045
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270D06.bB6Ng01-270D06.g
ACCGA072606GA072607
length9661,112
definitionB6Ng01-270D06.b B6Ng01-270D06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,680,628 - 115,681,582)(115,567,274 - 115,568,396)
sequence
gaattcttagaagagaggagaggtgagcgagctgcccatcaaagttccca
gtgggacagaaagcagcaagttcctcttgtttcttctcatggagataagc
acagagctggtgccttgtttctgagaaacagaatactttagctcagtaat
gctaaattttaatttcccagtctatctctcataggctttggtgaagaggt
gtagaaacataaattaatagaagtcacctgtatgaattaatctggtattt
actgatcatcctctgtcctggacagtcattgcaaacaacatggcctcgcc
cctgctgtgtgcatgtgttccacagggatgaccacgtcaggtgtcacaat
cctggctccctttaatacaacacagtcatcacccagtcccagtaagtgtg
agctggccctctgcttccagtttctactcaatctggtttgtagaacttac
accatctcttaggcagggttttcccagcctcatcctgggttttcatgtgc
cctttcttcatgcatgatggactgttgactgccttgatcttgtgcagatc
atgtggtgatagaacacagctgctgtgagttgatgtgttcaataaccatg
caacccaagaagtcatcacttcccagctgaactccccactccactgactg
ttacattgcattgccacctgcactgaagaagaaagaggatggcctgaaga
gtaaaagccatgccttcaaagagggcacagttgacactgaaccggccatt
ttgataagaagtgactttgctcatctctctgtctttggtgctttccattt
gtaagatgacaattgtgtaatctcagatttgtttttgcagatcaaggtaa
gaaaacttttgggaaacttacaccccactctaaactataatattttatta
gaattaacaggagttctcagaatgctgaagttccaggggctacacatcct
tatgaccgaaatctta

gaattcattcctgctgacattttttggtggaatatataaatgagaaaagc
ttctccagaaaagaacccgatggaaggtctcacaaaagaaatagaatgtt
ttagcattgttttaaatgccatgattcaaatgtaattcttttaatgaatt
agaaaacagccctgttgaatcttcgtgtattaataagtctcctcggagag
aaaacactgctacattgtaaatggcttttatcttattttcctggatcagc
aatagtttttgtgttactgttctaacagttatgagtctgcacttttcgaa
gatgcactgagagcgaacacagagggctatctgtaaggtgtgtgttcttt
gatccatcagaaatgatgtgggggtgactcttgatctctatgtgttttgg
ccagttgtccgttgaatgctcttattaattctttaagaacagaagattaa
gtcacaggttgggtttattctcaatgtagatcctatggtgtgagcactat
aacattcaagggacaattacaattccacaccagctacattagctgtgtcc
gcacaaggtagattgaagattagcaatgacggcttaagggataatcttta
taaacacgtcttgtagtctcagttctgtaagtcacttgctagctgttcat
tttactttacattaaccttaaagtgtgcgtaaaatgtgcttaaagtgtgc
agttgtactgtgttgtggacttcaaaaataatttagaatctatttaattc
tagaaaggattacaaggatgtggcttgagtcacagttagctttttactta
ttaactacatagttataattttaaaattctattgacctatagatgaattg
caattgtactgcttttccatgcatcagctttagcatctgaaaaatgaggt
gctttcatgaaactgtgtggtatgagttaattcatccctctgtccatctg
ccagagtgacaagttacctgcattgtggaggtagaggaacttggaataca
gcttcctctatcctgttttttcttaaccagagctaactcagtaaatagat
agacttgtgtgcacttttataaatatctcattctacagcctgtcttaggc
tgatgggaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_115680628_115681582
seq2: B6Ng01-270D06.b_46_1011 (reverse)

seq1  TAAGATATCGGTCAT-AGGATGTGT-GCCCCTGG-ACTTCAGCATTCTGG  47
      |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| 
seq2  TAAGATTTCGGTCATAAGGATGTGTAGCCCCTGGAACTTCAGCATTCTGA  50

seq1  GAACTCCTGTTAATTCTAAT-AAATATTATAGTTTAGAGT-GGGTGTAAG  95
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  GAACTCCTGTTAATTCTAATAAAATATTATAGTTTAGAGTGGGGTGTAA-  99

seq1  GTTTCCCAAAAGTTTTCTTA-CTTGATCTGC-AAAACAAATCTGAGATTA  143
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCAAAAGTTTTCTTACCTTGATCTGCAAAAACAAATCTGAGATTA  149

seq1  CACAATTGTCATCTTACAAATGG-AAGCACC-AAGACAGAGAGATGAGC-  190
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  CACAATTGTCATCTTACAAATGGAAAGCACCAAAGACAGAGAGATGAGCA  199

seq1  AAGTCACTTCTTATC-AAATGGCCGG-TCAGTGTCAACTGTGCCCTCTTT  238
      ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACTTCTTATCAAAATGGCCGGTTCAGTGTCAACTGTGCCCTCTTT  249

seq1  GAAGGCATGGCTTTTACTCTTCAGGCCATCCTCTTTCTTCTTCAGTGCAG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATGGCTTTTACTCTTCAGGCCATCCTCTTTCTTCTTCAGTGCAG  299

seq1  GTGGCAATGCAATGTAACAGTCAGTGGAGTGGGGAGTTCAGCTGGGAAGT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAATGCAATGTAACAGTCAGTGGAGTGGGGAGTTCAGCTGGGAAGT  349

seq1  GATGACTTCTTGGGTTGCATGGTTATTGAACACATCAACTCACAGCAGCT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTTCTTGGGTTGCATGGTTATTGAACACATCAACTCACAGCAGCT  399

seq1  GTGTTCTATCACCACATGATCTGCACAAGATCAAGGCAGTCAACAGTCCA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTATCACCACATGATCTGCACAAGATCAAGGCAGTCAACAGTCCA  449

seq1  TCATGCATGAAGAAAGGGCACATGAAAACCCAGGATGAGGCTGGGAAAAC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCATGAAGAAAGGGCACATGAAAACCCAGGATGAGGCTGGGAAAAC  499

seq1  CCTGCCTAAGAGATGGTGTAAGTTCTACAAACCAGATTGAGTAGAAACTG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTAAGAGATGGTGTAAGTTCTACAAACCAGATTGAGTAGAAACTG  549

seq1  GAAGCAGAGGGCCAGCTCACACTTACTGGGACTGGGTGATGACTGTGTTG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGAGGGCCAGCTCACACTTACTGGGACTGGGTGATGACTGTGTTG  599

seq1  TATTAAAGGGAGCCAGGATTGTGACACCTGACGTGGTCATCCCTGTGGAA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAGGGAGCCAGGATTGTGACACCTGACGTGGTCATCCCTGTGGAA  649

seq1  CACATGCACACAGCAGGGGCGAGGCCATGTTGTTTGCAATGACTGTCCAG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCACACAGCAGGGGCGAGGCCATGTTGTTTGCAATGACTGTCCAG  699

seq1  GACAGAGGATGATCAGTAAATACCAGATTAATTCATACAGGTGACTTCTA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGGATGATCAGTAAATACCAGATTAATTCATACAGGTGACTTCTA  749

seq1  TTAATTTATGTTTCTACACCTCTTCACCAAAGCCTATGAGAGATAGACTG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTATGTTTCTACACCTCTTCACCAAAGCCTATGAGAGATAGACTG  799

seq1  GGAAATTAAAATTTAGCATTACTGAGCTAAAGTATTCTGTTTCTCAGAAA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTAAAATTTAGCATTACTGAGCTAAAGTATTCTGTTTCTCAGAAA  849

seq1  CAAGGCACCAGCTCTGTGCTTATCTCCATGAGAAGAAACAAGAGGAACTT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCACCAGCTCTGTGCTTATCTCCATGAGAAGAAACAAGAGGAACTT  899

seq1  GCTGCTTTCTGTCCCACTGGGAACTTTGATGGGCAGCTCGCTCACCTCTC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTCTGTCCCACTGGGAACTTTGATGGGCAGCTCGCTCACCTCTC  949

seq1  CTCTCTTCTAAGAATTC  955
      |||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTCTAAGAATTC  966


seq1: chr13_115567274_115568396
seq2: B6Ng01-270D06.g_64_1175

seq1  GAATTCATTCCTGCTGACATTTTTTGGTGGAATATATAAATGAGAAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCCTGCTGACATTTTTTGGTGGAATATATAAATGAGAAAAGC  50

seq1  TTCTCCAGAAAAGAACCCGATGGAAGGTCTCACAAAAGAAATAGAATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGAAAAGAACCCGATGGAAGGTCTCACAAAAGAAATAGAATGTT  100

seq1  TTAGCATTGTTTTAAATGCCATGATTCAAATGTAATTCTTTTAATGAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATTGTTTTAAATGCCATGATTCAAATGTAATTCTTTTAATGAATT  150

seq1  AGAAAACAGCCCTGTTGAATCTTCGTGTATTAATAAGTCTCCTCGGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAGCCCTGTTGAATCTTCGTGTATTAATAAGTCTCCTCGGAGAG  200

seq1  AAAACACTGCTACATTGTAAATGGCTTTTATCTTATTTTCCTGGATCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTGCTACATTGTAAATGGCTTTTATCTTATTTTCCTGGATCAGC  250

seq1  AATAGTTTTTGTGTTACTGTTCTAACAGTTATGAGTCTGCACTTTTCGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTTTTGTGTTACTGTTCTAACAGTTATGAGTCTGCACTTTTCGAA  300

seq1  GATGCACTGAGAGCGAACACAGAGGGCTATCTGTAAGGTGTGTGTTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACTGAGAGCGAACACAGAGGGCTATCTGTAAGGTGTGTGTTCTTT  350

seq1  GATCCATCAGAAATGATGTGGGGGTGACTCTTGATCTCTATGTGTTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCATCAGAAATGATGTGGGGGTGACTCTTGATCTCTATGTGTTTTGG  400

seq1  CCAGTTGTCCGTTGAATGCTCTTATTAATTCTTTAAGAACAGAAGATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTGTCCGTTGAATGCTCTTATTAATTCTTTAAGAACAGAAGATTAA  450

seq1  GTCACAGGTTGGGTTTATTCTCAATGTAGATCCTATGGTGTGAGCACTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGGTTGGGTTTATTCTCAATGTAGATCCTATGGTGTGAGCACTAT  500

seq1  AACATTCAAGGGACAATTACAATTCCACACCAGCTACATTAGCTGTGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCAAGGGACAATTACAATTCCACACCAGCTACATTAGCTGTGTCC  550

seq1  GCACAAGGTAGATTGAAGATTAGCAATGACGGCTTAAGGGATAATCTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAGGTAGATTGAAGATTAGCAATGACGGCTTAAGGGATAATCTTTA  600

seq1  TAAACACGTCTTGTAGTCTCAGTTCTGTAAGTCACTTGCTAGCTGTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACGTCTTGTAGTCTCAGTTCTGTAAGTCACTTGCTAGCTGTTCAT  650

seq1  TTTACTTTACATTAACCTTAAAGTGTGCGTAAAATGTGCTTAAAGTGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTTACATTAACCTTAAAGTGTGCGTAAAATGTGCTTAAAGTGTGC  700

seq1  AGTTGTACTGTGTTGTGGACTTCAAAAATAATTTAGAATCTATTTAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTACTGTGTTGTGGACTTCAAAAATAATTTAGAATCTATTTAATTC  750

seq1  TAGAAAGGATTACAAGGATGTGGCTTGAGTCACAGTTAGCTTTTTACTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGGATTACAAGGATGTGGCTTGAGTCACAGTTAGCTTTTTACTTA  800

seq1  TTAACTACATAGTTATAATTTTAAAATTCTATTGACCTATAGATGAATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTACATAGTTATAATTTTAAAATTCTATTGACCTATAGATGAATTG  850

seq1  CAATTGTACTGCTTTTCCATGCATCAGCTTTAGCATCTGAAAAATGAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTACTGCTTTTCCATGCATCAGCTTTAGCATCTGAAAAATGAGGT  900

seq1  GCTTTCATGAAACTGTGTGGTATGAGTTAATTCATCCCTCTGTCCATCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCATGAAACTGTGTGGTATGAGTTAATTCATCCCTCTGTCCATCTG  950

seq1  CCAGAGTGACAAGTTACCTGCATTTGTGGAAGGTAGAGGAACTTGGAATA  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTGACAAGTTACCTGCA-TTGTGG-AGGTAGAGGAACTTGGAATA  998

seq1  CAGCTTCCTCTATCCTG-TTTTTCTTAACCAGAGGCTAAACTCAGGGTAA  1049
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  ||||
seq2  CAGCTTCCTCTATCCTGTTTTTTCTTAACCAGA-GCT-AACTCA--GTAA  1044

seq1  ATTAGATTAAGAACTTGTGTGCACTTTTATAAATATTCTTCATCCTACAG  1099
      | |||||  || ||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||
seq2  A-TAGAT--AG-ACTTGTGTGCACTTTTATAAATAT--CTCATTCTACAG  1088

seq1  -CTGTC-TAGGCTGAGTTGGGAGGGA  1123
       ||||| ||||||||  |||||||||
seq2  CCTGTCTTAGGCTGA--TGGGAGGGA  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |