BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270G17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 115,396,926 - 115,512,831
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930467J12Rik
Upstream geneSnag1, Hspb3, EG632832, LOC622701, LOC100040927, Arl15, A430090L17Rik, Ndufs4, LOC100040958, Fst
Downstream geneMocs2, Itga2, LOC100040975, Itga1, Pelo, LOC100041023, LOC547402, LOC100041045
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270G17.bB6Ng01-270G17.g
ACCGA072763GA072764
length1,171529
definitionB6Ng01-270G17.b B6Ng01-270G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,396,926 - 115,398,088)(115,512,297 - 115,512,831)
sequence
gaattcactctgaagtactgaggacttgatttgccacccttcctcggcta
tcttcagaatggctgaagacacaaaggtgaacctagatgattagccttct
cctggtggacttgtggccatggtggtggagcagttactagctacagagaa
agtgcctcagtgaccatcgcatggccaaaggaactcgacacccacactca
cctcctcaccagttggctcttctgaagcgctgttaggtccctggaaacca
gagtcgggataggggtcgggcaaaaccagcataaatcttctgtctctcgt
ggtttctctaaaagtttttaattagggaaaattcttcccttgccccaaat
gagaacttgtatagttccatgacctttatggtcttaaaaaaatgcagtct
ccctggaatcatttatggtgtctaatttcatgtcataatcaaaacttaga
acttgaattaaaatagaaccccaccccccacctcatagaacagaataaaa
tagaatctcctttttccccagtgaggcttgcttctgggctgtctacttgc
tttggccttgattcccttccctgttgttagccttagctatttatccttat
cccacaaggatgaagttaagggggcatgggagacctgaggattagcggtc
ttcaccctttgtccatgtggtccagatgagtattggtttagtttgttcca
gatcctataaggcttagaactcagattaactatcaagtcgtcctgagcac
cattttcaagtggctttacatgtgtggccacactcatgcctttccacaaa
gacagattgccggcacaatccagtctacagccctacaggccttccctgct
ggctttagatcagaagctggccgttccagagtatctatggctgtgtacca
agtgactcagtggcttcaagtaaaaatgatttcttatatcctgtggctct
ttaggtttgctgagtgctgccatgccaggtttatctgatactactcagac
actgaataacattgcttctgctagaaggcttagatggccggagacccaag
aatagccttgttttattggctgttgctggggacaaacagggtggaagtca
acttgggcaagcttggtggtctctttctgttgttataagggcttgggtgg
caatgtggcagcctttgatgc

ttaaggctttgaggcccatacctgtacagttcctgatagagggattatga
aaatctcatttttgtggtcttttattcttgaaagtgacggatcatctctt
tggcctaaagctttcgtccttctctccttaaggctcctgttgattcgcat
atgtgcctattacctggataccataaaagagatgagtacttcacatcact
atctagagttgaaaacagtagtgcttagaaattcaatgtttccaggtagt
gtcctcagtgtgctgtgactagtatatcccagactcacttatacgtttcc
tgctttagtgtccattataataaagttagaactaggtattgggtgcattc
ctatagtatcaagcacatagaggattgaagcaggggggtgggcagattgc
tgttaggtgaaggccagcctggactacacagtgaataccaagtgagtcag
tgctatatagtgtcaatcaataaatctgacgagtctccatagggatgagt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_115396926_115398088
seq2: B6Ng01-270G17.b_43_1213

seq1  GAATTCACTCTGAAGTACTGAGGACTTGATTTGCCACCCTTCCTCGGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGAAGTACTGAGGACTTGATTTGCCACCCTTCCTCGGCTA  50

seq1  TCTTCAGAATGGCTGAAGACACAAAGGTGAACCTAGATGATTAGCCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGAATGGCTGAAGACACAAAGGTGAACCTAGATGATTAGCCTTCT  100

seq1  CCTGGTGGACTTGTGGCCATGGTGGTGGAGCAGTTACTAGCTACAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGGACTTGTGGCCATGGTGGTGGAGCAGTTACTAGCTACAGAGAA  150

seq1  AGTGCCTCAGTGACCATCGCATGGCCAAAGGAACTCGACACCCACACTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTCAGTGACCATCGCATGGCCAAAGGAACTCGACACCCACACTCA  200

seq1  CCTCCTCACCAGTTGGCTCTTCTGAAGCGCTGTTAGGTCCCTGGAAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCACCAGTTGGCTCTTCTGAAGCGCTGTTAGGTCCCTGGAAACCA  250

seq1  GAGTCGGGATAGGGGTCGGGCAAAACCAGCATAAATCTTCTGTCTCTCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCGGGATAGGGGTCGGGCAAAACCAGCATAAATCTTCTGTCTCTCGT  300

seq1  GGTTTCTCTAAAAGTTTTTAATTAGGGAAAATTCTTCCCTTGCCCCAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTCTAAAAGTTTTTAATTAGGGAAAATTCTTCCCTTGCCCCAAAT  350

seq1  GAGAACTTGTATAGTTCCATGACCTTTATGGTCTTAAAAAAATGCAGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTTGTATAGTTCCATGACCTTTATGGTCTTAAAAAAATGCAGTCT  400

seq1  CCCTGGAATCATTTATGGTGTCTAATTTCATGTCATAATCAAAACTTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAATCATTTATGGTGTCTAATTTCATGTCATAATCAAAACTTAGA  450

seq1  ACTTGAATTAAAATAGAACCCCACCCCCCACCTCATAGAACAGAATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAATTAAAATAGAACCCCACCCCCCACCTCATAGAACAGAATAAAA  500

seq1  TAGAATCTCCTTTTTCCCCAGTGAGGCTTGCTTCTGGGCTGTCTACTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCTCCTTTTTCCCCAGTGAGGCTTGCTTCTGGGCTGTCTACTTGC  550

seq1  TTTGGCCTTGATTCCCTTCCCTGTTGTTAGCCTTAGCTATTTATCCTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCCTTGATTCCCTTCCCTGTTGTTAGCCTTAGCTATTTATCCTTAT  600

seq1  CCCACAAGGATGAAGTTAAGGGGGCATGGGAGACCTGAGGATTAGCGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAAGGATGAAGTTAAGGGGGCATGGGAGACCTGAGGATTAGCGGTC  650

seq1  TTCACCCTTTGTCCATGTGGTCCAGATGAGTATTGGTTTAGTTTGTTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCTTTGTCCATGTGGTCCAGATGAGTATTGGTTTAGTTTGTTCCA  700

seq1  GATCCTATAAGGCTTAGAACTCAGATTAACTATCAAGTCGTCCTGAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTATAAGGCTTAGAACTCAGATTAACTATCAAGTCGTCCTGAGCAC  750

seq1  CATTTTCAAGTGGCTTTACATGTGTGGCCACACTCATGCCTTTCCACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAAGTGGCTTTACATGTGTGGCCACACTCATGCCTTTCCACAAA  800

seq1  GACAGATTGCCGGCACAATCCAGTCTACAGCCCTACAGGCCTTCCCTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATTGCCGGCACAATCCAGTCTACAGCCCTACAGGCCTTCCCTGCT  850

seq1  GGCTTTAGATCAGAAGCTGGCCGTTCCAGAGTATCTATGGCTGTGTACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTAGATCAGAAGCTGGCCGTTCCAGAGTATCTATGGCTGTGTACCA  900

seq1  AGTGACTCAGTGGCTTCAAGTAAAAATGATTTCTTATATCCTGTGGCTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTCAGTGGCTTCAAGTAAAAATGATTTCTTATATCCTGTGGCTCT  950

seq1  TTAGGTTTGCTGAGTGCTGCCATGCCAGGTTTATCTGATACTACTCAGAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTTGCTGAGTGCTGCCATGCCAGGTTTATCTGATACTACTCAGAC  1000

seq1  ACTG-ATAACATTGCTTCCTGCTAG-AGGCTTAGATGGCCGGAGGACCCA  1048
      |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTGAATAACATTGCTT-CTGCTAGAAGGCTTAGATGGCCGGA-GACCCA  1048

seq1  AG-ATAGCC-TGTTTTATTGGCTGTTGCTGGGGACAACAAGGGTGG-AGT  1095
      || |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||
seq2  AGAATAGCCTTGTTTTATTGGCTGTTGCTGGGGACAAACAGGGTGGAAGT  1098

seq1  CA--CTGGGAAAGCTTGGTGGGTCTC-TTCTGTTGTTATAGGGGCTT-GG  1141
      ||   |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||
seq2  CAACTTGGGCAAGCTTGGT-GGTCTCTTTCTGTTGTTATAAGGGCTTGGG  1147

seq1  TGGC-ATGTGGCAGCC-TTGATGC  1163
      |||| ||||||||||| |||||||
seq2  TGGCAATGTGGCAGCCTTTGATGC  1171


seq1: chr13_115512297_115512831
seq2: B6Ng01-270G17.g_63_597 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACTCATCCCTATGGAGACTCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACTCATCCCTATGGAGACTCG  50

seq1  TCAGATTTATTGATTGACACTATATAGCACTGACTCACTTGGTATTCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTTATTGATTGACACTATATAGCACTGACTCACTTGGTATTCACT  100

seq1  GTGTAGTCCAGGCTGGCCTTCACCTAACAGCAATCTGCCCACCCCCCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTCCAGGCTGGCCTTCACCTAACAGCAATCTGCCCACCCCCCTGC  150

seq1  TTCAATCCTCTATGTGCTTGATACTATAGGAATGCACCCAATACCTAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATCCTCTATGTGCTTGATACTATAGGAATGCACCCAATACCTAGTT  200

seq1  CTAACTTTATTATAATGGACACTAAAGCAGGAAACGTATAAGTGAGTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTTATTATAATGGACACTAAAGCAGGAAACGTATAAGTGAGTCTG  250

seq1  GGATATACTAGTCACAGCACACTGAGGACACTACCTGGAAACATTGAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATACTAGTCACAGCACACTGAGGACACTACCTGGAAACATTGAATT  300

seq1  TCTAAGCACTACTGTTTTCAACTCTAGATAGTGATGTGAAGTACTCATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCACTACTGTTTTCAACTCTAGATAGTGATGTGAAGTACTCATCT  350

seq1  CTTTTATGGTATCCAGGTAATAGGCACATATGCGAATCAACAGGAGCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATGGTATCCAGGTAATAGGCACATATGCGAATCAACAGGAGCCTT  400

seq1  AAGGAGAGAAGGACGAAAGCTTTAGGCCAAAGAGATGATCCGTCACTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAGAAGGACGAAAGCTTTAGGCCAAAGAGATGATCCGTCACTTTC  450

seq1  AAGAATAAAAGACCACAAAAATGAGATTTTCATAATCCCTCTATCAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAAAGACCACAAAAATGAGATTTTCATAATCCCTCTATCAGGAA  500

seq1  CTGTACAGGTATGGGCCTCAAAGCCTTAAGAATTC  535
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACAGGTATGGGCCTCAAAGCCTTAAGAATTC  535


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |