BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270H12
Chromosome13 (Build37)
Map Location 63,982,841 - 64,138,292
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9330134C04Rik, EG665575
Upstream geneFbp1, LOC100042090, EG665524, 2010111I01Rik, Fancc, Ptch1, C030010C08Rik, 0610007P08Rik
Downstream geneHsd17b3, Slc35d2, Zfp367, Habp4, Cdc14b, 1110018J18Rik, Ctsl, Ccrk, LOC665612, 1190003K10Rik, LOC218298, Ppia-ps13_866.1, LOC238678, LOC631470, Cntnap3, EG432767, 4930458L03Rik, LOC218301, LOC628515, 4932441B19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270H12.bB6Ng01-270H12.g
ACCGA072799GA072800
length9311,089
definitionB6Ng01-270H12.b B6Ng01-270H12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,982,841 - 63,983,771)(64,137,209 - 64,138,292)
sequence
gaattcatacttctttttaaaatatttatttcaaggaattaaactctgtc
tggactcaagaagttaaccaaggattggagatgtagcttggtggagaaag
tagtgattggtgcatgtgcgtgagacctgagtttgaatccccagagctca
tataaagtctactgtagtagcaattgtctaatcccggggctcccatagag
agatgtgaagtggagatcaaagagttcctggaagctcatggctagttcct
gggcttaggcatatccatgagcatacatattagctaacaacaaagaaacc
atgcctagaggtaaaaaggttctcctctgacctccagataccaaacactt
acaagaagcatgacaagactataaagagaatcaactctaccaaagatatt
ttgacaaaggcatgattttactttttctaaacattgtgatggttagtatt
agttatcagcatgactagattaagagatgctaagaaaattagtagtcagc
ctctggtgtgtctttgatggatttctagacaattgatctggagattggta
aggtgaaggggaagatctgccctcaacatggcctgaactctggctagatg
agaacgctccctcatgtcctgacttgatccttcctgagagggtacactgc
tgttgcgattgccagtggccatcagatattggcaattctttagcctttga
ataccagctcccatcaacaactctccaaggggcttccagactttcagccc
ctgattggagctgcttcattggtccctcctgttctaaggtttctagcttc
ttagactaagcactctaagtgcttagtactgtactctctagttcctcact
tagggatggccattgtaggattatttaacctttgtttaatcaagccagtg
taataaatccctttgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattcaggtggtcagacttggtgcaagcacctttacccactaaacgaga
aaaatcccaatgaaaccaggcagtcactcttgttctcagtccttctcgtt
gtagttattagcaccatgtgtgcagcttttgcacaagtcccgtctcatag
gcagcacaggttttaattctttgcctcctttgcttctggatcagcctttc
aggattacccagcatcacagactagactttccaagcctaaacaccaagac
gaaaaccccctagagctcctcgaccagaatcgccttcctggatcaccaga
tgcccagaatccacctcccaccgacattccaggaaggcagactttagagt
tcaatctccacattgtttaaggagcagaggaggtagagtgaggacccctg
gtgagaacctgtccctgaagtatcaggccgttgtcttctactgaccacca
gagggcagtgttgcactgtgcgaacgctagactgagcgccatgcaccaag
cactctagaggattaaaagttcaaatttatccttggctactaatcatatt
tgaggccagcctgggctacttgagaccctgtctcaaaacaaaacaaaaaa
ctgttgagagggttgtgagtttgattatgggcatcattgttaggtcagtc
tctctagggtcagacaaggatgcctaaccttcatcctgtttttagagggg
catgtcacaggccctgtgtggacagtttcagcataaattatgatcatccc
tcagtgctggcaagagagtcatccacgggctggcactccactctcaggcc
tcaaataaaaatctgagtgtactttgcccctcataaaaagtgtgatgtgc
accccaccatccctaagtagctcagcgtgaatataatagccaaatgttgc
ctaaaaagttgttatgttggattttcagaaactaaagtattacatattaa
accatatgcccatttttgagggttttggttggttttgtttgtcttgtttg
gtttttatacagggcttcttaacgaagcccaggcttgtcctcaaacttgc
tgactatctaagatggctttgagcttatgatcttcctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_63982841_63983771
seq2: B6Ng01-270H12.b_44_974

seq1  GAATTCATACTTCTTTTTAAAATATTTATTTCAAGGAATTAAACTCTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACTTCTTTTTAAAATATTTATTTCAAGGAATTAAACTCTGTC  50

seq1  TGGACTCAAGAAGTTAACCAAGGATTGGAGATGTAGCTTGGTGGAGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCAAGAAGTTAACCAAGGATTGGAGATGTAGCTTGGTGGAGAAAG  100

seq1  TAGTGATTGGTGCATGTGCGTGAGACCTGAGTTTGAATCCCCAGAGCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATTGGTGCATGTGCGTGAGACCTGAGTTTGAATCCCCAGAGCTCA  150

seq1  TATAAAGTCTACTGTAGTAGCAATTGTCTAATCCCGGGGCTCCCATAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTCTACTGTAGTAGCAATTGTCTAATCCCGGGGCTCCCATAGAG  200

seq1  AGATGTGAAGTGGAGATCAAAGAGTTCCTGGAAGCTCATGGCTAGTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGAAGTGGAGATCAAAGAGTTCCTGGAAGCTCATGGCTAGTTCCT  250

seq1  GGGCTTAGGCATATCCATGAGCATACATATTAGCTAACAACAAAGAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTAGGCATATCCATGAGCATACATATTAGCTAACAACAAAGAAACC  300

seq1  ATGCCTAGAGGTAAAAAGGTTCTCCTCTGACCTCCAGATACCAAACACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAGAGGTAAAAAGGTTCTCCTCTGACCTCCAGATACCAAACACTT  350

seq1  ACAAGAAGCATGACAAGACTATAAAGAGAATCAACTCTACCAAAGATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAGCATGACAAGACTATAAAGAGAATCAACTCTACCAAAGATATT  400

seq1  TTGACAAAGGCATGATTTTACTTTTTCTAAACATTGTGATGGTTAGTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAAGGCATGATTTTACTTTTTCTAAACATTGTGATGGTTAGTATT  450

seq1  AGTTATCAGCATGACTAGATTAAGAGATGCTAAGAAAATTAGTAGTCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCAGCATGACTAGATTAAGAGATGCTAAGAAAATTAGTAGTCAGC  500

seq1  CTCTGGTGTGTCTTTGATGGATTTCTAGACAATTGATCTGGAGATTGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTGTGTCTTTGATGGATTTCTAGACAATTGATCTGGAGATTGGTA  550

seq1  AGGTGAAGGGGAAGATCTGCCCTCAACATGGCCTGAACTCTGGCTAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAAGGGGAAGATCTGCCCTCAACATGGCCTGAACTCTGGCTAGATG  600

seq1  AGAACGCTCCCTCATGTCCTGACTTGATCCTTCCTGAGAGGGTACACTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGCTCCCTCATGTCCTGACTTGATCCTTCCTGAGAGGGTACACTGC  650

seq1  TGTTGCGATTGCCAGTGGCCATCAGATATTGGCAATTCTTTAGCCTTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCGATTGCCAGTGGCCATCAGATATTGGCAATTCTTTAGCCTTTGA  700

seq1  ATACCAGCTCCCATCAACAACTCTCCAAGGGGCTTCCAGACTTTCAGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGCTCCCATCAACAACTCTCCAAGGGGCTTCCAGACTTTCAGCCC  750

seq1  CTGATTGGAGCTGCTTCATTGGTCCCTCCTGTTCTAAGGTTTCTAGCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGGAGCTGCTTCATTGGTCCCTCCTGTTCTAAGGTTTCTAGCTTC  800

seq1  TTAGACTAAGCACTCTAAGTGCTTAGTACTGTACTCTCTAGTTCCTCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTAAGCACTCTAAGTGCTTAGTACTGTACTCTCTAGTTCCTCACT  850

seq1  TAGGGATGGCCATTGTAGGATTATTTAACCTTTGTTTAATCAAGCCAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGATGGCCATTGTAGGATTATTTAACCTTTGTTTAATCAAGCCAGTG  900

seq1  TAATAAATCCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTG  931
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATCCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTG  931

seq1: chr13_64137209_64138292
seq2: B6Ng01-270H12.g_63_1151 (reverse)

seq1  TTAGGAAGATCATAAGTTCAAAGCCATCCTTAGATAGTCAGCAAGTTTGA  50
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAGATCATAAGCTCAAAGCCAT-CTTAGATAGTCAGCAAGTTTGA  49

seq1  GG-CCAGCCTGGGCTTCGTTA--GAGCCCTGTATAAAACCAAAACAAGAC  97
      || | ||||||||||||||||   |||||||||||||| | |||||||||
seq2  GGACAAGCCTGGGCTTCGTTAAGAAGCCCTGTATAAAAACCAAACAAGAC  99

seq1  AAAACAAAACAAACAAAAACCCTCAAAA--TGGCATATGTTTTAATATGT  145
       ||||||||| ||| |||||||||||||   |||||||| ||||||||||
seq2  -AAACAAAACCAACCAAAACCCTCAAAAATGGGCATATGGTTTAATATGT  148

seq1  -ATACTTTAGTTTCTGAAAATCCAACATAACAACTTTTTAGGCAACATTT  194
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTTAGTTTCTGAAAATCCAACATAACAACTTTTTAGGCAACATTT  198

seq1  GGCTATTATATTCACGCTGAGCTACTTAGGGATGGTGGGGTGCACATCAC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTATATTCACGCTGAGCTACTTAGGGATGGTGGGGTGCACATCAC  248

seq1  ACTTTTTATGAGGGGCAAAGTACACTCAGATTTTTATTTGAGGCCTGAG-  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACTTTTTATGAGGGGCAAAGTACACTCAGATTTTTATTTGAGGCCTGAGA  298

seq1  GTGGAGTGCCAGCCCGTGGATGACTCTCTTGCCAGCACTGAGGGATGATC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTGCCAGCCCGTGGATGACTCTCTTGCCAGCACTGAGGGATGATC  348

seq1  ATAATTTATGCTGAAACTGTCCACACAGGGCCTGTGACATGCCCCTCTAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTATGCTGAAACTGTCCACACAGGGCCTGTGACATGCCCCTCTAA  398

seq1  AAACAGGATGAAGGTTAGGCATCCTTGTCTGACCCTAGAGAGACTGACCT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGATGAAGGTTAGGCATCCTTGTCTGACCCTAGAGAGACTGACCT  448

seq1  AACAATGATGCCCATAATCAAACTCACAACCCTCTCAACAGTTTTTTGTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGATGCCCATAATCAAACTCACAACCCTCTCAACAGTTTTTTGTT  498

seq1  TTGTTTTGAGACAGGGTCTCAAGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAATATGATT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGAGACAGGGTCTCAAGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAATATGATT  548

seq1  AGTAGCCAAGGATAAATTTGAACTTTTAATCCTCTAGAGTGCTTGGTGCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCAAGGATAAATTTGAACTTTTAATCCTCTAGAGTGCTTGGTGCA  598

seq1  TGGCGCTCAGTCTAGCGTTCGCACAGTGCAACACTGCCCTCTGGTGGTCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGCTCAGTCTAGCGTTCGCACAGTGCAACACTGCCCTCTGGTGGTCA  648

seq1  GTAGAAGACAACGGCCTGATACTTCAGGGACAGGTTCTCACCAGGGGTCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGACAACGGCCTGATACTTCAGGGACAGGTTCTCACCAGGGGTCC  698

seq1  TCACTCTACCTCCTCTGCTCCTTAAACAATGTGGAGATTGAACTCTAAAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTACCTCCTCTGCTCCTTAAACAATGTGGAGATTGAACTCTAAAG  748

seq1  TCTGCCTTCCTGGAATGTCGGTGGGAGGTGGATTCTGGGCATCTGGTGAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTCCTGGAATGTCGGTGGGAGGTGGATTCTGGGCATCTGGTGAT  798

seq1  CCAGGAAGGCGATTCTGGTCGAGGAGCTCTAGGGGGTTTTCGTCTTGGTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGGCGATTCTGGTCGAGGAGCTCTAGGGGGTTTTCGTCTTGGTG  848

seq1  TTTAGGCTTGGAAAGTCTAGTCTGTGATGCTGGGTAATCCTGAAAGGCTG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGCTTGGAAAGTCTAGTCTGTGATGCTGGGTAATCCTGAAAGGCTG  898

seq1  ATCCAGAAGCAAAGGAGGCAAAGAATTAAAACCTGTGCTGCCTATGAGAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGAAGCAAAGGAGGCAAAGAATTAAAACCTGTGCTGCCTATGAGAC  948

seq1  GGGACTTGTGCAAAAGCTGCACACATGGTGCTAATAACTACAACGAGAAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTGTGCAAAAGCTGCACACATGGTGCTAATAACTACAACGAGAAG  998

seq1  GACTGAGAACAAGAGTGACTGCCTGGTTTCATTGGGATTTTTCTCGTTTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGAACAAGAGTGACTGCCTGGTTTCATTGGGATTTTTCTCGTTTA  1048

seq1  GTGGGTAAAGGTGCTTGCACCAAGTCTGACCACCTGAATTC  1084
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAAAGGTGCTTGCACCAAGTCTGACCACCTGAATTC  1089