BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270I08
Chromosome13 (Build37)
Map Location 95,723,439 - 95,881,363
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr41, Pde8b
Upstream geneCycs-ps3, Lhfpl2, Scamp1, LOC435378, ENSMUSG00000042857, Ap3b1, Tbca, Otp
Downstream geneZbed3, Aggf1, Crhbp, S100z, F2rl1, F2r, Iqgap2, F2rl2, Sv2c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270I08.bB6Ng01-270I08.g
ACCGA072839GA072840
length1,1551,182
definitionB6Ng01-270I08.b B6Ng01-270I08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,880,212 - 95,881,363)(95,723,439 - 95,724,621)
sequence
gaattcattaactctgagagatttgtctccccaatgtcaaaactcagatg
tcaaaacatgagaaaggcatgtgtatcagagttctctaaaggaacagaac
tgatagaatgaaaagaaaaactactttacacatgcatattaatatatgta
tacatatttgtatatagtacatggttggtgttcagaaaatatttgtggag
taatgcctcttgctattttttcaaagagtggaaaaaacattccaggcttg
tgaaatgaattagattggttataatctgtagcaatggtccaataggaaag
agtagtcctgagttctattggactggtcaatagcaagtcatgatgacatg
tatggggaacttattagagcagcttacaggctgtgtggtctgagtagtcc
aaccacggctgtctcctgatagaaaagccaaggactcaatagttgtttag
tctttgagactgaatatctcagcagttccaatcaggagtggggtctccca
ggaaaccctagagagctgctggtcttcagtctacactggaatctctgaga
agtgggttctaatactatcaatggaatgtttcagcgtcagaatagatgaa
cttgccagcaacaatgagggcaagcaggctaaaagcaatgcttctttctt
ccatgtcacttacgtaggctgccatcagtgggtgtggtccagatttaagg
ttggcctttccagctcatatggtcgcttccaggtatgcccagctgagtgg
gtttagttgattccagatgtagcccagttgatagccaaaactggctgtca
tagcatggttaatacagtcctatggtttaaagcagtcttatgcctaattt
tttttttgtctgtaaattggcctagacataatttcattgttggggggtca
gcacaacatgagaaactggattgaagggtcacagcgttaggaaggttgag
agctgctatcttaggggcttacagaactctctctgagagctttccttcca
gacaccaactcctttcttgaccacctacctcctccatgttgttggcaccc
attctgaagtctcctttagatggatttatcagttgttaactttccactat
tcattactcagtggtgaatatcctatttaatttaactactaccatggcga
acaag
gaattcatatctggcagtacgtgtagcgccttcccgcaatataaatgtta
gctggtgggggcgaagcttcgagttaagcaccagcttgattctccatatt
agatgacagaagtgcgtggtgtctttagcaagattttactatcaggtttt
gaaggataaccaacagcctgtcatgtttgtgggtgtctataagacctcct
tgaccatcagctgaaaaatatgtagccgactcctggtactggacttgtat
ttggtagcattcgctatggtattgactctcccattatgtggtgccttcat
ttaaactccctttacatattctaggaaccttctatagtagtaggtttctg
tattgccttttaaaaagaccttcagtgttagttttccctccccacttttt
ccttctctgggttttgttctaaccttaaaagactgcagaaagcttgtaca
tattggggtgaaacagtcatgggagcactcaggaatctactgaggcttcc
ctcaggattggagaagtgtgcccggagttaatgactcacatctatggagg
gcccttgtaaccaaaggacgagttcaaaatagaaatgtatagaaataagg
aaaaaagatcctggattccaaatgtaattctgtcttagagcggtctgggc
tagctagggggagagtttctgcttagcatgtgtaaaccactggcctcaat
acccagtactgcaagaccaagttaaaataacataaccataaaactctcta
tagaaataaatgtaaatattattagaaaatatttaagaatcattgttaat
tttgtaggttttatcatactgtggtgaaataaaaaatgttatttaaagac
atacatagaagtatgtaagattgagtgacaatataatatcataatttaat
atcttgcagcaaccaagactttccaaagacggggggaaaaaaaaaacaag
tgtgtcaaatatttagagctattgaatatgatttgtaggtatcatgagcg
tgtatgcgtttttctgtactgtagcctgatttggcctaggttacataaca
ccagaataatctgcaagaaaatggtgaatggtaatgctgcagagttttaa
aggatcttaagttaaaaggtagtccttatccatccagattgagtatttga
aacctctgagtcatggttctcttaggaaatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_95880212_95881363
seq2: B6Ng01-270I08.b_44_1198 (reverse)

seq1  CTTGTTTGCCATGGTAAGTAG-TAAAT--AATAGGATATTCA-CACTGAG  46
      |||||| |||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| |||||||
seq2  CTTGTTCGCCATGGT-AGTAGTTAAATTAAATAGGATATTCACCACTGAG  49

seq1  TAATG-ATAGTTGGAAAGTTAACAACTGATAAATTCCATCTAAAAGGAGA  95
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TAATGAATAG-TGGAAAGTTAACAACTGATAAA-TCCATCT-AAAGGAGA  96

seq1  CTTCAGAATGGGTGCCAAC-ACATGGAGGAGGTAGGTGGTCAAGAAAGGA  144
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAATGGGTGCCAACAACATGGAGGAGGTAGGTGGTCAAGAAAGGA  146

seq1  GTTGGTGTCTGGAAGGAAAGCTCTCAGAGAGAGTTCTGTAAGCCCCTAAG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGTCTGGAAGGAAAGCTCTCAGAGAGAGTTCTGTAAGCCCCTAAG  196

seq1  ATAGCAGCTCTCAACCTTCCTAACGCTGTGACCCTTCAATCCAGTTTCTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGCTCTCAACCTTCCTAACGCTGTGACCCTTCAATCCAGTTTCTC  246

seq1  ATGTTGTGCTGACCCCCCAACAATGAAATTATGTCTAGGCCAATTTACAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTGCTGACCCCCCAACAATGAAATTATGTCTAGGCCAATTTACAG  296

seq1  AC-AAAAAAAAATTAGGCATAAGACTGCTTTAAACCATAGGACTGTATTA  343
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAAAAAATTAGGCATAAGACTGCTTTAAACCATAGGACTGTATTA  346

seq1  ACCATGCTATGACAGCCAGTTTTGGCTATCAACTGGGCTACATCTGGAAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCTATGACAGCCAGTTTTGGCTATCAACTGGGCTACATCTGGAAT  396

seq1  CAACTAAACCCACTCAGCTGGGCATACCTGGAAGCGACCATATGAGCTGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAAACCCACTCAGCTGGGCATACCTGGAAGCGACCATATGAGCTGG  446

seq1  AAAGGCCAACCTTAAATCTGGACCACACCCACTGATGGCAGCCTACGTAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCAACCTTAAATCTGGACCACACCCACTGATGGCAGCCTACGTAA  496

seq1  GTGACATGGAAGAAAGAAGCATTGCTTTTAGCCTGCTTGCCCTCATTGTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATGGAAGAAAGAAGCATTGCTTTTAGCCTGCTTGCCCTCATTGTT  546

seq1  GCTGGCAAGTTCATCTATTCTGACGCTGAAACATTCCATTGATAGTATTA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCAAGTTCATCTATTCTGACGCTGAAACATTCCATTGATAGTATTA  596

seq1  GAACCCACTTCTCAGAGATTCCAGTGTAGACTGAAGACCAGCAGCTCTCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCACTTCTCAGAGATTCCAGTGTAGACTGAAGACCAGCAGCTCTCT  646

seq1  AGGGTTTCCTGGGAGACCCCACTCCTGATTGGAACTGCTGAGATATTCAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTCCTGGGAGACCCCACTCCTGATTGGAACTGCTGAGATATTCAG  696

seq1  TCTCAAAGACTAAACAACTATTGAGTCCTTGGCTTTTCTATCAGGAGACA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAGACTAAACAACTATTGAGTCCTTGGCTTTTCTATCAGGAGACA  746

seq1  GCCGTGGTTGGACTACTCAGACCACACAGCCTGTAAGCTGCTCTAATAAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGGTTGGACTACTCAGACCACACAGCCTGTAAGCTGCTCTAATAAG  796

seq1  TTCCCCATACATGTCATCATGACTTGCTATTGACCAGTCCAATAGAACTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCATACATGTCATCATGACTTGCTATTGACCAGTCCAATAGAACTC  846

seq1  AGGACTACTCTTTCCTATTGGACCATTGCTACAGATTATAACCAATCTAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTACTCTTTCCTATTGGACCATTGCTACAGATTATAACCAATCTAA  896

seq1  TTCATTTCACAAGCCTGGAATGTTTTTTCCACTCTTTGAAAAAATAGCAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTCACAAGCCTGGAATGTTTTTTCCACTCTTTGAAAAAATAGCAA  946

seq1  GAGGCATTACTCCACAAATATTTTCTGAACACCAACCATGTACTATATAC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATTACTCCACAAATATTTTCTGAACACCAACCATGTACTATATAC  996

seq1  AAATATGTATACATATATTAATATGCATGTGTAAAGTAGTTTTTCTTTTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGTATACATATATTAATATGCATGTGTAAAGTAGTTTTTCTTTTC  1046

seq1  ATTCTATCAGTTCTGTTCCTTTAGAGAACTCTGATACACATGCCTTTCTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATCAGTTCTGTTCCTTTAGAGAACTCTGATACACATGCCTTTCTC  1096

seq1  ATGTTTTGACATCTGAGTTTTGACATTGGGGAGACAAATCTCTCAGAGTT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTGACATCTGAGTTTTGACATTGGGGAGACAAATCTCTCAGAGTT  1146

seq1  AATGAATTC  1152
      |||||||||
seq2  AATGAATTC  1155

seq1: chr13_95723439_95724621
seq2: B6Ng01-270I08.g_65_1246

seq1  GAATTCATATCTGGCAGTACGTGTAGCGCCTTCCCGCAATATAAATGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATCTGGCAGTACGTGTAGCGCCTTCCCGCAATATAAATGTTA  50

seq1  GCTGGTGGGGGCGAAGCTTCGAGTTAAGCACCAGCTTGATTCTCCATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGGGGGCGAAGCTTCGAGTTAAGCACCAGCTTGATTCTCCATATT  100

seq1  AGATGACAGAAGTGCGTGGTGTCTTTAGCAAGATTTTACTATCAGGTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACAGAAGTGCGTGGTGTCTTTAGCAAGATTTTACTATCAGGTTTT  150

seq1  GAAGGATAACCAACAGCCTGTCATGTTTGTGGGTGTCTATAAGACCTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATAACCAACAGCCTGTCATGTTTGTGGGTGTCTATAAGACCTCCT  200

seq1  TGACCATCAGCTGAAAAATATGTAGCCGACTCCTGGTACTGGACTTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATCAGCTGAAAAATATGTAGCCGACTCCTGGTACTGGACTTGTAT  250

seq1  TTGGTAGCATTCGCTATGGTATTGACTCTCCCATTATGTGGTGCCTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAGCATTCGCTATGGTATTGACTCTCCCATTATGTGGTGCCTTCAT  300

seq1  TTAAACTCCCTTTACATATTCTAGGAACCTTCTATAGTAGTAGGTTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTCCCTTTACATATTCTAGGAACCTTCTATAGTAGTAGGTTTCTG  350

seq1  TATTGCCTTTTAAAAAGACCTTCAGTGTTAGTTTTCCCTCCCCACTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCCTTTTAAAAAGACCTTCAGTGTTAGTTTTCCCTCCCCACTTTTT  400

seq1  CCTTCTCTGGGTTTTGTTCTAACCTTAAAAGACTGCAGAAAGCTTGTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCTGGGTTTTGTTCTAACCTTAAAAGACTGCAGAAAGCTTGTACA  450

seq1  TATTGGGGTGAAACAGTCATGGGAGCACTCAGGAATCTACTGAGGCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGGGTGAAACAGTCATGGGAGCACTCAGGAATCTACTGAGGCTTCC  500

seq1  CTCAGGATTGGAGAAGTGTGCCCGGAGTTAATGACTCACATCTATGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGATTGGAGAAGTGTGCCCGGAGTTAATGACTCACATCTATGGAGG  550

seq1  GCCCTTGTAACCAAAGGACGAGTTCAAAATAGAAATGTATAGAAATAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGTAACCAAAGGACGAGTTCAAAATAGAAATGTATAGAAATAAGG  600

seq1  AAAAAAGATCCTGGATTCCAAATGTAATTCTGTCTTAGAGCGGTCTGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGATCCTGGATTCCAAATGTAATTCTGTCTTAGAGCGGTCTGGGC  650

seq1  TAGCTAGGGGGAGAGTTTCTGCTTAGCATGTGTAAACCACTGGCCTCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAGGGGGAGAGTTTCTGCTTAGCATGTGTAAACCACTGGCCTCAAT  700

seq1  ACCCAGTACTGCAAGACCAAGTTAAAATAACATAACCATAAAACTCTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTACTGCAAGACCAAGTTAAAATAACATAACCATAAAACTCTCTA  750

seq1  TAGAAATAAATGTAAATATTATTAGAAAATATTTAAGAATCATTGTTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAAATGTAAATATTATTAGAAAATATTTAAGAATCATTGTTAAT  800

seq1  TTTGTAGGTTTTATCATACTGTGGTGAAATAAAAAATGTTATTTAAAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGGTTTTATCATACTGTGGTGAAATAAAAAATGTTATTTAAAGAC  850

seq1  ATACATAGAAGTATGTAAGATTGAGTGACAATATAATATCATAAATTTAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATACATAGAAGTATGTAAGATTGAGTGACAATATAATATCAT-AATTTAA  899

seq1  TATCTTGCAGCAACCAAGACTTTCCAAAGACGGGGGGGAAAAAAAAACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATCTTGCAGCAACCAAGACTTTCCAAAGACGGGGGGAAAAAAAAAACAA  949

seq1  GTGTGTCAAAATATTTAGAGCTATTGAATATGATTTGTAGGTATCATGAG  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTC-AAATATTTAGAGCTATTGAATATGATTTGTAGGTATCATGAG  998

seq1  CGTGTATTGCGTTTTTCTGTACTGTAGCCTGGTTTTGCCTAGGTTACATA  1050
      |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  CGTGTA-TGCGTTTTTCTGTACTGTAGCCTGATTTGGCCTAGGTTACATA  1047

seq1  ACACCAAGAATAATCTGC-AGAAAATGTGAAATGGGTTAATGCTGGCAGA  1099
      ||||| |||||||||||| ||||||||   |||||  ||||||| |||||
seq2  ACACC-AGAATAATCTGCAAGAAAATGGTGAATGG--TAATGCT-GCAGA  1093

seq1  GTTT--AAAGATCTTTAGGTAAAA-GTAG-CCCTATCAATCACAGAATAG  1145
      ||||  || |||||| || ||||| |||| || |||| ||| ||| || |
seq2  GTTTTAAAGGATCTTAAGTTAAAAGGTAGTCCTTATCCATC-CAG-ATTG  1141

seq1  AGTAATTTGAA--CTCTGAAGTCATGGTTC---TAAGAAATTA  1183
      ||| |||||||  ||||| |||||||||||   || |||||||
seq2  AGT-ATTTGAAACCTCTG-AGTCATGGTTCTCTTAGGAAATTA  1182