BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270I21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 71,752,173 - 71,880,425
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC018507, EG620473, Adamts16, 8030423J24Rik, LOC627230, LOC100042360
Downstream geneIrx1, LOC100042828, LOC100042832, LOC100042836, Irx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270I21.bB6Ng01-270I21.g
ACCGA072865GA072866
length1,081836
definitionB6Ng01-270I21.b B6Ng01-270I21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,752,173 - 71,753,268)(71,879,592 - 71,880,425)
sequence
gaattcttatcttgtgattaaagttacttctagaatgtccccaagagaaa
agcttcatgtgacactgcacatctttatgctattagtttggtagggttgc
cttaacaagctgtcacagactagacacttttaacagtaggaatgtgtgtc
ctgattcctggggaagttggttatctcatcagtgagatggagcccagtaa
agcctcactccagaaccagcacatgatgtcttcttctgtgcctcacaagc
ttgtcttccctgtgtgtatttgtgtcctgatgagtgaggataagttagct
caccctactgtgactgttgtgttccttatgttccttcacatcttatatca
tagaaggctagtctgactccatgacaagcttcaaattggcagtttttagg
agactaagagaagcccaggcaagacaattaccaatacaacaacaacaact
gctgctactgctactgctactgctactgctactgctactgctactgctac
tgctactgctacagctacagctacagctacagctacagctacagctacag
ctacagctacagctacagctacagctacagcaacagcaacagcaacagca
acacaacccaggctttagcctccatgccctggtaatggttccggaatgcc
ttcagtaagataaagcacatgaactccagaactccaatgtgctttaaatg
gagccttcgagctcacttgattgtctctctgcttttgtaataggagaccc
cagcttgctagacttttgcagaataaaacactctgcgtttacatacgatt
tgagtccttggtgtctctcgtcagtgaatcatggacccttacacttccaa
acaccatcatttctgaattgctggtgcttaagctttcatagaatttgagg
actatgtctcagcccagctctctcactgccctctttgagtttacatttca
gccttggtcatctaatatctagaaactgccttgtctgggagttcagattc
tcagatcagagtgaagaatttccttcctgagcatcctagtatgctaatgt
aaatttccaaggcattagtctaggaaacatg

gaattcagtgtgaggcagccattattgattacctggactatcatgtaagt
agatctaacaaatgcccttttagtgtatattcaccctgatatttctattc
ctctagagagcactgattaattgcactgtaagaggtgcttatcaactacg
tcttaatagcgttatcagttgttactactaccctctccacattaatggaa
caagagctgaatgcatgcagagttgagtaaaggaagagcaaactgttcct
ccagtgagaggccgctttgtcatgggaaggtaacaaatgacaataaggga
cagcttaaatccttggtgtcagagcttctgttgccacaaagaggagtgaa
agtgcacaatcttggtgcattttgtagatacaatgacacctaggagctgc
tatgactctaggacatgttactaaaattatttgcttttagtttgggggga
aagattttaacaaaaccaatgctttgttcatagaaccgtttaatttgaaa
cttattaaatagtataaaactgatataatttttcttgagaccattgaaaa
tagttttcaattttgctgcctgcctgactcttttgcctgcccttgggaat
cttccttctatggggttgccttgctcagccttgataagagggccttgtat
cttgttttgtccagtttggctgtcatctctttaaaacttgatctgttcta
aagaagagaaggaggatgactggatctgggggagagatgaggttgtgggg
agctggcaggattggatgggaggggaaactgaaattgaaatgcattgtat
gaaataagatcacataataatcaaactattgcgtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_71752173_71753268
seq2: B6Ng01-270I21.b_46_1126

seq1  GAATTCTTATCTTGTGATTAAAGTTACTTCTAGAATGTCCCCAAGAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCTTGTGATTAAAGTTACTTCTAGAATGTCCCCAAGAGAAA  50

seq1  AGCTTCATGTGACACTGCACATCTTTATGCTATTAGTTTGGTAGGGTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCATGTGACACTGCACATCTTTATGCTATTAGTTTGGTAGGGTTGC  100

seq1  CTTAACAAGCTGTCACAGACTAGACACTTTTAACAGTAGGAATGTGTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACAAGCTGTCACAGACTAGACACTTTTAACAGTAGGAATGTGTGTC  150

seq1  CTGATTCCTGGGGAAGTTGGTTATCTCATCAGTGAGATGGAGCCCAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCCTGGGGAAGTTGGTTATCTCATCAGTGAGATGGAGCCCAGTAA  200

seq1  AGCCTCACTCCAGAACCAGCACATGATGTCTTCTTCTGTGCCTCACAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCACTCCAGAACCAGCACATGATGTCTTCTTCTGTGCCTCACAAGC  250

seq1  TTGTCTTCCCTGTGTGTATTTGTGTCCTGATGAGTGAGGATAAGTTAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCCCTGTGTGTATTTGTGTCCTGATGAGTGAGGATAAGTTAGCT  300

seq1  CACCCTACTGTGACTGTTGTGTTCCTTATGTTCCTTCACATCTTATATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTACTGTGACTGTTGTGTTCCTTATGTTCCTTCACATCTTATATCA  350

seq1  TAGAAGGCTAGTCTGACTCCATGACAAGCTTCAAATTGGCAGTTTTTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGCTAGTCTGACTCCATGACAAGCTTCAAATTGGCAGTTTTTAGG  400

seq1  AGACTAAGAGAAGCCCAGGCAAGACAATTACCAATACAACAACAACAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAGAGAAGCCCAGGCAAGACAATTACCAATACAACAACAACAACT  450

seq1  GCTGCTACTGCTACTGCTACTGCTACTGCTACTGCTACTGCTACTGCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTACTGCTACTGCTACTGCTACTGCTACTGCTACTGCTACTGCTAC  500

seq1  TGCTACTGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAG  550

seq1  CTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCAACAGCAACAGCAACAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCTACAGCAACAGCAACAGCAACAGCA  600

seq1  ACACAACCCAGGCTTTAGCCTCCATGCCCTGGTAATGGTTCCGGAATGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACCCAGGCTTTAGCCTCCATGCCCTGGTAATGGTTCCGGAATGCC  650

seq1  TTCAGTAAGATAAAGCACATGAACTCCAGAACTCCAATGTGCTTTAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAAGATAAAGCACATGAACTCCAGAACTCCAATGTGCTTTAAATG  700

seq1  GAGCCTTCGAGCTCACTTGATTGTCTCTCTGCTTTTGTAATAGGAGACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTCGAGCTCACTTGATTGTCTCTCTGCTTTTGTAATAGGAGACCC  750

seq1  CAGCTTGCTAGACTTTTGCAGAATAAAACACTCTGCGTTTACATACGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGCTAGACTTTTGCAGAATAAAACACTCTGCGTTTACATACGATT  800

seq1  TGAGTCCTTGGTGTCTCTCGTCAGTGAATCATGGACCCTTACACTTCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCTTGGTGTCTCTCGTCAGTGAATCATGGACCCTTACACTTCCAA  850

seq1  ACACCATCATTTCTGAATTGCTGGTGCTTAAGCTTTCATAGAATTTGAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATCATTTCTGAATTGCTGGTGCTTAAGCTTTCATAGAATTTGAGG  900

seq1  AACTATGTCTCAGCCCAGCTCTCTCACCTGCCCTCTTTGAGTTTACATTT  950
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -ACTATGTCTCAGCCCAGCTCTCTCA-CTGCCCTCTTTGAGTTTACATTT  948

seq1  CAGCCTTGGTTCATCTAAATATCTAAGAAACTGCCTTGTCTGGGAGTTTC  1000
      ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGCCTTGG-TCATCT-AATATCT-AGAAACTGCCTTGTCTGGGAG-TTC  994

seq1  AGATTCTCCAGAATTCAGGAAGTGAAGAATTTCCTTTCCTGGAGCATTCT  1050
      ||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| ||||| ||||| || 
seq2  AGATTCT-CAGA--TCAG--AGTGAAGAATTTCC-TTCCT-GAGCA-TCC  1036

seq1  TAGTAATGCTAATGTAAATTTCCCAGGCATTAGTCTAAGAAACATG  1096
      |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGT-ATGCTAATGTAAATTTCCAAGGCATTAGTCTAGGAAACATG  1081


seq1: chr13_71879592_71880425
seq2: B6Ng01-270I21.g_65_900 (reverse)

seq1  GCACGCAATA-TTTTATTATTATGTATTCTTATTTCATACAATGCATCTC  49
      |||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||
seq2  GCACGCAATAGTTTGATTATTATGTGATCTTATTTCATACAATGCATTTC  50

seq1  AACTACAGTTTCCCCT-CCATCCAATCCTGCCAGCTCCCCACAACCTCAT  98
      || | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAGTTTCCCCTCCCATCCAATCCTGCCAGCTCCCCACAACCTCAT  100

seq1  CTCTCCCCCAGATCCAGTCATCCTCCTTCTCTTCTTTAGAACAGATCAAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCCAGATCCAGTCATCCTCCTTCTCTTCTTTAGAACAGATCAAG  150

seq1  TTTTAAAGAGATGACAGCCAAACTGGACAAAACAAGATACAAGGCCCTCT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGAGATGACAGCCAAACTGGACAAAACAAGATACAAGGCCCTCT  200

seq1  TATCAAGGCTGAGCAAGGCAACCCCATAGAAGGAAGATTCCCAAGGGCAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGGCTGAGCAAGGCAACCCCATAGAAGGAAGATTCCCAAGGGCAG  250

seq1  GCAAAAGAGTCAGGCAGGCAGCAAAATTGAAAACTATTTTCAATGGTCTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGAGTCAGGCAGGCAGCAAAATTGAAAACTATTTTCAATGGTCTC  300

seq1  AAGAAAAATTATATCAGTTTTATACTATTTAATAAGTTTCAAATTAAACG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAATTATATCAGTTTTATACTATTTAATAAGTTTCAAATTAAACG  350

seq1  GTTCTATGAACAAAGCATTGGTTTTGTTAAAATCTTTCCCCCCAAACTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTATGAACAAAGCATTGGTTTTGTTAAAATCTTTCCCCCCAAACTAA  400

seq1  AAGCAAATAATTTTAGTAACATGTCCTAGAGTCATAGCAGCTCCTAGGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAATAATTTTAGTAACATGTCCTAGAGTCATAGCAGCTCCTAGGTG  450

seq1  TCATTGTATCTACAAAATGCACCAAGATTGTGCACTTTCACTCCTCTTTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTATCTACAAAATGCACCAAGATTGTGCACTTTCACTCCTCTTTG  500

seq1  TGGCAACAGAAGCTCTGACACCAAGGATTTAAGCTGTCCCTTATTGTCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACAGAAGCTCTGACACCAAGGATTTAAGCTGTCCCTTATTGTCAT  550

seq1  TTGTTACCTTCCCATGACAAAGCGGCCTCTCACTGGAGGAACAGTTTGCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACCTTCCCATGACAAAGCGGCCTCTCACTGGAGGAACAGTTTGCT  600

seq1  CTTCCTTTACTCAACTCTGCATGCATTCAGCTCTTGTTCCATTAATGTGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTACTCAACTCTGCATGCATTCAGCTCTTGTTCCATTAATGTGG  650

seq1  AGAGGGTAGTAGTAACAACTGATAACGCTATTAAGACGTAGTTGATAAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTAGTAGTAACAACTGATAACGCTATTAAGACGTAGTTGATAAGC  700

seq1  ACCTCTTACAGTGCAATTAATCAGTGCTCTCTAGAGGAATAGAAATATCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTACAGTGCAATTAATCAGTGCTCTCTAGAGGAATAGAAATATCA  750

seq1  GGGTGAATATACACTAAAAGGGCATTTGTTAGATCTACTTACATGATAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAATATACACTAAAAGGGCATTTGTTAGATCTACTTACATGATAGT  800

seq1  CCAGGTAATCAATAATGGCTGCCTCACACTGAATTC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTAATCAATAATGGCTGCCTCACACTGAATTC  836


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |