BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275E15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 28,789,537 - 28,932,287
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC626683
Upstream genePrl7d1, Prl7c1, Prl2a1, OTTMUSG00000000651, LOC666321, LOC195243, LOC100041036, Prl4a1, Prl5a1, LOC100042388, LOC100042393, LOC100042399, Ppia-ps13_297.1
Downstream gene2610307P16Rik, Sox4, LOC100041135, Cdkal1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275E15.bB6Ng01-275E15.g
ACCGA076369GA076370
length1,0571,127
definitionB6Ng01-275E15.b B6Ng01-275E15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,931,234 - 28,932,287)(28,789,537 - 28,790,690)
sequence
gaattcccttaagatccaaaggccatggagtattcttcagaggactgcgt
cgcatatttcctgtgtatcttgttttgtctggggactgctccacagaact
ctgccatctgtagtgggtggcaactatatctcagtcttgaagaattcatc
tgttcattttctttctttccctgacttgatgacaccattgtggttacttc
tcctccctccccaatcaataacatctcattttccattattacatcttaag
tatattgcagtggctgcaagctgttacattttcattttggtaatgtgatg
gttggaaaaatctgtcaggaaacagtcgcaggagttcaagtcctctgaag
ctgggctgccttccagatgagtctgtctagatggtggaggatccctacct
gcccacatttcggcaacattagctcgccagcctataccacctttaagacc
ctggaactctggacaaagtcacctgcccatgtgggcagaaggatctccca
gagcctaggttcctgtctcctctctagctaatgcttctttgttctatatt
ccaaagactattagggtagtttagatgcagtgtctcattgctgttgagaa
atcacgagtgacgggtgtgactgtaaggtatgatggatacctgtcatccc
agcactcagtagactgaggcaggagactagaaagtctgagatcagcctgg
gctatagaggaagatcccgactctaaacaaaaacaacaataactctatca
acccaaactacccagggctttctaaatcaatctttagctaaatatgagag
cgccattctatacacagtgactagatctgggtcacaagggtgtccaaggg
gaagcaatctccctaagagccattcgtcataaagcatttcgctgctgata
ttaatatctaatggaaattccttttttttttttttttttggttgggagag
gcccttaccttttaataatgcccttttcaggtttgaagaagtgcatcagc
cattgctggagcgtttctttgtaaggcaccttaactgggttaggggaggt
gttaatg

gaattcacttaagtcaaaaatcaacccctccctccgagtgctcaaatgag
gcccaacctggagctttcccatgtgtatcactgggctccagcccttcagt
tcccggctcacaaaggagacgagttcaaagaagctggagggaggagaaaa
ctgaacatagagctagaacagccaagctaaccctgggtggtaatgatatc
cccctaggcacccagttctcagaccacaaggggtgatgatttaccacgtg
ctatggaagcaggcttgggactcgggctgacatgatgagttaattcagct
ggagaaaccatccacatctgtgcgggtattctgaagtcccgtggcccccg
cagatctccagataaccagggaagctgtgtggcattccagaaaggcactg
ggctgaatcgcaaagccctggatttctgtgctgcctccaccggctcatcc
cccgggaaagggcaaaccactctctcctggggactaaggctcctcatctg
taaaactgagagcagatgcttgcctctcttctagcacagagctctaacta
tcatggaaagagaaatttaatactatttctatgccctcccctgcctgccc
ctgaatgccgggggagcctccatgatatctgagccaatacgtccagggct
tttaagaagatttgctgcagtgataataaccatgcaaatatgtgaacagc
actactcttagaaccatgtcaaaaataccaattttaaaaggtcaaacaga
cggaaaaggccaggcatgtatcactgggcctgcccaagactgggcttgtc
aatagccaatcaaggatggggagccattcagggtgccctccccctccctg
cttaactactgcaatctatgcgctctgggggaggggcccttattgctttc
agttgcatatgaattgatgagcttcttgggctctgaaacaatagttccaa
caacatggtcacacagacagacagctctggtaaatcagaggatagcaaac
aaaaggcatatagtggtgaaagggaagaggtgacaagaggagatagagaa
caaagagtacaaagcactggtgttcacattcagtcaactgcaaaaaaata
ggttctaattaggaaaggaaaataaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_28931234_28932287
seq2: B6Ng01-275E15.b_42_1098 (reverse)

seq1  CATT-ACACCTCCCCTAA-CCAGTTAAGTGCCCTTAC-AAGAAACGCTCC  47
      |||| ||||||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||||||
seq2  CATTAACACCTCCCCTAACCCAGTTAAGGTGCCTTACAAAGAAACGCTCC  50

seq1  AGCAATGGCTGATGCACTTCTTCAAACCTGAAAA-GGCATTATTAAAAGG  96
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGCAATGGCTGATGCACTTCTTCAAACCTGAAAAGGGCATTATTAAAAGG  100

seq1  TAAGGGCCTCTCCCAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCCATTA  146
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGCCTCTCCCAACC-AAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCCATTA  149

seq1  GATATTAATATCAGCAGCGAAATGCTTTATGACGAATGGCTCTTAGGGAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTAATATCAGCAGCGAAATGCTTTATGACGAATGGCTCTTAGGGAG  199

seq1  ATTGCTTCCCCTTGGACACCCTTGTGACCCAGATCTAGTCACTGTGTATA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTCCCCTTGGACACCCTTGTGACCCAGATCTAGTCACTGTGTATA  249

seq1  GAATGGCGCTCTCATATTTAGCTAAAGATTGATTTAGAAAGCCCTGGGTA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCGCTCTCATATTTAGCTAAAGATTGATTTAGAAAGCCCTGGGTA  299

seq1  GTTTGGGTTGATAGAGTTATTGTTGTTTTTGTTTAGAGTCGGGATCTTCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGTTGATAGAGTTATTGTTGTTTTTGTTTAGAGTCGGGATCTTCC  349

seq1  TCTATAGCCCAGGCTGATCTCAGACTTTCTAGTCTCCTGCCTCAGTCTAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGCCCAGGCTGATCTCAGACTTTCTAGTCTCCTGCCTCAGTCTAC  399

seq1  TGAGTGCTGGGATGACAGGTATCCATCATACCTTACAGTCACACCCGTCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCTGGGATGACAGGTATCCATCATACCTTACAGTCACACCCGTCA  449

seq1  CTCGTGATTTCTCAACAGCAATGAGACACTGCATCTAAACTACCCTAATA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGATTTCTCAACAGCAATGAGACACTGCATCTAAACTACCCTAATA  499

seq1  GTCTTTGGAATATAGAACAAAGAAGCATTAGCTAGAGAGGAGACAGGAAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGGAATATAGAACAAAGAAGCATTAGCTAGAGAGGAGACAGGAAC  549

seq1  CTAGGCTCTGGGAGATCCTTCTGCCCACATGGGCAGGTGACTTTGTCCAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTCTGGGAGATCCTTCTGCCCACATGGGCAGGTGACTTTGTCCAG  599

seq1  AGTTCCAGGGTCTTAAAGGTGGTATAGGCTGGCGAGCTAATGTTGCCGAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGGGTCTTAAAGGTGGTATAGGCTGGCGAGCTAATGTTGCCGAA  649

seq1  ATGTGGGCAGGTAGGGATCCTCCACCATCTAGACAGACTCATCTGGAAGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGCAGGTAGGGATCCTCCACCATCTAGACAGACTCATCTGGAAGG  699

seq1  CAGCCCAGCTTCAGAGGACTTGAACTCCTGCGACTGTTTCCTGACAGATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGCTTCAGAGGACTTGAACTCCTGCGACTGTTTCCTGACAGATT  749

seq1  TTTCCAACCATCACATTACCAAAATGAAAATGTAACAGCTTGCAGCCACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAACCATCACATTACCAAAATGAAAATGTAACAGCTTGCAGCCACT  799

seq1  GCAATATACTTAAGATGTAATAATGGAAAATGAGATGTTATTGATTGGGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATACTTAAGATGTAATAATGGAAAATGAGATGTTATTGATTGGGG  849

seq1  AGGGAGGAGAAGTAACCACAATGGTGTCATCAAGTCAGGGAAAGAAAGAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGAGAAGTAACCACAATGGTGTCATCAAGTCAGGGAAAGAAAGAA  899

seq1  AATGAACAGATGAATTCTTCAAGACTGAGATATAGTTGCCACCCACTACA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACAGATGAATTCTTCAAGACTGAGATATAGTTGCCACCCACTACA  949

seq1  GATGGCAGAGTTCTGTGGAGCAGTCCCCAGACAAAACAAGATACACAGGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCAGAGTTCTGTGGAGCAGTCCCCAGACAAAACAAGATACACAGGA  999

seq1  AATATGCGACGCAGTCCTCTGAAGAATACTCCATGGCCTTTGGATCTTAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCGACGCAGTCCTCTGAAGAATACTCCATGGCCTTTGGATCTTAA  1049

seq1  GGGAATTC  1054
      ||||||||
seq2  GGGAATTC  1057


seq1: chr13_28789537_28790690
seq2: B6Ng01-275E15.g_62_1188

seq1  GAATTCACTTAAGTCAAAAATCAACCCCTCCCTCCGAGTGCTCAAATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTAAGTCAAAAATCAACCCCTCCCTCCGAGTGCTCAAATGAG  50

seq1  GCCCAACCTGGAGCTTTCCCATGTGTATCACTGGGCTCCAGCCCTTCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACCTGGAGCTTTCCCATGTGTATCACTGGGCTCCAGCCCTTCAGT  100

seq1  TCCCGGCTCACAAAGGAGACGAGTTCAAAGAAGCTGGAGGGAGGAGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGGCTCACAAAGGAGACGAGTTCAAAGAAGCTGGAGGGAGGAGAAAA  150

seq1  CTGAACATAGAGCTAGAACAGCCAAGCTAACCCTGGGTGGTAATGATATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACATAGAGCTAGAACAGCCAAGCTAACCCTGGGTGGTAATGATATC  200

seq1  CCCCTAGGCACCCAGTTCTCAGACCACAAGGGGTGATGATTTACCACGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAGGCACCCAGTTCTCAGACCACAAGGGGTGATGATTTACCACGTG  250

seq1  CTATGGAAGCAGGCTTGGGACTCGGGCTGACATGATGAGTTAATTCAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGAAGCAGGCTTGGGACTCGGGCTGACATGATGAGTTAATTCAGCT  300

seq1  GGAGAAACCATCCACATCTGTGCGGGTATTCTGAAGTCCCGTGGCCCCCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAACCATCCACATCTGTGCGGGTATTCTGAAGTCCCGTGGCCCCCG  350

seq1  CAGATCTCCAGATAACCAGGGAAGCTGTGTGGCATTCCAGAAAGGCACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTCCAGATAACCAGGGAAGCTGTGTGGCATTCCAGAAAGGCACTG  400

seq1  GGCTGAATCGCAAAGCCCTGGATTTCTGTGCTGCCTCCACCGGCTCATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAATCGCAAAGCCCTGGATTTCTGTGCTGCCTCCACCGGCTCATCC  450

seq1  CCCGGGAAAGGGCAAACCACTCTCTCCTGGGGACTAAGGCTCCTCATCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGGAAAGGGCAAACCACTCTCTCCTGGGGACTAAGGCTCCTCATCTG  500

seq1  TAAAACTGAGAGCAGATGCTTGCCTCTCTTCTAGCACAGAGCTCTAACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTGAGAGCAGATGCTTGCCTCTCTTCTAGCACAGAGCTCTAACTA  550

seq1  TCATGGAAAGAGAAATTTAATACTATTTCTATGCCCTCCCCTGCCTGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGAAAGAGAAATTTAATACTATTTCTATGCCCTCCCCTGCCTGCCC  600

seq1  CTGAATGCCGGGGGAGCCTCCATGATATCTGAGCCAATACGTCCAGGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGCCGGGGGAGCCTCCATGATATCTGAGCCAATACGTCCAGGGCT  650

seq1  TTTAAGAAGATTTGCTGCAGTGATAATAACCATGCAAATATGTGAACAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAAGATTTGCTGCAGTGATAATAACCATGCAAATATGTGAACAGC  700

seq1  ACTACTCTTAGAACCATGTCAAAAATACCAATTTTAAAAGGTCAAACAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCTTAGAACCATGTCAAAAATACCAATTTTAAAAGGTCAAACAGA  750

seq1  CGGAAAAGGCCAGGCATGTATCACTGGGCCTGCCCAAGACTGGGCTTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAAAGGCCAGGCATGTATCACTGGGCCTGCCCAAGACTGGGCTTGTC  800

seq1  AATAGCCAATCAAGGATGGGGAGCCATTCAGGGTGCCCTCCCCCTCCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCCAATCAAGGATGGGGAGCCATTCAGGGTGCCCTCCCCCTCCCTG  850

seq1  CTTAACTACTGCAATCTATGCGCTCTGGGGGAGGGGCCCTTATTGCTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTACTGCAATCTATGCGCTCTGGGGGAGGGGCCCTTATTGCTTTC  900

seq1  AGTTGCATATGAATTGATGAGCTTCTTGGGCTCTGAAAC-ATAGTTCCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTTGCATATGAATTGATGAGCTTCTTGGGCTCTGAAACAATAGTTCCAA  950

seq1  CAACATGGTCACACAGACAGACAGCTCTGGTTAAAATCAGAGGATAGCAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  CAACATGGTCACACAGACAGACAGCTCTGGT--AAATCAGAGGATAGCAA  998

seq1  AACAAAAAGGCATATAGGTGTGAAAGGGAAGAAGGTGACAAAAGAGGGAA  1049
      |   |||||||||||||  |||||||||||| |||||||  ||||||   
seq2  A--CAAAAGGCATATAGTGGTGAAAGGGAAG-AGGTGAC--AAGAGG---  1040

seq1  GGATAAGAGGAAACAAAAGAGTAAACAAAAAGCACT-GTGTTCACATCCA  1098
       ||| ||||  ||| |||||||    | |||||||| |||||||||| ||
seq2  AGAT-AGAG--AAC-AAAGAGT----ACAAAGCACTGGTGTTCACATTCA  1082

seq1  GTCAAAACTGGAAAAAAAAATAAGTTTCTAATTAAAGAAAAAAAGGAAAA  1148
      |||  ||||| |||||||    || ||||||||  || |||    | |||
seq2  GTC--AACTGCAAAAAAA---TAGGTTCTAATT--AGGAAA----GGAAA  1121

seq1  ATAAAA  1154
      ||||||
seq2  ATAAAA  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |