BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276F10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 52,117,735 - 52,266,526
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSpin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524, Edg3, Shc3, Cks2, Secisbp2, Sema4d, Gadd45g
Downstream geneLOC100040321, Diras2, LOC100040572, Syk, Auh, Nfil3, Ror2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276F10.bB6Ng01-276F10.g
ACCGA077146GA077147
length1,099354
definitionB6Ng01-276F10.b B6Ng01-276F10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,265,437 - 52,266,526)(52,117,735 - 52,118,088)
sequence
gaattcatcagtatggaggctgagttctgtgattttctatgcttggtgct
gcttcatctgcttagagattgacacgtctattctagcagcttccgttagg
gtattctttgatggaatgtgaactgtccctccatcatctatgaggaactc
tccagtgcgttaaaggctcccatgagagtgcgcccttcagatctctgagt
gtgacactaagctgtcattctccctatatttctgatgaactcttcaaatt
agaggtaaatcatcacggaagcacttgcttggcctttacatctcaaactg
tcttagttagggtttctgtcactgtgagaaaacaccaagaccgaaagtaa
ctttgggaggaaaggatttattccattatatggacttatagtccatcatc
cagagaggtcaaggcactcactcgaggcaggcacagcaccagaggccatg
gaggaacgctgattactggcttgtttgccatggcttgctcagccttattt
cttatagcacctaggaccaccagcccaggggtatcaccacccacattgag
ctgagtccattccacatcaatcaccaatcaagaaaatgaacctcagactt
gccctcagggccattgggtagggtcattgttcctcagttgaggttccctc
tcccaaatgactctagcttgtgtcaagttggcctaaaactaagcaacata
ctggccaatgatctagtgaggattctttccaccatctatctcacataacc
atcagggaaggaactacgtaatgcttgcagatggagctacagcagcgatg
ggtgggacccacctggaggttaaccctggctaggattgcatattctgacc
ccaggtgctcagcacttatatgagaagcataaagatgcctctgacttggg
ctgttggcatcaaagcaggcctagcaccagaagaaccaatgaccactgga
caaacccaagccaagagtcttttgtgttaaaggttttagtagagtcttgt
tgggctcttgcaggatggccaatcttctgctgtaacttctcagctccaat
aatgagctcaagcagtccctggaaaataataagattcctgtctggcctg
tcatctagcacaaagctacaccttcagctcagttcccattaggtctctat
gaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgatcagaactgaacaactgtagattc
cctattcgtcacttagtgttccggtgctgtaaaacaatgctccaggttgg
gtaatttgtaagtgaaaaggctgatattggctcgtggttctggaggctcg
caaacacggtggcagggtcagcttctgatgagaagaaaaggaacagacat
gccagaatgttttcaacatggtggttgaaagttagaacattgaggttctc
agtctgcccttggggattatgcaagaggatagaagggggtggggtgggta
gaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_52265437_52266526
seq2: B6Ng01-276F10.b_47_1145 (reverse)

seq1  CAGGCCAGA----AATTCCTATTTATTTTCCA-GGACTGCCTTGAGCTCA  45
      |||||||||    |||  ||  |||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  CAGGCCAGACAGGAAT--CTTATTATTTTCCAGGGACTG-CTTGAGCTCA  47

seq1  TTA-TGGAGCTGAGAAGTTACAGCAG-AGATTGGCCATCCTGC-AGAG-C  91
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |
seq2  TTATTGGAGCTGAGAAGTTACAGCAGAAGATTGGCCATCCTGCAAGAGCC  97

seq1  CAACAAGACTCTACTAAAACCTTT-ACAC-AAAGACTCTTGGCTT-GGTT  138
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||
seq2  CAACAAGACTCTACTAAAACCTTTAACACAAAAGACTCTTGGCTTGGGTT  147

seq1  TGTCCAGTGGTCATTGGTTCTTCTGGTGCTAGGCCTGCTTTGATGCCAAC  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGTGGTCATTGGTTCTTCTGGTGCTAGGCCTGCTTTGATGCCAAC  197

seq1  AGCCCAAGTCAGAGGCATCTTTATGCTTCTCATATAAGTGCTGAGCACCT  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAAGTCAGAGGCATCTTTATGCTTCTCATATAAGTGCTGAGCACCT  247

seq1  GGGGTCAGAATATGCAATCCTAGCCAGGGTTAACCTCCAGGTGGGTCCCA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCAGAATATGCAATCCTAGCCAGGGTTAACCTCCAGGTGGGTCCCA  297

seq1  CCCATCGCTGCTGTAGCTCCATCTGCAAGCATTACGTAGTTCCTTCCCTG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCGCTGCTGTAGCTCCATCTGCAAGCATTACGTAGTTCCTTCCCTG  347

seq1  ATGGTTATGTGAGATAGATGGTGGAAAGAATCCTCACTAGATCATTGGCC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTATGTGAGATAGATGGTGGAAAGAATCCTCACTAGATCATTGGCC  397

seq1  AGTATGTTGCTTAGTTTTAGGCCAACTTGACACAAGCTAGAGTCATTTGG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTTGCTTAGTTTTAGGCCAACTTGACACAAGCTAGAGTCATTTGG  447

seq1  GAGAGGGAACCTCAACTGAGGAACAATGACCCTACCCAATGGCCCTGAGG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGAACCTCAACTGAGGAACAATGACCCTACCCAATGGCCCTGAGG  497

seq1  GCAAGTCTGAGGTTCATTTTCTTGATTGGTGATTGATGTGGAATGGACTC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCTGAGGTTCATTTTCTTGATTGGTGATTGATGTGGAATGGACTC  547

seq1  AGCTCAATGTGGGTGGTGATACCCCTGGGCTGGTGGTCCTAGGTGCTATA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAATGTGGGTGGTGATACCCCTGGGCTGGTGGTCCTAGGTGCTATA  597

seq1  AGAAATAAGGCTGAGCAAGCCATGGCAAACAAGCCAGTAATCAGCGTTCC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAGGCTGAGCAAGCCATGGCAAACAAGCCAGTAATCAGCGTTCC  647

seq1  TCCATGGCCTCTGGTGCTGTGCCTGCCTCGAGTGAGTGCCTTGACCTCTC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGCCTCTGGTGCTGTGCCTGCCTCGAGTGAGTGCCTTGACCTCTC  697

seq1  TGGATGATGGACTATAAGTCCATATAATGGAATAAATCCTTTCCTCCCAA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGATGGACTATAAGTCCATATAATGGAATAAATCCTTTCCTCCCAA  747

seq1  AGTTACTTTCGGTCTTGGTGTTTTCTCACAGTGACAGAAACCCTAACTAA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTTTCGGTCTTGGTGTTTTCTCACAGTGACAGAAACCCTAACTAA  797

seq1  GACAGTTTGAGATGTAAAGGCCAAGCAAGTGCTTCCGTGATGATTTACCT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTTGAGATGTAAAGGCCAAGCAAGTGCTTCCGTGATGATTTACCT  847

seq1  CTAATTTGAAGAGTTCATCAGAAATATAGGGAGAATGACAGCTTAGTGTC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTGAAGAGTTCATCAGAAATATAGGGAGAATGACAGCTTAGTGTC  897

seq1  ACACTCAGAGATCTGAAGGGCGCACTCTCATGGGAGCCTTTAACGCACTG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAGAGATCTGAAGGGCGCACTCTCATGGGAGCCTTTAACGCACTG  947

seq1  GAGAGTTCCTCATAGATGATGGAGGGACAGTTCACATTCCATCAAAGAAT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTCCTCATAGATGATGGAGGGACAGTTCACATTCCATCAAAGAAT  997

seq1  ACCCTAACGGAAGCTGCTAGAATAGACGTGTCAATCTCTAAGCAGATGAA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAACGGAAGCTGCTAGAATAGACGTGTCAATCTCTAAGCAGATGAA  1047

seq1  GCAGCACCAAGCATAGAAAATCACAGAACTCAGCCTCCATACTGATGAAT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCACCAAGCATAGAAAATCACAGAACTCAGCCTCCATACTGATGAAT  1097

seq1  TC  1090
      ||
seq2  TC  1099

seq1: chr13_52117735_52118088
seq2: B6Ng01-276F10.g_70_423

seq1  TCATCTAGCACAAAGCTACACCTTCAGCTCAGTTCCCATTAGGTCTCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTAGCACAAAGCTACACCTTCAGCTCAGTTCCCATTAGGTCTCTAT  50

seq1  GAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATCAGAACTGAACAACTGTAGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATCAGAACTGAACAACTGTAGATTC  100

seq1  CCTATTCGTCACTTAGTGTTCCGGTGCTGTAAAACAATGCTCCAGGTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTCGTCACTTAGTGTTCCGGTGCTGTAAAACAATGCTCCAGGTTGG  150

seq1  GTAATTTGTAAGTGAAAAGGCTGATATTGGCTCGTGGTTCTGGAGGCTCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTGTAAGTGAAAAGGCTGATATTGGCTCGTGGTTCTGGAGGCTCG  200

seq1  CAAACACGGTGGCAGGGTCAGCTTCTGATGAGAAGAAAAGGAACAGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACGGTGGCAGGGTCAGCTTCTGATGAGAAGAAAAGGAACAGACAT  250

seq1  GCCAGAATGTTTTCAACATGGTGGTTGAAAGTTAGAACATTGAGGTTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAATGTTTTCAACATGGTGGTTGAAAGTTAGAACATTGAGGTTCTC  300

seq1  AGTCTGCCCTTGGGGATTATGCAAGAGGATAGAAGGGGGTGGGGTGGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCCCTTGGGGATTATGCAAGAGGATAGAAGGGGGTGGGGTGGGTA  350

seq1  GAGA  354
      ||||
seq2  GAGA  354