BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278A03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 64,594,457 - 64,752,455
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1190003K10Rik, LOC218298, Ppia-ps13_866.1
Upstream genePtch1, C030010C08Rik, 0610007P08Rik, 9330134C04Rik, EG665575, Hsd17b3, Slc35d2, Zfp367, Habp4, Cdc14b, 1110018J18Rik, Ctsl, Ccrk, LOC665612
Downstream geneLOC238678, LOC631470, Cntnap3, EG432767, 4930458L03Rik, LOC218301, LOC628515, 4932441B19Rik, Gm274, Hiatl1, LOC100042311, Olfr465-ps1, Olfr466, Nlrp4f, ENSMUSG00000074847, Zfp369, LOC100042347, LOC100042341, LOC665738, EG665742, LOC665750, LOC665753, EG544944, EG665767, LOC665777, EG628648, LOC665809, LOC100042404
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278A03.bB6Ng01-278A03.g
ACCGA078371GA078372
length1,0021,019
definitionB6Ng01-278A03.b B6Ng01-278A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,751,881 - 64,752,455)(64,594,457 - 64,595,473)
sequence
gaattccaatgttaaatgtgagctttccataaatgaacatgagctatgtt
aacttttccttcggctctttagaatgtgacattgtgttcttagacataca
tgaatgtgctatctgtgaccccaaggccactccctcacagccctgagtct
cagcttcgctgcctgaaaaggttggtaagaggaatatgaaaagtattgtg
tggggagcactcagaatgtcttagataatgtcaaagcaaacttccttccc
ttgtcctgtattcctgtagcattgcttccctgtccttccttccataaagc
aacgaacaatctattaatcgacagtggatatccaagacacatctcctaca
atccttccttggccagtgcagttagcaggtaggcttaacctcttacaggt
gaatgatatgacatggcctgctttgaaaaccacatctctttcttgggtca
aatttctcaaaactaagacctgttgaataagaagagaaaagttatttggc
ttatgtattcaggctttcctgagaaagaaaacccataagaggtattcagg
tatgtatatacctatggtaaacatatattatatatgtaaatgcaaagtca
catgattagagaggttaggaggtcccatatctggctctctgcaagctgaa
agcccagaaaacctagggtctttgtcctgtggtatagtccaaaaccaaag
atctagaaaatgggtgaactcatggtctcagcccaaattagaagtttcaa
gaagtaggtacaaagatatctaaagggttaaggacagaaagcagaagatg
tgtgttagcttaaacaaagagcaaattcatgattgatttctagggactga
attacacctacttacattgttgagagtaatctttgctcagtctaactgtt
caaatgcccttggataaagactggtatcacccatgttccttgtctcagac
ctttgaggatagactggaattcacactgatgacagttctggctcttcatc
tt
gaattcaaatcccatcaaccacatggtggctcacaaccactcataatgag
atctgatgccctcttcgggcatgtctgaagacagctacagtgcacttata
tataataatgaataaatctttgggctggagcgagcagggactgagtgagc
agagttgtcaggagcgagcaaagttgaccagagcaagtggggctggccag
agagagtgggttgattggaatgagcagaggttctaaaaaataaaattccc
aacaaccacaggaaggctcacaaccatctgtacagctacataaataataa
ataaatcttttttcttttaaaaaaggagcagtgttttttttaaagaattt
gagcaacagtacaacatattacacttcagattgatatacacaattatagt
aagtaagctaaaggaagagattcctagtgaatatgtgtagaagagaagag
gttgtaaaaccaggagggaagtccatctgaggcacaccgagcttgaaaaa
agactaagtgagaagatgaaacctgagggagggacatggtagtggcttag
ttagccccagggactgtcttcaagctgactcctctcacacaacgttgcat
tgtctcttcagtacattttcacaggaaaattacacatcggttgaattgtt
cccactcaagcaaataactcctaacccgtgctcctgcaggcctccctaat
tacatgcagtgggtcacacatacatataaaattgaaaatatgcggagaac
ttggcaagaatcagggatttggtgggaggggtaagggataggagacaata
gaggtcagaagagagtttgatcaagaacatatattatggataacaattgt
aaaagaataaacaggtaaactaataagaaattgcagacaagttaaaattt
cagcctcatttcttacgaagcatctgaccacttgtccttaaaatgactaa
gaccaggcagccagaggtaaatgcctagtttagcttgcttaatccctggt
ggtgcttcacctccagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_64751881_64752455
seq2: B6Ng01-278A03.b_47_621 (reverse)

seq1  TATGTTTACCATAGGTATATACATACCTGAATACCTCTTATGGGTTTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTACCATAGGTATATACATACCTGAATACCTCTTATGGGTTTTCT  50

seq1  TTCTCAGGAAAGCCTGAATACATAAGCCAAATAACTTTTCTCTTCTTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGAAAGCCTGAATACATAAGCCAAATAACTTTTCTCTTCTTATT  100

seq1  CAACAGGTCTTAGTTTTGAGAAATTTGACCCAAGAAAGAGATGTGGTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGTCTTAGTTTTGAGAAATTTGACCCAAGAAAGAGATGTGGTTTT  150

seq1  CAAAGCAGGCCATGTCATATCATTCACCTGTAAGAGGTTAAGCCTACCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAGGCCATGTCATATCATTCACCTGTAAGAGGTTAAGCCTACCTG  200

seq1  CTAACTGCACTGGCCAAGGAAGGATTGTAGGAGATGTGTCTTGGATATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGCACTGGCCAAGGAAGGATTGTAGGAGATGTGTCTTGGATATCC  250

seq1  ACTGTCGATTAATAGATTGTTCGTTGCTTTATGGAAGGAAGGACAGGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCGATTAATAGATTGTTCGTTGCTTTATGGAAGGAAGGACAGGGAA  300

seq1  GCAATGCTACAGGAATACAGGACAAGGGAAGGAAGTTTGCTTTGACATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGCTACAGGAATACAGGACAAGGGAAGGAAGTTTGCTTTGACATTA  350

seq1  TCTAAGACATTCTGAGTGCTCCCCACACAATACTTTTCATATTCCTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGACATTCTGAGTGCTCCCCACACAATACTTTTCATATTCCTCTTA  400

seq1  CCAACCTTTTCAGGCAGCGAAGCTGAGACTCAGGGCTGTGAGGGAGTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCTTTTCAGGCAGCGAAGCTGAGACTCAGGGCTGTGAGGGAGTGGC  450

seq1  CTTGGGGTCACAGATAGCACATTCATGTATGTCTAAGAACACAATGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGTCACAGATAGCACATTCATGTATGTCTAAGAACACAATGTCAC  500

seq1  ATTCTAAAGAGCCGAAGGAAAAGTTAACATAGCTCATGTTCATTTATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAAGAGCCGAAGGAAAAGTTAACATAGCTCATGTTCATTTATGGA  550

seq1  AAGCTCACATTTAACATTGGAATTC  575
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCACATTTAACATTGGAATTC  575

seq1: chr13_64594457_64595473
seq2: B6Ng01-278A03.g_65_1083

seq1  GAATTCAAATCCCATCAACCACATGGTGGCTCACAACCACTCATAATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCCCATCAACCACATGGTGGCTCACAACCACTCATAATGAG  50

seq1  ATCTGATGCCCTCTTCGGGCATGTCTGAAGACAGCTACAGTGCACTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGCCCTCTTCGGGCATGTCTGAAGACAGCTACAGTGCACTTATA  100

seq1  TATAATAATGAATAAATCTTTGGGCTGGAGCGAGCAGGGACTGAGTGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAATGAATAAATCTTTGGGCTGGAGCGAGCAGGGACTGAGTGAGC  150

seq1  AGAGTTGTCAGGAGCGAGCAAAGTTGACCAGAGCAAGTGGGGCTGGCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGTCAGGAGCGAGCAAAGTTGACCAGAGCAAGTGGGGCTGGCCAG  200

seq1  AGAGAGTGGGTTGATTGGAATGAGCAGAGGTTCTAAAAAATAAAATTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTGGGTTGATTGGAATGAGCAGAGGTTCTAAAAAATAAAATTCCC  250

seq1  AACAACCACAGGAAGGCTCACAACCATCTGTACAGCTACATAAATAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCACAGGAAGGCTCACAACCATCTGTACAGCTACATAAATAATAA  300

seq1  ATAAATCTTTTTTCTTTTAAAAAAGGAGCAGTGTTTTTTTTAAAGAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCTTTTTTCTTTTAAAAAAGGAGCAGTGTTTTTTTTAAAGAATTT  350

seq1  GAGCAACAGTACAACATATTACACTTCAGATTGATATACACAATTATAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAACAGTACAACATATTACACTTCAGATTGATATACACAATTATAGT  400

seq1  AAGTAAGCTAAAGGAAGAGATTCCTAGTGAATATGTGTAGAAGAGAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGCTAAAGGAAGAGATTCCTAGTGAATATGTGTAGAAGAGAAGAG  450

seq1  GTTGTAAAACCAGGAGGGAAGTCCATCTGAGGCACACCGAGCTTGAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAAAACCAGGAGGGAAGTCCATCTGAGGCACACCGAGCTTGAAAAA  500

seq1  AGACTAAGTGAGAAGATGAAACCTGAGGGAGGGACATGGTAGTGGCTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAGTGAGAAGATGAAACCTGAGGGAGGGACATGGTAGTGGCTTAG  550

seq1  TTAGCCCCAGGGACTGTCTTCAAGCTGACTCCTCTCACACAACGTTGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCCAGGGACTGTCTTCAAGCTGACTCCTCTCACACAACGTTGCAT  600

seq1  TGTCTCTTCAGTACATTTTCACAGGAAAATTACACATCGGTTGAATTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTCAGTACATTTTCACAGGAAAATTACACATCGGTTGAATTGTT  650

seq1  CCCACTCAAGCAAATAACTCCTAACCCGTGCTCCTGCAGGCCTCCCTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCAAGCAAATAACTCCTAACCCGTGCTCCTGCAGGCCTCCCTAAT  700

seq1  TACATGCAGTGGGTCACACATACATATAAAATTGAAAATATGCGGAGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCAGTGGGTCACACATACATATAAAATTGAAAATATGCGGAGAAC  750

seq1  TTGGCAAGAATCAGGGATTTGGTGGGAGGGGTAAGGGATAGGAGACAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAAGAATCAGGGATTTGGTGGGAGGGGTAAGGGATAGGAGACAATA  800

seq1  GAGGTCAGAAGAGAGTTTGATCAAAGAACATATATTATGGATAACAA-TG  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAGGTCAGAAGAGAGTTTGATC-AAGAACATATATTATGGATAACAATTG  849

seq1  TAAAAGAATAAACAGGTAAACTAATAAGAAAATTGCAGACAAGTTAAAA-  898
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  TAAAAGAATAAACAGGTAAACTAATAAG-AAATTGCAGACAAGTTAAAAT  898

seq1  TTCAGCCTCATT--CTACGAAGCATCTGACCACTGTTCCTTAAAATGACT  946
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  TTCAGCCTCATTTCTTACGAAGCATCTGACCACTTGTCCTTAAAATGACT  948

seq1  AAGACCAGGCAGCCCAGAGGTAAATGCC-AGTTTAGCATGCTTAAACCCT  995
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
seq2  AAGACCAGGCAG-CCAGAGGTAAATGCCTAGTTTAGCTTGCTTAATCCCT  997

seq1  GGT-GTGCTTCACCTCCCAGAAA  1017
      ||| ||||||||||| |||||||
seq2  GGTGGTGCTTCACCT-CCAGAAA  1019