BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281L13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 94,565,980 - 94,567,004
singlet/doubletsinglet
Overlap geneArsb
Upstream geneEG624619, EG218444, Papd4, LOC100039163, Homer1, Jmy, EG619883, Bhmt, Bhmt2, Dmgdh
Downstream geneCycs-ps3, Lhfpl2, Scamp1, LOC435378, ENSMUSG00000042857, Ap3b1, Tbca
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281L13.b
ACCGA081127
length1,043
definitionB6Ng01-281L13.b
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattctttgaatgacttcgtcttataactatgtcatgttacagtctacc
cgtgatgctctaggcacctgagagcctatatcataattaggttaactcct
ggggaaagatgtttcaaagatgcagctcctgaagccggtgattcgcatca
ctgtctggagagctgaagccgggagcatctgtgtgcaggatctgccttgt
ggaaacggctgggttgctacatgactattctttcttttactttgttctgt
gcttgggggctctgagcatgctgattacctcttcagagcatcccacgcgc
tggcaggaaatgtccatctcccatctggtgattttggtaacgctatctat
gagcagtgccatgttaacagcacccctctcatgggatgtgagctcttaag
gcctgtgactgtcctcggttctggtgccttctccaccagcccagtttaac
tgcccacccacaaggaaccacttctccacagacgcttcctggtagctgct
tggtggtatgagggcaccaggagacaatactgttttgtacacatccctaa
atatctgagagattgctccccttcttcatggttcatggcagacatagttg
cctagagatgtcagcattacacccttaaaaatccaaagtgtggcaaagcc
gagaccagtcaccaggggagatgagaacagtcactagggaagattcctca
aactgagtaaaaatagcaaagatggagcctggaaaggttctaaacagaca
aggagtcactggcaggtcactgtgtctgaacacgtagacaagcagaacgc
tcattaagacttgtgtgtgctggagcatctccaggcagtaagaataactt
ttgtatttgtgcacagcttatctctgctgcatagagtttgcatgatttag
atcagattgtggagccccgttaataaccagcaagctgggcatcatgcttt
gtctttgtacttggtggaggagcatcaagctaacactcacgtaacaatcc
tgagtgccacaggattctccatagcggcaccatgggaccacca
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_94565980_94567004
seq2: B6Ng01-281L13.b_43_1083 (reverse)

seq1  GTGGTGTCCATGGTGCCGCTATGGAG-ATCCTGT-GCACTCAGGATGGTT  48
      |||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||
seq2  GTGGT-CCCATGGTGCCGCTATGGAGAATCCTGTGGCACTCAGGATTGTT  49

seq1  CCGTGAGTGTTAGCTTGATGCT-CTC--ACAAGTACAAAGAC-AAGCA-G  93
       ||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||| ||||| |
seq2  ACGTGAGTGTTAGCTTGATGCTCCTCCACCAAGTACAAAGACAAAGCATG  99

seq1  ATG-CCAGCTTGCTGG-TATTA--CGGGCT-CACAATCTGATCT-AATCA  137
      ||| |||||||||||| |||||   ||||| ||||||||||||| |||||
seq2  ATGCCCAGCTTGCTGGTTATTAACGGGGCTCCACAATCTGATCTAAATCA  149

seq1  TGC-AACTCTATGCAGCAGAGATAAGCTGTGCAC-AATAC-AAAGTTATT  184
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  TGCAAACTCTATGCAGCAGAGATAAGCTGTGCACAAATACAAAAGTTATT  199

seq1  CTTACTGCCTGGAGATGCT-CAGCACACACAAGTCTTAATGAGCGTTCTG  233
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGCCTGGAGATGCTCCAGCACACACAAGTCTTAATGAGCGTTCTG  249

seq1  CTTGTCTACGTGTTCAGACACAGTGACCTGCCAGTGACTCCTTGTCTGTT  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTACGTGTTCAGACACAGTGACCTGCCAGTGACTCCTTGTCTGTT  299

seq1  TAGAACC-TTCCAGGCTCCATCTTTGCTA-TTTTACTCAGTTTGAGGAAT  331
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCTTTCCAGGCTCCATCTTTGCTATTTTTACTCAGTTTGAGGAAT  349

seq1  CTTCCCTAGTGACTGTTCTCATCTCCCCTGGTGACTGGTCTCGGCTTTGC  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTAGTGACTGTTCTCATCTCCCCTGGTGACTGGTCTCGGCTTTGC  399

seq1  CACACTTTGGATTTTTAAGGGTGTAATGCTGACATCTCTAGGCAACTATG  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTTGGATTTTTAAGGGTGTAATGCTGACATCTCTAGGCAACTATG  449

seq1  TCTGCCATGAACCATGAAGAAGGGGAGCAATCTCTCAGATATTTAGGGAT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCATGAACCATGAAGAAGGGGAGCAATCTCTCAGATATTTAGGGAT  499

seq1  GTGTACAAAACAGTATTGTCTCCTGGTGCCCTCATACCACCAAGCAGCTA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACAAAACAGTATTGTCTCCTGGTGCCCTCATACCACCAAGCAGCTA  549

seq1  CCAGGAAGCGTCTGTGGAGAAGTGGTTCCTTGTGGGTGGGCAGTTAAACT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGCGTCTGTGGAGAAGTGGTTCCTTGTGGGTGGGCAGTTAAACT  599

seq1  GGGCTGGTGGAGAAGGCACCAGAACCGAGGACAGTCACAGGCCTTAAGAG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGTGGAGAAGGCACCAGAACCGAGGACAGTCACAGGCCTTAAGAG  649

seq1  CTCACATCCCATGAGAGGGGTGCTGTTAACATGGCACTGCTCATAGATAG  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATCCCATGAGAGGGGTGCTGTTAACATGGCACTGCTCATAGATAG  699

seq1  CGTTACCAAAATCACCAGATGGGAGATGGACATTTCCTGCCAGCGCGTGG  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTACCAAAATCACCAGATGGGAGATGGACATTTCCTGCCAGCGCGTGG  749

seq1  GATGCTCTGAAGAGGTAATCAGCATGCTCAGAGCCCCCAAGCACAGACTA  781
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  GATGCTCTGAAGAGGTAATCAGCATGCTCAGAGCCCCCAAGCACAGAACA  799

seq1  AAGTAAAAGAAAGAATAGTCATGTAGCAACCCAGCCGTTTCCACAAGGCA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAAGAAAGAATAGTCATGTAGCAACCCAGCCGTTTCCACAAGGCA  849

seq1  GCTCCTGCACACAGATGCTCCCGGCTTCAGCTCTCCAGACAGTGATGCGA  881
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTGCACACAGATGCTCCCGGCTTCAGCTCTCCAGACAGTGATGCGA  899

seq1  CTCACTGGCTTCAGGAGCTGCATCTTTGTAACATCTTTCCCCAGGATTTA  931
       |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  ATCACCGGCTTCAGGAGCTGCATCTTTGAAACATCTTTCCCCAGGAGTTA  949

seq1  ACCTAATTCTGTGCTAGGCTCTCAGGTGCCTAGAGCATCATGTGTAGATT  981
      |||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
seq2  ACCTAATTATGATATAGGCTCTCAGGTGCCTAGAGCATCACGGGTAGACT  999

seq1  GTAACATGACATTTGTTCTAAGATGGAAGTCATTCAAAGAATTC  1025
      ||||||||||| | ||| |||||  |||||||||||||||||||
seq2  GTAACATGACA-TAGTTATAAGA-CGAAGTCATTCAAAGAATTC  1041