BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281O06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 37,949,934 - 38,092,976
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRreb1, Ssr1
Upstream geneF13a1, Ly86, LOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624
Downstream geneCage1, Riok1, Dsp, 6530403A03Rik, Bmp6, Txndc5, Muted, Eef1e1, LOC621102, Slc35b3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281O06.bB6Ng01-281O06.g
ACCGA081250GA081251
length1,098997
definitionB6Ng01-281O06.b B6Ng01-281O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,949,934 - 37,951,029)(38,091,983 - 38,092,976)
sequence
gaattctctcagagacggctttagaaaatgtgggtgctctgagcaggacc
cccatcttcctctttacgccttcctcctcctggctagctcgagggctttt
cttcagctcgtgaccacgtttccagttttcggaagttttcagaggcctgt
gctggcgggcttgctcgcattctgtagttttcccctcagaaccaagtccc
tgttcggatcttgggtttccctcgatgggtggcggcgggggctcactgga
gggtggtgctgggctggcccgctgcagagctggaatccccgcaggaggcc
ccggggagcaggaagtcagggacttccatgtggggacagcagcggagtgg
cagcagccaggtggccgagcaagggagcgagcgagcattttagcacacac
agctcagccttgcctttctgaatcccctggtcagaaggggcaacgggtct
ctctaaagtgactctcccctggagaacagaggcaggcctgcaactttgca
tccttcatgggaagcccacacgttgcagtcactgtgatgaaagtggggcg
cccttgtctcatctgagggctgtttcaaatttctcttctcagaaccagtt
gttagaaaaaaaagggcctgtttagctatggtgtggtttccttgcgttcc
gaacccggacatcacactagcaaggagagtgttgtcgctgctactgatgg
ccaaaggtctcttgccacagagccggcctgttaggtgtgctcagtcttat
gctaggacagtccacagggtcagctttgaagctccctggccagttctcta
gaaacctttcagaaatgtaactcagacaggactggagccagcgaccggga
tgcagcctcagagaagtgaccctcccacatagtacgtgacagtcgcctgg
atcatttctttgtcttacagtgtgatgcctgggccgactgcactttggga
tttgcctccttttttgctttactgtttggtgaccagctttcttcaaaacg
gatccatccgtcacaagggtgagacttcttcatgctacaaaaaccacccc
cagagattctgattgaacttagttggagggtgaggtctaaggtagaaa
gaattctatttttgtggacaggtgtttcaagtccttgatccataatccag
catctactgccttaaattctccacctccaggtgatatagatagatagata
gatagatagatagatagatagatagatagatagatagttctgtgtccaca
tgattttcttttcctaaaacgccatttctttctgtcaaacattctttctt
taccccgttagcaccccgttaatttctcagacttaaaacacacaccccgt
taattcctctgacttaaaacacacacccttcaaggttcagtttaaatata
tgaaagtaaacctctttccttcttatttttaaggctcactgtgtagccca
cactgtccttgaatttatagtcttcctgcctctgcccctcatgcgctagg
attatagccacacaccatctcaccccgtttatctgactttagtggcactt
agtacagtctttgttaaaagtagagaacaaaagatatcaggaacagcaaa
aagagcacttaacgtaaatcctaagacttgggttcaaatcttgggatcac
tcaaggtaccgagggtactgcttgaagttttggcgtttcacctacccgac
atgctgggaactgatatgaaggctctgtcagtaactaagcaaccatgtct
attcactccatgtatactttcaggagccaggtatagatcttgatgggcca
ctgtcatccgactcatatataccttccataaaagggagacccgggcatgg
tgcatcctggctatgtcagttcagatctgcgtgtattgatccttagaaat
tttggggtttcctttctccaaagcatggtttcctgtgtgtggtggtttga
attaagaatggtcccataggctcatatatttgaatacatttgtcactatg
aagtgaaactctttgacaggagttagaaggaatatagggttgtgaccttg
atagatagctgtggccttgttgaaggaatatgtctcataaggggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_37949934_37951029
seq2: B6Ng01-281O06.b_48_1145

seq1  GAATTCTCTCAGAGACGGCTTTAGAAAATGTGGGTGCTCTGAGCAGGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCAGAGACGGCTTTAGAAAATGTGGGTGCTCTGAGCAGGACC  50

seq1  CCCATCTTCCTCTTTACGCCTTCCTCCTCCTGGCTAGCTCGAGGGCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTTCCTCTTTACGCCTTCCTCCTCCTGGCTAGCTCGAGGGCTTTT  100

seq1  CTTCAGCTCGTGACCACGTTTCCAGTTTTCGGAAGTTTTCAGAGGCCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCTCGTGACCACGTTTCCAGTTTTCGGAAGTTTTCAGAGGCCTGT  150

seq1  GCTGGCGGGCTTGCTCGCATTCTGTAGTTTTCCCCTCAGAACCAAGTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCGGGCTTGCTCGCATTCTGTAGTTTTCCCCTCAGAACCAAGTCCC  200

seq1  TGTTCGGATCTTGGGTTTCCCTCGATGGGTGGCGGCGGGGGCTCACTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGGATCTTGGGTTTCCCTCGATGGGTGGCGGCGGGGGCTCACTGGA  250

seq1  GGGTGGTGCTGGGCTGGCCCGCTGCAGAGCTGGAATCCCCGCAGGAGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTGCTGGGCTGGCCCGCTGCAGAGCTGGAATCCCCGCAGGAGGCC  300

seq1  CCGGGGAGCAGGAAGTCAGGGACTTCCATGTGGGGACAGCAGCGGAGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGGAGCAGGAAGTCAGGGACTTCCATGTGGGGACAGCAGCGGAGTGG  350

seq1  CAGCAGCCAGGTGGCCGAGCAAGGGAGCGAGCGAGCATTTTAGCACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCCAGGTGGCCGAGCAAGGGAGCGAGCGAGCATTTTAGCACACAC  400

seq1  AGCTCAGCCTTGCCTTTCTGAATCCCCTGGTCAGAAGGGGCAACGGGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGCCTTGCCTTTCTGAATCCCCTGGTCAGAAGGGGCAACGGGTCT  450

seq1  CTCTAAAGTGACTCTCCCCTGGAGAACAGAGGCAGGCCTGCAACTTTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAGTGACTCTCCCCTGGAGAACAGAGGCAGGCCTGCAACTTTGCA  500

seq1  TCCTTCATGGGAAGCCCACACGTTGCAGTCACTGTGATGAAAGTGGGGCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCATGGGAAGCCCACACGTTGCAGTCACTGTGATGAAAGTGGGGCG  550

seq1  CCCTTGTCTCATCTGAGGGCTGTTTCAAATTTCTCTTCTCAGAACCAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTCTCATCTGAGGGCTGTTTCAAATTTCTCTTCTCAGAACCAGTT  600

seq1  GTTAGAAAAAAAAGGGCCTGTTTAGCTATGGTGTGGTTTCCTTGCGTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAAAAAAAGGGCCTGTTTAGCTATGGTGTGGTTTCCTTGCGTTCC  650

seq1  GAACCCGGACATCACACTAGCAAGGAGAGTGTTGTCGCTGCTACTGATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCGGACATCACACTAGCAAGGAGAGTGTTGTCGCTGCTACTGATGG  700

seq1  CCAAAGGTCTCTTGCCACAGAGCCGGCCTGTTAGGTGTGCTCAGTCTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGTCTCTTGCCACAGAGCCGGCCTGTTAGGTGTGCTCAGTCTTAT  750

seq1  GCTAGGACAGTCCACAGGGTCAGCTTTGAAGCTCCCTGGCCAGTTCTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGACAGTCCACAGGGTCAGCTTTGAAGCTCCCTGGCCAGTTCTCTA  800

seq1  GAAACCTTTCAGAAATGTAACTCAGACAGGACTGGAGCCAGCGACCGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTTTCAGAAATGTAACTCAGACAGGACTGGAGCCAGCGACCGGGA  850

seq1  TGCAGCCTCAGAGAAGTGACCCTCCCACATAGTACGTGACAGTCGCCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCTCAGAGAAGTGACCCTCCCACATAGTACGTGACAGTCGCCTGG  900

seq1  ATCATTTCTTTGTCTTACAGTGTGATGCCT-GGCCGACTGCACTTTGGGA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTCTTTGTCTTACAGTGTGATGCCTGGGCCGACTGCACTTTGGGA  950

seq1  TTTGCCTCCTTTTTTGCTTTACTGTTTGGTGACCAGCTTTC-TCAAAACG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTGCCTCCTTTTTTGCTTTACTGTTTGGTGACCAGCTTTCTTCAAAACG  1000

seq1  GATCCATCCGTCACCAGGGTGAGAACTCTTCCATGCTACAAAAACCCACC  1048
      |||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||| |||||
seq2  GATCCATCCGTCACAAGGGTGAGACTTCTT-CATGCTACAAAAA-CCACC  1048

seq1  CCCAGAAGATTCTGATTGAAC-TAGTTG--AGGTGAGGTCAAGGGTAGAA  1095
      ||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||| | |||||||
seq2  CCCAG-AGATTCTGATTGAACTTAGTTGGAGGGTGAGGTCTAAGGTAGAA  1097

seq1  A  1096
      |
seq2  A  1098

seq1: chr13_38091983_38092976
seq2: B6Ng01-281O06.g_73_1069 (reverse)

seq1  TCACCCCTAGTGACACAT-TTCCTTCAACAAGGCCACAGCTACTCTAACA  49
      ||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  TCACCCCTTATGAGACATATTCCTTCAACAAGGCCACAGCTA-TCTATCA  49

seq1  AGGTCACAACCCTATAATCCTTCTAACTCCTGTCAAAGAGTTTCACTTCA  99
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACAACCCTATATTCCTTCTAACTCCTGTCAAAGAGTTTCACTTCA  99

seq1  TAGTGAC-AATGTATTCAAATATATGAGCCTATGGGACCATTCTT-ATTC  147
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAGTGACAAATGTATTCAAATATATGAGCCTATGGGACCATTCTTAATTC  149

seq1  AAACCACCACACACAGG-AACCATGCTTTGGAGAAAGGAAACCCCAAAAT  196
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACCACACACAGGAAACCATGCTTTGGAGAAAGGAAACCCCAAAAT  199

seq1  TTCTAAGGATCAATACACGCAGATCTGAACTGACATAGCCAGGATGCACC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGGATCAATACACGCAGATCTGAACTGACATAGCCAGGATGCACC  249

seq1  ATGCCCGGGTCTCCCTTTTATGGAAGGTATATATGAGTCGGATGACAGTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCGGGTCTCCCTTTTATGGAAGGTATATATGAGTCGGATGACAGTG  299

seq1  GCCCATCAAGATCTATACCTGGCTCCTGAAAGTATACATGGAGTGAATAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCAAGATCTATACCTGGCTCCTGAAAGTATACATGGAGTGAATAG  349

seq1  ACATGGTTGCTTAGTTACTGACAGAGCCTTCATATCAGTTCCCAGCATGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTTGCTTAGTTACTGACAGAGCCTTCATATCAGTTCCCAGCATGT  399

seq1  CGGGTAGGTGAAACGCCAAAACTTCAAGCAGTACCCTCGGTACCTTGAGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTAGGTGAAACGCCAAAACTTCAAGCAGTACCCTCGGTACCTTGAGT  449

seq1  GATCCCAAGATTTGAACCCAAGTCTTAGGATTTACGTTAAGTGCTCTTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCAAGATTTGAACCCAAGTCTTAGGATTTACGTTAAGTGCTCTTTT  499

seq1  TGCTGTTCCTGATATCTTTTGTTCTCTACTTTTAACAAAGACTGTACTAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTCCTGATATCTTTTGTTCTCTACTTTTAACAAAGACTGTACTAA  549

seq1  GTGCCACTAAAGTCAGATAAACGGGGTGAGATGGTGTGTGGCTATAATCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACTAAAGTCAGATAAACGGGGTGAGATGGTGTGTGGCTATAATCC  599

seq1  TAGCGCATGAGGGGCAGAGGCAGGAAGACTATAAATTCAAGGACAGTGTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGCATGAGGGGCAGAGGCAGGAAGACTATAAATTCAAGGACAGTGTG  649

seq1  GGCTACACAGTGAGCCTTAAAAATAAGAAGGAAAGAGGTTTACTTTCATA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACACAGTGAGCCTTAAAAATAAGAAGGAAAGAGGTTTACTTTCATA  699

seq1  TATTTAAACTGAACCTTGAAGGGTGTGTGTTTTAAGTCAGAGGAATTAAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAACTGAACCTTGAAGGGTGTGTGTTTTAAGTCAGAGGAATTAAC  749

seq1  GGGGTGTGTGTTTTAAGTCTGAGAAATTAACGGGGTGCTAACGGGGTAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGTGTGTTTTAAGTCTGAGAAATTAACGGGGTGCTAACGGGGTAAA  799

seq1  GAAAGAATGTTTGACAGAAAGAAATGGCGTTTTAGGAAAAGAAAATCATG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATGTTTGACAGAAAGAAATGGCGTTTTAGGAAAAGAAAATCATG  849

seq1  TGGACACAGAACTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACAGAACTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  899

seq1  TCTATCTATCTATATCACCTGGAGGTGGAGAATTTAAGGCAGTAGATGCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATATCACCTGGAGGTGGAGAATTTAAGGCAGTAGATGCT  949

seq1  GGATTATGGATCAAGGACTTGAAACACCTGTCCACAAAAATAGAATTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATGGATCAAGGACTTGAAACACCTGTCCACAAAAATAGAATTC  997