BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282B21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 51,702,869 - 51,828,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCks2, Secisbp2, Sema4d
Upstream geneGm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717, Spin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524, Edg3, Shc3
Downstream geneGadd45g, LOC100040321, Diras2, LOC100040572, Syk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282B21.bB6Ng01-282B21.g
ACCGA081420GA081421
length1,104767
definitionB6Ng01-282B21.b B6Ng01-282B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,827,551 - 51,828,671)(51,702,869 - 51,703,635)
sequence
aagtacaggcagtttcgagcactcagagccacactaaataggaagaaccc
agctgggcagtagtggcgcatgcctttaatctcagcacttgggaggagga
gaaatcaaacagatttctgagttcgaggccagcctgctctacagagtgag
tttcaggacagccagggctacacagagaaactctgtcttgaaaaaagaaa
aaaagccctgtccatctgaattgtagcccctctccctcccaccccacaga
gagtctctgtgtagatcaactcttgctctctatggtgtgggccatagctc
ccatgctctataccttccgtccagtactgtggagggatgtgacaggtaca
agaaggcccaggcccacccaccctggttgctgactgggtgcacctgctgg
cctgctctcgtgagggagtcagtggcaaacactgtggagagtccttgttc
tcacagttcatagagctgagtcccaaaaccaccagggagccagggagtgt
ctctggcttatttctatcgtgccttccccccagactcctttgtcctccaa
cagcaccagcatggcactgactgttagagacttgggatattatgtggtgt
ttgattttaaatttctttagaggagttaggcaccacccacagagcctatt
gtgcagctaggaaacattttataataaaggaacattaagaattcaaatga
ggtgcgctgtagcttctgtagcggaaatttccttattctcttgggcacta
aagcaccactgccagtgaccccctgggtaagctgtctcctggtgtataca
gtgctggcttcctgggctgggtttcgatattaattggctctctggttaga
ggcagctgcctctgttctgcaggtcgaagcttagggctgagccatgcagt
tccgtgtctggggaaaggcccctcttggctgctcgtggtgctttattgtg
tcccatctggtgagagggaaagggagactgtctgtgagcatctcagagct
tcctgactcgtgacttgagagccccaccacttcttcaccatcattccggg
ctcaagactccacacagaaattaggaggttcctagtagtctcacgtagca
ctga
gaattcagggatgaatatgtagattgtaagagaggtggggtttgtgtgga
aggagcatacaggaatgacacatttgtttgtgcagactgtgagggattct
gggagcatggggagttttaagtcctccagccaagagaagagctgataagt
ttcttgcttgacacatggtcaagcagaacctagaattaggtaggttccaa
gcccacgatctttgctctttctgttagttatctacagcggtcctactgtg
tcaccgctgtttacaaattcctcatcgtggaagtgatgcaagacggaagc
aaggcccccaaagaccgcacctgctaaaaggaagagaacactgaaccaag
acgaagagttaaaaaaaaaaaagtcataggtgaggtgggacccaaactgc
tacctgacccatgacaataacaatgggtatgagccgaaggcaaacatcaa
atacctatgcaggaggaatcaagaaagatgtcagccagagcagaaagcag
tggagaaatacggccagaggatgcaccagagggaatggatgtgtccagaa
aatccaagcaactgggagctccaacagggtggagacaatgtgctcagggc
tgaaagaatagaagatggggggagggtagctggaaatgagaggaatcaga
gacaaacttcccctggctgagtccttgttcttggagcccgtgatacagga
aagtccaagtggcaccatggagaccccgtgccagctcccggaaagccagc
cccacagccagcgaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_51827551_51828671
seq2: B6Ng01-282B21.b_54_1157 (reverse)

seq1  TCAGCTGCTACCGTGAGAACTACTAGGACACTCTAAATTTCTGTGTGGAG  50
      |||| ||||| |||||| ||||||||||  |||  |||||||||||||||
seq2  TCAG-TGCTA-CGTGAG-ACTACTAGGAACCTCCTAATTTCTGTGTGGAG  47

seq1  TCCTGAGCCCCGGAATGATGGTGAAAGGAGGTGGGTGGGGCCTCTTCAAG  100
      || |||| |||||||||||||||||  || || ||||||| ||| |||| 
seq2  TCTTGAG-CCCGGAATGATGGTGAA--GAAGT-GGTGGGG-CTC-TCAA-  90

seq1  GTCACGAGGTCAGGAAGGCTCTTGAGGATGCTCCACAGAACAGTCTCCCT  150
      ||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||| |||||||||||
seq2  GTCACGA-GTCAGGAA-GCTC-TGA-GATGCT-CACAG-ACAGTCTCCCT  134

seq1  TTCCCTTCTCACCAGATGGGACACAATAAAGCACCACGAGCAGCCAAGAG  200
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCC-TCTCACCAGATGGGACACAATAAAGCACCACGAGCAGCCAAGAG  183

seq1  GGGCC-TTCCCCAGACACGGAACCTGCATGGCTCAGCCCTAAGCTTCGAC  249
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTTCCCCAGACACGGAA-CTGCATGGCTCAGCCCTAAGCTTCGAC  232

seq1  CTGCAGAACAGAGGCAGCTGCCTCTAACCAGAGAGCCAATTAATATCGAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAACAGAGGCAGCTGCCTCTAACCAGAGAGCCAATTAATATCGAA  282

seq1  ACCCAGCCCAGGAAGCCAGCACTGTATACACCAGGAGACAGCTTACCCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGCCCAGGAAGCCAGCACTGTATACACCAGGAGACAGCTTACCCAG  332

seq1  GGGGTCACTGGCAGTGGTGCTTTAGTGCCCAAGAGAATAAGGAAATTTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCACTGGCAGTGGTGCTTTAGTGCCCAAGAGAATAAGGAAATTTCC  382

seq1  GCTACAGAAGCTACAGCGCACCTCATTTGAATTCTTAATGTTCCTTTATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGAAGCTACAGCGCACCTCATTTGAATTCTTAATGTTCCTTTATT  432

seq1  ATAAAATGTTTCCTAGCTGCACAATAGGCTCTGTGGGTGGTGCCTAACTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGTTTCCTAGCTGCACAATAGGCTCTGTGGGTGGTGCCTAACTC  482

seq1  CTCTAAAGAAATTTAAAATCAAACACCACATAATATCCCAAGTCTCTAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAGAAATTTAAAATCAAACACCACATAATATCCCAAGTCTCTAAC  532

seq1  AGTCAGTGCCATGCTGGTGCTGTTGGAGGACAAAGGAGTCTGGGGGGAAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTGCCATGCTGGTGCTGTTGGAGGACAAAGGAGTCTGGGGGGAAG  582

seq1  GCACGATAGAAATAAGCCAGAGACACTCCCTGGCTCCCTGGTGGTTTTGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGATAGAAATAAGCCAGAGACACTCCCTGGCTCCCTGGTGGTTTTGG  632

seq1  GACTCAGCTCTATGAACTGTGAGAACAAGGACTCTCCACAGTGTTTGCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGCTCTATGAACTGTGAGAACAAGGACTCTCCACAGTGTTTGCCA  682

seq1  CTGACTCCCTCACGAGAGCAGGCCAGCAGGTGCACCCAGTCAGCAACCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCCCTCACGAGAGCAGGCCAGCAGGTGCACCCAGTCAGCAACCAG  732

seq1  GGTGGGTGGGCCTGGGCCTTCTTGTACCTGTCACATCCCTCCACAGTACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTGGGCCTGGGCCTTCTTGTACCTGTCACATCCCTCCACAGTACT  782

seq1  GGACGGAAGGTATAGAGCATGGGAGCTATGGCCCACACCATAGAGAGCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGGAAGGTATAGAGCATGGGAGCTATGGCCCACACCATAGAGAGCAA  832

seq1  GAGTTGATCTACACAGAGACTCTCTGTGGGGTGGGAGGGAGAGGGGCTAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGATCTACACAGAGACTCTCTGTGGGGTGGGAGGGAGAGGGGCTAC  882

seq1  AATTCAGATGGACAGGGCTTTTTTTCTTTTTTCAAGACAGAGTTTCTCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGATGGACAGGGCTTTTTTTCTTTTTTCAAGACAGAGTTTCTCTG  932

seq1  TGTAGCCCTGGCTGTCCTGAAACTCACTCTGTAGAGCAGGCTGGCCTCGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCCTGGCTGTCCTGAAACTCACTCTGTAGAGCAGGCTGGCCTCGA  982

seq1  ACTCAGAAATCTGTTTGATTTCTCCTCCTCCCAAGTGCTGAGATTAAAGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAAATCTGTTTGATTTCTCCTCCTCCCAAGTGCTGAGATTAAAGG  1032

seq1  CATGCGCCACTACTGCCCAGCTGGGTTCTTCCTATTTAGTGTGGCTCTGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGCCACTACTGCCCAGCTGGGTTCTTCCTATTTAGTGTGGCTCTGA  1082

seq1  GTGCTCGAAACTGCCTGTACTT  1121
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCGAAACTGCCTGTACTT  1104

seq1: chr13_51702869_51703635
seq2: B6Ng01-282B21.g_66_832

seq1  GAATTCAGGGATGAATATGTAGATTGTAAGAGAGGTGGGGTTTGTGTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGATGAATATGTAGATTGTAAGAGAGGTGGGGTTTGTGTGGA  50

seq1  AGGAGCATACAGGAATGACACATTTGTTTGTGCAGACTGTGAGGGATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCATACAGGAATGACACATTTGTTTGTGCAGACTGTGAGGGATTCT  100

seq1  GGGAGCATGGGGAGTTTTAAGTCCTCCAGCCAAGAGAAGAGCTGATAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCATGGGGAGTTTTAAGTCCTCCAGCCAAGAGAAGAGCTGATAAGT  150

seq1  TTCTTGCTTGACACATGGTCAAGCAGAACCTAGAATTAGGTAGGTTCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTTGACACATGGTCAAGCAGAACCTAGAATTAGGTAGGTTCCAA  200

seq1  GCCCACGATCTTTGCTCTTTCTGTTAGTTATCTACAGCGGTCCTACTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACGATCTTTGCTCTTTCTGTTAGTTATCTACAGCGGTCCTACTGTG  250

seq1  TCACCGCTGTTTACAAATTCCTCATCGTGGAAGTGATGCAAGACGGAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCGCTGTTTACAAATTCCTCATCGTGGAAGTGATGCAAGACGGAAGC  300

seq1  AAGGCCCCCAAAGACCGCACCTGCTAAAAGGAAGAGAACACTGAACCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCCCAAAGACCGCACCTGCTAAAAGGAAGAGAACACTGAACCAAG  350

seq1  ACGAAGAGTTAAAAAAAAAAAAGTCATAGGTGAGGTGGGACCCAAACTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGAGTTAAAAAAAAAAAAGTCATAGGTGAGGTGGGACCCAAACTGC  400

seq1  TACCTGACCCATGACAATAACAATGGGTATGAGCCGAAGGCAAACATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGACCCATGACAATAACAATGGGTATGAGCCGAAGGCAAACATCAA  450

seq1  ATACCTATGCAGGAGGAATCAAGAAAGATGTCAGCCAGAGCAGAAAGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTATGCAGGAGGAATCAAGAAAGATGTCAGCCAGAGCAGAAAGCAG  500

seq1  TGGAGAAATACGGCCAGAGGATGCACCAGAGGGAATGGATGTGTCCAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAATACGGCCAGAGGATGCACCAGAGGGAATGGATGTGTCCAGAA  550

seq1  AATCCAAGCAACTGGGAGCTCCAACAGGGTGGAGACAATGTGCTCAGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAGCAACTGGGAGCTCCAACAGGGTGGAGACAATGTGCTCAGGGC  600

seq1  TGAAAGAATAGAAGATGGGGGGAGGGTAGCTGGAAATGAGAGGAATCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAATAGAAGATGGGGGGAGGGTAGCTGGAAATGAGAGGAATCAGA  650

seq1  GACAAACTTCCCCTGGCTGAGTCCTTGTTCTTGGAGCCCGTGATACAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACTTCCCCTGGCTGAGTCCTTGTTCTTGGAGCCCGTGATACAGGA  700

seq1  AAGTCCAAGTGGCACCATGGAGACCCCGTGCCAGCTCCCGGAAAGCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCAAGTGGCACCATGGAGACCCCGTGCCAGCTCCCGGAAAGCCAGC  750

seq1  CGCACAGCCAGCGAGGT  767
      | |||||||||||||||
seq2  CCCACAGCCAGCGAGGT  767