BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283L08
Chromosome13 (Build37)
Map Location 112,375,207 - 112,498,079
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040666, Mier3
Upstream geneLOC100040614, LOC668159, 4732495G21Rik, LOC100040640, EG621953, Gpbp1
Downstream geneMap3k1, LOC668181, LOC100040716, LOC100041161, LOC100041175, Ankrd55, LOC100040725, Il6st, Il31ra, LOC100041240, Ddx4, 9130023D20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283L08.bB6Ng01-283L08.g
ACCGA082599GA082600
length6701,159
definitionB6Ng01-283L08.b B6Ng01-283L08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,375,207 - 112,375,876)(112,496,907 - 112,498,079)
sequence
gaattctttagaaccacaagaaccttggaaatggtcaagacagaagcttt
tatttcttgtattcagaattcttataagtatacatttctgctgttttaag
ccccaagtcaagtttatggtaagttgtcatggtaacctagaaaaccaata
tacccatatttggggatatgaactgccctgtagatttctccatgtcccgt
catggagatgccctctgacgggttggatcagagtgacaacgtctaatgag
tacctttaacatttccctggctgtcctgttggtgaagaaaggctgtgtgc
cgatggtgaccttgctgggacgggaagaagaataaaagtgagaaacgggg
tgagctcaaatggttgaagctcattactggctttaaatgtgggcatttgt
agagtaaaatgtcaaaggtcaacattggcaggcaggctccttacccacaa
tcctttaaagagcttctagtctcatccaagcacccagcagaaaaaaagag
gatgtggccggatgtgattgtgtgagctgagctagcaaagtcaaatcaat
ctagtttacatgttttaaacatttttaatttctgtttaaattgctgtata
aagtgtgtatcaggttggggtatcacgtgatgctttgacacgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattctcctgaattccataaatgaccctgtgaactttctaatggttaaa
attacaaataaaataaaaataaaacaaaaataaaagtcaaaatattaaat
aataacccaatccctaagaaaggtctactattcttctacaggctattttc
atccaaagtgatttttatttaaagaagcagatttatcaagacccctacgt
gggcttatgaagcagagcaaaataaattttgcacaatctctgaaaatgat
gaactcttaatgctcttaagctcttgtcattgacacaaggattgattttt
tacatacacaggatcagtacatagctcaggctacctccatcctgaattta
caggctggaaaaaatagcggaaggccaaaggacctaaggcatatgtatgt
caagcctggatggtgtgaggcatgtgatgaggaaggacctctggggccct
ggagagcatgagctctccctgcttcccctggcacagctattccgttaggt
tgggacaatttaggaaaacagtgctgctagtacctgccaaagctgatggc
cccaggtaaacagtccttgggcaaaaaaatggagagtaatgtaacatgga
ggaaaagagaaggtgggcctggtggctgtccagagatggggcaaaaccgc
agccagcactcatggaaatcctggagtctcaagatcacagaagaaagcac
acatgcctgcatttataaacccaacaccccatgctctcagaactcaagac
agctgaggtacatgtcagaggcaacagactggcctcagcaacttcctgct
ctgccagcagcaggacacagcattccatctggtttctttttgctcccaga
gtttctgttcactctcaccacatctcagaaccagagaagaggttctgctc
atagctcctgaatgaagccccagggccttccctcccttcagcagccctga
aacccgtgatccccctgccactggctcccaaaactaagatcagaagcagg
cccaccagcccagcttcagattactttttgatatattttttccagacaga
actaactgtctggactaggagctctctgatcactgttctcctctacggtc
tagtggttacatatcaccaagccttgatgaagaatatttgacttacttct
cgtcgtcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_112375207_112375876
seq2: B6Ng01-283L08.b_43_712

seq1  GAATTCTTTAGAACCACAAGAACCTTGGAAATGGTCAAGACAGAAGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGAACCACAAGAACCTTGGAAATGGTCAAGACAGAAGCTTT  50

seq1  TATTTCTTGTATTCAGAATTCTTATAAGTATACATTTCTGCTGTTTTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTGTATTCAGAATTCTTATAAGTATACATTTCTGCTGTTTTAAG  100

seq1  CCCCAAGTCAAGTTTATGGTAAGTTGTCATGGTAACCTAGAAAACCAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGTCAAGTTTATGGTAAGTTGTCATGGTAACCTAGAAAACCAATA  150

seq1  TACCCATATTTGGGGATATGAACTGCCCTGTAGATTTCTCCATGTCCCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCATATTTGGGGATATGAACTGCCCTGTAGATTTCTCCATGTCCCGT  200

seq1  CATGGAGATGCCCTCTGACGGGTTGGATCAGAGTGACAACGTCTAATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGATGCCCTCTGACGGGTTGGATCAGAGTGACAACGTCTAATGAG  250

seq1  TACCTTTAACATTTCCCTGGCTGTCCTGTTGGTGAAGAAAGGCTGTGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTAACATTTCCCTGGCTGTCCTGTTGGTGAAGAAAGGCTGTGTGC  300

seq1  CGATGGTGACCTTGCTGGGACGGGAAGAAGAATAAAAGTGAGAAACGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGGTGACCTTGCTGGGACGGGAAGAAGAATAAAAGTGAGAAACGGGG  350

seq1  TGAGCTCAAATGGTTGAAGCTCATTACTGGCTTTAAATGTGGGCATTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCAAATGGTTGAAGCTCATTACTGGCTTTAAATGTGGGCATTTGT  400

seq1  AGAGTAAAATGTCAAAGGTCAACATTGGCAGGCAGGCTCCTTACCCACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAAATGTCAAAGGTCAACATTGGCAGGCAGGCTCCTTACCCACAA  450

seq1  TCCTTTAAAGAGCTTCTAGTCTCATCCAAGCACCCAGCAGAAAAAAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAAAGAGCTTCTAGTCTCATCCAAGCACCCAGCAGAAAAAAAGAG  500

seq1  GATGTGGCCGGATGTGATTGTGTGAGCTGAGCTAGCAAAGTCAAATCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGCCGGATGTGATTGTGTGAGCTGAGCTAGCAAAGTCAAATCAAT  550

seq1  CTAGTTTACATGTTTTAAACATTTTTAATTTCTGTTTAAATTGCTGTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTTACATGTTTTAAACATTTTTAATTTCTGTTTAAATTGCTGTATA  600

seq1  AAGTGTGTATCAGGTTGGGGTATCACGTGATGCTTTGACACGTGTGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGTATCAGGTTGGGGTATCACGTGATGCTTTGACACGTGTGTGTG  650

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  670
      ||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  670

seq1: chr13_112496907_112498079
seq2: B6Ng01-283L08.g_64_1222 (reverse)

seq1  GTGACGACGAGAAAGGTAAGGTCAAATTATCTTCCCACCCAAGCTT-GTG  49
      |||||||||||||  |||| |||||||  ||||  || | | |||| |||
seq2  GTGACGACGAGAA--GTAA-GTCAAATATTCTT--CATCAAGGCTTGGTG  45

seq1  ATTATGTACCCACCTAGACGGTAGA-GAG-ACAGGTTGATCCAGAGGAGC  97
      | |||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||  |||| |||| ||||
seq2  A-TATGTAACCA-CTAGACCGTAGAGGAGAACAG--TGAT-CAGA-GAGC  89

seq1  TTCCTTAGTCCAGACAGTTAGTTCTGTCTGGGAAAAAATATATC-AAAAG  146
      |  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  T--CCTAGTCCAGACAGTTAGTTCTGTCT-GGAAAAAATATATCAAAAAG  136

seq1  TAATCTTGAAGCTGGGCCTGGTGGGCCTGCTTCTGATCTTAGTTTTGGGA  196
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATC-TGAAGCTGGG-CTGGTGGGCCTGCTTCTGATCTTAGTTTTGGGA  184

seq1  GCCAGTGGCAGGGGGATCACGGGTTTCAGGGCTGCCTGAAGGGAGGGAAG  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCCAGTGGCAGGGGGATCACGGGTTTCAGGGCTG-CTGAAGGGAGGGAAG  233

seq1  GCCCTGGGGCTTCATTCAGGAGCTATGAGCAGAACCTCTTCTCTGGTTCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGGGCTTCATTCAGGAGCTATGAGCAGAACCTCTTCTCTGGTTCT  283

seq1  GAGATGTGGTGAGAGTGAACAGAAACTCTGGGAGCAAAAAGAAACCAGAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTGGTGAGAGTGAACAGAAACTCTGGGAGCAAAAAGAAACCAGAT  333

seq1  GGAATGCTGTGTCCTGCTGCTGGCAGAGCAGGAAGTTGCTGAGGCCAGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCTGTGTCCTGCTGCTGGCAGAGCAGGAAGTTGCTGAGGCCAGTC  383

seq1  TGTTGCCTCCTGACATGTACCTCAGCTGTCTTGAGTTCTGAGAGCATGGG  446
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCT-CTGACATGTACCTCAGCTGTCTTGAGTTCTGAGAGCATGGG  432

seq1  GTGTTGGGTTTATAAATGCAGGCATGTGTGCTTTCTTCTGTGATCTTGAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGGTTTATAAATGCAGGCATGTGTGCTTTCTTCTGTGATCTTGAG  482

seq1  ACTCCAGGATTTCCATGAGTGCTGGCTGCGGTTTTGCCCCATCTCTGGAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGGATTTCCATGAGTGCTGGCTGCGGTTTTGCCCCATCTCTGGAC  532

seq1  AGCCACCAGGCCCACCTTCTCTTTTCCTCCATGTTACATTACTCTCCATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCAGGCCCACCTTCTCTTTTCCTCCATGTTACATTACTCTCCATT  582

seq1  TTTTTGCCCAAGGACTGTTTACCTGGGGCCATCAGCTTTGGCAGGTACTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCCCAAGGACTGTTTACCTGGGGCCATCAGCTTTGGCAGGTACTA  632

seq1  GCAGCACTGTTTTCCTAAATTGTCCCAACCTAACGGAATAGCTGTGCCAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCACTGTTTTCCTAAATTGTCCCAACCTAACGGAATAGCTGTGCCAG  682

seq1  GGGAAGCAGGGAGAGCTCATGCTCTCCAGGGCCCCAGAGGTCCTTCCTCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCAGGGAGAGCTCATGCTCTCCAGGGCCCCAGAGGTCCTTCCTCA  732

seq1  TCACATGCCTCACACCATCCAGGCTTGACATACATATGCCTTAGGTCCTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGCCTCACACCATCCAGGCTTGACATACATATGCCTTAGGTCCTT  782

seq1  TGGCCTTCCGCTATTTTTTCCAGCCTGTAAATTCAGGATGGAGGTAGCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTCCGCTATTTTTTCCAGCCTGTAAATTCAGGATGGAGGTAGCCT  832

seq1  GAGCTATGTACTGATCCTGTGTATGTAAAAAATCAATCCTTGTGTCAATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATGTACTGATCCTGTGTATGTAAAAAATCAATCCTTGTGTCAATG  882

seq1  ACAAGAGCTTAAGAGCATTAAGAGTTCATCATTTTCAGAGATTGTGCAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGCTTAAGAGCATTAAGAGTTCATCATTTTCAGAGATTGTGCAAA  932

seq1  ATTTATTTTGCTCTGCTTCATAAGCCCACGTAGGGGTCTTGATAAATCTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTTGCTCTGCTTCATAAGCCCACGTAGGGGTCTTGATAAATCTG  982

seq1  CTTCTTTAAATAAAAATCACTTTGGATGAAAATAGCCTGTAGAAGAATAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTAAATAAAAATCACTTTGGATGAAAATAGCCTGTAGAAGAATAG  1032

seq1  TAGACCTTTCTTAGGGATTGGGTTATTATTTAATATTTTGACTTTTATTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCTTTCTTAGGGATTGGGTTATTATTTAATATTTTGACTTTTATTT  1082

seq1  TTGTTTTATTTTTATTTTATTTGTAATTTTAACCATTAGAAAGTTCACAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTATTTTTATTTTATTTGTAATTTTAACCATTAGAAAGTTCACAG  1132

seq1  GGTCATTTATGGAATTCAGGAGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTTATGGAATTCAGGAGAATTC  1159