BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286B11
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,264,300 - 5,405,380
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAkr1c12, Akr1c6, Akr1c20, Akr1c21, Akr1e1, EG432721, EG432723
Downstream gene1700016G22Rik, Klf6, LOC100039388, LOC100039395
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286B11.bB6Ng01-286B11.g
ACCGA084374GA084375
length1,0611,182
definitionB6Ng01-286B11.b B6Ng01-286B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,404,314 - 5,405,380)(5,264,300 - 5,265,483)
sequence
gaattcaatgagggacatttttactgttagctgctgactaaaaaaaaagc
gcattttctactcacaatgcatttatggtactgctccaccattttcaact
aggtcagagacatatctgtgctacccctccccctctgtagacagaatgac
tctcacactataaggcaaagaagctgtgtcctaaactgccaaaaacatgt
ctccactgcccttcctgtacagttcgagactgcagtgattccgattcata
attcctagtaatattccaagatgctaacgcttttcacaggctgtggtcca
cagtggagaactgtatctcctagctccgcctcaaagaaagacttgcctgc
taagccatctcttctcagtttcctgatttttgcctcatctgcaaatgaac
agggccccatttgcatgtccttgaaatcctgttctcataaacatccctgt
gaaaattaaaattgttttggataccaatcactattgctcttcattttgtt
ttatgtgatacagcctaatgcaccatggtatagccttaagctcctgatgg
tcctgacctcatttcccagataccaaaccacagcattatcattccaagct
acatgatatttagtattgtttttattgttatttcagtgtatatacaacca
tgtggtatgctcatacttgtgggcacatatattaaaatgacaacaacacc
aacacatccaaatgtacacacatatgcaaataccacatgcacatttgtgt
gtgtgtgtttgtatgatcattcttgtgggcacattggaaatttaaaggtt
gatgtcaggatgttctcaaaatatcctaattccttcaccacagcagtttt
ttgggatgcagagcctttcactggaactcatcattatagataggctagct
gaactcagatgcataagtagcaaacacgttctccagtgagccattacttt
ggctttgaaacaggccctgatctaaccccctctatcactcatacagccca
tgtggagacatgatctgtctttgtctctgtctctctcagcaaactgtctc
atatacacata

gaattctctgcttctacctccttcacattggcaaagtctctccactcatc
tgagtctccttctcttgtttacagagtccttcacagtgtgtgcactgggc
cttctttacatgaccacctctcattacatcctcttggaacagtaactcag
gcagcattcaaagatggcagccatgtttgactttgtatttccaaatatac
atccacagaagtgtccggtgagagataacatgacgtcttatttctctttt
aactcttccctttaaatttatttcccttccactccttctatatcataact
ctatgatttcctaagattatttgagattcttatccaagtccagctaagat
aaaacaggatgttcccaatttgcagtgctatcttgcatatttaaataaaa
gagaaggatatattgagtcaaactctaaataattattgttagcttctgaa
tttttatgcagtgataaatatgcatgagaagttacatacacagtgtaact
ttgaaatgcacaattgcccaggtatcatacatgcaagtggtgtgtgcatt
tatttgttcaaaaagagcttttgttcttgtcttcaaatttttttgaagtt
taatgtttctcagtcaataatattccatttctttaggcagctcataataa
tgaataagcttgcaggttaatcataatttaaaactctttaagtatagaaa
ttcctaatcactaactccatctaccaacttctacctcattcaaaatttta
caatactttattttttttcctttacatagtgtgatgggctattcctgggt
gtcaccttgactacatctgtaatgagctacaatcgagaaatggaggactc
acctgtgatcaagatcttaaaggctgaaagacacaggcttcttacctgga
tgttgacattggatgacacacacttttgatccagatcttgaggcacagta
gccatgaaaagcttaagctcaggcaaggtagtacaccccctttaatccaa
ggagattagacagcatattctctggagttcaaaggccagccttgtacaaa
gcagtccaaatcaggcatggtagtacatacttactggagtcacacctttc
ttctggagcctacattattgacattgaccgaagagactcacctcttcttt
ctgcttgccatataccttgcaggcacttctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5404314_5405380
seq2: B6Ng01-286B11.b_50_1110 (reverse)

seq1  TATGTGTAATTAATGAGACAAGTTTTGCTGAGAGAGACAGAGACAAAGAC  50
      ||||||||    ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTA---TATGAGACA--GTTTGCTGAGAGAGACAGAGACAAAGAC  45

seq1  AGATCATGTCTCCAACATGGGCTGTATGAGTGATAGA-GGGGTTAGATCA  99
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGATCATGTCTCC-ACATGGGCTGTATGAGTGATAGAGGGGGTTAGATCA  94

seq1  GGGCCTGTTTCAAAAGCCAAAGTAATGGCTCACTGGAGAACGTGTTTGCT  149
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGTTTC-AAAGCCAAAGTAATGGCTCACTGGAGAACGTGTTTGCT  143

seq1  ACTTATGCATCTGAGTTCAGCTAGCCTATCTATAATGATGAGTTCCAGTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATGCATCTGAGTTCAGCTAGCCTATCTATAATGATGAGTTCCAGTG  193

seq1  AAAGGCTCTGCATCCCAAAAAACTGCTGTGGTGAAGGAATTAGGATATTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCTGCATCCCAAAAAACTGCTGTGGTGAAGGAATTAGGATATTT  243

seq1  TGAGAACATCCTGACATCAACCTTTAAATTTCCAATGTGCCCACAAGAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACATCCTGACATCAACCTTTAAATTTCCAATGTGCCCACAAGAAT  293

seq1  GATCATACAAACACACACACACAAATGTGCATGTGGTATTTGCATATGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATACAAACACACACACACAAATGTGCATGTGGTATTTGCATATGTG  343

seq1  TGTACATTTGGATGTGTTGGTGTTGTTGTCATTTTAATATATGTGCCCAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATTTGGATGTGTTGGTGTTGTTGTCATTTTAATATATGTGCCCAC  393

seq1  AAGTATGAGCATACCACATGGTTGTATATACACTGAAATAACAATAAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGAGCATACCACATGGTTGTATATACACTGAAATAACAATAAAAA  443

seq1  CAATACTAAATATCATGTAGCTTGGAATGATAATGCTGTGGTTTGGTATC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTAAATATCATGTAGCTTGGAATGATAATGCTGTGGTTTGGTATC  493

seq1  TGGGAAATGAGGTCAGGACCATCAGGAGCTTAAGGCTATACCATGGTGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAATGAGGTCAGGACCATCAGGAGCTTAAGGCTATACCATGGTGCA  543

seq1  TTAGGCTGTATCACATAAAACAAAATGAAGAGCAATAGTGATTGGTATCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTGTATCACATAAAACAAAATGAAGAGCAATAGTGATTGGTATCC  593

seq1  AAAACAATTTTAATTTTCACAGGGATGTTTATGAGAACAGGATTTCAAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATTTTAATTTTCACAGGGATGTTTATGAGAACAGGATTTCAAGG  643

seq1  ACATGCAAATGGGGCCCTGTTCATTTGCAGATGAGGCAAAAATCAGGAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAAATGGGGCCCTGTTCATTTGCAGATGAGGCAAAAATCAGGAAA  693

seq1  CTGAGAAGAGATGGCTTAGCAGGCAAGTCTTTCTTTGAGGCGGAGCTAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAGAGATGGCTTAGCAGGCAAGTCTTTCTTTGAGGCGGAGCTAGG  743

seq1  AGATACAGTTCTCCACTGTGGACCACAGCCTGTGAAAAGCGTTAGCATCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGTTCTCCACTGTGGACCACAGCCTGTGAAAAGCGTTAGCATCT  793

seq1  TGGAATATTACTAGGAATTATGAATCGGAATCACTGCAGTCTCGAACTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATATTACTAGGAATTATGAATCGGAATCACTGCAGTCTCGAACTGT  843

seq1  ACAGGAAGGGCAGTGGAGACATGTTTTTGGCAGTTTAGGACACAGCTTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGGGCAGTGGAGACATGTTTTTGGCAGTTTAGGACACAGCTTCT  893

seq1  TTGCCTTATAGTGTGAGAGTCATTCTGTCTACAGAGGGGGAGGGGTAGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTATAGTGTGAGAGTCATTCTGTCTACAGAGGGGGAGGGGTAGCA  943

seq1  CAGATATGTCTCTGACCTAGTTGAAAATGGTGGAGCAGTACCATAAATGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATGTCTCTGACCTAGTTGAAAATGGTGGAGCAGTACCATAAATGC  993

seq1  ATTGTGAGTAGAAAATGCGCTTTTTTTTTAGTCAGCAGCTAACAGTAAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGAGTAGAAAATGCGCTTTTTTTTTAGTCAGCAGCTAACAGTAAAA  1043

seq1  ATGTCCCTCATTGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCTCATTGAATTC  1061


seq1: chr13_5264300_5265483
seq2: B6Ng01-286B11.g_70_1251

seq1  GAATTCTCTGCTTCTACCTCCTTCACATTGGCAAAGTCTCTCCACTCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCTTCTACCTCCTTCACATTGGCAAAGTCTCTCCACTCATC  50

seq1  TGAGTCTCCTTCTCTTGTTTACAGAGTCCTTCACAGTGTGTGCACTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTCCTTCTCTTGTTTACAGAGTCCTTCACAGTGTGTGCACTGGGC  100

seq1  CTTCTTTACATGACCACCTCTCATTACATCCTCTTGGAACAGTAACTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTACATGACCACCTCTCATTACATCCTCTTGGAACAGTAACTCAG  150

seq1  GCAGCATTCAAAGATGGCAGCCATGTTTGACTTTGTATTTCCAAATATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATTCAAAGATGGCAGCCATGTTTGACTTTGTATTTCCAAATATAC  200

seq1  ATCCACAGAAGTGTCCGGTGAGAGATAACATGACGTCTTATTTCTCTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACAGAAGTGTCCGGTGAGAGATAACATGACGTCTTATTTCTCTTTT  250

seq1  AACTCTTCCCTTTAAATTTATTTCCCTTCCACTCCTTCTATATCATAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTCCCTTTAAATTTATTTCCCTTCCACTCCTTCTATATCATAACT  300

seq1  CTATGATTTCCTAAGATTATTTGAGATTCTTATCCAAGTCCAGCTAAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATTTCCTAAGATTATTTGAGATTCTTATCCAAGTCCAGCTAAGAT  350

seq1  AAAACAGGATGTTCCCAATTTGCAGTGCTATCTTGCATATTTAAATAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGGATGTTCCCAATTTGCAGTGCTATCTTGCATATTTAAATAAAA  400

seq1  GAGAAGGATATATTGAGTCAAACTCTAAATAATTATTGTTAGCTTCTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGATATATTGAGTCAAACTCTAAATAATTATTGTTAGCTTCTGAA  450

seq1  TTTTTATGCAGTGATAAATATGCATGAGAAGTTACATACACAGTGTAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGCAGTGATAAATATGCATGAGAAGTTACATACACAGTGTAACT  500

seq1  TTGAAATGCACAATTGCCCAGGTATCATACATGCAAGTGGTGTGTGCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATGCACAATTGCCCAGGTATCATACATGCAAGTGGTGTGTGCATT  550

seq1  TATTTGTTCAAAAAGAGCTTTTGTTCTTGTCTTCAAATTTTTTTGAAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTCAAAAAGAGCTTTTGTTCTTGTCTTCAAATTTTTTTGAAGTT  600

seq1  TAATGTTTCTCAGTCAATAATATTCCATTTCTTTAGGCAGCTCATAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTTCTCAGTCAATAATATTCCATTTCTTTAGGCAGCTCATAATAA  650

seq1  TGAATAAGCTTGCAGGTTAATCATAATTTAAAACTCTTTAAGTATAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAGCTTGCAGGTTAATCATAATTTAAAACTCTTTAAGTATAGAAA  700

seq1  TTCCTAATCACTAACTCCATCTACCAACTTCTACCTCATTCAAAATTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAATCACTAACTCCATCTACCAACTTCTACCTCATTCAAAATTTTA  750

seq1  CAATACTTTATTTTTTTTCCTTTACATAGTGTGAT-GGCTATTCCTGGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  CAATACTTTATTTTTTTTCCTTTACATAGTGTGATGGGCTATTCCTGGGT  800

seq1  GTCACCTTGACTACATCTGTAATGAGCTACAATCGAGAAATGGAGGACTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTTGACTACATCTGTAATGAGCTACAATCGAGAAATGGAGGACTC  850

seq1  ACCTGTGATCAAGATCTT-AAGGCTGAAAGACACAGGCTTCTTACCTGGA  898
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGATCAAGATCTTAAAGGCTGAAAGACACAGGCTTCTTACCTGGA  900

seq1  TGTTGACATTGGATGACACACACTTTTGATCCAGATCTTGAGGCACAGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACATTGGATGACACACACTTTTGATCCAGATCTTGAGGCACAGTA  950

seq1  GCCATGAAAAGCTTAAGCTCAGGCAAGGTAGTACA-CCCCTTTAATCCCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  GCCATGAAAAGCTTAAGCTCAGGCAAGGTAGTACACCCCCTTTAATCCAA  1000

seq1  GGAGATTAAGACAAGCATA-TCTCT-GAGTTC-AAGGCCAGCCTGGAACA  1044
      ||||||| |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||| | |||
seq2  GGAGATT-AGAC-AGCATATTCTCTGGAGTTCAAAGGCCAGCCTTGTACA  1048

seq1  AAGCAAGTTCAAAATCCAGGCATGGTAGTACATACCTTTAACCTGAGTCA  1094
      |||| ||| ||||   |||||||||||||||||||   | ||  ||||||
seq2  AAGC-AGTCCAAA--TCAGGCATGGTAGTACATAC---TTACTGGAGTCA  1092

seq1  CACC-TTCTCCTGGAGGCCTACA-TAATGACATTGACAGAAGGAAGACTC  1142
      |||| |||| ||||| ||||||| || |||||||||| ||||  ||||||
seq2  CACCTTTCTTCTGGA-GCCTACATTATTGACATTGACCGAAG--AGACTC  1139

seq1  A-CTCTTCTTTCCCTGCTTG-CATATA-CTTGCCAGCACTTCTGT  1184
      | |||||||||  ||||||| |||||| |||||  ||||||||||
seq2  ACCTCTTCTTT--CTGCTTGCCATATACCTTGCAGGCACTTCTGT  1182


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |