BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288H09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 12,650,006 - 12,755,055
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEro1lb, LOC664862
Upstream geneRyr2, LOC100039678, Mtr, LOC100039826, Actn2, EG432725, Heatr1, LOC546246, Lgals8, LOC100039900, Edaradd
Downstream geneEG238507, LOC100039744, EG630757, Prl2c3, LOC100039999, LOC100039754, Prl2c2, LOC434483, LOC674723, Prl2c5, LOC630611, LOC100039786, LOC385049, LOC630663, LOC100040108, Gpr137b, LOC664960, Nid1, Lyst
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288H09.bB6Ng01-288H09.g
ACCGA086118GA086119
length1,030583
definitionB6Ng01-288H09.b B6Ng01-288H09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,650,006 - 12,651,036)(12,754,473 - 12,755,055)
sequence
gaattcactctgctttccccattgccaggatgcttatgagggtttctgtt
ctcctcactccgtgttgaccagatgagtagctattctcagagagccctag
aactgggcatggagaggggaggcatcaatcacgcgctggatagcaagcgg
tgtggctttgatttaatcatgctcatgttttgctatcacactttactctg
atcctgactcagcagagatacagctgtcaccagcttcagtactcttgcta
cctgggacaccgggaaatgccttcatggttccttcattccttgtcttctg
tgtgttattttagctgttttaactaggaaccccgtcctcctaagccaggc
tggttctgttatcctcattgtttataaagttatttttgtagcactgggtt
gcaggacatttatggaccatgggttggaaagtccttggcaagaagtctat
gttgtcattcactaggtcaacaaatagttactgagttccttcctcatgtc
tggtgctctgccttgtgctgagaatgcagcagaggatggatcaggcaagt
ctctccctcctctgtggagttccattccaatcaaaaggaaggcaatataa
gcaagtgtgaaattgaaggactggcagatttgggtcatagactgttgtgt
gcttgtgtccttacatggtagaaacaacaaaggagcttcctccagtccct
gttgctttaaaaaaaaagatttaactgcttttactttacatgtatgtatg
ttttgcctacatgtatgtttgtgcaccacatgcatgtctggtgcccacat
agctcacaggagggagtcagatctcctggaactgcagtttacagatggtt
ttgagctgccatgtggatctgggaactgaacctgggacctctgaaagagt
ggccagtgctcttaaccactgagctatccctgcagcccccctagagttcc
cttttgtaaggccactatcccatcactaagcttttcccaaaggctcagag
atgcaaatacattacattgggggggggggg
gaattcaggtcctcaagcttgctgagcaaacactcttacacaccaagtca
tctctccagtccccaatttctcactgttgaaggcatacatgaaataatca
agtaagacctacacaatatggtaagctattcattaccatctggcctcccc
agttagggaatcatatttctgaagtaaaaggtcccaccataggaggagga
actgcagatacaccattgtcgtgttctcagttggtttttgtcactgagat
gtggctgaggctctcttaatttgacacccttgccccaaactgagttggaa
gctcatgactcaaagatgaggaactgcatagtcttgttctagagagagga
gctctcccaccacctttgacaacccctttactcccccacctcccgtatag
atattaactgggccaaatatgtgcctcttgctaccactgtatgtctagat
ggaataggtgtgttcctgagagattcacctacaagccagattgtggtttc
tcgtgaagcctcgccttcttgatatagaaaccttggtatagctggacagc
ggtggcgcatgcctttaatcccagcacttggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_12650006_12651036
seq2: B6Ng01-288H09.b_50_1079

seq1  GAATTCACTCTGCTTTCCCCATTGCCAGGATGCTTATGAGGGTTTCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGCTTTCCCCATTGCCAGGATGCTTATGAGGGTTTCTGTT  50

seq1  CTCCTCACTCCGTGTTGACCAGATGAGTAGCTATTCTCAGAGAGCCCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACTCCGTGTTGACCAGATGAGTAGCTATTCTCAGAGAGCCCTAG  100

seq1  AACTGGGCATGGAGAGGGGAGGCATCAATCACGCGCTGGATAGCAAGCGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGCATGGAGAGGGGAGGCATCAATCACGCGCTGGATAGCAAGCGG  150

seq1  TGTGGCTTTGATTTAATCATGCTCATGTTTTGCTATCACACTTTACTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTTGATTTAATCATGCTCATGTTTTGCTATCACACTTTACTCTG  200

seq1  ATCCTGACTCAGCAGAGATACAGCTGTCACCAGCTTCAGTACTCTTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGACTCAGCAGAGATACAGCTGTCACCAGCTTCAGTACTCTTGCTA  250

seq1  CCTGGGACACCGGGAAATGCCTTCATGGTTCCTTCATTCCTTGTCTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGACACCGGGAAATGCCTTCATGGTTCCTTCATTCCTTGTCTTCTG  300

seq1  TGTGTTATTTTAGCTGTTTTAACTAGGAACCCCGTCCTCCTAAGCCAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTATTTTAGCTGTTTTAACTAGGAACCCCGTCCTCCTAAGCCAGGC  350

seq1  TGGTTCTGTTATCCTCATTGTTTATAAAGTTATTTTTGTAGCACTGGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTGTTATCCTCATTGTTTATAAAGTTATTTTTGTAGCACTGGGTT  400

seq1  GCAGGACATTTATGGACCATGGGTTGGAAAGTCCTTGGCAAGAAGTCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACATTTATGGACCATGGGTTGGAAAGTCCTTGGCAAGAAGTCTAT  450

seq1  GTTGTCATTCACTAGGTCAACAAATAGTTACTGAGTTCCTTCCTCATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCATTCACTAGGTCAACAAATAGTTACTGAGTTCCTTCCTCATGTC  500

seq1  TGGTGCTCTGCCTTGTGCTGAGAATGCAGCAGAGGATGGATCAGGCAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTCTGCCTTGTGCTGAGAATGCAGCAGAGGATGGATCAGGCAAGT  550

seq1  CTCTCCCTCCTCTGTGGAGTTCCATTCCAATCAAAAGGAAGGCAATATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTCCTCTGTGGAGTTCCATTCCAATCAAAAGGAAGGCAATATAA  600

seq1  GCAAGTGTGAAATTGAAGGACTGGCAGATTTGGGTCATAGACTGTTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGTGAAATTGAAGGACTGGCAGATTTGGGTCATAGACTGTTGTGT  650

seq1  GCTTGTGTCCTTACATGGTAGAAACAACAAAGGAGCTTCCTCCAGTCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGTCCTTACATGGTAGAAACAACAAAGGAGCTTCCTCCAGTCCCT  700

seq1  GTTGCTTTAAAAAAAAAGATTTAACTGCTTTTACTTTACATGTATGTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTTAAAAAAAAAGATTTAACTGCTTTTACTTTACATGTATGTATG  750

seq1  TTTTGCCTACATGTATGTTTGTGCACCACATGCATGTCTGGTGCCCACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCTACATGTATGTTTGTGCACCACATGCATGTCTGGTGCCCACAT  800

seq1  AGCTCACAGGAGGGAGTCAGATCTCCTGGAACTGCAG-TTACAGATGGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGCTCACAGGAGGGAGTCAGATCTCCTGGAACTGCAGTTTACAGATGGTT  850

seq1  TTGAGCTGCCATGTGGATCTGGGAACTGAACCTGGGACCTCTGAAAGAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTGCCATGTGGATCTGGGAACTGAACCTGGGACCTCTGAAAGAGT  900

seq1  GGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCTATCCCTGCAGCCCCCCTAGAGTTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCTATCCCTGCAGCCCCCCTAGAGTTCC  950

seq1  C-TTTGTAAGGCCACTAATCCCATTCACTAGGCTTTTCCCAAAGGCTCAG  998
      | |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTAAGGCCACT-ATCCCA-TCACTAAGCTTTTCCCAAAGGCTCAG  998

seq1  AGATGCAAATACCATTACATTGGGGGGGGGGGG  1031
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAAATA-CATTACATTGGGGGGGGGGGG  1030

seq1: chr13_12754473_12755055
seq2: B6Ng01-288H09.g_68_650 (reverse)

seq1  TCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCGCTGTCCAGCTATACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCGCTGTCCAGCTATACCA  50

seq1  AGGTTTCTATATCAAGAAGGCGAGGCTTCACGAGAAACCACAATCTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCTATATCAAGAAGGCGAGGCTTCACGAGAAACCACAATCTGGCT  100

seq1  TGTAGGTGAATCTCTCAGGAACACACCTATTCCATCTAGACATACAGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTGAATCTCTCAGGAACACACCTATTCCATCTAGACATACAGTGG  150

seq1  TAGCAAGAGGCACATATTTGGCCCAGTTAATATCTATACGGGAGGTGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGAGGCACATATTTGGCCCAGTTAATATCTATACGGGAGGTGGGG  200

seq1  GAGTAAAGGGGTTGTCAAAGGTGGTGGGAGAGCTCCTCTCTCTAGAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAAGGGGTTGTCAAAGGTGGTGGGAGAGCTCCTCTCTCTAGAACAA  250

seq1  GACTATGCAGTTCCTCATCTTTGAGTCATGAGCTTCCAACTCAGTTTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGCAGTTCCTCATCTTTGAGTCATGAGCTTCCAACTCAGTTTGGG  300

seq1  GCAAGGGTGTCAAATTAAGAGAGCCTCAGCCACATCTCAGTGACAAAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGTGTCAAATTAAGAGAGCCTCAGCCACATCTCAGTGACAAAAAC  350

seq1  CAACTGAGAACACGACAATGGTGTATCTGCAGTTCCTCCTCCTATGGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAGAACACGACAATGGTGTATCTGCAGTTCCTCCTCCTATGGTGG  400

seq1  GACCTTTTACTTCAGAAATATGATTCCCTAACTGGGGAGGCCAGATGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTTACTTCAGAAATATGATTCCCTAACTGGGGAGGCCAGATGGTA  450

seq1  ATGAATAGCTTACCATATTGTGTAGGTCTTACTTGATTATTTCATGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAGCTTACCATATTGTGTAGGTCTTACTTGATTATTTCATGTATG  500

seq1  CCTTCAACAGTGAGAAATTGGGGACTGGAGAGATGACTTGGTGTGTAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAACAGTGAGAAATTGGGGACTGGAGAGATGACTTGGTGTGTAAGA  550

seq1  GTGTTTGCTCAGCAAGCTTGAGGACCTGAATTC  583
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGCTCAGCAAGCTTGAGGACCTGAATTC  583