BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290E14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 55,945,803 - 56,036,875
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUnc5a, Hk3, Uimc1, LOC622707, Zfp346, Fgfr4, Nsd1, Rab24, Prelid1, Mxd3, Lman2, Rgs14, Slc34a1, Pfn3, F12, Gprk6, Prr7, Dbn1, Pdlim7, Dok3, Ddx41, BC021381, Tmed9, B4galt7, Caml, Ddx46, B230219D22Rik, 2310047H23Rik, Pcbd2, Catsper3, Pitx1
Downstream geneH2afy, BC027057, Neurog1, Cxcl14, LOC100040926, AU042651, Il9, Fbxl21, Lect2, Tgfbi, Smad5, EG627415, Trpc7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290E14.bB6Ng01-290E14.g
ACCGA087464GA087465
length1,1351,092
definitionB6Ng01-290E14.b B6Ng01-290E14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,945,803 - 55,946,935)(56,035,782 - 56,036,875)
sequence
gaattctgaagaatggaaaaagccaatctcacggggtcacccactgtgtc
atactatttacgtaacatcttcaaaatgacaaaaaaaaaagtttctcttc
ctccgtgctggggattggaccactgaccttgaacactctaccactgagct
acatcttcagacacatggcagacttcccagcagaattccccgggggaatc
gaggagtggatgggcgggaaggagggcagcgtgactataacgggcaccac
tggagatgctgactttgacgtcttgggactaattcagcttcttgattcca
gggaacatttcacgtatgtctgcttgtgaggtgttgtgtagccatttcct
ctaaattcagacattccctcctggaaggaggaggcaagcccccaagactc
aagaagctaaggaaatgtgggaggctcaggacctatacagctgacaagct
ccccgaggtcacacaaacagcagacagtggctgggagggagggatctctc
gggtagagctccctgcaaggtcggcagtgagctccaggggcacagctgtc
ttgagttgttacccaccttggggtgggatttttctgggactcagctgcct
ttgagtcatcgatggtcttgtaagtgaccgttcacccatggcctgtcact
aacgccaaaaaaatcactggctcctcaagctggaattggtgggatttttt
ttttttcttccatctgtccttgctaccatgcttggtagcatgtttgtttg
tgtctacctggggaaagcacaatgatgaagaactacatagagtcgcacat
atgctttatatgtcctggtcttgatagtgtattggtaaaatgtggccact
gggaactggggtgaaagggacacagcaggctcctctctgccatcttggcc
acttctaaaatgagcaaaagatcagattgaagttctgtttaggggccaag
gatatgtctggacagcatatacgagtgcccagaaggacccttggaaaagc
agaaggcccggaccagagggagaggggagagctgaggttgagcacagatt
ttgagtcacttttgaagccattcgaacccgccatcctgggcaaagcccag
caggttgaatgctgatgccaggaaacagcctatgc
gaattccttactgtaaatatgaaaaaaacagtcagatgttgagatagcct
gtgatttcctactcaaagactgccaaaagaccttcaaggtctagattatg
gtcttcaaccataatctaggtttacatgtgtaaaacaagtcaatgagtga
cccagggactgagaaagctaaattctttctttttcactaacagaagtaga
tgtcccaaggggccccgcaggaagccacagaagaaacacagaaaactaca
acaatgaggccagccaccctttgatctaggagatccttcgggggactagt
ctctcccctctcatgcccacttccctcatactattactctaagaccaaga
agactgtctgaggaaagaagagccacacagaagaacattctagaagactg
gcctacttgtatgtccagatttgctctttgggacagagagaccaagaaag
ccaaaatgttgatctacttgagtaggataatatcttccaaggttggtata
tattctttaatacagcaatggcatgtctcagtataatatgccctggttga
ccatactctgcgttcatttcttgaacctatggaaatgttttatggtacat
caaaacatacagctctacctcttatgcaacatctgtgagtcaggattcag
gtcccatgtacactgggtagttgaatcatgtttgaaaactgtcttcaaac
accatctgcatgttcaaagaaattcttctggccacctgctaggtgtgccc
tggaattagacttcgagacagtaaaggcagatgaagggtttccactggga
agagaagaaaatagaatccttgcacaagtgtgccaacctccaatcccata
gccttgactcttcctgatgaccacaactccctctaaggccagtttgaaga
agagacaccagctgccaagacaccggagcatggctcagccaggcaagcag
catctgctctccaggcttcagcttccatctgaatagttgggggataaaag
gagctgagcccaggcactgccagcgctagagtatgaaacccagcttatat
ggatgtatgtctatcacaggttatgtagtggtacaaacagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_55945803_55946935
seq2: B6Ng01-290E14.b_43_1177

seq1  GAATTCTGAAGAATGGAAAAAGCCAATCTCACGGGGTCACCCACTGTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAAGAATGGAAAAAGCCAATCTCACGGGGTCACCCACTGTGTC  50

seq1  ATACTATTTACGTAACATCTTCAAAATGACAAAAAAAAAAGTTTCTCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATTTACGTAACATCTTCAAAATGACAAAAAAAAAAGTTTCTCTTC  100

seq1  CTCCGTGCTGGGGATTGGACCACTGACCTTGAACACTCTACCACTGAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGTGCTGGGGATTGGACCACTGACCTTGAACACTCTACCACTGAGCT  150

seq1  ACATCTTCAGACACATGGCAGACTTCCCAGCAGAATTCCCCGGGGGAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTCAGACACATGGCAGACTTCCCAGCAGAATTCCCCGGGGGAATC  200

seq1  GAGGAGTGGATGGGCGGGAAGGAGGGCAGCGTGACTATAACGGGCACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTGGATGGGCGGGAAGGAGGGCAGCGTGACTATAACGGGCACCAC  250

seq1  TGGAGATGCTGACTTTGACGTCTTGGGACTAATTCAGCTTCTTGATTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATGCTGACTTTGACGTCTTGGGACTAATTCAGCTTCTTGATTCCA  300

seq1  GGGAACATTTCACGTATGTCTGCTTGTGAGGTGTTGTGTAGCCATTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACATTTCACGTATGTCTGCTTGTGAGGTGTTGTGTAGCCATTTCCT  350

seq1  CTAAATTCAGACATTCCCTCCTGGAAGGAGGAGGCAAGCCCCCAAGACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTCAGACATTCCCTCCTGGAAGGAGGAGGCAAGCCCCCAAGACTC  400

seq1  AAGAAGCTAAGGAAATGTGGGAGGCTCAGGACCTATACAGCTGACAAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCTAAGGAAATGTGGGAGGCTCAGGACCTATACAGCTGACAAGCT  450

seq1  CCCCGAGGTCACACAAACAGCAGACAGTGGCTGGGAGGGAGGGATCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGAGGTCACACAAACAGCAGACAGTGGCTGGGAGGGAGGGATCTCTC  500

seq1  GGGTAGAGCTCCCTGCAAGGTCGGCAGTGAGCTCCAGGGGCACAGCTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGAGCTCCCTGCAAGGTCGGCAGTGAGCTCCAGGGGCACAGCTGTC  550

seq1  TTGAGTTGTTACCCACCTTGGGGTGGGATTTTTCTGGGACTCAGCTGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTGTTACCCACCTTGGGGTGGGATTTTTCTGGGACTCAGCTGCCT  600

seq1  TTGAGTCATCGATGGTCTTGTAAGTGACCGTTCACCCATGGCCTGTCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCATCGATGGTCTTGTAAGTGACCGTTCACCCATGGCCTGTCACT  650

seq1  AACGCCAAAAAAATCACTGGCTCCTCAAGCTGGAATTGGTGGGATTTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCAAAAAAATCACTGGCTCCTCAAGCTGGAATTGGTGGGATTTTTT  700

seq1  TTTTTTCTTCCATCTGTCCTTGCTACCATGCTTGGTAGCATGTTTGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTTCCATCTGTCCTTGCTACCATGCTTGGTAGCATGTTTGTTTG  750

seq1  TGTCTACCTGGGGAAAGCACAATGATGAAGAACTACATAGAGTCGCACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACCTGGGGAAAGCACAATGATGAAGAACTACATAGAGTCGCACAT  800

seq1  ATGCTTTATATGTCCTGGTCTTGATAGTGTATTGGTAAAATGTGGCCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTATATGTCCTGGTCTTGATAGTGTATTGGTAAAATGTGGCCACT  850

seq1  GGGAACTGGGGTGAAAGGGACACAGCAGGCTCCTCTCTGCCATCTTGGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGGAACTGGGGTGAAAGGGACACAGCAGGCTCCTCTCTGCCATCTTGGCC  900

seq1  ACTTCTAAAATGAGCAAAAGATCAGATTGAAGTTCTGTTTAGGGGCCAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAAAATGAGCAAAAGATCAGATTGAAGTTCTGTTTAGGGGCCAAG  950

seq1  GATATGTCTGGACAGCATATACGAGTGGCCAGAAGGACCCTTGGAAAAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTCTGGACAGCATATACGAGTGCCCAGAAGGACCCTTGGAAAAGC  1000

seq1  AGAAGGGCCCGGGACCAGAGGGGAGAGGGGAGAGCTGGAGGGTTGAGGCA  1050
      ||||||  || |||||||| |||||||||||||||||   |||||| |||
seq2  AGAAGG--CCCGGACCAGA-GGGAGAGGGGAGAGCTG--AGGTTGA-GCA  1044

seq1  CAGA-TTTGAGTCAC-TTTGAGGCCATTCAGACCCG-CATC--TGGCAGA  1095
      |||| |||||||||| ||||| |||||||  ||||| ||||   |||| |
seq2  CAGATTTTGAGTCACTTTTGAAGCCATTCGAACCCGCCATCCTGGGCAAA  1094

seq1  G-CCAGCAGGTTG-ATGCTAGATGCAAG--AACAGCCTATGC  1133
      | ||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||
seq2  GCCCAGCAGGTTGAATGCT-GATGCCAGGAAACAGCCTATGC  1135

seq1: chr13_56035782_56036875
seq2: B6Ng01-290E14.g_67_1158 (reverse)

seq1  CTCTGTTGTAACAACTACATAA-CTGTGATAAGAACATTACAACCATAT-  48
      |||||||   || ||||||||| ||||||||   ||| |||| |||||| 
seq2  CTCTGTTTGTACCACTACATAACCTGTGATA--GACA-TACATCCATATA  47

seq1  AGCTGGGTTTCCTTCCTCTTGGCGCTTGGCAGTGCCT-GGCTCAGCTCCT  97
      |||||||||| | | ||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGCTGGGTTT-CATACTC-TAGCGC-TGGCAGTGCCTGGGCTCAGCTCCT  94

seq1  TTTATCCCCC-ACTATTCAGATGGGAAGCTGAAGCCTGGAGAGCAGATGC  146
      |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCCCCAACTATTCAGAT-GGAAGCTGAAGCCTGGAGAGCAGATGC  143

seq1  TGCTTGCCTGGCTGAGCCATGCTCCGGTGTCTTGGCAGCTGGTGTCTCTT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCCTGGCTGAGCCATGCTCCGGTGTCTTGGCAGCTGGTGTCTCTT  193

seq1  CTTCAAACTGGCCTTAGAGGGAGTTGTGGTCATCAGGAAGAGTCAAGGCT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACTGGCCTTAGAGGGAGTTGTGGTCATCAGGAAGAGTCAAGGCT  243

seq1  ATGGGATTGGAGGTTGGCACACTTGTGCAAGGATTCTA-TTTCTTCTCTT  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGGGATTGGAGGTTGGCACACTTGTGCAAGGATTCTATTTTCTTCTCTT  293

seq1  CCCAGTGGAAACCCTTCATCTGCCTTTACTGTCTCGAAGTCTAATTCCAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGGAAACCCTTCATCTGCCTTTACTGTCTCGAAGTCTAATTCCAG  343

seq1  GGCACACCTAGCAGGTGGCCAGAAGAATTTCTTTGAACATGCAGATGGTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACCTAGCAGGTGGCCAGAAGAATTTCTTTGAACATGCAGATGGTG  393

seq1  TTTGAAGACAGTTTTCAAACATGATTCAACTACCCAGTGTACATGGGACC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGACAGTTTTCAAACATGATTCAACTACCCAGTGTACATGGGACC  443

seq1  TGAATCCTGACTCACAGATGTTGCATAAGAGGTAGAGCTGTATGTTTTGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCTGACTCACAGATGTTGCATAAGAGGTAGAGCTGTATGTTTTGA  493

seq1  TGTACCATAAAACATTTCCATAGGTTCAAGAAATGAACGCAGAGTATGGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCATAAAACATTTCCATAGGTTCAAGAAATGAACGCAGAGTATGGT  543

seq1  CAACCAGGGCATATTATACTGAGACATGCCATTGCTGTATTAAAGAATAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGGGCATATTATACTGAGACATGCCATTGCTGTATTAAAGAATAT  593

seq1  ATACCAACCTTGGAAGATATTATCCTACTCAAGTAGATCAACATTTTGGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAACCTTGGAAGATATTATCCTACTCAAGTAGATCAACATTTTGGC  643

seq1  TTTCTTGGTCTCTCTGTCCCAAAGAGCAAATCTGGACATACAAGTAGGCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGGTCTCTCTGTCCCAAAGAGCAAATCTGGACATACAAGTAGGCC  693

seq1  AGTCTTCTAGAATGTTCTTCTGTGTGGCTCTTCTTTCCTCAGACAGTCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCTAGAATGTTCTTCTGTGTGGCTCTTCTTTCCTCAGACAGTCTT  743

seq1  CTTGGTCTTAGAGTAATAGTATGAGGGAAGTGGGCATGAGAGGGGAGAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTCTTAGAGTAATAGTATGAGGGAAGTGGGCATGAGAGGGGAGAGA  793

seq1  CTAGTCCCCCGAAGGATCTCCTAGATCAAAGGGTGGCTGGCCTCATTGTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCCCCCGAAGGATCTCCTAGATCAAAGGGTGGCTGGCCTCATTGTT  843

seq1  GTAGTTTTCTGTGTTTCTTCTGTGGCTTCCTGCGGGGCCCCTTGGGACAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTTCTGTGTTTCTTCTGTGGCTTCCTGCGGGGCCCCTTGGGACAT  893

seq1  CTACTTCTGTTAGTGAAAAAGAAAGAATTTAGCTTTCTCAGTCCCTGGGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTGTTAGTGAAAAAGAAAGAATTTAGCTTTCTCAGTCCCTGGGT  943

seq1  CACTCATTGACTTGTTTTACACATGTAAACCTAGATTATGGTTGAAGACC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATTGACTTGTTTTACACATGTAAACCTAGATTATGGTTGAAGACC  993

seq1  ATAATCTAGACCTTGAAGGTCTTTTGGCAGTCTTTGAGTAGGAAATCACA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTAGACCTTGAAGGTCTTTTGGCAGTCTTTGAGTAGGAAATCACA  1043

seq1  GGCTATCTCAACATCTGACTGTTTTTTTCATATTTACAGTAAGGAATTC  1094
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATCTCAACATCTGACTGTTTTTTTCATATTTACAGTAAGGAATTC  1092