BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291G07
Chromosome13 (Build37)
Map Location 63,722,552 - 63,865,364
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041493, LOC630857, EG630978, EG435366, LOC380850, LOC630951, Fbp2, Fbp1, LOC100042090, EG665524, 2010111I01Rik, Fancc, Ptch1
Downstream geneC030010C08Rik, 0610007P08Rik, 9330134C04Rik, EG665575, Hsd17b3, Slc35d2, Zfp367, Habp4, Cdc14b, 1110018J18Rik, Ctsl, Ccrk, LOC665612, 1190003K10Rik, LOC218298, Ppia-ps13_866.1, LOC238678, LOC631470, Cntnap3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291G07.bB6Ng01-291G07.g
ACCGA088291GA088292
length1,1111,089
definitionB6Ng01-291G07.b B6Ng01-291G07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,864,252 - 63,865,364)(63,722,552 - 63,723,652)
sequence
gaattctttgtgcagataatgctgattgcctcccaaatgtgcagcaacat
atggcgaggagctcacacaacgggaagagggtttaagattgaattatcta
gtcaaggggatgctaaacaactggaaataaacccagagctcagcatcatt
aagagaggatgcacaccctgggacaccggacagatccactccctatgcca
cttcattgtctttgttatagggatgccattgtctaccccaaattacaagg
taactattattttggaggacgagtagcagctatgtgtcagagcagccatc
tgagttggaagtcatctttatatccaccaagatgtggatgcatttctgtt
ttgtcatttcaggtcaggggaaggggactgggtgagagaagcttctgtgt
cttccagacaaatatgcccagaggtggaagagctattggccagatacaca
atctccaagccacagggaggctaaaaaatgtgcatctgggtgttggtcat
gtgccattaagatactggagtcccactactaaagatgaaaatgtatgcca
atatttaaccagcagtttggaaaaagaaacttggcagaattatttggttc
tttcaacacagtgcacatataatataaatttaaaaattaaatatatgaca
caagactctacaagatcatgcaatcaaaacctacatacaagggtcctgaa
acagaatgtggccatcatcaggaaagacgcagcaaatggaatgcaggcat
agccagtgcctgttggttccacagcatgtgtcccatgatttcaggattct
tacagagtgactttgcagacaaggacctgtgacgacatgttctgcaagga
tgcataggcatccctgaaagctcaaatttgtaaagtaagtgattccagaa
acgtatgtcactgtacatggctgcagctggctcttcctggatctctggga
ttttagcagacctaggttttcatgattctcttttggagaaaatcagtgag
agagatctcatgggatagtagaggagagagatctcaatgggacagtagag
gagagagatctcatgggacagtagaggagagagatctcaatgggacagta
aaggaaagaga
gaattcttatggcgacagaggtatgtccctgaattcagggagccaccagc
tgatctttatatggattaaaatttatgaagtttcaccaaccagggagtat
tgcttgattccaggtggctgtgtccagaacttgagtccttacgtaggtct
tgcctttggtctttcatgaggatatgctgctgagctggccctgagtgcat
gaggttttttgatatgtggaaataggccaactaatttttttccttccttt
tttttttaagttgggtttctgccaaaccaatctaagacatacataaaact
taagcctttagttttcccacatttctgttgctctttcccatgagcagact
ttcactccatttactgatatctttgattgaattatggaggtggaaggctt
tacaaagcgggccacagtccatttgacttggtaattctgtggttagaggg
tcacgtcagcttgagtgtgaagtgtccagaggcagttttattgtggcatc
tacttgtagaaccagagtgaggaaaaccatgtccataataagaaaaagac
accctgggtgcttcccagcctgctctgaagtacatgacaggcatccagct
ctcctcaaaggacgcactacctctgggtccctggtggctcttagagacca
taactttattcagttccacatatactcttttttgctttggcaggttaggt
tcaagtcagacattccacctacaaaataaaacaaaacaaaacaaaaacag
agtttgtgcccagagagatggtttagtctatgaagagcttgtcatacaaa
tgtaaggacctaagccctgatttccagaacctacacaaaagcttcaagtg
gcacatgatcctagttctgaaggcaagagggtccctggagcttgctggag
tccaggctagctggactgacaagtttcaggtcagtgagaaacagcaaaac
ctctggctcaaaaaagagataggtggtcatggagaagacacagcatcacc
tctgctctacatgctacacacacatgtgcactttttgtgtaatatgccac
ccaacaccacacatctatgacagaaacatttgttgtctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_63864252_63865364
seq2: B6Ng01-291G07.b_46_1156 (reverse)

seq1  TCTCTCTCCTCTACTGTCCCATTGAGATCTCTCTCCTCTACTGTCCCATT  50
      ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTCTTTCCTTTACTGTCCCATTGAGATCTCTCTCCTCTACTGTCCCA-T  49

seq1  GAGATCTCTCTCCTCTACTGTCCCATTGAGATCTCTCTCCTCTACTATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTCTCTCCTCTACTGTCCCATTGAGATCTCTCTCCTCTACTATCC  99

seq1  CATTGAGATCTCTCTCACTGATTTTCTCCAAAAGAGAATCATGAAAACCT  150
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-TGAGATCTCTCTCACTGATTTTCTCCAAAAGAGAATCATGAAAACCT  148

seq1  AGGTCTGCTAAAATCCCAGAGATCCAGGAAGAGCCAGCTGCAGCCATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGCTAAAATCCCAGAGATCCAGGAAGAGCCAGCTGCAGCCATGTA  198

seq1  CAGTGACATACGTTTCTGGAATCACTTACTTTACAAATTTGAGCTTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACATACGTTTCTGGAATCACTTACTTTACAAATTTGAGCTTTCAG  248

seq1  GGATGCCTATGCATCCTTGCAGAACATGTCGTCACAGGTCCTTGTCTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCCTATGCATCCTTGCAGAACATGTCGTCACAGGTCCTTGTCTGCA  298

seq1  AAGTCACTCTGTAAGAATCCTGAAATCATGGGACACATGCTGTGGAACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACTCTGTAAGAATCCTGAAATCATGGGACACATGCTGTGGAACCA  348

seq1  ACAGGCACTGGCTATGCCTGCATTCCATTTGCTGCGTCTTTCCTGATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCACTGGCTATGCCTGCATTCCATTTGCTGCGTCTTTCCTGATGAT  398

seq1  GGCCACATTCTGTTTCAGGACCCTTGTATGTAGGTTTTGATTGCATGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATTCTGTTTCAGGACCCTTGTATGTAGGTTTTGATTGCATGATC  448

seq1  TTGTAGAGTCTTGTGTCATATATTTAATTTTTAAATTTATATTATATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAGTCTTGTGTCATATATTTAATTTTTAAATTTATATTATATGTG  498

seq1  CACTGTGTTGAAAGAACCAAATAATTCTGCCAAGTTTCTTTTTCCAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGTTGAAAGAACCAAATAATTCTGCCAAGTTTCTTTTTCCAAACT  548

seq1  GCTGGTTAAATATTGGCATACATTTTCATCTTTAGTAGTGGGACTCCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTAAATATTGGCATACATTTTCATCTTTAGTAGTGGGACTCCAGT  598

seq1  ATCTTAATGGCACATGACCAACACCCAGATGCACATTTTTTAGCCTCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAATGGCACATGACCAACACCCAGATGCACATTTTTTAGCCTCCCT  648

seq1  GTGGCTTGGAGATTGTGTATCTGGCCAATAGCTCTTCCACCTCTGGGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTGGAGATTGTGTATCTGGCCAATAGCTCTTCCACCTCTGGGCAT  698

seq1  ATTTGTCTGGAAGACACAGAAGCTTCTCTCACCCAGTCCCCTTCCCCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCTGGAAGACACAGAAGCTTCTCTCACCCAGTCCCCTTCCCCTGA  748

seq1  CCTGAAATGACAAAACAGAAATGCATCCACATCTTGGTGGATATAAAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATGACAAAACAGAAATGCATCCACATCTTGGTGGATATAAAGAT  798

seq1  GACTTCCAACTCAGATGGCTGCTCTGACACATAGCTGCTACTCGTCCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCAACTCAGATGGCTGCTCTGACACATAGCTGCTACTCGTCCTCC  848

seq1  AAAATAATAGTTACCTTGTAATTTGGGGTAGACAATGGCATCCCTATAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATAGTTACCTTGTAATTTGGGGTAGACAATGGCATCCCTATAAC  898

seq1  AAAGACAATGAAGTGGCATAGGGAGTGGATCTGTCCGGTGTCCCAGGGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAATGAAGTGGCATAGGGAGTGGATCTGTCCGGTGTCCCAGGGTG  948

seq1  TGCATCCTCTCTTAATGATGCTGAGCTCTGGGTTTATTTCCAGTTGTTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCTCTCTTAATGATGCTGAGCTCTGGGTTTATTTCCAGTTGTTTA  998

seq1  GCATCCCCTTGACTAGATAATTCAATCTTAAACCCTCTTCCCGTTGTGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCCTTGACTAGATAATTCAATCTTAAACCCTCTTCCCGTTGTGTG  1048

seq1  AGCTCCTCGCCATATGTTGCTGCACATTTGGGAGGCAATCAGCATTATCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTCGCCATATGTTGCTGCACATTTGGGAGGCAATCAGCATTATCT  1098

seq1  GCACAAAGAATTC  1113
      |||||||||||||
seq2  GCACAAAGAATTC  1111

seq1: chr13_63722552_63723652
seq2: B6Ng01-291G07.g_68_1156

seq1  GAATTCTTATGGCGACAGAGGTATGTCCCTGAATTCAGGGAGCCACCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATGGCGACAGAGGTATGTCCCTGAATTCAGGGAGCCACCAGC  50

seq1  TGATCTTTATATGGATTAAAATTTATGAAGTTTCACCAACCAGGGAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTTATATGGATTAAAATTTATGAAGTTTCACCAACCAGGGAGTAT  100

seq1  TGCTTGATTCCAGGTGGCTGTGTCCAGAACTTGAGTCCTTACGTAGGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGATTCCAGGTGGCTGTGTCCAGAACTTGAGTCCTTACGTAGGTCT  150

seq1  TGCCTTTGGTCTTTCATGAGGATATGCTGCTGAGCTGGCCCTGAGTGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTGGTCTTTCATGAGGATATGCTGCTGAGCTGGCCCTGAGTGCAT  200

seq1  GAGGTTTTTTGATATGTGGAAATAGGCCAACTAATTTTTTTCCTTCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTTTTTGATATGTGGAAATAGGCCAACTAATTTTTTTCCTTCCTTT  250

seq1  TTTTTTTAAGTTGGGTTTCTGCCAAACCAATCTAAGACATACATAAAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAAGTTGGGTTTCTGCCAAACCAATCTAAGACATACATAAAACT  300

seq1  TAAGCCTTTAGTTTTCCCACATTTCTGTTGCTCTTTCCCATGAGCAGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTTTAGTTTTCCCACATTTCTGTTGCTCTTTCCCATGAGCAGACT  350

seq1  TTCACTCCATTTACTGATATCTTTGATTGAATTATGGAGGTGGAAGGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCCATTTACTGATATCTTTGATTGAATTATGGAGGTGGAAGGCTT  400

seq1  TACAAAGCGGGCCACAGTCCATTTGACTTGGTAATTCTGTGGTTAGAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGCGGGCCACAGTCCATTTGACTTGGTAATTCTGTGGTTAGAGGG  450

seq1  TCACGTCAGCTTGAGTGTGAAGTGTCCAGAGGCAGTTTTATTGTGGCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTCAGCTTGAGTGTGAAGTGTCCAGAGGCAGTTTTATTGTGGCATC  500

seq1  TACTTGTAGAACCAGAGTGAGGAAAACCATGTCCATAATAAGAAAAAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTAGAACCAGAGTGAGGAAAACCATGTCCATAATAAGAAAAAGAC  550

seq1  ACCCTGGGTGCTTCCCAGCCTGCTCTGAAGTACATGACAGGCATCCAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGGTGCTTCCCAGCCTGCTCTGAAGTACATGACAGGCATCCAGCT  600

seq1  CTCCTCAAAGGACGCACTACCTCTGGGTCCCTGGTGGCTCTTAGAGACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAAAGGACGCACTACCTCTGGGTCCCTGGTGGCTCTTAGAGACCA  650

seq1  TAACTTTATTCAGTTCCACATATACTCTTTTTTGCTTTGGCAGGTTAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTATTCAGTTCCACATATACTCTTTTTTGCTTTGGCAGGTTAGGT  700

seq1  TCAAGTCAGACATTCCACCTACAAAATAAAACAAAACAAAACAAAAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCAGACATTCCACCTACAAAATAAAACAAAACAAAACAAAAACAG  750

seq1  AGTTTGTGCCCAGAGAGATGGTTTAGTCTATGAAGAGCTTGTCATACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTGCCCAGAGAGATGGTTTAGTCTATGAAGAGCTTGTCATACAAA  800

seq1  TGTAAGGACCTAAG-CCTGATTTCCAGAACCTACACAAAAGCTTCAAGTG  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGACCTAAGCCCTGATTTCCAGAACCTACACAAAAGCTTCAAGTG  850

seq1  GCACATGATCCTAGTTCTGAAGGCAAGAGGGTCCCTGGAGCTTGCTGGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGATCCTAGTTCTGAAGGCAAGAGGGTCCCTGGAGCTTGCTGGAG  900

seq1  TCCAGGCTAGCTGGACTGACAAGTTTCAGGGTCAGTGAGAAACAAGCAAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||
seq2  TCCAGGCTAGCTGGACTGACAAGTTTCA-GGTCAGTGAGAAAC-AGC-AA  947

seq1  AACCTCTGGCTCAAAAAAGAGATAGGTGGTCATGGAAGAAGACACCAGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  AACCTCTGGCTCAAAAAAGAGATAGGTGGTCATGG-AGAAGACA-CAGCA  995

seq1  TCAACCTCTGGCTTCTACATGCCTACACACACATGTGCAC-TTTTGTGT-  1047
      || |||||||   |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  TC-ACCTCTG--CTCTACATG-CTACACACACATGTGCACTTTTTGTGTA  1041

seq1  ATATGCACACAC-ACA-CACACAATTCCTATTGACAAGGAAACATTTGGT  1095
      |||||| ||| | ||| ||||||    ||| |||||  ||||||||| ||
seq2  ATATGC-CACCCAACACCACACA---TCTA-TGACA--GAAACATTT-GT  1083

seq1  TGTCTG  1101
      ||||||
seq2  TGTCTG  1089