BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292F16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 116,550,667 - 116,634,308
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMocs2, Itga2, LOC100040975, Itga1, Pelo, LOC100041023, LOC547402, LOC100041045
Downstream geneEG623174, Isl1, EG668276, Gm280, LOC100041169
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292F16.bB6Ng01-292F16.g
ACCGA089017GA089018
length1,1291,067
definitionB6Ng01-292F16.b B6Ng01-292F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,633,185 - 116,634,308)(116,550,667 - 116,551,747)
sequence
gaattcatagtattgtctcaatagtaatgtatccataaactatataaact
tttgtgttgctagatttgcttttaaatgtgcttgtagtgtctaaaatata
gtaactcaaatatccaaagcttctgtattcatgggtaaaatcaactgcat
attcaaaacatttggaaaagtgccatttgcactgacctcatatagatcta
ttttttatagttatctatcttatttaatgattacattcctagtattatta
attattgacatgtttggaagtatgtagaatggtgggtataatattcatgc
aaatagtttctgagttttataaaagattttagcaaccacaaatttttgcc
tccaagagagattgtggaacaaattttaaaagaatgccaaggataaattt
gatattatatagtattaaacttaaatttcactcagtataacacttataaa
ctactatccttgaatatattaatatgtacctcaattgtagcatcttcctg
aataatactttatttataaggcattataacatatttatggaagtaatgaa
cattgtctatttagttcagtgaaattttaatgtctgttacaaagtttcgc
agtacaaaatttagtaaattacataaattcagtaagactttgagggaagc
aggtggggccacatgggccaagatagtcactgccttgcccgagcatgcgc
agtgaggctgcatgcgtgggctgcccgccaggctggacagttccttgtga
tcaggacctgtcagcctatcggtgaccgacctgagctcttgcctggaacg
tgtgtgaattctgattggatgaggtgggttagagctagtagaaggtgttg
ccgtgagttttaaggaatatagccttgccctaagtagaaaggagtttagc
ccttgctgcgagaaggactaggtaatagagaggctgctggggcagagagc
tggtaggggaggaagccatcatgtaagaagccatttacgtgtacccgact
tggtggtctgcgtctgtcattgtctacgctggagcgaagtacaggatcag
gacttttatttattattacccatgtacattttaggaagcctctcagcctg
ctcatttttttcagcaatgtattcaatgc
gaattctctctgttgcacagcagaaaaatgcaagcttagactttcagaat
aaaataataagtctttaaaatcattcagctattaaatgaaagacagtggg
tttaaatttagacttgttcagtggcaggaattatcaggagttctttaact
ccaacaattcaatgtttgatggtgggaatcacacggagagaggaataaac
cctttgttctcgtgatacatgcagactaattaagtgcataattttaggat
atatatatatatatatatgtacatatatatatatgtatatgacgctgact
tctctgactctgtgatgcatctttttttattgtctattaacaagtgccac
attcaaagcctttaaattatgaaaccattttcaggcctgttaggtcttta
agtcgttggtacaatgacagggattcatcaacaagtttcatcaaccttta
acttcactctctgtacttcctctgacttagaaatttgagcatggcttgca
gttctccaagcctctttgaccaagtatagagatgtgaatgtttaaacata
aagtgtaaaatgcagttatgtttttaaattacttgcataactatgggagg
gcctctgtttgaagaattgtgttcatacctgctatgaccagtacttgatt
cagtgagcacaattccttctgctttcctggtgcagtggtggcttagcaac
ttcagttttagacccataaatgacagcaatcagctcatggttctttttta
aaaagtgacagaatatgacctctaatcttcattattaagactaaaagccc
aaagcaaaaaatccaaccaaccaacccaccaaccaaccaaaagctgggcg
tggtggcacacacctttaatcccagcacttgagaggcagaggcaggtggt
atttctgagttcaaggccagccttgatctacagagtgagttccaggacag
ccagagctactcagagaaaccctgtctcaaaaaacaaacaaaccaacaca
acaaaaaaccacattaattaacaagagggctgtgattgcaagggcataag
tggcctaggaaggctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_116633185_116634308
seq2: B6Ng01-292F16.b_46_1174 (reverse)

seq1  GCATTGAATACAATGATGAAAAAATGGAGCA-GCAGAAAGGC-TCCTAAT  48
      |||||||||||| || ||||||||  ||||| || || |||| |||||| 
seq2  GCATTGAATACATTGCTGAAAAAAATGAGCAGGCTGAGAGGCTTCCTAAA  50

seq1  ATGGTACATGGGTTTATTATTAAAT-AAAGTCTTGCTCTGGTCCTTCGCT  97
      || |||||||||  || || ||||| |||||| || ||  || |||||||
seq2  AT-GTACATGGG--TAATAATAAATAAAAGTCCTGATCCTGTACTTCGCT  97

seq1  CCAGCGGAGAC-ACGAACGACACAGA-CACCAAGTCGGGTTCACGT-AAT  144
      |||||| |||| | ||  ||| |||| ||||||||||||| ||||| |||
seq2  CCAGCGTAGACAATGACAGACGCAGACCACCAAGTCGGGTACACGTAAAT  147

seq1  GGCTTCTTTACTTG-TGGCTTTTTCCTTTA-CAGCTCTCTTCCCCAGCAG  192
      |||||| |||| || ||||||  |||  || ||||||||| |||||||||
seq2  GGCTTC-TTACATGATGGCTTCCTCCCCTACCAGCTCTCTGCCCCAGCAG  196

seq1  CTTCTTCTATTACCTAGTCCTTCTCGCAGCAAGGGCTAAACTCC-TTCTA  241
      | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTC-TCTATTACCTAGTCCTTCTCGCAGCAAGGGCTAAACTCCTTTCTA  245

seq1  CTTAGGGCAAGGCTATATTCC-TAAAACTCACGGCAACACCTTCTACTAG  290
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGCAAGGCTATATTCCTTAAAACTCACGGCAACACCTTCTACTAG  295

seq1  CTCTAACCCACCTCATCCAATCAGAATTCACACACGTTCCAGGCAAGAGC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAACCCACCTCATCCAATCAGAATTCACACACGTTCCAGGCAAGAGC  345

seq1  TCAGGTCGGTCACCGATAGGCTGACAGGTCCTGATCACAAGGAACTGTCC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCGGTCACCGATAGGCTGACAGGTCCTGATCACAAGGAACTGTCC  395

seq1  AGCCTGGCGGGCAGCCCACGCATGCAGCCTCACTGCGCATGCTCGGGCAA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGCGGGCAGCCCACGCATGCAGCCTCACTGCGCATGCTCGGGCAA  445

seq1  GGCAGTGACTATCTTGGCCCATGTGGCCCCACCTGCTTCCCTCAAAGTCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGACTATCTTGGCCCATGTGGCCCCACCTGCTTCCCTCAAAGTCT  495

seq1  TACTGAATTTATGTAATTTACTAAATTTTGTACTGCGAAACTTTGTAACA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAATTTATGTAATTTACTAAATTTTGTACTGCGAAACTTTGTAACA  545

seq1  GACATTAAAATTTCACTGAACTAAATAGACAATGTTCATTACTTCCATAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTAAAATTTCACTGAACTAAATAGACAATGTTCATTACTTCCATAA  595

seq1  ATATGTTATAATGCCTTATAAATAAAGTATTATTCAGGAAGATGCTACAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTATAATGCCTTATAAATAAAGTATTATTCAGGAAGATGCTACAA  645

seq1  TTGAGGTACATATTAATATATTCAAGGATAGTAGTTTATAAGTGTTATAC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTACATATTAATATATTCAAGGATAGTAGTTTATAAGTGTTATAC  695

seq1  TGAGTGAAATTTAAGTTTAATACTATATAATATCAAATTTATCCTTGGCA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAAATTTAAGTTTAATACTATATAATATCAAATTTATCCTTGGCA  745

seq1  TTCTTTTAAAATTTGTTCCACAATCTCTCTTGGAGGCAAAAATTTGTGGT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAAAATTTGTTCCACAATCTCTCTTGGAGGCAAAAATTTGTGGT  795

seq1  TGCTAAAATCTTTTATAAAACTCAGAAACTATTTGCATGAATATTATACC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAAATCTTTTATAAAACTCAGAAACTATTTGCATGAATATTATACC  845

seq1  CACCATTCTACATACTTCCAAACATGTCAATAATTAATAATACTAGGAAT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTCTACATACTTCCAAACATGTCAATAATTAATAATACTAGGAAT  895

seq1  GTAATCATTAAATAAGATAGATAACTATAAAAAATAGATCTATATGAGGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCATTAAATAAGATAGATAACTATAAAAAATAGATCTATATGAGGT  945

seq1  CAGTGCAAATGGCACTTTTCCAAATGTTTTGAATATGCAGTTGATTTTAC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCAAATGGCACTTTTCCAAATGTTTTGAATATGCAGTTGATTTTAC  995

seq1  CCATGAATACAGAAGCTTTGGATATTTGAGTTACTATATTTTAGACACTA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAATACAGAAGCTTTGGATATTTGAGTTACTATATTTTAGACACTA  1045

seq1  CAAGCACATTTAAAAGCAAATCTAGCAACACAAAAGTTTATATAGTTTAT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACATTTAAAAGCAAATCTAGCAACACAAAAGTTTATATAGTTTAT  1095

seq1  GGATACATTACTATTGAGACAATACTATGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACATTACTATTGAGACAATACTATGAATTC  1129

seq1: chr13_116550667_116551747
seq2: B6Ng01-292F16.g_68_1134

seq1  GAATTCTCTCTGTTGCACAGCAGAAAAATGCAAGCTTAGACTTTCAGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTGTTGCACAGCAGAAAAATGCAAGCTTAGACTTTCAGAAT  50

seq1  AAAATAATAAGTCTTTAAAATCATTCAGCTATTAAATGAAAGACAGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATAAGTCTTTAAAATCATTCAGCTATTAAATGAAAGACAGTGGG  100

seq1  TTTAAATTTAGACTTGTTCAGTGGCAGGAATTATCAGGAGTTCTTTAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTTAGACTTGTTCAGTGGCAGGAATTATCAGGAGTTCTTTAACT  150

seq1  CCAACAATTCAATGTTTGATGGTGGGAATCACACGGAGAGAGGAATAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAATTCAATGTTTGATGGTGGGAATCACACGGAGAGAGGAATAAAC  200

seq1  CCTTTGTTCTCGTGATACATGCAGACTAATTAAGTGCATAATTTTAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTTCTCGTGATACATGCAGACTAATTAAGTGCATAATTTTAGGAT  250

seq1  ATATATATATATATATATGTACATATATATATATGTATATGACGCTGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATGTACATATATATATATGTATATGACGCTGACT  300

seq1  TCTCTGACTCTGTGATGCATCTTTTTTTATTGTCTATTAACAAGTGCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGACTCTGTGATGCATCTTTTTTTATTGTCTATTAACAAGTGCCAC  350

seq1  ATTCAAAGCCTTTAAATTATGAAACCATTTTCAGGCCTGTTAGGTCTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAGCCTTTAAATTATGAAACCATTTTCAGGCCTGTTAGGTCTTTA  400

seq1  AGTCGTTGGTACAATGACAGGGATTCATCAACAAGTTTCATCAACCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGTTGGTACAATGACAGGGATTCATCAACAAGTTTCATCAACCTTTA  450

seq1  ACTTCACTCTCTGTACTTCCTCTGACTTAGAAATTTGAGCATGGCTTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACTCTCTGTACTTCCTCTGACTTAGAAATTTGAGCATGGCTTGCA  500

seq1  GTTCTCCAAGCCTCTTTGACCAAGTATAGAGATGTGAATGTTTAAACATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCAAGCCTCTTTGACCAAGTATAGAGATGTGAATGTTTAAACATA  550

seq1  AAGTGTAAAATGCAGTTATGTTTTTAAATTACTTGCATAACTATGGGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTAAAATGCAGTTATGTTTTTAAATTACTTGCATAACTATGGGAGG  600

seq1  GCCTCTGTTTGAAGAATTGTGTTCATACCTGCTATGACCAGTACTTGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGTTTGAAGAATTGTGTTCATACCTGCTATGACCAGTACTTGATT  650

seq1  CAGTGAGCACAATTCCTTCTGCTTTCCTGGTGCAGTGGTGGCTTAGCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCACAATTCCTTCTGCTTTCCTGGTGCAGTGGTGGCTTAGCAAC  700

seq1  TTCAGTTTTAGACCCATAAATGACAGCAATCAGCTCATGGTTCTTTTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTTAGACCCATAAATGACAGCAATCAGCTCATGGTTCTTTTTTA  750

seq1  AAAAGTGACAGAATATGACCTCTAATCTTCATTATTAAGACTAAAAG-CC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAAAGTGACAGAATATGACCTCTAATCTTCATTATTAAGACTAAAAGCCC  800

seq1  AAAGCAAAAAATCCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAAAAGCTGGGCG  849
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAAAAATCCAACCAACCAACCCACCAACCAACCAAAAGCTGGGCG  850

seq1  TGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGG-  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTTGAGAGGCAGAGGCAGGTGGT  900

seq1  ATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCC-TGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAG  947
      |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTTGATCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAG  950

seq1  CCAGAGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAACAAAACAAAC  997
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||        ||||||||
seq2  CCAGAGCTACTCAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAA-------CAAACAAAC  993

seq1  AAACAAACAAAAAAACCAACAATAATTAAACAAAAAAGGGCTGTGAATTT  1047
       |||| |  |||||||| ||| ||||||   | || ||||||||||  ||
seq2  CAACACAACAAAAAACC-ACATTAATTA---ACAAGAGGGCTGTGA--TT  1037

seq1  GCAAGGGCATAAAAGTGGGCCTAGGAGAGGCTGA  1081
      ||||||||||  |||| ||||||||| |||||||
seq2  GCAAGGGCAT--AAGT-GGCCTAGGA-AGGCTGA  1067