BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294C10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 39,190,864 - 39,379,127
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDsp, 6530403A03Rik, Bmp6, Txndc5, Muted, Eef1e1, LOC621102, Slc35b3
Downstream geneEG666867, LOC100041779, LOC382747, A230103O09Rik, Ofcc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294C10.bB6Ng01-294C10.g
ACCGA090353GA090354
length5041,105
definitionB6Ng01-294C10.b B6Ng01-294C10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,190,864 - 39,191,373)(39,378,015 - 39,379,127)
sequence
tgtgggaagatgactaactcccttcaacagaataatactagctaaacaac
ataacatgagcatttttcatgatcagtaatcaatgtaaaaatcttcatgt
attcagcaacagttgaaacatcaattatagccatcgagatctttgacagg
tcatgatcaaagatctcaccgacatcaatgagatcaaaatgtcattttcg
tattgagacatggttggtagacctgagtctgatgatggaaaacagtgata
gaagaaaatgtaggaacatagcatggtcaacagcgtttcctgcttatgag
agtcagatttcgacgaagtcagatttccacaaaggcttctctggccccag
tgagcacacctgtggtcatatctgcctggatctttaactgactgttcttg
ttcttggtgccaggtaagagcaaaacacagcactcaggacctgggttctt
gagaaatgaacagcatcccctttggtggagtggagatggtggatggatgt
ggat

gaattcagattcacctgggacactaaaaaactgcccatctcttccaactc
ttatttaaaaaccactgtagccttcaaaacggtctttaaaactacaggca
agcagtcatctgcttcgactctttgagtgagggcgagagagcatcctttg
ctacaattagttacagcagggctagaatcgtgtcagggaaaagtgctaga
ttcaaactgtgcagcctgggccttcctcaggtcaagctaggagaaagaca
tctgtgggtaatgccatagagagaacaagcacacaacacgacaaggaagg
ctatgtccagagcacgccatttactttgagaactgcaagattgcttccca
ggaaatgatgtcaaacccaaagctcaacattagcaagtggtgcttagcta
ggggaacgaggaaggaactggcaaagctttcttagtaaaggttagtacac
ctgtgaaaaaagactcacaggtgcaaaagcctgttgtcatcgttacgatt
caaatcctaagagtcttttaaaaacccatatagcctagaggctgggtcat
tgtgttgtggcactattggaagtagtggagcctctaggagatggggtcta
gggaaggaacttaggtgattgacacatgcatatgaaagagactctaagac
tgccctccaccccacagttcctctttctactacctgtctgacatgaccag
atgaggcctcacctcttatatattcccttcatgatgtccgaggcttccca
ggttcaaagcactggctccaaccggctacagaatgacaggtctgaaattg
tataccaaaatctatttttcctctcttaagtttattttgtatagcaattt
tgtcacagtgattgggcactgattaaaccacaaccaccactgtcacttgg
gacactagcattgtcctaatcacagtcactgtccaccaccatcattgtca
catcactgtcaccattacttctgctatcatcccagtagtatcaccatact
actacatacatcactatcatcatcatatcatcatcatcgtcacagcttta
tttgcatcattcagtcttctgatgcgttcttataatttgagggttagtat
tacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_39190864_39191373
seq2: B6Ng01-294C10.b_50_559

seq1  GAATTCTGTGGGAAGATGACTAACTCCCTTCAACAGAATAATACTAGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGGGAAGATGACTAACTCCCTTCAACAGAATAATACTAGCTA  50

seq1  AACAACATAACATGAGCATTTTTCATGATCAGTAATCAATGTAAAAATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACATAACATGAGCATTTTTCATGATCAGTAATCAATGTAAAAATCT  100

seq1  TCATGTATTCAGCAACAGTTGAAACATCAATTATAGCCATCGAGATCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTATTCAGCAACAGTTGAAACATCAATTATAGCCATCGAGATCTTT  150

seq1  GACAGGTCATGATCAAAGATCTCACCGACATCAATGAGATCAAAATGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTCATGATCAAAGATCTCACCGACATCAATGAGATCAAAATGTCA  200

seq1  TTTTCGTATTGAGACATGGTTGGTAGACCTGAGTCTGATGATGGAAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCGTATTGAGACATGGTTGGTAGACCTGAGTCTGATGATGGAAAACA  250

seq1  GTGATAGAAGAAAATGTAGGAACATAGCATGGTCAACAGCGTTTCCTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGAAGAAAATGTAGGAACATAGCATGGTCAACAGCGTTTCCTGCT  300

seq1  TATGAGAGTCAGATTTCGACGAAGTCAGATTTCCACAAAGGCTTCTCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAGTCAGATTTCGACGAAGTCAGATTTCCACAAAGGCTTCTCTGG  350

seq1  CCCCAGTGAGCACACCTGTGGTCATATCTGCCTGGATCTTTAACTGACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTGAGCACACCTGTGGTCATATCTGCCTGGATCTTTAACTGACTG  400

seq1  TTCTTGTTCTTGGTGCCAGGTAAGAGCAAAACACAGCACTCAGGACCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTTCTTGGTGCCAGGTAAGAGCAAAACACAGCACTCAGGACCTGG  450

seq1  GTTCTTGAGAAATGAACAGCATCCCCTTTGGTGGAGTGGAGATGGTGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGAGAAATGAACAGCATCCCCTTTGGTGGAGTGGAGATGGTGGAT  500

seq1  GGATGTGGAT  510
      ||||||||||
seq2  GGATGTGGAT  510


seq1: chr13_39378015_39379127
seq2: B6Ng01-294C10.g_66_1170 (reverse)

seq1  TTGTAATACTACCCTTCAAAATTAT-AGGACGCATCAG-AGACTGGAATG  48
      ||||||||||| || || ||||||| || ||||||||| ||||| |||||
seq2  TTGTAATACTAACCCTC-AAATTATAAGAACGCATCAGAAGACT-GAATG  48

seq1  ATGCAAATAAAGGCTGGTGGACGATGATGATGATATGATGATGATAGTGA  98
      ||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAATAAA-GCTG--TGACGATGATGATGATATGATGATGATAGTGA  95

seq1  TGGTTATGGTAGTAGTAATGGTGATACTTACTGGGATGATAGCAGAAGTA  148
      ||  ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TG--TAT-GTAGTAGT-ATGGTGATAC-TACTGGGATGATAGCAGAAGTA  140

seq1  ATGGTGACAGTGATTGTGACAATGATGGTGGT-GACAGTGACTGTGATTA  197
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGGTGACAGTGA-TGTGACAATGATGGTGGTGGACAGTGACTGTGATTA  189

seq1  GGACAATGCTAGTGTTCCAAGTGACAGTGGTGGTTGTGGTTTAATCAGTG  247
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATGCTAGTGTCCCAAGTGACAGTGGTGGTTGTGGTTTAATCAGTG  239

seq1  CCCAATCACTGTGACAAAATTGCTATACAAAATAAACTTAAGAGAGGAAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATCACTGTGACAAAATTGCTATACAAAATAAACTTAAGAGAGGAAA  289

seq1  AATAGATTTTGGTATACAATTTCAGACCTGTCATTCTGTAGCCGGTTGGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGATTTTGGTATACAATTTCAGACCTGTCATTCTGTAGCCGGTTGGA  339

seq1  GCCAGTGCTTTGAACCTGGGAAGCCTCGGACATCATGAAGGGAATATATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGCTTTGAACCTGGGAAGCCTCGGACATCATGAAGGGAATATATA  389

seq1  AGAGGTGAGGCCTCATCTGGTCATGTCAGACAGGTAGTAGAAAGAGGAAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGAGGCCTCATCTGGTCATGTCAGACAGGTAGTAGAAAGAGGAAC  439

seq1  TGTGGGGTGGAGGGCAGTCTTAGAGTCTCTTTCATATGCATGTGTCAATC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGTGGAGGGCAGTCTTAGAGTCTCTTTCATATGCATGTGTCAATC  489

seq1  ACCTAAGTTCCTTCCCTAGACCCCATCTCCTAGAGGCTCCACTACTTCCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGTTCCTTCCCTAGACCCCATCTCCTAGAGGCTCCACTACTTCCA  539

seq1  ATAGTGCCACAACACAATGACCCAGCCTCTAGGCTATATGGGTTTTTAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCCACAACACAATGACCCAGCCTCTAGGCTATATGGGTTTTTAAA  589

seq1  AGACTCTTAGGATTTGAATCGTAACGATGACAACAGGCTTTTGCACCTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTTAGGATTTGAATCGTAACGATGACAACAGGCTTTTGCACCTGT  639

seq1  GAGTCTTTTTTCACAGGTGTACTAACCTTTACTAAGAAAGCTTTGCCAGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTTTTTTCACAGGTGTACTAACCTTTACTAAGAAAGCTTTGCCAGT  689

seq1  TCCTTCCTCGTTCCCCTAGCTAAGCACCACTTGCTAATGTTGAGCTTTGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTCGTTCCCCTAGCTAAGCACCACTTGCTAATGTTGAGCTTTGG  739

seq1  GTTTGACATCATTTCCTGGGAAGCAATCTTGCAGTTCTCAAAGTAAATGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGACATCATTTCCTGGGAAGCAATCTTGCAGTTCTCAAAGTAAATGG  789

seq1  CGTGCTCTGGACATAGCCTTCCTTGTCGTGTTGTGTGCTTGTTCTCTCTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCTCTGGACATAGCCTTCCTTGTCGTGTTGTGTGCTTGTTCTCTCTA  839

seq1  TGGCATTACCCACAGATGTCTTTCTCCTAGCTTGACCTGAGGAAGGCCCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTACCCACAGATGTCTTTCTCCTAGCTTGACCTGAGGAAGGCCCA  889

seq1  GGCTGCACAGTTTGAATCTAGCACTTTTCCCTGACACGATTCTAGCCCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCACAGTTTGAATCTAGCACTTTTCCCTGACACGATTCTAGCCCTG  939

seq1  CTGTAACTAATTGTAGCAAAGGATGCTCTCTCGCCCTCACTCAAAGAGTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTAATTGTAGCAAAGGATGCTCTCTCGCCCTCACTCAAAGAGTC  989

seq1  GAAGCAGATGACTGCTTGCCTGTAGTTTTAAAGACCGTTTTGAAGGCTAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGATGACTGCTTGCCTGTAGTTTTAAAGACCGTTTTGAAGGCTAC  1039

seq1  AGTGGTTTTTAAATAAGAGTTGGAAGAGATGGGCAGTTTTTTAGTGTCCC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTTTAAATAAGAGTTGGAAGAGATGGGCAGTTTTTTAGTGTCCC  1089

seq1  AGGTGAATCTGAATTC  1113
      ||||||||||||||||
seq2  AGGTGAATCTGAATTC  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |