BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302C12
Chromosome13 (Build37)
Map Location 45,982,767 - 46,151,043
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtxn1, 5033430I15Rik
Upstream geneJarid2, Dtnbp1, Hsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204, LOC100039533, Mylip, Gmpr
Downstream geneENSMUSG00000062282, Gm1574, Rbm24, Cap2, C78339, Nup153, Kif13a, LOC544928, Nhlrc1, Tpmt, Aof1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302C12.bB6Ng01-302C12.g
ACCGA096282GA096283
length6711,069
definitionB6Ng01-302C12.b B6Ng01-302C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,982,767 - 45,983,437)(46,149,973 - 46,151,043)
sequence
gaattccctgacttaagagccactaaatatcatactcttagctagaaaca
gaaaagtttaaatactatgcttggttgaggagccaatttttccaccaggc
aggaaggaaaggttgtattgtttgggagattttttttttaatgtcctcaa
atagttaaagacagtcactacagatatttttaaaaacagagttgttggtt
tttttttttttaagttataaataaagtcactcaaataaacaagaaaatag
ttactgagaacctcctgtgtggcctgggtgaggtttcttagtctcatgaa
ctttctgtatatttacaaaagtatttaacgtcacagagtgtttcaataaa
taatgcagtctcccaaaatttccacagtgctgtgattctatgtagtttct
atgatactctaaaccttgggtgggatacaggcttaacacagacagtcagg
gtgtgctacccggcttgctgggaggatgcaagatggattcgaatcccgaa
aagagaagcatcaagctattggcatagaattacaatgaggaaaccatgct
gcctgctatatgagaagcattcaatgaatagaccatctccactcacaaag
gcacgacgtcttttccaggcctacaaaattaaactttatttccatttttt
tttacaaagaacgtgtgtgtg
gaattccttccttcttctccccaaatagctcctgggagctcctggagcat
gaatatgtaagtgtcgaattcactacagttgcatacagcttgtcagcacc
cacaactcgcttatgtaataaattgtagtgagtctgtacaaaggcaatgc
tacagtctccatcaccttgcatgcaaacttcccagctcaggtgaactaat
actttaaagttagatttcatcccctactaatgcataggataggactgagt
ctggcttattctgtggcagtacgtcattaggaaattctaagaggaggtta
agatttgggtcatctgccaatagttgcataggtatcagtctttcaccaaa
gagcacctttgtgggtggggctgatgtggggcgtggctgggaaaaagcca
atgactcttcatttgcatagcaagcttattcatccacttgagatggattg
gctggagaacgaagcccctccgatcaagccaggaaagatgctgttcacct
tcacaggcaatttgaaacagtccccctcttcagctaggctacaatgctgc
cagaccctccatgctgccgggttaaatgtgggaacggactacacagagat
tctagaacctagggacagcacaccgacatgcctgcctatactctgcaaag
caagcagatggagcgactccccagcaaacctcaacacctgaaattcaagt
gccctggctaagaggataaaatgtgtgatttgttgacagtgatgagccat
aatcatgctcaaatctccccacaaactggatctgttctgcccaaataact
ctgccagagtttatagcctgctctgagaagtaactccaatactattagat
ttttacacagaccaaacgctgtgcttagagatttatgcccatggaaatgt
atagatttttgttaaatttatccttcaactatgaaacagagagagaccta
ttttgtttacatatcttgtgtgtttacatatctcaacgtgtgttgtgtgg
ctaggagtcagcttgccatccaggcactgagagattaagcatggagtcac
cggcctgaaaaactttcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_45982767_45983437
seq2: B6Ng01-302C12.b_44_714

seq1  GAATTCCCTGACTTAAGAGCCACTAAATATCATACTCTTAGCTAGAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGACTTAAGAGCCACTAAATATCATACTCTTAGCTAGAAACA  50

seq1  GAAAAGTTTAAATACTATGCTTGGTTGAGGAGCCAATTTTTCCACCAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTTTAAATACTATGCTTGGTTGAGGAGCCAATTTTTCCACCAGGC  100

seq1  AGGAAGGAAAGGTTGTATTGTTTGGGAGATTTTTTTTTTAATGTCCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGAAAGGTTGTATTGTTTGGGAGATTTTTTTTTTAATGTCCTCAA  150

seq1  ATAGTTAAAGACAGTCACTACAGATATTTTTAAAAACAGAGTTGTTGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTAAAGACAGTCACTACAGATATTTTTAAAAACAGAGTTGTTGGTT  200

seq1  TTTTTTTTTTTAAGTTATAAATAAAGTCACTCAAATAAACAAGAAAATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTAAGTTATAAATAAAGTCACTCAAATAAACAAGAAAATAG  250

seq1  TTACTGAGAACCTCCTGTGTGGCCTGGGTGAGGTTTCTTAGTCTCATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAGAACCTCCTGTGTGGCCTGGGTGAGGTTTCTTAGTCTCATGAA  300

seq1  CTTTCTGTATATTTACAAAAGTATTTAACGTCACAGAGTGTTTCAATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTATATTTACAAAAGTATTTAACGTCACAGAGTGTTTCAATAAA  350

seq1  TAATGCAGTCTCCCAAAATTTCCACAGTGCTGTGATTCTATGTAGTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAGTCTCCCAAAATTTCCACAGTGCTGTGATTCTATGTAGTTTCT  400

seq1  ATGATACTCTAAACCTTGGGTGGGATACAGGCTTAACACAGACAGTCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATACTCTAAACCTTGGGTGGGATACAGGCTTAACACAGACAGTCAGG  450

seq1  GTGTGCTACCCGGCTTGCTGGGAGGATGCAAGATGGATTCGAATCCCGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTACCCGGCTTGCTGGGAGGATGCAAGATGGATTCGAATCCCGAA  500

seq1  AAGAGAAGCATCAAGCTATTGGCATAGAATTACAATGAGGAAACCATGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAGCATCAAGCTATTGGCATAGAATTACAATGAGGAAACCATGCT  550

seq1  GCCTGCTATATGAGAAGCATTCAATGAATAGACCATCTCCACTCACAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTATATGAGAAGCATTCAATGAATAGACCATCTCCACTCACAAAG  600

seq1  GCACGACGTCTTTTCCAGGCCTACAAAATTAAACTTTATTTCCATTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGACGTCTTTTCCAGGCCTACAAAATTAAACTTTATTTCCATTTTTT  650

seq1  TTTACAAAGAACGTGTGTGTG  671
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAAAGAACGTGTGTGTG  671

seq1: chr13_46149973_46151043
seq2: B6Ng01-302C12.g_69_1137 (reverse)

seq1  TTGAAAGTTTTCTCA-GCCGTTGACT-CATGCTTAATTCTCTCAGTGGCT  48
      ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||
seq2  TTGAAAGTTTT-TCAGGCCGGTGACTCCATGCTTAA-TCTCTCAGTGCCT  48

seq1  GGATGGCAACCTGACTCTTAGCCACACAAACAACACGTTGAGATATGTAA  98
      ||||||||| ||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCAAGCTGACTCCTAGCCACACAA--CACACGTTGAGATATGTAA  96

seq1  ACACACAAGATATGTAAACAAAATAGGTCTCTCTCTGTTTCATAGTTGAA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAGATATGTAAACAAAATAGGTCTCTCTCTGTTTCATAGTTGAA  146

seq1  GGATAAATTTAACAAAAATCTATACATTTCCATGGGCATAAATCTCTAAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAATTTAACAAAAATCTATACATTTCCATGGGCATAAATCTCTAAG  196

seq1  CACAGCGTTTGGTCTGTGTAAAAATCTAATAGTATTGGAGTTACTTCTCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCGTTTGGTCTGTGTAAAAATCTAATAGTATTGGAGTTACTTCTCA  246

seq1  GAGCAGGCTATAAACTCTGGCAGAGTTATTTGGGCAGAACAGATCCAGTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGCTATAAACTCTGGCAGAGTTATTTGGGCAGAACAGATCCAGTT  296

seq1  TGTGGGGAGATTTGAGCATGATTATGGCTCATCACTGTCAACAAATCACA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGAGATTTGAGCATGATTATGGCTCATCACTGTCAACAAATCACA  346

seq1  CATTTTATCCTCTTAGCCAGGGCACTTGAATTTCAGGTGTTGAGGTTTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATCCTCTTAGCCAGGGCACTTGAATTTCAGGTGTTGAGGTTTGC  396

seq1  TGGGGAGTCGCTCCATCTGCTTGCTTTGCAGAGTATAGGCAGGCATGTCG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGTCGCTCCATCTGCTTGCTTTGCAGAGTATAGGCAGGCATGTCG  446

seq1  GTGTGCTGTCCCTAGGTTCTAGAATCTCTGTGTAGTCCGTTCCCACATTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTGTCCCTAGGTTCTAGAATCTCTGTGTAGTCCGTTCCCACATTT  496

seq1  AACCCGGCAGCATGGAGGGTCTGGCAGCATTGTAGCCTAGCTGAAGAGGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCGGCAGCATGGAGGGTCTGGCAGCATTGTAGCCTAGCTGAAGAGGG  546

seq1  GGACTGTTTCAAATTGCCTGTGAAGGTGAACAGCATCTTTCCTGGCTTGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGTTTCAAATTGCCTGTGAAGGTGAACAGCATCTTTCCTGGCTTGA  596

seq1  TCGGAGGGGCTTCGTTCTCCAGCCAATCCATCTCAAGTGGATGAATAAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGAGGGGCTTCGTTCTCCAGCCAATCCATCTCAAGTGGATGAATAAGC  646

seq1  TTGCTATGCAAATGAAGAGTCATTGGCTTTTTCCCAGCCACGCCCCACAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATGCAAATGAAGAGTCATTGGCTTTTTCCCAGCCACGCCCCACAT  696

seq1  CAGCCCCACCCACAAAGGTGCTCTTTGGTGAAAGACTGATACCTATGCAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCACCCACAAAGGTGCTCTTTGGTGAAAGACTGATACCTATGCAA  746

seq1  CTATTGGCAGATGACCCAAATCTTAACCTCCTCTTAGAATTTCCTAATGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGGCAGATGACCCAAATCTTAACCTCCTCTTAGAATTTCCTAATGA  796

seq1  CGTACTGCCACAGAATAAGCCAGACTCAGTCCTATCCTATGCATTAGTAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACTGCCACAGAATAAGCCAGACTCAGTCCTATCCTATGCATTAGTAG  846

seq1  GGGATGAAATCTAACTTTAAAGTATTAGTTCACCTGAGCTGGGAAGTTTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGAAATCTAACTTTAAAGTATTAGTTCACCTGAGCTGGGAAGTTTG  896

seq1  CATGCAAGGTGATGGAGACTGTAGCATTGCCTTTGTACAGACTCACTACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAGGTGATGGAGACTGTAGCATTGCCTTTGTACAGACTCACTACA  946

seq1  ATTTATTACATAAGCGAGTTGTGGGTGCTGACAAGCTGTATGCAACTGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTACATAAGCGAGTTGTGGGTGCTGACAAGCTGTATGCAACTGTA  996

seq1  GTGAATTCGACACTTACATATTCATGCTCCAGGAGCTCCCAGGAGCTATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTCGACACTTACATATTCATGCTCCAGGAGCTCCCAGGAGCTATT  1046

seq1  TGGGGAGAAGAAGGAAGGAATTC  1071
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGAAGAAGGAAGGAATTC  1069