BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303A23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 6,169,998 - 6,305,134
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039388
Upstream gene1700016G22Rik, Klf6
Downstream geneLOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303A23.bB6Ng01-303A23.g
ACCGA096952GA096953
length9531,108
definitionB6Ng01-303A23.b B6Ng01-303A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,304,531 - 6,305,134)(6,169,998 - 6,171,112)
sequence
gaattctcttccccccacaccaagagtgttgtcacagctaagttttcttt
ttgaaatcctgtttcttgaaagactctcccatggtatctgctcagattgt
gctcactgctctcaggcttagtcagagaagattcttgatgtagttaatgc
agattcataactcttcatagtgctgcaaacaagcagctggaatgttttat
ccgtgatgggacaatcgtatcatcctatccccacccaaggcttctacatt
gtagaagtagaagaaagaatgtaaagccagagaatggtatatactgtgaa
tggctgtcttctgaataggacatgactgttacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacactcaagcagctctgcttatttgtgt
gagacctgtgcctcatccagacaggcaaatgctctagcatggacaagtaa
gtggctccaggggctgtggcccaagctctggagctattgccagttgatag
ctgctgataagtaacaatcatttttttttcaagtgggatgtgtcattatg
aggttgaccatgccctagtagatggcctcacatccttaaacatgggcagc
attaattggatgcactgtgttctaataatagtaataagaacaaaggttac
aagattggtgggaaatgacctgggaagagttggagcatagtaatgaaagc
atcaaaacaaaggtgctcacttggattttaaaattggtaaacacagcttc
acctagtattggagaattctactctaaaaagttgaacctatgaaatatct
aatagataaataacttaaataatatacacagaaaaataattctcagccta
tgaacatattctacaaatgtaatattcaaattttccattttacagacagg
tttctgattgaacatacttagaataggaattagagaaaagatctaaatga
ata

gaattctcttgcttgtgcctgcatactgtgtagccaaacccacttcaggc
ctctatcagtattcacgtaaccatttgttctggcttccttcataagggag
cctgcgatacagagaaagtatgccttctacaaactggttaaatcacacag
cactgcagcccagccttgcactgttggattggggacgctattgatttcca
gcatagtagacattcacatacagttcagtttttcagttttctacattcta
gtatcagaggcatcaggagcattcttacaagacctgtcggatgcttgctg
acagtgcaacccaagctggcccaggactcagtctcctcacctattttgaa
ttccaatgtaatgccttcatgctgaatgactctatcctccttgctggagg
gagatgtttttgtgttgtttttcttgataaaatgaggaccaaaatagtag
atgacaacaccacgccctgcagtctgccagccacctataaaagccatatg
ttcattaagttaataaatttgacctaaatctgtttccatacctgtgtgat
aaaatttcgtctacagctgcctctgtgtacagggaacatcaacctaacct
agcctataagtaaactgaaacctgatttaacagtatgttcttgtagttgt
cgggtttctccagagaagcagaattagtggaataaatgtacaccatgtta
ggggtatgctaccctggctcatgcagtagaggttggatagtttagcaagt
agccctgagcttacctgagagcttaaggaactgcttcccctctcacgaag
ctaagcgtctcagagtcccagtgtgatgctgaagtcctagcatcttccta
gagcacttctgctcttcagtccatggaaagctgaagaactaggtgttgat
atcagggaaatacggcagcagcagcagaactgatgcacacagcagccaga
agcaaacacagctttttgtcatggacccgaccagccagtggtgggtctct
gccctggaagtgattttccataggatcatctagttgatccagaggcagtc
aagtgaacagttcatgactttacattcctggattcttgtaacaagtgcct
gaattgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_6304531_6305134
seq2: B6Ng01-303A23.b_46_649 (reverse)

seq1  TAATGCTGCCCATGTTTAAGGATGTGAGGCCATCTACTAGGGCATGGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTGCCCATGTTTAAGGATGTGAGGCCATCTACTAGGGCATGGTCA  50

seq1  ACCTCATAATGACACATCCCACTTGAAAAAAAAATGATTGTTACTTATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATAATGACACATCCCACTTGAAAAAAAAATGATTGTTACTTATCA  100

seq1  GCAGCTATCAACTGGCAATAGCTCCAGAGCTTGGGCCACAGCCCCTGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTATCAACTGGCAATAGCTCCAGAGCTTGGGCCACAGCCCCTGGAG  150

seq1  CCACTTACTTGTCCATGCTAGAGCATTTGCCTGTCTGGATGAGGCACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTACTTGTCCATGCTAGAGCATTTGCCTGTCTGGATGAGGCACAGG  200

seq1  TCTCACACAAATAAGCAGAGCTGCTTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACAAATAAGCAGAGCTGCTTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  250

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACAGTCATGTCCTATTCAGAAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACAGTCATGTCCTATTCAGAAGACA  300

seq1  GCCATTCACAGTATATACCATTCTCTGGCTTTACATTCTTTCTTCTACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCACAGTATATACCATTCTCTGGCTTTACATTCTTTCTTCTACTT  350

seq1  CTACAATGTAGAAGCCTTGGGTGGGGATAGGATGATACGATTGTCCCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATGTAGAAGCCTTGGGTGGGGATAGGATGATACGATTGTCCCATC  400

seq1  ACGGATAAAACATTCCAGCTGCTTGTTTGCAGCACTATGAAGAGTTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGATAAAACATTCCAGCTGCTTGTTTGCAGCACTATGAAGAGTTATGA  450

seq1  ATCTGCATTAACTACATCAAGAATCTTCTCTGACTAAGCCTGAGAGCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCATTAACTACATCAAGAATCTTCTCTGACTAAGCCTGAGAGCAGT  500

seq1  GAGCACAATCTGAGCAGATACCATGGGAGAGTCTTTCAAGAAACAGGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAATCTGAGCAGATACCATGGGAGAGTCTTTCAAGAAACAGGATT  550

seq1  TCAAAAAGAAAACTTAGCTGTGACAACACTCTTGGTGTGGGGGGAAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAGAAAACTTAGCTGTGACAACACTCTTGGTGTGGGGGGAAGAGA  600

seq1  ATTC  604
      ||||
seq2  ATTC  604


seq1: chr13_6169998_6171112
seq2: B6Ng01-303A23.g_65_1172

seq1  GAATTCTCTTGCTTGTGCCTGCATACTGTGTAGCCAAACCCACTTCAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGCTTGTGCCTGCATACTGTGTAGCCAAACCCACTTCAGGC  50

seq1  CTCTATCAGTATTCACGTAACCATTTGTTCTGGCTTCCTTCATAAGGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCAGTATTCACGTAACCATTTGTTCTGGCTTCCTTCATAAGGGAG  100

seq1  CCTGCGATACAGAGAAAGTATGCCTTCTACAAACTGGTTAAATCACACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCGATACAGAGAAAGTATGCCTTCTACAAACTGGTTAAATCACACAG  150

seq1  CACTGCAGCCCAGCCTTGCACTGTTGGATTGGGGACGCTATTGATTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCAGCCCAGCCTTGCACTGTTGGATTGGGGACGCTATTGATTTCCA  200

seq1  GCATAGTAGACATTCACATACAGTTCAGTTTTTCAGTTTTCTACATTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTAGACATTCACATACAGTTCAGTTTTTCAGTTTTCTACATTCTA  250

seq1  GTATCAGAGGCATCAGGAGCATTCTTACAAGACCTGTCGGATGCTTGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGAGGCATCAGGAGCATTCTTACAAGACCTGTCGGATGCTTGCTG  300

seq1  ACAGTGCAACCCAAGCTGGCCCAGGACTCAGTCTCCTCACCTATTTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCAACCCAAGCTGGCCCAGGACTCAGTCTCCTCACCTATTTTGAA  350

seq1  TTCCAATGTAATGCCTTCATGCTGAATGACTCTATCCTCCTTGCTGGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAATGTAATGCCTTCATGCTGAATGACTCTATCCTCCTTGCTGGAGG  400

seq1  GAGATGTTTTTGTGTTGTTTTTCTTGATAAAATGAGGACCAAAATAGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTTTTTGTGTTGTTTTTCTTGATAAAATGAGGACCAAAATAGTAG  450

seq1  ATGACAACACCACGCCCTGCAGTCTGCCAGCCACCTATAAAAGCCATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAACACCACGCCCTGCAGTCTGCCAGCCACCTATAAAAGCCATATG  500

seq1  TTCATTAAGTTAATAAATTTGACCTAAATCTGTTTCCATACCTGTGTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAAGTTAATAAATTTGACCTAAATCTGTTTCCATACCTGTGTGAT  550

seq1  AAAATTTCGTCTACAGCTGCCTCTGTGTACAGGGAACATCAACCTAACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCGTCTACAGCTGCCTCTGTGTACAGGGAACATCAACCTAACCT  600

seq1  AGCCTATAAGTAAACTGAAACCTGATTTAACAGTATGTTCTTGTAGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATAAGTAAACTGAAACCTGATTTAACAGTATGTTCTTGTAGTTGT  650

seq1  CGGGTTTCTCCAGAGAAGCAGAATTAGTGGAATAAATGTACACCATGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTTTCTCCAGAGAAGCAGAATTAGTGGAATAAATGTACACCATGTTA  700

seq1  GGGGTATGCTACCCTGGCTCATGCAGTAGAGGTTGGATAGTTTAGCAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTATGCTACCCTGGCTCATGCAGTAGAGGTTGGATAGTTTAGCAAGT  750

seq1  AGCCCTGAGCTTACCTGAGAGCTTAAGGAACTGCTTCCCCTCTCACGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGAGCTTACCTGAGAGCTTAAGGAACTGCTTCCCCTCTCACGAAG  800

seq1  CTAAGCGTCTCAGGAGTCCCAGTGTGATGCTGAAGTCCTAGCATCTTCCT  850
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCGTCTCA-GAGTCCCAGTGTGATGCTGAAGTCCTAGCATCTTCCT  849

seq1  AGAGCACTTCTGCTCTTCAGTCCATGGAAAGCTGAAGAAACTAGGTGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGAGCACTTCTGCTCTTCAGTCCATGGAAAGCTGAAG-AACTAGGTGTTG  898

seq1  ATATCAGGGAAATACGGCAGCAGCAGCAGAACTGATGCACACAGCAGCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGGGAAATACGGCAGCAGCAGCAGAACTGATGCACACAGCAGCCA  948

seq1  GAAGCAAACACAGC-TTTTGTCAATGGACCCGACCAGCCCAGGTGTGGGT  999
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||
seq2  GAAGCAAACACAGCTTTTTGTC-ATGGACCCGACCAG-CCAGTGGTGGGT  996

seq1  CTCTGCCCCTGGAAGTGATTTTTCCCATAGGAATCAATCTTAGTTGATTC  1049
      ||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||| ||| ||||||| ||
seq2  CTCTG-CCCTGGAAGTGATTTT--CCATAGG-ATC-ATC-TAGTTGA-TC  1039

seq1  CAGAGGCAGTCAAGTTGACAG-TCATGACTTACCATT-CTTGATTC-TGT  1096
      |||||||||||||||  |||| |||||||||  |||| || ||||| |||
seq2  CAGAGGCAGTCAAGTGAACAGTTCATGACTTTACATTCCTGGATTCTTGT  1089

seq1  AACAAGTGGCTGAATTGCA  1115
      |||||||| ||||||||||
seq2  AACAAGTGCCTGAATTGCA  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |