BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304A09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 77,263,591 - 77,418,742
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2210408I21Rik, LOC631139
Upstream geneAK129128, Gm276, Mctp1, LOC666603, EG666607, Ankrd32
Downstream geneLOC675063, D13Mgi7, 1110033M05Rik, 1700013G10Rik, Nr2f1, EG666856, LOC268676, LOC100042683
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304A09.bB6Ng01-304A09.g
ACCGA097680GA097681
length1,0851,186
definitionB6Ng01-304A09.b B6Ng01-304A09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,417,650 - 77,418,742)(77,263,591 - 77,264,665)
sequence
gaattcacccactgaaagagtgtgagatgaaaagatatccgagggcagat
ctttggaccagcctttaaagcatgacatgaaaaaaagaagtagcaaaatg
aaaccacagagaaaaataaaataaaatcagagaaaaggaaaagagccagg
aggaaattatgttaggaggctgggtaagaagatggccaacaatgtccaca
gctgcagagaaggtaaacacagaagggcattagtcacagcatgaatgcga
atgccattgtccttgtttgtttagctggatagagggagaaatgaagctgc
agtgattgagccagtggtaggacacacagtgagtgaagggatctgaatgc
aaacacaacagcggaggaaaaatgcttctaataatggaaaaaagtcaggg
gcgctaggcattaggtagaagttatacttcaaagactagggtcacagaat
ggtagataaaatttatcaggagaatagctgaaaagatgtcctctagctga
gaaaagacacagtgatcaaagggatagcatgagatgtaggggtaaactgg
gttgaaaaggtttattaagaacggacatggaaaacctcccacctacagtc
tgtcatgcctgaagggtgtgctggaattggagcctagtacaatcatgatc
atcacagagacctcatccagcaactgacgggagtagacgcagagacccac
agccaaggtcagggagttctgtggaagacggggaggaaagattggagaag
ccagaggggtggtcaaagatatcacaagaacacagccaacagaatcagct
gatcaggattcaagtgggctcacagagatcgggcagcttttatggatctg
acctatatcctctacatatatgttatggtcctgtagttttgtgtattgtg
caactgcaaacagtggagcagtgtctgtctgtgatattttgcctacctgc
ttttgggatcctttccacctactggattaccttgttcactgatttgagac
atggtgggtggtcttattgtaccttgtatgccatatttggatgattttct
tgaaggctggctcttttctgaaggggaagtgatat
gaattcctcctgtcaaaagggaatgcagggacaaagagtggaacagagag
caaaggaaaggccatccagagactgccccacctagggatccatcccatct
gcagacaccaaacacagacattattgttgatgccaagaagcacttgctaa
aaggagcctggtatagatgtaccctgagctctgccagagctggaccaata
cagatgtggatacttgcagccaaccatatgactaaaaatggggaccacaa
tagaggcgttagaggaaggactgaaggagctgaaggggtttgcaatccca
taggaagaacaccaatatcaaccaacctgaccccccaaagctcccaggga
ctaaaccaccaaccaagaagtacacatgggggatccatagctccagctgc
atatgtagcagaggatggccttatctggcatcactgggaggggagcctct
tagtgctgtgtagccttcatgacccagcatagggaaatgctagggtgctg
aggcaggagtgggtgggcaagtgggggagcaccctcacagagacaggggg
tagagggcttgtggaggggaaactgggaaatgcggataacacttgaaatg
taaataaataaaataaccaataaaaaatgtagccatacttcaaaaaaatt
ttgttttactaagagactcatgtgtacaatggcacatctgaataaagccc
tgaacacatgtacatagctaaatgaactcagtgggcttgatacacaaata
ggtatgtgtatgtgtgtacatgtaaaaataatgaagaagtgatcattaat
tacaagagtgggtgtgcagaagagttggatgttgggtgggtggcagtgat
gtagatgcagagtttctgcatgaagttctcaaaaaatttattaactaaaa
ataaatttctcagctataggattaactttctttaaatatcttattttaat
aatgaagctatgtattaaaagatatcatagaaattaagattcattcactg
cttcaattatgaatcatctacttaacaaggagaagtcactcggcttatct
gccctaacaaggagaacaacttcatctgtggaggctcagagcacagttcc
gttcagcctttccggcatctttaggtgcgattgcatcgaggcaatatggg
gatcttttccatttatatccccatctcataaagttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_77417650_77418742
seq2: B6Ng01-304A09.b_45_1129 (reverse)

seq1  ATATCACTTCCCC-TCAGAAAAGAGCAGGCCTTCCAAGAAAATCAACCAA  49
      ||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATATCACTTCCCCTTCAGAAAAGAGCCAGCCTT-CAAGAAAATCATCCAA  49

seq1  ATATGGCATTACAAGGTACAATAAGACCACCCA-CATGTTCTCAAATCAA  98
      |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| 
seq2  ATATGGCA-TACAAGGTACAATAAGACCACCCACCATG-TCTCAAATCA-  96

seq1  GGTTGGACAAGGTAATCCAGTAGGTGGAAAAGGATCCCAAAAGCAGGTAG  148
         || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  --GTGAACAAGGTAATCCAGTAGGTGG-AAAGGATCCCAAAAGCAGGTAG  143

seq1  GCAAAATATTCACAGACAGACACTGCTCCCACTGTTTGCAGTTGCACAAA  198
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  GCAAAATA-TCACAGACAGACACTGCT-CCACTGTTTGCAGTTGCAC-AA  190

seq1  TACACAAAACTACAGGACCATAACATATATGTAGAGGATATAGGTCAGAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAAACTACAGGACCATAACATATATGTAGAGGATATAGGTCAGAT  240

seq1  CCATAAAAGCTGCCCGATCTCTGTGAGCCCACTTGAATCCTGATCAGCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAAAGCTGCCCGATCTCTGTGAGCCCACTTGAATCCTGATCAGCTG  290

seq1  ATTCTGTTGGCTGTGTTCTTGTGATATCTTTGACCACCCCTCTGGCTTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTGGCTGTGTTCTTGTGATATCTTTGACCACCCCTCTGGCTTCT  340

seq1  CCAATCTTTCCTCCCCGTCTTCCACAGAACTCCCTGACCTTGGCTGTGGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCTTTCCTCCCCGTCTTCCACAGAACTCCCTGACCTTGGCTGTGGG  390

seq1  TCTCTGCGTCTACTCCCGTCAGTTGCTGGATGAGGTCTCTGTGATGATCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCGTCTACTCCCGTCAGTTGCTGGATGAGGTCTCTGTGATGATCA  440

seq1  TGATTGTACTAGGCTCCAATTCCAGCACACCCTTCAGGCATGACAGACTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTACTAGGCTCCAATTCCAGCACACCCTTCAGGCATGACAGACTG  490

seq1  TAGGTGGGAGGTTTTCCATGTCCGTTCTTAATAAACCTTTTCAACCCAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGGAGGTTTTCCATGTCCGTTCTTAATAAACCTTTTCAACCCAGT  540

seq1  TTACCCCTACATCTCATGCTATCCCTTTGATCACTGTGTCTTTTCTCAGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCCTACATCTCATGCTATCCCTTTGATCACTGTGTCTTTTCTCAGC  590

seq1  TAGAGGACATCTTTTCAGCTATTCTCCTGATAAATTTTATCTACCATTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGACATCTTTTCAGCTATTCTCCTGATAAATTTTATCTACCATTCT  640

seq1  GTGACCCTAGTCTTTGAAGTATAACTTCTACCTAATGCCTAGCGCCCCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCTAGTCTTTGAAGTATAACTTCTACCTAATGCCTAGCGCCCCTG  690

seq1  ACTTTTTTCCATTATTAGAAGCATTTTTCCTCCGCTGTTGTGTTTGCATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTCCATTATTAGAAGCATTTTTCCTCCGCTGTTGTGTTTGCATT  740

seq1  CAGATCCCTTCACTCACTGTGTGTCCTACCACTGGCTCAATCACTGCAGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCCTTCACTCACTGTGTGTCCTACCACTGGCTCAATCACTGCAGC  790

seq1  TTCATTTCTCCCTCTATCCAGCTAAACAAACAAGGACAATGGCATTCGCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTCTCCCTCTATCCAGCTAAACAAACAAGGACAATGGCATTCGCA  840

seq1  TTCATGCTGTGACTAATGCCCTTCTGTGTTTACCTTCTCTGCAGCTGTGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCTGTGACTAATGCCCTTCTGTGTTTACCTTCTCTGCAGCTGTGG  890

seq1  ACATTGTTGGCCATCTTCTTACCCAGCCTCCTAACATAATTTCCTCCTGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTTGGCCATCTTCTTACCCAGCCTCCTAACATAATTTCCTCCTGG  940

seq1  CTCTTTTCCTTTTCTCTGATTTTATTTTATTTTTCTCTGTGGTTTCATTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTCCTTTTCTCTGATTTTATTTTATTTTTCTCTGTGGTTTCATTT  990

seq1  TGCTACTTCTTTTTTTCATGTCATGCTTTAAAGGCTGGTCCAAAGATCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTTCTTTTTTTCATGTCATGCTTTAAAGGCTGGTCCAAAGATCTG  1040

seq1  CCCTCGGATATCTTTTCATCTCACACTCTTTCAGTGGGTGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGGATATCTTTTCATCTCACACTCTTTCAGTGGGTGAATTC  1085

seq1: chr13_77263591_77264665
seq2: B6Ng01-304A09.g_192_1249

seq1  GATGCCAAGAAGCACTTGCTAAAAGGAGCCTGGTATAGATGTACCCTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCAAGAAGCACTTGCTAAAAGGAGCCTGGTATAGATGTACCCTGAG  50

seq1  CTCTGCCAGAGCTGGACCAATACAGATGTGGATACTTGCAGCCAACCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCAGAGCTGGACCAATACAGATGTGGATACTTGCAGCCAACCATA  100

seq1  TGACTAAAAATGGGGACCACAATAGAGGCGTTAGAGGAAGGACTGAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAAAAATGGGGACCACAATAGAGGCGTTAGAGGAAGGACTGAAGGA  150

seq1  GCTGAAGGGGTTTGCAATCCCATAGGAAGAACACCAATATCAACCAACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGGGGTTTGCAATCCCATAGGAAGAACACCAATATCAACCAACCT  200

seq1  GACCCCCCAAAGCTCCCAGGGACTAAACCACCAACCAAGAAGTACACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCCCAAAGCTCCCAGGGACTAAACCACCAACCAAGAAGTACACATG  250

seq1  GGGGATCCATAGCTCCAGCTGCATATGTAGCAGAGGATGGCCTTATCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATCCATAGCTCCAGCTGCATATGTAGCAGAGGATGGCCTTATCTGG  300

seq1  CATCACTGGGAGGGGAGCCTCTTAGTGCTGTGTAGCCTTCATGACCCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTGGGAGGGGAGCCTCTTAGTGCTGTGTAGCCTTCATGACCCAGC  350

seq1  ATAGGGAAATGCTAGGGTGCTGAGGCAGGAGTGGGTGGGCAAGTGGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGAAATGCTAGGGTGCTGAGGCAGGAGTGGGTGGGCAAGTGGGGGA  400

seq1  GCACCCTCACAGAGACAGGGGGTAGAGGGCTTGTGGAGGGGAAACTGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTCACAGAGACAGGGGGTAGAGGGCTTGTGGAGGGGAAACTGGGA  450

seq1  AATGCGGATAACACTTGAAATGTAAATAAATAAAATAACCAATAAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCGGATAACACTTGAAATGTAAATAAATAAAATAACCAATAAAAAAT  500

seq1  GTAGCCATACTTCAAAAAAATTTTGTTTTACTAAGAGACTCATGTGTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCATACTTCAAAAAAATTTTGTTTTACTAAGAGACTCATGTGTACA  550

seq1  ATGGCACATCTGAATAAAGCCCTGAACACATGTACATAGCTAAATGAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACATCTGAATAAAGCCCTGAACACATGTACATAGCTAAATGAACT  600

seq1  CAGTGGGCTTGATACACAAATAGGTATGTGTATGTGTGTACATGTAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGCTTGATACACAAATAGGTATGTGTATGTGTGTACATGTAAAAA  650

seq1  TAATGAAGAAGTGATCATTAATTACAAGAGTGGGTGTGCAGAAGAGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAGAAGTGATCATTAATTACAAGAGTGGGTGTGCAGAAGAGTTGG  700

seq1  ATGTTGGGTGGGTGGCAGTGATGTAGATGCAGAGTTTCTGCATGAAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGGTGGGTGGCAGTGATGTAGATGCAGAGTTTCTGCATGAAGTTC  750

seq1  TCAAAAAATTTATTAACTAAAAATAAATTTCTCAGCTATAAGAATAACTT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  TCAAAAAATTTATTAACTAAAAATAAATTTCTCAGCTATAGGATTAACTT  800

seq1  TCTTTAAATATCTTATTTTAATAATTGAAGCTATGTATTAAAAGATATTC  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTTTAAATATCTTATTTTAATAA-TGAAGCTATGTATTAAAAGATA-TC  848

seq1  ATAGAAATAAGAATTCATTCACTGCTTCAAATTTATGAAATCCATCCTAC  900
      |||||||| |  ||||||||||||||||||  |||||||   ||| ||||
seq2  ATAGAAATTAAGATTCATTCACTGCTTCAA--TTATGAA--TCAT-CTAC  893

seq1  CTTACAA-GAG-AGTCACTCCGCTTATCTGCCCTAACAAGGAGAACAACT  948
       | |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAGGAGAAGTCACTCGGCTTATCTGCCCTAACAAGGAGAACAACT  943

seq1  TTCCATCTGTGGAAGGCCCCAGGAGCACCAGTCCGTTTCAGCTCTTCACG  998
      |  ||||||||| |||| |   ||||| |||| |  |||||| |||  ||
seq2  T--CATCTGTGG-AGGCTC--AGAGCA-CAGTTCCGTTCAGC-CTTTCCG  986

seq1  CCATCTTTTAGGTGCAGATTGCATTTGAGGTGAATAATGGGAGTCTTTTT  1048
       |||| ||||||||| ||||||| | ||||  ||| |||||  |||||| 
seq2  GCATC-TTTAGGTGC-GATTGCA-TCGAGG-CAAT-ATGGGGATCTTTTC  1031

seq1  CAATTTTATATCCCCAT-TCAT-AAGTTG  1075
      ||  ||||||||||||| |||| ||||||
seq2  CA--TTTATATCCCCATCTCATAAAGTTG  1058