BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305O23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,796,235 - 5,912,142
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700016G22Rik, Klf6
Upstream geneEG432723
Downstream geneLOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305O23.bB6Ng01-305O23.g
ACCGA099100GA099101
length9301,005
definitionB6Ng01-305O23.b B6Ng01-305O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,911,213 - 5,912,142)(5,796,235 - 5,797,244)
sequence
gaattcatagtcagaaatcccattgaatgcttgttgtggctgagtgctga
ctggcctataggccactgttgtaagaagcagagacagaagggtctctgga
gttttgtggttttggttgttagtcttactccagatagagtgggagacatt
gtctcaagagaaaaaaggagagtaatagggaaggatgcttgatatccttc
catgtcctctacatacatacatgggcatatatgctctgtatctgtctctc
tctctgtctctgtctttctgtctttgtctgtccctatcactttctctctc
tctctctctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttcacaga
aaaaaatataaattaatagaaacagattaaaacccattgaataatctata
aatcttcatgaaaatatccatactagcacattgtatttttttaattaatt
cattatggcagggtgacattgtgtagttgaggctatcattaaactcatga
actttttgccatagttttctaagaactggaattataggcatgttatacca
tgcctggaagaaggatgttttgtgatgcaagcaattttccttgattgaaa
cagaatattttctagttgaattattaacaaaaatctaagttatggctaat
ttcatgttttgactgggttgatagatgaccagctagttggtaaactagca
ttccttgatgtgttttagaaagtgtttataaaagagaaaccacactacac
acacacacacacataatttataggttataatttaaacatgtataaaaatt
gtatacatatatgtataatatatagctttgatatatatggtagtataagc
atatatttataaatttataaattcatagacaggcagatagatagatagat
agatagatagatagatagaggggtggttta

gaattcacctcccatcctccttgttaagtgctggctagggagccagaggt
caaatccaacccctgtcattcccagcgctgtgaagtcagacaaatcaaga
ggtgtgttcactgctgccgtgctctacccatatctgtaagaccactgtga
aataaagcttagctcacaaagcattgtatattcagtactcattgctatgc
ctggaacacagtgaatgctcactgagtgttagaggtcaattgcacaacca
acattatcattacaataatgtcccctctcatttacaaccttgaataaaag
atatatccgtctgataaatcatccaaaatccggtgttaattcctggttct
ctctattttcatgtgtgtgttcgtgtccatgttcctatgcatgtgtgtgc
atacacctgcactcacaggtctattctgtcaggaatcttcctcagtcatt
ctccaccttgaagcagactttaaacattaaatagtgggggaagaatgatg
ggaggatgcggatgactgaagatgctagagaccagggcttcagatccccc
tagagctgggggccagctttggtcctgtggaggagtagtatgttctcttt
aacactgagccatctctctagcccttccattttattttttgagacatggt
ctttccctgaacatggagcttatccattggctagaatggctacccaggga
gttccagggctctttctgtttacacttcaccagacgaactgacaaatgtg
gactgctgcacccaggcttataacatgggttcacgttctcgtgctcactt
gggatacactttacccattggccgatctcaagcctcctgattccttaaat
tctcatacatttgacatgttggaaagaatccagcctttgcaatttattta
tagttttggtaataatgtttgatattttagcatttaataatattttcatt
tgtgattcctgaaatctacatttaaacataacctctaaagtgtaatgtgt
gtgcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5911213_5912142
seq2: B6Ng01-305O23.b_48_977 (reverse)

seq1  TAAACCACCCCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCACCCCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGCCT  50

seq1  GTCTATGAATTTATAAATTTATAAATATATGCTTATACTACCATATATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGAATTTATAAATTTATAAATATATGCTTATACTACCATATATAT  100

seq1  CAAAGCTATATATTATACATATATGTATACAATTTTTATACATGTTTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTATATATTATACATATATGTATACAATTTTTATACATGTTTAAA  150

seq1  TTATAACCTATAAATTATGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGTGGTTTCTCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACCTATAAATTATGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGTGGTTTCTCTTT  200

seq1  TATAAACACTTTCTAAAACACATCAAGGAATGCTAGTTTACCAACTAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACACTTTCTAAAACACATCAAGGAATGCTAGTTTACCAACTAGCT  250

seq1  GGTCATCTATCAACCCAGTCAAAACATGAAATTAGCCATAACTTAGATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCTATCAACCCAGTCAAAACATGAAATTAGCCATAACTTAGATTT  300

seq1  TTGTTAATAATTCAACTAGAAAATATTCTGTTTCAATCAAGGAAAATTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAATAATTCAACTAGAAAATATTCTGTTTCAATCAAGGAAAATTGC  350

seq1  TTGCATCACAAAACATCCTTCTTCCAGGCATGGTATAACATGCCTATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCACAAAACATCCTTCTTCCAGGCATGGTATAACATGCCTATAAT  400

seq1  TCCAGTTCTTAGAAAACTATGGCAAAAAGTTCATGAGTTTAATGATAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTCTTAGAAAACTATGGCAAAAAGTTCATGAGTTTAATGATAGCC  450

seq1  TCAACTACACAATGTCACCCTGCCATAATGAATTAATTAAAAAAATACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTACACAATGTCACCCTGCCATAATGAATTAATTAAAAAAATACAA  500

seq1  TGTGCTAGTATGGATATTTTCATGAAGATTTATAGATTATTCAATGGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTAGTATGGATATTTTCATGAAGATTTATAGATTATTCAATGGGTT  550

seq1  TTAATCTGTTTCTATTAATTTATATTTTTTTCTGTGAACACACACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTGTTTCTATTAATTTATATTTTTTTCTGTGAACACACACACACA  600

seq1  CACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGTGATAGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGTGATAGGGA  650

seq1  CAGACAAAGACAGAAAGACAGAGACAGAGAGAGAGACAGATACAGAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAAGACAGAAAGACAGAGACAGAGAGAGAGACAGATACAGAGCAT  700

seq1  ATATGCCCATGTATGTATGTAGAGGACATGGAAGGATATCAAGCATCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCCATGTATGTATGTAGAGGACATGGAAGGATATCAAGCATCCTT  750

seq1  CCCTATTACTCTCCTTTTTTCTCTTGAGACAATGTCTCCCACTCTATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATTACTCTCCTTTTTTCTCTTGAGACAATGTCTCCCACTCTATCTG  800

seq1  GAGTAAGACTAACAACCAAAACCACAAAACTCCAGAGACCCTTCTGTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAGACTAACAACCAAAACCACAAAACTCCAGAGACCCTTCTGTCTC  850

seq1  TGCTTCTTACAACAGTGGCCTATAGGCCAGTCAGCACTCAGCCACAACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTACAACAGTGGCCTATAGGCCAGTCAGCACTCAGCCACAACAA  900

seq1  GCATTCAATGGGATTTCTGACTATGAATTC  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCAATGGGATTTCTGACTATGAATTC  930


seq1: chr13_5796235_5797244
seq2: B6Ng01-305O23.g_68_1072

seq1  GAATTCACCTCCCATCCTCCTTGTTAAGTGCTGGCTAGGGAGCCAGAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTCCCATCCTCCTTGTTAAGTGCTGGCTAGGGAGCCAGAGGT  50

seq1  CAAATCCAACCCCTGTCATTCCCAGCGCTGTGAAGTCAGACAAATCAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCAACCCCTGTCATTCCCAGCGCTGTGAAGTCAGACAAATCAAGA  100

seq1  GGTGTGTTCACTGCTGCCGTGCTCTACCCATATCTGTAAGACCACTGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTTCACTGCTGCCGTGCTCTACCCATATCTGTAAGACCACTGTGA  150

seq1  AATAAAGCTTAGCTCACAAAGCATTGTATATTCAGTACTCATTGCTATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGCTTAGCTCACAAAGCATTGTATATTCAGTACTCATTGCTATGC  200

seq1  CTGGAACACAGTGAATGCTCACTGAGTGTTAGAGGTCAATTGCACAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACACAGTGAATGCTCACTGAGTGTTAGAGGTCAATTGCACAACCA  250

seq1  ACATTATCATTACAATAATGTCCCCTCTCATTTACAACCTTGAATAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATCATTACAATAATGTCCCCTCTCATTTACAACCTTGAATAAAAG  300

seq1  ATATATCCGTCTGATAAATCATCCAAAATCCGGTGTTAATTCCTGGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCCGTCTGATAAATCATCCAAAATCCGGTGTTAATTCCTGGTTCT  350

seq1  CTCTATTTTCATGTGTGTGTTCGTGTCCATGTTCCTATGCATGTGTGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTTTCATGTGTGTGTTCGTGTCCATGTTCCTATGCATGTGTGTGC  400

seq1  ATACACCTGCACTCACAGGTCTATTCTGTCAGGAATCTTCCTCAGTCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACCTGCACTCACAGGTCTATTCTGTCAGGAATCTTCCTCAGTCATT  450

seq1  CTCCACCTTGAAGCAGACTTTAAACATTAAATAGTGGGGGAAGAATGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCTTGAAGCAGACTTTAAACATTAAATAGTGGGGGAAGAATGATG  500

seq1  GGAGGATGCGGATGACTGAAGATGCTAGAGACCAGGGCTTCAGATCCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATGCGGATGACTGAAGATGCTAGAGACCAGGGCTTCAGATCCCCC  550

seq1  TAGAGCTGGGGGCCAGCTTTGGTCCTGTGGAGGAGTAGTATGTTCTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTGGGGGCCAGCTTTGGTCCTGTGGAGGAGTAGTATGTTCTCTTT  600

seq1  AACACTGAGCCATCTCTCTAGCCCTTCCATTTTATTTTTTGAGACATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGAGCCATCTCTCTAGCCCTTCCATTTTATTTTTTGAGACATGGT  650

seq1  CTTTCCCTGAACATGGAGCTTATCCATTGGCTAGAATGGCTACCCAGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCTGAACATGGAGCTTATCCATTGGCTAGAATGGCTACCCAGGGA  700

seq1  GTTCCAGGGCTCTTTCTGTTTACACTTCACCAGACGAACTGACAAATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGGGCTCTTTCTGTTTACACTTCACCAGACGAACTGACAAATGTG  750

seq1  GACTGCTGCACCCAGGCTTATAACATGGGTTCACGTTCTCGTGCTCACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTGCACCCAGGCTTATAACATGGGTTCACGTTCTCGTGCTCACTT  800

seq1  GGGATACACTTTACCCATTGGCCGATCTCAGGCCTCCTGATTCCTTAAAT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGGATACACTTTACCCATTGGCCGATCTCAAGCCTCCTGATTCCTTAAAT  850

seq1  TCTCATACATTTGACATGTTGGAAAGAATCCAGCCTTTTGCAATTTATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTCATACATTTGACATGTTGGAAAGAATCCAGCC-TTTGCAATTTATTT  899

seq1  ATAGTTTTGGTAATAAATGTTTTGATATTTTAGCATTTTAATAAATATTT  950
      |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  ATAGTTTTGGTAAT-AATG-TTTGATATTTTAGCA-TTTAAT-AATATTT  945

seq1  TCATTTGTGATTCCTGAAATCTACATTTAAAACATAA-CTCTAAGGTGTA  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||
seq2  TCATTTGTGATTCCTGAAATCTACATTT-AAACATAACCTCTAAAGTGTA  994

seq1  ATGTGTGTGTG  1010
      ||||||||| |
seq2  ATGTGTGTGCG  1005


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |