BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308D02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 66,723,047 - 66,848,006
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMzf6d, Vmn2r-ps106, LOC666027
Upstream geneLOC628722, LOC665851, Vmn2r-ps99, LOC628794, EG665897, LOC100041855, EG628746, LOC100042434, LOC100041892, EG665974, LOC100041915, 2410141K09Rik, C330014B19Rik
Downstream geneLOC100042492, LOC100041947, EG382769, LOC666052, EG432768, LOC666061, Uqcrb, Mterfd1, Ptdss1, Zfp712, Zfp708, Zfp759, Rsl1, LOC674699, Zfp455, Zfp458, Zfp457, A230042K10Rik, E130120F12Rik, Zfp456, 2810487A22Rik, Zfp459, C330011K17Rik, LOC666098, 9630025I21Rik, Zfp817, Zfp87, Zfp748, A530054K11Rik, LOC328277, 3830402I07Rik, EG666137
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308D02.bB6Ng01-308D02.g
ACCGA100759GA100760
length1,0871,086
definitionB6Ng01-308D02.b B6Ng01-308D02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,723,047 - 66,724,145)(66,846,915 - 66,848,006)
sequence
gaattctctgatgaacattaagattatatttttgggtaaagcatttgtca
cattcactacatttgtaaggtttttctcctgtataaactctgatgaatac
ttttgggtaaagctttttttcacattcactacatttgtaaggtttctttc
ctgtatgaattatttgatgactactaacattacatttttgggtaaagcat
ttgttacattcactacatttgtaaggcttctttcctgtatgaattatctg
atgacttctaggactgtgtttgtcagtacagcatttgtcacactcactac
atttataaggtttctctccagtatgaattctctgatgaatactaagactg
tatttgtgcaaaaagcatttgtcacattcactatatatgtaaggtttctc
tcctgtatggattctctgatgtctaagcttgcatttcttggtgaaacatc
tggcacgttcactacatctgtaaggtttctttccactattggtttgtttc
agcctgagtatttgcttagagttaaaaaccttatcaagcactataccatt
gtgttctttctttcctatgtggattccttgatgtagaccagtgatagaac
acaaatttaaacagtttatacagtttttatgtttgcaaggtcctctggtg
tttccattttcatgtctgtttatgtttgatgactcaacacgtgtattcct
gaagttagcttggtaaaatacactttgggtgtattcataaatgattttgc
catgctttgacctttgtaagacttctcctggatattcacatgctgggatg
tgctggaacttttagtcattatgcattcatttgtctttaaagaggcttta
ctggatatgaatatcttttaaatcatcttcatgtttatgtccatatgaaa
attcaatatgtatttatcatatttaaaagaatagatatgttattcttata
taagtgaggacaatgtccactatgaatacatctctggtctagttgtggta
actctttaaagtatcagcctggcggtggtggcatactctttatcccagca
cttggaggcagagcaagcagatttctgagttcacagc
gaattccttttttagaattttcattgtcaagtgagaacttcacattgagt
tctttaataagcatagttttagtttgggcagaaagtaaaccagacaagtc
tagagtagaagagtactgagggcattttttttttcctcagaggaaaatta
tctagagaaataactgacagtgagacacagcataggatggcataaatgtg
ctttgctggcagctgtctctctggttcttggcaacttatactttgattat
ctattcagttctgtgaatatcaaagtcttcccttcctttgttagtatgct
acttttggaggtatataggtggaaaaacttttaggttcttatgggaagcc
attaaatatgtaaggtagaagctatcagaataagaccaaaacaaatcatt
aagatataaaatgaataccttgtaggcctgatatttcttcttagtgtaat
agggatactattgattcagtgggtccatcaagaataatgttggccaccat
tttatcttgtaccatgtggttatattaacaaaagctttggtgaagacata
tcatatttatttatgatataattaccaaagaggggcaccaagtcccacaa
ttgcttccatcttatggggatcgccatggttaaactttagaacaaccaaa
gcagtagtggttttctgttctatgggccccatggtaaaataaaaatattt
cccatcagggaattccaggttcttggataacccacttgccactttcgttg
tggcaggaaagaagatgttgatactatgaaaaagaggactaggaaggcag
atgagagaaaagagagaagctaattttacatagcacagcaaattctttgc
cctaactctgagtctaaccctaaccctgatatttcttctttatgtaatag
agatcctagagattcaatgggatataagataatagtggccacctcaagcc
tacccctgagcctaaccctgatttatcctaaacctttaaccctatcttaa
acctcaccaccttaatttcctaccaccctaacctaatctaccaccctaat
cctaatcctacataccctctgatcgccttaatccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_66723047_66724145
seq2: B6Ng01-308D02.b_43_1129

seq1  GAATTCTCTGATGAACATTAAGATTATATTTTTGGGTAAAGCATTTGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGATGAACATTAAGATTATATTTTTGGGTAAAGCATTTGTCA  50

seq1  CATTCACTACATTTGTAAGGTTTTTCTCCTGTATAAACTCTGATGAATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACTACATTTGTAAGGTTTTTCTCCTGTATAAACTCTGATGAATAC  100

seq1  TTTTGGGTAAAGCTTTTTTTCACATTCACTACATTTGTAAGGTTTCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGTAAAGCTTTTTTTCACATTCACTACATTTGTAAGGTTTCTTTC  150

seq1  CTGTATGAATTATTTGATGACTACTAACATTACATTTTTGGGTAAAGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGAATTATTTGATGACTACTAACATTACATTTTTGGGTAAAGCAT  200

seq1  TTGTTACATTCACTACATTTGTAAGGCTTCTTTCCTGTATGAATTATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACATTCACTACATTTGTAAGGCTTCTTTCCTGTATGAATTATCTG  250

seq1  ATGACTTCTAGGACTGTGTTTGTCAGTACAGCATTTGTCACACTCACTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTCTAGGACTGTGTTTGTCAGTACAGCATTTGTCACACTCACTAC  300

seq1  ATTTATAAGGTTTCTCTCCAGTATGAATTCTCTGATGAATACTAAGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAAGGTTTCTCTCCAGTATGAATTCTCTGATGAATACTAAGACTG  350

seq1  TATTTGTGCAAAAAGCATTTGTCACATTCACTATATATGTAAGGTTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTGCAAAAAGCATTTGTCACATTCACTATATATGTAAGGTTTCTC  400

seq1  TCCTGTATGGATTCTCTGATGTCTAAGCTTGCATTTCTTGGTGAAACATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTATGGATTCTCTGATGTCTAAGCTTGCATTTCTTGGTGAAACATC  450

seq1  TGGCACGTTCACTACATCTGTAAGGTTTCTTTCCACTATTGGTTTGTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACGTTCACTACATCTGTAAGGTTTCTTTCCACTATTGGTTTGTTTC  500

seq1  AGCCTGAGTATTTGCTTAGAGTTAAAAACCTTATCAAGCACTATACCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGAGTATTTGCTTAGAGTTAAAAACCTTATCAAGCACTATACCATT  550

seq1  GTGTTCTTTCTTTCCTATGTGGATTCCTTGATGTAGACCAGTGATAGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTTTCTTTCCTATGTGGATTCCTTGATGTAGACCAGTGATAGAAC  600

seq1  ACAAATTTAAACAGTTTATACAGTTTTTATGTTTGCAAGGTCCTCTGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTTAAACAGTTTATACAGTTTTTATGTTTGCAAGGTCCTCTGGTG  650

seq1  TTTCCATTTTCATGTCTGTTTATGTTTGATGACTCAACACGTGTATTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTTTCATGTCTGTTTATGTTTGATGACTCAACACGTGTATTCCT  700

seq1  GAAGTTAGCTTGGTAAAATACACTTTGGGTGTATTCATAAATGATTTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTAGCTTGGTAAAATACACTTTGGGTGTATTCATAAATGATTTTGC  750

seq1  CATGCTTTGACCTTTGTAAGACTTCTCCTGGATATTCACATGCTGGGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTGACCTTTGTAAGACTTCTCCTGGATATTCACATGCTGGGATG  800

seq1  TGCTGGAACTTTTAGTCATTATGCATTCATTTGTCTTTAAAGAGGCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAACTTTTAGTCATTATGCATTCATTTGTCTTTAAAGAGGCTTTA  850

seq1  CTGGATATGAATATCTTTTAAATCATCTTCATGTTTATGTCCATATGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATATGAATATCTTTTAAATCATCTTCATGTTTATGTCCATATGAAA  900

seq1  ATTCAAATATGTATTTATCATATTTAAAAGAATAGATATGTTATTCTTAT  950
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTC-AATATGTATTTATCATATTTAAAAGAATAGATATGTTATTCTTAT  949

seq1  ATAAGTGAGGACAATGTCCACTATGAATAACATCTCCTGGTCTAGTTGTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  ATAAGTGAGGACAATGTCCACTATGAAT-ACATCT-CTGGTCTAGTTGTG  997

seq1  GTAAACTCTTTAAAAGTAATTCAGGCCTGGCGGTGGTGGCATACTCCTTT  1050
      || |||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  ||
seq2  GT-AACTCTTT-AAAGTA--TCA-GCCTGGCGGTGGTGGCATACTC--TT  1040

seq1  AATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCACAGC  1099
       |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCAGCACTT-GGAGGCAGA-GCAAGCAGATTTCTGAGTTCACAGC  1087

seq1: chr13_66846915_66848006
seq2: B6Ng01-308D02.g_66_1151 (reverse)

seq1  TAGGATT-AGGCGATCAGAGGGTTATGGTTAGGATTAGGATAAGGGTGGT  49
      ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||
seq2  TAGGATTAAGGCGATCAGAGGG-TATG--TAGGATTAGGATTAGGGTGGT  47

seq1  TAGGATTAGGGTTAGGGTGGTTAGGAAATTAAGGT-GTGAGGTTTAAGAT  98
         ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  --AGATTA-GGTTAGGGTGG-TAGGAAATTAAGGTGGTGAGGTTTAAGAT  93

seq1  AGGGTTAAAGGTTTAGGATAAATCAGGGTTAGGCTCAGGGGTAGGCTTGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTAAAGGTTTAGGATAAATCAGGGTTAGGCTCAGGGGTAGGCTTGA  143

seq1  GGTGGCCACTATTATTCTTATATCCCATTGAATCTCTAGGATCTCTATTA  198
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCCACTATTA-TCTTATATCCCATTGAATCTCTAGGATCTCTATTA  192

seq1  CATAAAGAAGAAATATCAGGGTTAGGGTTAGACTCAGAGTTAGGGCAAAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGAAGAAATATCAGGGTTAGGGTTAGACTCAGAGTTAGGGCAAAG  242

seq1  AATTTGCTGTGCTATGTAAAATTAGCTTCTCTCTTTTCTCTCATCTGCCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCTGTGCTATGTAAAATTAGCTTCTCTCTTTTCTCTCATCTGCCT  292

seq1  TCCTAGTCCTCTTTTTCATAGTATCAACATCTTCTTTCCTGCCACAACGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTCCTCTTTTTCATAGTATCAACATCTTCTTTCCTGCCACAACGA  342

seq1  AAGTGGCAAGTGGGTTATCCAAGAACCTGGAATTCCCTGATGGGAAATAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCAAGTGGGTTATCCAAGAACCTGGAATTCCCTGATGGGAAATAT  392

seq1  TTTTATTTTACCATGGGGCCCATAGAACAGAAAACCACTACTGCTTTGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTACCATGGGGCCCATAGAACAGAAAACCACTACTGCTTTGGT  442

seq1  TGTTCTAAAGTTTAACCATGGCGATCCCCATAAGATGGAAGCAATTGTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAAAGTTTAACCATGGCGATCCCCATAAGATGGAAGCAATTGTGG  492

seq1  GACTTGGTGCCCCTCTTTGGTAATTATATCATAAATAAATATGATATGTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGTGCCCCTCTTTGGTAATTATATCATAAATAAATATGATATGTC  542

seq1  TTCACCAAAGCTTTTGTTAATATAACCACATGGTACAAGATAAAATGGTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCAAAGCTTTTGTTAATATAACCACATGGTACAAGATAAAATGGTG  592

seq1  GCCAACATTATTCTTGATGGACCCACTGAATCAATAGTATCCCTATTACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACATTATTCTTGATGGACCCACTGAATCAATAGTATCCCTATTACA  642

seq1  CTAAGAAGAAATATCAGGCCTACAAGGTATTCATTTTATATCTTAATGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAGAAATATCAGGCCTACAAGGTATTCATTTTATATCTTAATGAT  692

seq1  TTGTTTTGGTCTTATTCTGATAGCTTCTACCTTACATATTTAATGGCTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGGTCTTATTCTGATAGCTTCTACCTTACATATTTAATGGCTTC  742

seq1  CCATAAGAACCTAAAAGTTTTTCCACCTATATACCTCCAAAAGTAGCATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAGAACCTAAAAGTTTTTCCACCTATATACCTCCAAAAGTAGCATA  792

seq1  CTAACAAAGGAAGGGAAGACTTTGATATTCACAGAACTGAATAGATAATC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAAGGAAGGGAAGACTTTGATATTCACAGAACTGAATAGATAATC  842

seq1  AAAGTATAAGTTGCCAAGAACCAGAGAGACAGCTGCCAGCAAAGCACATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATAAGTTGCCAAGAACCAGAGAGACAGCTGCCAGCAAAGCACATT  892

seq1  TATGCCATCCTATGCTGTGTCTCACTGTCAGTTATTTCTCTAGATAATTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCATCCTATGCTGTGTCTCACTGTCAGTTATTTCTCTAGATAATTT  942

seq1  TCCTCTGAGGAAAAAAAAAATGCCCTCAGTACTCTTCTACTCTAGACTTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGAGGAAAAAAAAAATGCCCTCAGTACTCTTCTACTCTAGACTTG  992

seq1  TCTGGTTTACTTTCTGCCCAAACTAAAACTATGCTTATTAAAGAACTCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTTACTTTCTGCCCAAACTAAAACTATGCTTATTAAAGAACTCAA  1042

seq1  TGTGAAGTTCTCACTTGACAATGAAAATTCTAAAAAAGGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTTCTCACTTGACAATGAAAATTCTAAAAAAGGAATTC  1086