BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310E05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 63,680,628 - 63,791,068
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041493, LOC630857, EG630978, EG435366, LOC380850, LOC630951, Fbp2, Fbp1, LOC100042090, EG665524, 2010111I01Rik, Fancc, Ptch1
Downstream geneC030010C08Rik, 0610007P08Rik, 9330134C04Rik, EG665575, Hsd17b3, Slc35d2, Zfp367, Habp4, Cdc14b, 1110018J18Rik, Ctsl, Ccrk, LOC665612, 1190003K10Rik, LOC218298, Ppia-ps13_866.1, LOC238678
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310E05.bB6Ng01-310E05.g
ACCGA102289GA102290
length1,163647
definitionB6Ng01-310E05.b B6Ng01-310E05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,680,628 - 63,681,791)(63,790,422 - 63,791,068)
sequence
gaattccacatagtataaggagacaggtgactctggcttacagttctgtt
acctctacatgtgcataccccaacacacacacacagtaaataaataaata
ggtaagtagcttaaaaaacaaaaaagaaaacactggtggacttctgtcat
atgcagagtcttctattagaggcttggaatgtgggggcaatggaaaagct
atctttctttaaaaccataagaaatgccttttgtttttttttccttaagc
agattatcaaaattgagatcctggcttctatcaataggagcaagtcagta
gaaaggaccgtaaaaacacaaacaggacagaatttgagtgtctatgtaag
tagagaaatagattatggggacacacaatagaattccatagagagctaga
aagcaggttccagctttcctttgagagcacaggacaaacttcaggagcgt
gagcacagtaagaaaaagggtggggtcaggagcaagtctcctgtattaat
cagcgctccctgaaggaccagagatgacagaatgaataggatatgaacac
gtgcagtcgccaacacacacacatatgcgcgcatgctcacacacatgcgc
gtacacacgttcatatatgggacttatcatatgggcttgcggagtgagtt
ctggctagtccaacagtggctgtctcacgaccaaaacgatgagaatctgg
tagccgttcagtccaagagattggatgtctctgcagtcccaatctggtgc
tgaagttctggaggattcctggagagctgctagtgttcagtctaccttgg
aatcctgaagacctggatttcatcttggccacaataacaacatagacaaa
ttcaccaacaaaagtgagggtaaatggacaaaaggcaaagctcccttctt
ccatgtcctattatatgggctgccttcagaagggagggctagatgtacgg
tgaatcttcctgcttcaaatatctaattaagaaaatccctcacaggagtg
cccagcagcttgggtttagttaattcagatgtagtcaagcaagaagtgcc
attgttatcctcccttggagagggcgtgtataaattccattggcgttaga
acctcctaagaaaagcagagggattcagactcaattcggcaagctattag
cccttgaaggttt
gaattcttttggactgtattagcttagcgaacctctagcttttaccagtc
tagaagctggaagcatgaatagacagcaccgccgtccacagcaggggccc
ccatttggctgtagcctgcttctctgaagttgacagtgatgtatctgaaa
actgtcttaacgtacgactttctttgctctgtcacttttttaaatcattt
cacaataaccaggtcttatctctttttcatcagctgatgacttaattgtt
taaaacagcatccaaacatatgttacctggcccataacacagatacttgt
gtcactaagaaccaatactagaagcatggtggtttgggcctgtaatttta
gcacttgagaaactgaggcaggaggattgttgtaggtttatagacagcct
agactacacattgagtttcaggacagcctgatctatagggtgcacacctt
taatcccagcacttgggaggtagaggccagcctggtctacagagtgagtt
ccaggacagccagggctacacagagaaaccctgccttaaaaaaaaaaaag
tcctcttttaaaacacataatttaaaattagaatccgggtacagaggttg
gccattcagatatgaggtttttggggttggtgttttgtgtttttgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_63680628_63681791
seq2: B6Ng01-310E05.b_44_1206

seq1  GAATTCCACATAGTATAAGGAGACAGGTGACTCTGGCTTACAGTTCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATAGTATAAGGAGACAGGTGACTCTGGCTTACAGTTCTGTT  50

seq1  ACCTCTACATGTGCATACCCCAACACACACACACAGTAAATAAATAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTACATGTGCATACCCCAACACACACACACAGTAAATAAATAAATA  100

seq1  GGTAAGTAGCTTAAAAAACAAAAAAGAAAACACTGGTGGACTTCTGTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGTAGCTTAAAAAACAAAAAAGAAAACACTGGTGGACTTCTGTCAT  150

seq1  ATGCAGAGTCTTCTATTAGAGGCTTGGAATGTGGGGGCAATGGAAAAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAGTCTTCTATTAGAGGCTTGGAATGTGGGGGCAATGGAAAAGCT  200

seq1  ATCTTTCTTTAAAACCATAAGAAATGCCTTTTGTTTTTTTTTCCTTAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCTTTAAAACCATAAGAAATGCCTTTTGTTTTTTTTTCCTTAAGC  250

seq1  AGATTATCAAAATTGAGATCCTGGCTTCTATCAATAGGAGCAAGTCAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATCAAAATTGAGATCCTGGCTTCTATCAATAGGAGCAAGTCAGTA  300

seq1  GAAAGGACCGTAAAAACACAAACAGGACAGAATTTGAGTGTCTATGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGACCGTAAAAACACAAACAGGACAGAATTTGAGTGTCTATGTAAG  350

seq1  TAGAGAAATAGATTATGGGGACACACAATAGAATTCCATAGAGAGCTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAATAGATTATGGGGACACACAATAGAATTCCATAGAGAGCTAGA  400

seq1  AAGCAGGTTCCAGCTTTCCTTTGAGAGCACAGGACAAACTTCAGGAGCGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGTTCCAGCTTTCCTTTGAGAGCACAGGACAAACTTCAGGAGCGT  450

seq1  GAGCACAGTAAGAAAAAGGGTGGGGTCAGGAGCAAGTCTCCTGTATTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGTAAGAAAAAGGGTGGGGTCAGGAGCAAGTCTCCTGTATTAAT  500

seq1  CAGCGCTCCCTGAAGGACCAGAGATGACAGAATGAATAGGATATGAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGCTCCCTGAAGGACCAGAGATGACAGAATGAATAGGATATGAACAC  550

seq1  GTGCAGTCGCCAACACACACACATATGCGCGCATGCTCACACACATGCGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTCGCCAACACACACACATATGCGCGCATGCTCACACACATGCGC  600

seq1  GTACACACGTTCATATATGGGACTTATCATATGGGCTTGCGGAGTGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACACGTTCATATATGGGACTTATCATATGGGCTTGCGGAGTGAGTT  650

seq1  CTGGCTAGTCCAACAGTGGCTGTCTCACGACCAAAACGATGAGAATCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTAGTCCAACAGTGGCTGTCTCACGACCAAAACGATGAGAATCTGG  700

seq1  TAGCCGTTCAGTCCAAGAGATTGGATGTCTCTGCAGTCCCAATCTGGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCGTTCAGTCCAAGAGATTGGATGTCTCTGCAGTCCCAATCTGGTGC  750

seq1  TGAAGTTCTGGAGGATTCCTGGAGAGCTGCTAGTGTTCAGTCTACCTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTCTGGAGGATTCCTGGAGAGCTGCTAGTGTTCAGTCTACCTTGG  800

seq1  AATCCTGAAGACCTGGATTTCATCTTGGCCACAATAACAACATAGACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGAAGACCTGGATTTCATCTTGGCCACAATAACAACATAGACAAA  850

seq1  TTCACCAACAAAAGTGAGGGTAAATGGACAAAAGGCAAAGCTCCCTTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCAACAAAAGTGAGGGTAAATGGACAAAAGGCAAAGCTCCCTTCTT  900

seq1  CCATGTCCTATTATATGGGCTGCCTTCAGAAGGGAGGGCTAAGATGTAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  CCATGTCCTATTATATGGGCTGCCTTCAGAAGGGAGGGCT-AGATGTACG  949

seq1  GTGAATCTTCCTGCTTCAAATAATCTAATTAAGAAAATCCCTCACCAGGA  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGAATCTTCCTGCTTCAAAT-ATCTAATTAAGAAAATCCCTCA-CAGGA  997

seq1  GTGCCCAGCAGCTTGGGTTTTAGTTAATTCCAGATGTAGTCAAGCAAGAG  1050
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  GTGCCCAGCAGCTTGGG-TTTAGTTAATT-CAGATGTAGTCAAGCAAGAA  1045

seq1  TGGCCATTG-TAT-CTCCCTTGGAGA-GGCGTGTATAAATTCCATT-GCG  1096
        ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  GTGCCATTGTTATCCTCCCTTGGAGAGGGCGTGTATAAATTCCATTGGCG  1095

seq1  TAAG-ACTTCTAAAGAGAAGCAGA-GGAGTCAGAACTCATTTGGGAAAGC  1144
      | || || ||  |||| ||||||| ||| |||| ||||| || || ||||
seq2  TTAGAACCTCCTAAGAAAAGCAGAGGGATTCAG-ACTCAATTCGGCAAGC  1144

seq1  TATTAGCCCTGGAAGTGTTT  1164
      |||||||||| |||| ||||
seq2  TATTAGCCCTTGAAG-GTTT  1163

seq1: chr13_63790422_63791068
seq2: B6Ng01-310E05.g_67_713 (reverse)

seq1  AACAAAAACACAAAACACCAACCCCAAAAACCTCATATCTGAATGGCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAACACAAAACACCAACCCCAAAAACCTCATATCTGAATGGCCAA  50

seq1  CCTCTGTACCCGGATTCTAATTTTAAATTATGTGTTTTAAAAGAGGACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTACCCGGATTCTAATTTTAAATTATGTGTTTTAAAAGAGGACTT  100

seq1  TTTTTTTTTTAAGGCAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTAAGGCAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAAC  150

seq1  TCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCTACCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCTACCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAG  200

seq1  GTGTGCACCCTATAGATCAGGCTGTCCTGAAACTCAATGTGTAGTCTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACCCTATAGATCAGGCTGTCCTGAAACTCAATGTGTAGTCTAGG  250

seq1  CTGTCTATAAACCTACAACAATCCTCCTGCCTCAGTTTCTCAAGTGCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTATAAACCTACAACAATCCTCCTGCCTCAGTTTCTCAAGTGCTAA  300

seq1  AATTACAGGCCCAAACCACCATGCTTCTAGTATTGGTTCTTAGTGACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAGGCCCAAACCACCATGCTTCTAGTATTGGTTCTTAGTGACACA  350

seq1  AGTATCTGTGTTATGGGCCAGGTAACATATGTTTGGATGCTGTTTTAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTGTGTTATGGGCCAGGTAACATATGTTTGGATGCTGTTTTAAAC  400

seq1  AATTAAGTCATCAGCTGATGAAAAAGAGATAAGACCTGGTTATTGTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTCATCAGCTGATGAAAAAGAGATAAGACCTGGTTATTGTGAAA  450

seq1  TGATTTAAAAAAGTGACAGAGCAAAGAAAGTCGTACGTTAAGACAGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTAAAAAAGTGACAGAGCAAAGAAAGTCGTACGTTAAGACAGTTTT  500

seq1  CAGATACATCACTGTCAACTTCAGAGAAGCAGGCTACAGCCAAATGGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACATCACTGTCAACTTCAGAGAAGCAGGCTACAGCCAAATGGGGG  550

seq1  CCCCTGCTGTGGACGGCGGTGCTGTCTATTCATGCTTCCAGCTTCTAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCTGTGGACGGCGGTGCTGTCTATTCATGCTTCCAGCTTCTAGAC  600

seq1  TGGTAAAAGCTAGAGGTTCGCTAAGCTAATACAGTCCAAAAGAATTC  647
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAAGCTAGAGGTTCGCTAAGCTAATACAGTCCAAAAGAATTC  647