BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310G04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 49,988,350 - 50,100,148
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667507, LOC100040099, LOC625110
Upstream geneBC010304, C030044B11Rik, Wnk2, Ninj1, 1110007C09Rik, Susd3, Fgd3, Bicd2, Ippk, Cenpp, Tes3-ps, Ecm2, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503
Downstream geneLOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310G04.bB6Ng01-310G04.g
ACCGA102375GA102376
length1,199980
definitionB6Ng01-310G04.b B6Ng01-310G04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,098,950 - 50,100,148)(49,988,350 - 49,989,229)
sequence
gaattccttactgccacccattcctgttgtttgcagctcttccctaattg
cacatggccttgcagagggtctaaagtgcatatcccagggaagactaggg
caggggacctccaacttacatagatgtatgtagaagacatcacactcact
gggtactaacttttctagtgcagctttgcaggaggaaacacccacacatc
tgtgggtaaccaccaacctaagctctttaagtgaaccctatacactcatt
ggttcccagagtggatcatgtctgcctgtgtccctgggagctgaggaagg
agggtagatattaagtctccccaggggaagaaatgctattgacacctaat
ctggtaaacttttacttcttttaatatgtcagggcaggaggtgtccagga
ggaccttactctaccatgatatgtgtgtcattataggaggaggaatgtcc
agcaggacctgatacctatccttgtatttcaggtgacactgtcatcaggg
ggttgtctagcagattctggtaccaggcattgtacatgccacagtggaag
agatgctgtcaaggcaggagtgatatctagaaatctattgagtgtcctac
atgtcttaagttagcaaatatctatagggtgttaacagggagggaggtgc
atgctcaatacatatataagtctcttggttattagggcctgttgcatacc
acgtgcaacttcacctgccaacagagtgctatgatcagttccagctggca
agctcttccctgccacacataatatgctggtaatctggcctcaccatacc
acactatcccaccacagtacttgaacttctctccgcaggacacttagtag
ccaggccaaattcacacaatgtgatgttgctgtgtgcaacgctgttctca
ttggttagtgaacagaacacatcatctgtgcgaggaagtgctatgactgt
tccaactgtacacagccttcccttctcagtgtggttcaccagatctccct
cggcagcctgttccagcaccataaaagatatggtttctggtttggatatg
tggaacagcttcattaatatttggatgtctattcttcagtcagtgactga
attcatttttcttatcccttctggaatctgaagtgcttacacccttcctt
ggttgattggtacagctcaagaagttagcttcgtcaaggtcaatgaaga
gaattcttttgcccagtacaggaggaaaagaagacgatcatcccaatccc
ttaagttggggagggtagttttagactctggatgtgttgtggttgctatc
tagggttgtagatggttttgtttggattttgtatattaatagaaacttaa
ggtttttgtttaattactgtatattgaaagaaatgtcaggttttttattt
agtcatactataatcatagaaatgtaagcttgttttgttagctcattttg
actgtattgtaaataaaccctttattgaaaatctgatgtttcttatgtct
attgtgaataaattgttaatgttggagcaaaggaaacttcttaaacagaa
atgggggtaacataagggttcattataacagatgaggaaacataagggtt
ctttggaaagtcatttgttttggatggtggtttgctggagcaaagatgtc
aagaaagcgttccttgaagtagacacaggtgaaaggatgttttgcaaaag
caagcacatgggacatgtgatgaatgatatttcactaacaacccacttgt
attggtccccctcacatttcttccttcatctccatttgtcagaactccat
agagtgaaactctccaaaaaaaatttctggtgacatgctgtgctatgttt
cttgcttttttgaggactccagccaattagcagagtcatgtcagctaaga
cagactcaagagctgaggcaagacacacggtgaggcaaaactcagggagg
acatgtgatgattggagggagtgtaattggactcaatggactgtgtttct
gcagataaactctttcttggtcttgtgtcttcactgactttcactcagtc
cagagaggctcagctgctcctgccatacctttctggttcgcatccctcct
gctgactcatgatggttcctatggaggcctagctctttcctgctagtctt
tgccacctgttgctgctatcctgacaatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_50098950_50100148
seq2: B6Ng01-310G04.b_44_1242 (reverse)

seq1  TCTTCATGACCCTTGACGAAGGCTACTTTCCTGAGCTGTACCATTTCAAC  50
      |||||||   |||||||||| ||||  ||| |||||||||||| |  | |
seq2  TCTTCATTGACCTTGACGAA-GCTAACTTCTTGAGCTGTACCAATCAACC  49

seq1  AAGGA--GGTGTAAGCCACTTTCAGAATCCAGGAAAGGGATAAGAAAAAT  98
      |||||  |||||||| ||| |||||| |||||  ||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGGGTGTAAG-CAC-TTCAGATTCCAG--AAGGGATAAGAAAAAT  95

seq1  G-ACTCAGTCAACCTGACTGA--GATAGACATCCAAATA-TAATGAAGCT  144
      | | |||||||  ||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAATTCAGTCA--CTGACTGAAGAATAGACATCCAAATATTAATGAAGCT  143

seq1  GTTCCACATAATCCAAACCAGAAACCATATC-TTTATGGTGCTGGAACAG  193
      ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACAT-ATCCAAACCAGAAACCATATCTTTTATGGTGCTGGAACAG  192

seq1  GCTGCCGAGGGAGATCTGGTGAACCACACTGAGAA-GGAAGGCTGTGTAC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCTGCCGAGGGAGATCTGGTGAACCACACTGAGAAGGGAAGGCTGTGTAC  242

seq1  AGTTGGAACAGTCATAGCACTTCCTCGCACAGATGATGTGTTCTGTTCAC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGAACAGTCATAGCACTTCCTCGCACAGATGATGTGTTCTGTTCAC  292

seq1  TAACCAATGAGAACAGCGTTGCACACAGCAACATCACATTGTGTGAATTT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAATGAGAACAGCGTTGCACACAGCAACATCACATTGTGTGAATTT  342

seq1  GGCCTGGCTACTAAGTGTCCTGCGGAGAGAAGTTCAAGTACTGTGGTGGG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGCTACTAAGTGTCCTGCGGAGAGAAGTTCAAGTACTGTGGTGGG  392

seq1  ATAGTGTGGTATGGTGAGGCCAGATTACCAGCATATTATGTGTGGCAGGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTGGTATGGTGAGGCCAGATTACCAGCATATTATGTGTGGCAGGG  442

seq1  AAGAGCTTGCCAGCTGGAACTGATCATAGCACTCTGTTGGCAGGTGAAGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTGCCAGCTGGAACTGATCATAGCACTCTGTTGGCAGGTGAAGT  492

seq1  TGCACGTGGTATGCAACAGGCCCTAATAACCAAGAGACTTATATATGTAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGTGGTATGCAACAGGCCCTAATAACCAAGAGACTTATATATGTAT  542

seq1  TGAGCATGCACCTCCCTCCCTGTTAACACCCTATAGATATTTGCTAACTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATGCACCTCCCTCCCTGTTAACACCCTATAGATATTTGCTAACTT  592

seq1  AAGACATGTAGGACACTCAATAGATTTCTAGATATCACTCCTGCCTTGAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATGTAGGACACTCAATAGATTTCTAGATATCACTCCTGCCTTGAC  642

seq1  AGCATCTCTTCCACTGTGGCATGTACAATGCCTGGTACCAGAATCTGCTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTCTTCCACTGTGGCATGTACAATGCCTGGTACCAGAATCTGCTA  692

seq1  GACAACCCCCTGATGACAGTGTCACCTGAAATACAAGGATAGGTATCAGG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACCCCCTGATGACAGTGTCACCTGAAATACAAGGATAGGTATCAGG  742

seq1  TCCTGCTGGACATTCCTCCTCCTATAATGACACACATATCATGGTAGAGT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTGGACATTCCTCCTCCTATAATGACACACATATCATGGTAGAGT  792

seq1  AAGGTCCTCCTGGACACCTCCTGCCCTGACATATTAAAAGAAGTAAAAGT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCTCCTGGACACCTCCTGCCCTGACATATTAAAAGAAGTAAAAGT  842

seq1  TTACCAGATTAGGTGTCAATAGCATTTCTTCCCCTGGGGAGACTTAATAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGATTAGGTGTCAATAGCATTTCTTCCCCTGGGGAGACTTAATAT  892

seq1  CTACCCTCCTTCCTCAGCTCCCAGGGACACAGGCAGACATGATCCACTCT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCTCCTTCCTCAGCTCCCAGGGACACAGGCAGACATGATCCACTCT  942

seq1  GGGAACCAATGAGTGTATAGGGTTCACTTAAAGAGCTTAGGTTGGTGGTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACCAATGAGTGTATAGGGTTCACTTAAAGAGCTTAGGTTGGTGGTT  992

seq1  ACCCACAGATGTGTGGGTGTTTCCTCCTGCAAAGCTGCACTAGAAAAGTT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAGATGTGTGGGTGTTTCCTCCTGCAAAGCTGCACTAGAAAAGTT  1042

seq1  AGTACCCAGTGAGTGTGATGTCTTCTACATACATCTATGTAAGTTGGAGG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCAGTGAGTGTGATGTCTTCTACATACATCTATGTAAGTTGGAGG  1092

seq1  TCCCCTGCCCTAGTCTTCCCTGGGATATGCACTTTAGACCCTCTGCAAGG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGCCCTAGTCTTCCCTGGGATATGCACTTTAGACCCTCTGCAAGG  1142

seq1  CCATGTGCAATTAGGGAAGAGCTGCAAACAACAGGAATGGGTGGCAGTAA  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGCAATTAGGGAAGAGCTGCAAACAACAGGAATGGGTGGCAGTAA  1192

seq1  GGAATTC  1199
      |||||||
seq2  GGAATTC  1199

seq1: chr13_49988350_49989229
seq2: B6Ng01-310G04.g_65_945

seq1  GAATTCTTTTGCCCAGTACAGGAGGAAAAGAAGACGATCATCCCAATCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGCCCAGTACAGGAGGAAAAGAAGACGATCATCCCAATCCC  50

seq1  TTAAGTTGGGGAGGGTAGTTTTAGACTCTGGATGTGTTGTGGTTGCTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTGGGGAGGGTAGTTTTAGACTCTGGATGTGTTGTGGTTGCTATC  100

seq1  TAGGGTTGTAGATGGTTTTGTTTGGATTTTGTATATTAATAGAAACTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTGTAGATGGTTTTGTTTGGATTTTGTATATTAATAGAAACTTAA  150

seq1  GGTTTTTGTTTAATTACTGTATATTGAAAGAAATGTCAGGTTTTTTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTGTTTAATTACTGTATATTGAAAGAAATGTCAGGTTTTTTATTT  200

seq1  AGTCATACTATAATCATAGAAATGTAAGCTTGTTTTGTTAGCTCATTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATACTATAATCATAGAAATGTAAGCTTGTTTTGTTAGCTCATTTTG  250

seq1  ACTGTATTGTAAATAAACCCTTTATTGAAAATCTGATGTTTCTTATGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATTGTAAATAAACCCTTTATTGAAAATCTGATGTTTCTTATGTCT  300

seq1  ATTGTGAATAAATTGTTAATGTTGGAGCAAAGGAAACTTCTTAAACAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGAATAAATTGTTAATGTTGGAGCAAAGGAAACTTCTTAAACAGAA  350

seq1  ATGGGGGTAACATAAGGGTTCATTATAACAGATGAGGAAACATAAGGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGTAACATAAGGGTTCATTATAACAGATGAGGAAACATAAGGGTT  400

seq1  CTTTGGAAAGTCATTTGTTTTGGATGGTGGTTTGCTGGAGCAAAGATGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAAAGTCATTTGTTTTGGATGGTGGTTTGCTGGAGCAAAGATGTC  450

seq1  AAGAAAGCGTTCCTTGAAGTAGACACAGGTGAAAGGATGTTTTGCAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGCGTTCCTTGAAGTAGACACAGGTGAAAGGATGTTTTGCAAAAG  500

seq1  CAAGCACATGGGACATGTGATGAATGATATTTCACTAACAACCCACTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACATGGGACATGTGATGAATGATATTTCACTAACAACCCACTTGT  550

seq1  ATTGGTCCCCCTCACATTTCTTCCTTCATCTCCATTTGTCAGAACTCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTCCCCCTCACATTTCTTCCTTCATCTCCATTTGTCAGAACTCCAT  600

seq1  AGAGTGAAACTCTCCAAAAAAAATTTCTGGTGACATGCTGTGCTATGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAAACTCTCCAAAAAAAATTTCTGGTGACATGCTGTGCTATGTTT  650

seq1  CTTGCTTTTTTGAGGACTCCAGCCAATTAGCAGAGTCATGTCAGCTAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTTTTGAGGACTCCAGCCAATTAGCAGAGTCATGTCAGCTAAGA  700

seq1  CAGACTCAAGAGCTGAGGCAAGACACACGGTGAGGCAAAACTCAGGGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCAAGAGCTGAGGCAAGACACACGGTGAGGCAAAACTCAGGGAGG  750

seq1  ACATGTGATGATTGGAGGGAGTGTAATTGGACTCAATGGACTGTGTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGATGATTGGAGGGAGTGTAATTGGACTCAATGGACTGTGTTTCT  800

seq1  GCAGATAAACTC-TTCTTGGTCTTGTGTCTTCACTGACTTTCACTCAGTC  849
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATAAACTCTTTCTTGGTCTTGTGTCTTCACTGACTTTCACTCAGTC  850

seq1  CAGAGAGGCTCAGCTGCTCCTGCCATACCTT  880
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGCTCAGCTGCTCCTGCCATACCTT  881