BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311E21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 7,860,846 - 7,980,326
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667611, EG623516
Downstream geneLOC791083, LOC382722, Adarb2, EG666941, Wdr37, LOC100039632, Idi1, EG382723, LOC100039655, Idi2, Gtpbp4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311E21.bB6Ng01-311E21.g
ACCGA103057GA103058
length1,1121,094
definitionB6Ng01-311E21.b B6Ng01-311E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,979,225 - 7,980,326)(7,860,846 - 7,861,944)
sequence
gaattcttactccggaagcttgacaacatgcaggagaaagcccccccccc
ctctctgtgtgtgtgtatttatgtatgtgtatgtgtgtgcatgtgagtcc
atccctggataatgtttcttttgtgtagatctaatagcaactgaaaagga
gttttgcatttctctgttaggctcaagcatagtatctccatagtcatcca
aggtactaactcctaacctagtcttttcaaaattgagttactgctgtggt
ttgttctattcactcacttggtctatacacaaacttctccttgtatttag
gacacatgcctctaaagtgtatgaaaacaaatttgctaaaatttccaata
caatttttgttgctaagccactttcatttcaccaaatgactgtattgact
atatgtaatgattgttgttgaatatccatccttgaagaacattatgtaat
tccaattactcatctcaataacagctcatctcttctctgagttctcaccc
cattgttaaatcaatccttctattctacttcaaagagtttattcattatg
gttagaaacaagtgagtgccaaaggtactatttttcatgcttacagcaat
ttcacatccacttgtagctctgtttgtaaagtttaattaattctttaatc
ccctagctgcctttgtttcactagctaattccttgaactgttttaaatgg
gtttgaatacactctgccttgttgacatgcttaagtgcctcttctaagct
gccttacatactactgacaaattgaagacattattagagtagaaaaagta
aataataatactttcctgagaaagtcacatgcattttaatatggctcaga
aacattgactttttaaaataaaatgatgacaggaaaaggatttatgagta
taatatttatgctgggagatgacatgacagttattgtttgattgtttatg
aaatggccatgctacatagcccagactgggcttctgacttcatgatcttt
tttgtcttagcctttcaccaggctaggaatcacaaggcgaggggccatca
taccttggccaggatattttttttttttattcataattggaagaatttta
agtactttgctc

gaattcatttctcctttgctgcttttcatgaagcagtgtgttctaagagt
gtgaaaatgcatcaggggaaaaaaaaaactacagaccctcagctcttaaa
cttgaaggcactgttatgctttggtccttggtgttagatttgtgatggaa
ggaaccaggaactgcagccttcccatgggtcacaaggatgtgtccctgga
ctgtttgagccttcccttgatttcaacttccataagacttagtcttttaa
tgtcttctcttttcatgtaaggacaaaggctaagagactatgtcaccctt
gatgtgcagtggtcctgatgattctttttttttttttttcatagacaggg
tttttctgtatagtcctggctgtcctggaactcactctgtagaccaggct
ggcctcgaactcagaaatccgcctgcctttgcctcccaagtgctgggatt
aaaggcgtgtgccaccaagcccagctggccctgatgattcttacagtgca
cataccagctttctctgcttcaataacacaatttacagcccccctttacc
catgttcattcactccatgcccctatttcctaggccaaaccagatgaagc
caaaacagataaactcaagcccataataggatatgttgtgaagaaaactg
ttttcaataaaagggaaaatgaaatgaaataacaatactattcaatgaaa
agagaccttgtgattcagcctctttttcaacttcatcaaaagacactgta
gaaatctaatctataatgctagttgattagaaatcatttataactctcta
acaatgattaataacactaatgataactaaagtatttattgttgcattaa
atatacacataacccttttatcttataacactaactagatggtatatcac
acacaggcatattgttgttccatttaaagaaaatttggggaaaatagagg
gaaacaataaaccctgaaatttatgcttttgtctatgagtatataatttg
gtacctacacatgaaaggtaccataactatacaaatatgtagctgagtag
tatacactagaatatttccaggtcttgtttaagtagctttcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_7979225_7980326
seq2: B6Ng01-311E21.b_43_1154 (reverse)

seq1  GAGCAAAGTACTTAAAAATCTTCCATTTAATGAATAAAAAAAAAAAATA-  49
      ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| 
seq2  GAGCAAAGTACTTAAAATTCTTCCAATT-ATGAATAAAAAAAAAAAATAT  49

seq1  -CTG--CCAGGTATGATGG-CACTCGCC-TGTGA-TCCTAGCCT-GTGAA  92
       |||  | ||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| |||||
seq2  CCTGGCCAAGGTATGATGGCCCCTCGCCTTGTGATTCCTAGCCTGGTGAA  99

seq1  AGGCTAAGAC-AAAAAGATCATG-AGTCAGAAG-CCAGTCTGGGCTATGT  139
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGGCTAAGACAAAAAAGATCATGAAGTCAGAAGCCCAGTCTGGGCTATGT  149

seq1  AGCATGGCCATTTCATAAACAATCAAACAATAACTGTCATGTCATCTTCC  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGCATGGCCATTTCATAAACAATCAAACAATAACTGTCATGTCATCTCCC  199

seq1  AGCATAAATATTATACTCATAAATCCTTTTCCTGTCATCATTTTATTTTA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAAATATTATACTCATAAATCCTTTTCCTGTCATCATTTTATTTTA  249

seq1  AAAAGTCAATGTTTCTGAGCCATATTAAAATGCATGTGACTTTCTCAGGA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCAATGTTTCTGAGCCATATTAAAATGCATGTGACTTTCTCAGGA  299

seq1  AAGTATTATTATTTACTTTTTCTACTCTAATAATGTCTTCAATTTGTCAG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTATTATTTACTTTTTCTACTCTAATAATGTCTTCAATTTGTCAG  349

seq1  TAGTATGTAAGGCAGCTTAGAAGAGGCACTTAAGCATGTCAACAAGGCAG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGTAAGGCAGCTTAGAAGAGGCACTTAAGCATGTCAACAAGGCAG  399

seq1  AGTGTATTCAAACCCATTTAAAACAGTTCAAGGAATTAGCTAGTGAAACA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATTCAAACCCATTTAAAACAGTTCAAGGAATTAGCTAGTGAAACA  449

seq1  AAGGCAGCTAGGGGATTAAAGAATTAATTAAACTTTACAAACAGAGCTAC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCTAGGGGATTAAAGAATTAATTAAACTTTACAAACAGAGCTAC  499

seq1  AAGTGGATGTGAAATTGCTGTAAGCATGAAAAATAGTACCTTTGGCACTC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATGTGAAATTGCTGTAAGCATGAAAAATAGTACCTTTGGCACTC  549

seq1  ACTTGTTTCTAACCATAATGAATAAACTCTTTGAAGTAGAATAGAAGGAT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTTCTAACCATAATGAATAAACTCTTTGAAGTAGAATAGAAGGAT  599

seq1  TGATTTAACAATGGGGTGAGAACTCAGAGAAGAGATGAGCTGTTATTGAG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTAACAATGGGGTGAGAACTCAGAGAAGAGATGAGCTGTTATTGAG  649

seq1  ATGAGTAATTGGAATTACATAATGTTCTTCAAGGATGGATATTCAACAAC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAATTGGAATTACATAATGTTCTTCAAGGATGGATATTCAACAAC  699

seq1  AATCATTACATATAGTCAATACAGTCATTTGGTGAAATGAAAGTGGCTTA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTACATATAGTCAATACAGTCATTTGGTGAAATGAAAGTGGCTTA  749

seq1  GCAACAAAAATTGTATTGGAAATTTTAGCAAATTTGTTTTCATACACTTT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAAAATTGTATTGGAAATTTTAGCAAATTTGTTTTCATACACTTT  799

seq1  AGAGGCATGTGTCCTAAATACAAGGAGAAGTTTGTGTATAGACCAAGTGA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCATGTGTCCTAAATACAAGGAGAAGTTTGTGTATAGACCAAGTGA  849

seq1  GTGAATAGAACAAACCACAGCAGTAACTCAATTTTGAAAAGACTAGGTTA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATAGAACAAACCACAGCAGTAACTCAATTTTGAAAAGACTAGGTTA  899

seq1  GGAGTTAGTACCTTGGATGACTATGGAGATACTATGCTTGAGCCTAACAG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTAGTACCTTGGATGACTATGGAGATACTATGCTTGAGCCTAACAG  949

seq1  AGAAATGCAAAACTCCTTTTCAGTTGCTATTAGATCTACACAAAAGAAAC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGCAAAACTCCTTTTCAGTTGCTATTAGATCTACACAAAAGAAAC  999

seq1  ATTATCCAGGGATGGACTCACATGCACACACATACACATACATAAATACA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCAGGGATGGACTCACATGCACACACATACACATACATAAATACA  1049

seq1  CACACACAGAGAGGGGGGGGGGGCTTTCTCCTGCATGTTGTCAAGCTTCC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAGAGAGGGGGGGGGGGCTTTCTCCTGCATGTTGTCAAGCTTCC  1099

seq1  GGAGTAAGAATTC  1102
      |||||||||||||
seq2  GGAGTAAGAATTC  1112


seq1: chr13_7860846_7861944
seq2: B6Ng01-311E21.g_64_1157

seq1  GAATTCATTTCTCCTTTGCTGCTTTTCATGAAGCAGTGTGTTCTAAGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCTCCTTTGCTGCTTTTCATGAAGCAGTGTGTTCTAAGAGT  50

seq1  GTGAAAATGCATCAGGGGAAAAAAAAAACTACAGACCCTCAGCTCTTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAATGCATCAGGGGAAAAAAAAAACTACAGACCCTCAGCTCTTAAA  100

seq1  CTTGAAGGCACTGTTATGCTTTGGTCCTTGGTGTTAGATTTGTGATGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGGCACTGTTATGCTTTGGTCCTTGGTGTTAGATTTGTGATGGAA  150

seq1  GGAACCAGGAACTGCAGCCTTCCCATGGGTCACAAGGATGTGTCCCTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAGGAACTGCAGCCTTCCCATGGGTCACAAGGATGTGTCCCTGGA  200

seq1  CTGTTTGAGCCTTCCCTTGATTTCAACTTCCATAAGACTTAGTCTTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGAGCCTTCCCTTGATTTCAACTTCCATAAGACTTAGTCTTTTAA  250

seq1  TGTCTTCTCTTTTCATGTAAGGACAAAGGCTAAGAGACTATGTCACCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCTCTTTTCATGTAAGGACAAAGGCTAAGAGACTATGTCACCCTT  300

seq1  GATGTGCAGTGGTCCTGATGATTCTTTTTTTTTTTTTTTCATAGACAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCAGTGGTCCTGATGATTCTTTTTTTTTTTTTTTCATAGACAGGG  350

seq1  TTTTTCTGTATAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGTATAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCT  400

seq1  GGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTTTGCCTCCCAAGTGCTGGGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTTTGCCTCCCAAGTGCTGGGATT  450

seq1  AAAGGCGTGTGCCACCAAGCCCAGCTGGCCCTGATGATTCTTACAGTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCGTGTGCCACCAAGCCCAGCTGGCCCTGATGATTCTTACAGTGCA  500

seq1  CATACCAGCTTTCTCTGCTTCAATAACACAATTTACAGCCCCCCTTTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAGCTTTCTCTGCTTCAATAACACAATTTACAGCCCCCCTTTACC  550

seq1  CATGTTCATTCACTCCATGCCCCTATTTCCTAGGCCAAACCAGATGAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCATTCACTCCATGCCCCTATTTCCTAGGCCAAACCAGATGAAGC  600

seq1  CAAAACAGATAAACTCAAGCCCATAATAGGATATGTTGTGAAGAAAACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGATAAACTCAAGCCCATAATAGGATATGTTGTGAAGAAAACTG  650

seq1  TTTTCAATAAAAGGGAAAATGAAATGAAATAACAATACTATTCAATGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAATAAAAGGGAAAATGAAATGAAATAACAATACTATTCAATGAAA  700

seq1  AGAGACCTTGTGATTCAGCCTC-TTTTCAACTTCATCAAAAGACACTGTA  749
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCTTGTGATTCAGCCTCTTTTTCAACTTCATCAAAAGACACTGTA  750

seq1  GAAATCTAATCTATAATGCTAGTTGATTAGAAATCATTTATAACTCTCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTAATCTATAATGCTAGTTGATTAGAAATCATTTATAACTCTCTA  800

seq1  ACAATGATTAATAACACTAATGATAACTAAAGTATTTATTGTTGCATTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGATTAATAACACTAATGATAACTAAAGTATTTATTGTTGCATTAA  850

seq1  ATATACACATAACCCTTTTATCTTATAAACACTAACTAGAT-GTATATCA  898
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  ATATACACATAACCCTTTTATCTTAT-AACACTAACTAGATGGTATATCA  899

seq1  CACACAGGCATAT--GTGTTCCATTTAAAGAAAATTTGGGGAAAATTAGA  946
      |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACACAGGCATATTGTTGTTCCATTTAAAGAAAATTTGGGGAAAA-TAGA  948

seq1  GGGAAACAATAAACCCTGAAATTTATTGCTTTTGTTCTTATGAGTATTAT  996
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| |||
seq2  GGGAAACAATAAACCCTGAAATTTA-TGCTTTTGT--CTATGAGTA-TAT  994

seq1  AATTT-GTACCTACACATGAAAAGGTACCATTAACTATAC-AATATGTTA  1044
      ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  
seq2  AATTTGGTACCTACACATG-AAAGGTACCA-TAACTATACAAATATGT--  1040

seq1  GGCTGAAGTAGTAATTACACTAG-ATATTTTCA-GTCTTGTTATAGTAGC  1092
       |||| |||||||  |||||||| |||||| || ||||||||  ||||||
seq2  AGCTG-AGTAGTA--TACACTAGAATATTTCCAGGTCTTGTTTAAGTAGC  1087

seq1  TTTCTTT  1099
      |||||||
seq2  TTTCTTT  1094


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |