BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311I20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 6,793,592 - 6,981,566
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700016G22Rik, Klf6, LOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
Downstream geneLOC667611, EG623516
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311I20.bB6Ng01-311I20.g
ACCGA103242GA103243
length1,151735
definitionB6Ng01-311I20.b B6Ng01-311I20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,793,592 - 6,794,268)(6,980,836 - 6,981,566)
sequence
gaattcacacaatgtaccttaatcacattcttttttcattcctcccaggt
ctacccttctatacctacccaaccctaccccagcaaagaaaaacatatca
agtcccatttgtgttgcctagatactcattggaatagccagccatggctc
cgcctccctcaatggccttcttccccagtcaaaagccatcatctgtgaag
aggaacttaccatagtttttcaaactcttttctatagcttcctgtctata
ctgtttctcccctcccccctttgggggtgggattgccatagaaaccttta
atttctctcattctgagtacacagtcattgataccactacaaaagcagct
ttcttaaccatagcaggcagcacagaccacggagttccacatggtcacca
ggagcagcacggaatggatgtcaacatggccttaggcaacagcatagagc
atggacatctctacggatctcaggcctcgacattacctgggaaggcagca
tggaccacggacaccagcaagtcccctagctgtagcttggatcatggata
ttaggatggctttattttgcagaattgaccatgaaggtcttttgaggaga
cccaatccagataagaaacagttgtccatctcagacatgctgttatcgct
cagaggcagggtgaacatgtcactgggcaaaatgttggggctatagcctt
tgaagtctaggctgctgcacaccactgtgtcaggtaacaataacctctcc
ccaccatgcatgggttgctctgttctttcatctttcctacatctcagttg
cataattgtttcttaaagtggcattgcaaactgcagggtgtcacacagta
tcaatttttgcccacacagctttacaaacaagtactttgtaataagtcat
ttgtctagttcaagatttcccgaagcatcaggaatactggggtatcactg
agacacacctcaggctgggctgctgcacaactgcacagctccctgctcta
ggcaccagctgccctgctgtcttcctgggcacaacggtatgggcattatg
ctgcaagaaacggtgggctgagttggtggacaaccagggctagcaagcct
gccatgtgatgaggtagccttgatgggtgactttagcatccagcagcccg
a

gaattcatttctcaatagaagttttctcttcccaaacttatgtcaagtca
aacttatgactctaacttatgtcaagttgacaaagtcctcactagtacaa
tgaccaagtaggttgacgtgacaagctgagagaggaaatgtctgaagtac
aaccattgtcatggctttagctatttttaaatatcaaatagtattgattt
tctatttttctatcttgttaactgagtcaactcacacatcagtattagaa
atgacccacttgatccaggaaaataaaaggtcttacaactataaagctat
aagacctttaaccaactgtggtggctcatatctgtaatcccagcacttga
gagtctgagaaggaaagatcactctaagctcgaggccagtgtggtatgca
cagtgaggtctaccacagcttggtttacagggtgaaatagtgtctcaaca
aaaccaaatgaattgctatcagaaaagcttcagagaaataattttgtatg
tatcaaatataaattaagaaccatgaacttcagtttaaggtaggggagtg
caactcagtaagagagcacttgactgacctgcatgtcagaggcccccgct
gctaaaatagtgagtgtggacgaacatctgtgtagaggacagtgactatg
ggggaggggttgtatagaggacagtgactatggggggaggcgttgtataa
gaggacagtgaactatgactatggggggaggggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_6793592_6794268
seq2: B6Ng01-311I20.b_511_1196

seq1  GATCTCAGGCCTCGACATTACCTGGGAAGGCAGCATGGACCACGGACACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCAGGCCTCGACATTACCTGGGAAGGCAGCATGGACCACGGACACC  50

seq1  AGCAAGTCCCCTAGCTGTAGCTTGGATCATGGATATTAGGATGGCTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTCCCCTAGCTGTAGCTTGGATCATGGATATTAGGATGGCTTTAT  100

seq1  TTTGCAGAATTGACCATGAAGGTCTTTTGAGGAGACCCAATCCAGATAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGAATTGACCATGAAGGTCTTTTGAGGAGACCCAATCCAGATAAG  150

seq1  AAACAGTTGTCCATCTCAGACATGCTGTTATCGCTCAGAGGCAGGGTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTGTCCATCTCAGACATGCTGTTATCGCTCAGAGGCAGGGTGAA  200

seq1  CATGTCACTGGGCAAAATGTTGGGGCTATAGCCTTTGAAGTCTAGGCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCACTGGGCAAAATGTTGGGGCTATAGCCTTTGAAGTCTAGGCTGC  250

seq1  TGCACACCACTGTGTCAGGTAACAATAACCTCTCCCCACCATGCATGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACCACTGTGTCAGGTAACAATAACCTCTCCCCACCATGCATGGGT  300

seq1  TGCTCTGTTCTTTCATCTTTCCTACATCTCAGTTGCATAATTGTTTCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGTTCTTTCATCTTTCCTACATCTCAGTTGCATAATTGTTTCTTA  350

seq1  AAGTGGCATTGCAAACTGCAGGGTGTCACACAGTATCAATTTTTGCCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCATTGCAAACTGCAGGGTGTCACACAGTATCAATTTTTGCCCAC  400

seq1  ACAGCTTTACAAACAAGTACTTTGTAATAAGTCATTTGTCTAGTTCAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTTACAAACAAGTACTTTGTAATAAGTCATTTGTCTAGTTCAAGA  450

seq1  TTT-CCGAAGCATCAGGAATACTGGGGTATCACTGAGACACACCTCAGGC  499
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCGAAGCATCAGGAATACTGGGGTATCACTGAGACACACCTCAGGC  500

seq1  TGGGCTGCTGCACAACTGCACAGCTCCCTGCTCTAGGCACCAGCTGCCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGCTGCACAACTGCACAGCTCCCTGCTCTAGGCACCAGCTGCCCT  550

seq1  GCTGTCTCCCT-GGCACAAACGGTAT-GGCATTATGCTGC-AGACACGGT  596
      ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||
seq2  GCTGTCTTCCTGGGCAC-AACGGTATGGGCATTATGCTGCAAGAAACGGT  599

seq1  GGGCTGAG-TGGT-GAC-ACCA-GGCTAGC-AGGCTGCAATGTGATGAGG  641
      |||||||| |||| ||| |||| ||||||| || |||| |||||||||||
seq2  GGGCTGAGTTGGTGGACAACCAGGGCTAGCAAGCCTGCCATGTGATGAGG  649

seq1  TAGCCTGG--TGGTGGCTTTAGCATCCCAGCAGCCCGA  677
      |||||| |   |||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGCCTTGATGGGTGACTTTAGCAT-CCAGCAGCCCGA  686


seq1: chr13_6980836_6981566
seq2: B6Ng01-311I20.g_68_802 (reverse)

seq1  AACCCCT-CCCCCATAGTCATAG-TCACTGTCCTCTTATACAACGCCT-C  47
      ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  AACCCCTCCCCCCATAGTCATAGTTCACTGTCCTCTTATACAACGCCTCC  50

seq1  CCCCATAGTCACTGTCCTCTATACAACCCCTCCCCCATAGTCACTGTCCT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATAGTCACTGTCCTCTATACAACCCCTCCCCCATAGTCACTGTCCT  100

seq1  CTACACAGATGTTCGTCCACACTCACTATTTTAGCA-CCCACACCTCTGA  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     |||||||
seq2  CTACACAGATGTTCGTCCACACTCACTATTTTAGCAGCGGGGGCCTCTGA  150

seq1  CATGCAGGTCAGTCAAGTGCTCTCTTACTGAGTTGCACTCCCCTACCTTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGGTCAGTCAAGTGCTCTCTTACTGAGTTGCACTCCCCTACCTTA  200

seq1  AACTGAAGTTCATGGTTCTTAATTTATATTTGATACATACAAAATTATTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAGTTCATGGTTCTTAATTTATATTTGATACATACAAAATTATTT  250

seq1  CTCTGAAGCTTTTCTGATAGCAATTCATTTGGTTTTGTTGAGACACTATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAGCTTTTCTGATAGCAATTCATTTGGTTTTGTTGAGACACTATT  300

seq1  TCACCCTGTAAACCAAGCTGTGGTAGACCTCACTGTGCATACCACACTGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTGTAAACCAAGCTGTGGTAGACCTCACTGTGCATACCACACTGG  350

seq1  CCTCGAGCTTAGAGTGATCTTTCCTTCTCAGACTCTCAAGTGCTGGGATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGAGCTTAGAGTGATCTTTCCTTCTCAGACTCTCAAGTGCTGGGATT  400

seq1  ACAGATATGAGCCACCACAGTTGGTTAAAGGTCTTATAGCTTTATAGTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATATGAGCCACCACAGTTGGTTAAAGGTCTTATAGCTTTATAGTTG  450

seq1  TAAGACCTTTTATTTTCCTGGATCAAGTGGGTCATTTCTAATACTGATGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCTTTTATTTTCCTGGATCAAGTGGGTCATTTCTAATACTGATGT  500

seq1  GTGAGTTGACTCAGTTAACAAGATAGAAAAATAGAAAATCAATACTATTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTGACTCAGTTAACAAGATAGAAAAATAGAAAATCAATACTATTT  550

seq1  GATATTTAAAAATAGCTAAAGCCATGACAATGGTTGTACTTCAGACATTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTAAAAATAGCTAAAGCCATGACAATGGTTGTACTTCAGACATTT  600

seq1  CCTCTCTCAGCTTGTCACGTCAACCTACTTGGTCATTGTACTAGTGAGGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTCAGCTTGTCACGTCAACCTACTTGGTCATTGTACTAGTGAGGA  650

seq1  CTTTGTCAACTTGACATAAGTTAGAGTCATAAGTTTGACTTGACATAAGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCAACTTGACATAAGTTAGAGTCATAAGTTTGACTTGACATAAGT  700

seq1  TTGGGAAGAGAAAACTTCTATTGAGAAATGAATTC  731
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAGAGAAAACTTCTATTGAGAAATGAATTC  735


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |