BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312K05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 110,130,225 - 110,298,423
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde4d
Upstream geneDepdc1b, EG668144, LOC621663, LOC100040968
Downstream geneLOC100040577, Rab3c, EG432803, 9830130M13Rik, Plk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312K05.bB6Ng01-312K05.g
ACCGA104057GA104058
length1,1241,089
definitionB6Ng01-312K05.b B6Ng01-312K05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,130,225 - 110,131,324)(110,297,326 - 110,298,423)
sequence
gaattcttggaggactgacttattttagcactgaggtgacttaggtgggc
atctgagttttaagtaaccatggcaacatttgcttattgacttagtactg
ctgatcgatcactctgtgaacactcactggcctgattgagcactcaatta
ctgaatactctcttgttgagcactcactgtctgagtactcacttgctaag
tactcactgagtactcattaccaagcccttgcttactgagcacttactaa
ttgagcacttatttaatattaaggactcagaaagatgaaaaaaaggtgtg
gccaatcattcccaaaacaaaatggaggagatcgctataaaaaatgcaca
aataaacactagggtgtgtcagagtgtgagcagtattattggggaacaca
gaggactttactcattttgaatgacacacctgcatggcgtctcaccggga
aaaggttggattttccttggagagtaattcagacatcccacccatttcta
attattgtattaaacacccttgtaaagaagtcagtaagtatgttaccttt
gcaaaattttgaccaacaagagtcatggtgttattaccactctgggtttc
agtgctgcctctagtctatgaaaaagctacttggaggcaggggatatata
gacgggcttggtagatggtatgcttagaatgagcagagctctgtcctgat
ccacagtccttagtaagccaagcaactttataatctgtaattctaggata
tctgcatctcctgctagtgtctctaaaagttactctcggtgtgtcttggc
tgcccgtgcttctcttcgtctttcccagatggttctggttggttactgcc
tctcttagtgtaagtcaataagatgatcaatataaaacaaacttgaagct
tcctcttagaaaggctagataagtgctaggtagtgtattatttaagagga
tcaagaaaggagaagataactagaatactgatgaggtacaaggttaaatc
acctggcgtgaggctgtaaaataatggaatttggtggtggtggtaagtcc
agcttttgccttcagaacctgatatattgccctattattttaattatagc
gtttttgtgaataccaaaatacaa

gaattcaaataggtgtttgtgaggtgtgcctcctgaccagtgcctaattg
ggttgaattttgtgctttcaaaatttccagtaaaaatatgaagctaacac
cattgctaaccttacgacgaggcagagttcttaccagagaaccagcaacc
taaatccattagctggaaaacgagtgatttttttagttgcttctcagttc
ccttaaatatgcctgactaacagctttatcaatgactttctatacttgct
agtctttttagcaggttttaatttataagcattcaaataggctgcactgg
aatttggctcctattaactaatgactttgccctagtggttatctcaccac
agtaagaaatgtacatttttgttgttgttgttgttgtttttgttattttt
catgacagcatttctgtgtgtaacagccctggttgtcctggaacttgttt
tgtagatcaggctggccttgaactcacagaggtctgcctccctctgcctc
ctgagtactaggattaaaggcatgggccactaggcctggctatgtatcct
tttatgagcaggagagaagtgactttaattttgtaacatagcatgtcagt
tttatgttatttttctttggttatacagatgcactgataaagcatgctta
ggttattttgatgcagggatactctatcttctgtattgggaataagtgac
catgaaaataacaaacagttattgtttgtgcatttctgctgtgttggtcc
tgggctgtgtattagagaggttgctgaggctagggtgagacatgaccacc
cacaccatggccttacagggattttaaaaaggcagaagaactgaacagcc
cgaatgacagtaagcgataggtgatatggtggctgaagtctcagtccatc
ttcgacagtgaaacaaagagcaagtgtggacatagcgaaggttcatggct
gacttggggattcagactttaaagaaaagtagatttaatgctggtcagta
cccactagttggtgattttcctccccccatattcatatgtcatgattttt
gcattcccagtctctagtattattatctacattttaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_110130225_110131324
seq2: B6Ng01-312K05.b_46_1169

seq1  GAATTCTTGGAGGACTGACTTATTTTAGCACTGAGGTGACTTAGGTGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGAGGACTGACTTATTTTAGCACTGAGGTGACTTAGGTGGGC  50

seq1  ATCTGAGTTTTAAGTAACCATGGCAACATTTGCTTATTGACTTAGTACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGTTTTAAGTAACCATGGCAACATTTGCTTATTGACTTAGTACTG  100

seq1  CTGATCGATCACTCTGTGAACACTCACTGGCCTGATTGAGCACTCAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCGATCACTCTGTGAACACTCACTGGCCTGATTGAGCACTCAATTA  150

seq1  CTGAATACTCTCTTGTTGAGCACTCACTGTCTGAGTACTCACTTGCTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATACTCTCTTGTTGAGCACTCACTGTCTGAGTACTCACTTGCTAAG  200

seq1  TACTCACTGAGTACTCATTACCAAGCCCTTGCTTACTGAGCACTTACTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCACTGAGTACTCATTACCAAGCCCTTGCTTACTGAGCACTTACTAA  250

seq1  TTGAGCACTTATTTAATATTAAGGACTCAGAAAGATGAAAAAAAGGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCACTTATTTAATATTAAGGACTCAGAAAGATGAAAAAAAGGTGTG  300

seq1  GCCAATCATTCCCAAAACAAAATGGAGGAGATCGCTATAAAAAATGCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATCATTCCCAAAACAAAATGGAGGAGATCGCTATAAAAAATGCACA  350

seq1  AATAAACACTAGGGTGTGTCAGAGTGTGAGCAGTATTATTGGGGAACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACACTAGGGTGTGTCAGAGTGTGAGCAGTATTATTGGGGAACACA  400

seq1  GAGGACTTTACTCATTTTGAATGACACACCTGCATGGCGTCTCACCGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTTTACTCATTTTGAATGACACACCTGCATGGCGTCTCACCGGGA  450

seq1  AAAGGTTGGATTTTCCTTGGAGAGTAATTCAGACATCCCACCCATTTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTGGATTTTCCTTGGAGAGTAATTCAGACATCCCACCCATTTCTA  500

seq1  ATTATTGTATTAAACACCCTTGTAAAGAAGTCAGTAAGTATGTTACCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGTATTAAACACCCTTGTAAAGAAGTCAGTAAGTATGTTACCTTT  550

seq1  GCAAAATTTTGACCAACAAGAGTCATGGTGTTATTACCACTCTGGGTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTTTGACCAACAAGAGTCATGGTGTTATTACCACTCTGGGTTTC  600

seq1  AGTGCTGCCTCTAGTCTATGAAAAAGCTACTTGGAGGCAGGGGATATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGCCTCTAGTCTATGAAAAAGCTACTTGGAGGCAGGGGATATATA  650

seq1  GACGGGCTTGGTAGATGGTATGCTTAGAATGAGCAGAGCTCTGTCCTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGGCTTGGTAGATGGTATGCTTAGAATGAGCAGAGCTCTGTCCTGAT  700

seq1  CCACAGTCCTTAGTAAGCCAAGCAACTTTATAATCTGTAATTCTAGGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTCCTTAGTAAGCCAAGCAACTTTATAATCTGTAATTCTAGGATA  750

seq1  TCTGCATCTCCTGCTAGTGTCTCTAAAAGTTACTCTCGGTGTGTCTTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTCCTGCTAGTGTCTCTAAAAGTTACTCTCGGTGTGTCTTGGC  800

seq1  TGCCCGTGCTTCTCTTCGTCTTTCCCAGATGGTTCTGGTTGGTTACTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCGTGCTTCTCTTCGTCTTTCCCAGATGGTTCTGGTTGGTTACTGCC  850

seq1  TCTCTTAGTGTAAGTCAATAAGATGATCAATATAAAACAAACTTGAAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTAGTGTAAGTCAATAAGATGATCAATATAAAACAAACTTGAAGCT  900

seq1  TCCTCTTAGAAAGGCTAGATAAGTGCTAGGTAGTGTATTATTTAAGAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTAGAAAGGCTAGATAAGTGCTAGGTAGTGTATTATTTAAGAGGA  950

seq1  TCAAGAAAGGAG-AGATAACTAGAATACTGATGAGGTACAA-GTTAAATC  998
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAAGAAAGGAGAAGATAACTAGAATACTGATGAGGTACAAGGTTAAATC  1000

seq1  A-CTGGCGTGAGGCTGTAAAATAAT-GAATTT----GTGTGTGTTAGTCC  1042
      | ||||||||||||||||||||||| ||||||    |||   || |||||
seq2  ACCTGGCGTGAGGCTGTAAAATAATGGAATTTGGTGGTGGTGGTAAGTCC  1050

seq1  AGCTTTTGCC-TCAGA--CTGATA-AT--GCCTA-TATTTTAATTATAGC  1085
      |||||||||| |||||  |||||| ||   |||| |||||||||||||||
seq2  AGCTTTTGCCTTCAGAACCTGATATATTGCCCTATTATTTTAATTATAGC  1100

seq1  -TTTTTGTAAATACAA--------  1100
       ||||||| ||||| |        
seq2  GTTTTTGTGAATACCAAAATACAA  1124


seq1: chr13_110297326_110298423
seq2: B6Ng01-312K05.g_66_1154 (reverse)

seq1  GTTTAAAAATGTAGATAATAATACTTAGAGAACTGGGATGGCAAAAATCA  50
      |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||
seq2  GTTT-AAAATGTAGATAATAATAC-TAGAG-ACTGGGAATGCAAAAATCA  47

seq1  TGACATATGAATATGGGGGAGGAAAAATCACCAACTAGTGGGTTACTGAC  100
      |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGACATATGAATATGGGGGGAGGAAAATCACCAACTAGTGGG-TACTGAC  96

seq1  CAGCATTAAAATCCTACTTTTCTTTAAAGTCTGTAATCCCCAAGTCAGCC  150
      ||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGCATTAAA--TCTACTTTTCTTTAAAGTCTG-AATCCCCAAGTCAGCC  143

seq1  ATGAACCCTTCGCTATTGTCCACACTTGCTCTTTGTTTCACTGTCGAAGA  200
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAA-CCTTCGCTA-TGTCCACACTTGCTCTTTGTTTCACTGTCGAAGA  191

seq1  TGGACTGAGACTTCAGCCACCATATCACCTATCGCTTACTGTCATTCGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGAGACTTCAGCCACCATATCACCTATCGCTTACTGTCATTCGGG  241

seq1  CTGTTCAGTTCTTCTGCCTTTTTAAAATCCCTGTAAGGCCATGGTGTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAGTTCTTCTGCCTTTTTAAAATCCCTGTAAGGCCATGGTGTGGG  291

seq1  TGGTCATGTCTCACCCTAGCCTCAGCAACCTCTCTAATACACAGCCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGTCTCACCCTAGCCTCAGCAACCTCTCTAATACACAGCCCAGG  341

seq1  ACCAACACAGCAGAAATGCACAAACAATAACTGTTTGTTATTTTCATGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACACAGCAGAAATGCACAAACAATAACTGTTTGTTATTTTCATGGT  391

seq1  CACTTATTCCCAATACAGAAGATAGAGTATCCCTGCATCAAAATAACCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATTCCCAATACAGAAGATAGAGTATCCCTGCATCAAAATAACCTA  441

seq1  AGCATGCTTTATCAGTGCATCTGTATAACCAAAGAAAAATAACATAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCTTTATCAGTGCATCTGTATAACCAAAGAAAAATAACATAAAAC  491

seq1  TGACATGCTATGTTACAAAATTAAAGTCACTTCTCTCCTGCTCATAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGCTATGTTACAAAATTAAAGTCACTTCTCTCCTGCTCATAAAAG  541

seq1  GATACATAGCCAGGCCTAGTGGCCCATGCCTTTAATCCTAGTACTCAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACATAGCCAGGCCTAGTGGCCCATGCCTTTAATCCTAGTACTCAGGA  591

seq1  GGCAGAGGGAGGCAGACCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGATCTACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGGAGGCAGACCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGATCTACAAA  641

seq1  ACAAGTTCCAGGACAACCAGGGCTGTTACACACAGAAATGCTGTCATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTCCAGGACAACCAGGGCTGTTACACACAGAAATGCTGTCATGAA  691

seq1  AAATAACAAAAACAACAACAACAACAACAAAAATGTACATTTCTTACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACAAAAACAACAACAACAACAACAAAAATGTACATTTCTTACTGT  741

seq1  GGTGAGATAACCACTAGGGCAAAGTCATTAGTTAATAGGAGCCAAATTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGATAACCACTAGGGCAAAGTCATTAGTTAATAGGAGCCAAATTCC  791

seq1  AGTGCAGCCTATTTGAATGCTTATAAATTAAAACCTGCTAAAAAGACTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGCCTATTTGAATGCTTATAAATTAAAACCTGCTAAAAAGACTAG  841

seq1  CAAGTATAGAAAGTCATTGATAAAGCTGTTAGTCAGGCATATTTAAGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATAGAAAGTCATTGATAAAGCTGTTAGTCAGGCATATTTAAGGGA  891

seq1  ACTGAGAAGCAACTAAAAAAATCACTCGTTTTCCAGCTAATGGATTTAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGAAGCAACTAAAAAAATCACTCGTTTTCCAGCTAATGGATTTAGG  941

seq1  TTGCTGGTTCTCTGGTAAGAACTCTGCCTCGTCGTAAGGTTAGCAATGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGTTCTCTGGTAAGAACTCTGCCTCGTCGTAAGGTTAGCAATGGT  991

seq1  GTTAGCTTCATATTTTTACTGGAAATTTTGAAAGCACAAAATTCAACCCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCTTCATATTTTTACTGGAAATTTTGAAAGCACAAAATTCAACCCA  1041

seq1  ATTAGGCACTGGTCAGGAGGCACACCTCACAAACACCTATTTGAATTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCACTGGTCAGGAGGCACACCTCACAAACACCTATTTGAATTC  1089


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |