BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313A14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 73,713,652 - 73,757,048
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc6a3, Clptm1l
Upstream geneIrx2, LOC621486, Irx4, LOC100042864, Ndufs6, Mrpl36, Aytl2
Downstream geneTert, Slc6a18, Slc6a19, Slc12a7, Nkd2, EG666360, Trip13, Brd9, Zdhhc11, LOC100042909, 2900041A09Rik, LOC621824, Cep72, Slc9a3, Exoc3, Ahrr, Pdcd6, Sdha, Ccdc127, AI595366, Zfp72, LOC666670, LOC634386, LOC100042547, LOC666683, LOC547136, BC012278, LOC434490
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313A14.bB6Ng01-313A14.g
ACCGA104355GA104356
length1,1421,132
definitionB6Ng01-313A14.b B6Ng01-313A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,713,652 - 73,714,812)(73,755,920 - 73,757,048)
sequence
gaattctgcttcttccctaagcctcatgccatacttggccagtgcctgcg
gtggccttatctacagactgtcttagactatgcccaccctaagccatgct
gtggcatgtcttaaccagcaatgaaaagcccccagagagccacttgtgag
gaaaccaaagagagtcatgtggaggcaatggccatggcctctcttctatc
tctggttcattgtttgaaccagacaatagtatgagtattgttttgaaaac
gtctagcagcacagatctcaccagtcagtgccaacaaatgcctcatgatc
agaaataagcaagcaagcaacagaacagcaggctgctgctctctatccct
gagctacccaggtgctgctcctggcttttgtacctggatcacacctggca
aagcaggcttcagagtccagcactcctggggacggacctaagagaatttc
aacatgcagaaggacagacacttctggaccactcacaaatcagtaggagg
acaatatggggccagtcctgcatctaaagatgttctgcatatctcacctc
agctactgatcacaaatatgctgggcagaaagaaccctggccttctaagc
acctgggctccatgaggcttggttatttgttggttctggtttgttttcct
ttactctgcctttttttttgtttgtttgtttgtttgttttgagacaatct
tactgtagcacaggctggcctcaaacccatacctgctagcctcttgagat
catgactacagacattagctgctctaccaagtttacaggtcccttcttca
tcaagtaattcaagtacttaaaagtttccatgaggtcattagccgttggt
gccctcaagggtggtatctatcatcggtaacctcccccatgggcaagtag
taccacctgctgaattgatcctgatttcatcagcgagtcagtggcccata
agcccgtgattctaaagtctgcttctcactcgtaaataaatgatgctttt
ctttccagctgcgccattggctggtgtgtaaagtggagagacagctggca
gctggcatctcacacagcggggacagagatcacaagaaacacacgtcagg
atgaagtcacttcacagtcccttgccaatggaaagtaatcca
gaattctccctggtgccccacaaacaaccagacctcagctttaataaaca
agcccactttcaccaaaagctttgaagctgggtctctgcataaatactcg
gaaccacttcaagggctctgctggcttgatatgggactcctaagaacaac
cctgcaccaggtaagtcagggttccccacaagctgacttctgccttcagg
tgtgtcagggaaccaagtgtggatatgaaaacgtaggaacaagacctcat
tctgcatgtggatatggtgctgtgctatgacaacatccttctcagacaca
caggtgcatggacaaacagtccgagcccaagaacatctgcaggcggctga
cgtagctttgggaagccaggctcatcctgaagaagaggatggccacagct
taggaagctagaggacagagctgtcaccatatggagattggagattgggg
gtggggcagcctccactgccaactattggaggaaggagggtgaggcggca
actctccatacagaagccttttcctcaacagagactcaagctctgaggtc
agaggagatgggtagcctgaacctctatcagttttaaggtttgttttagg
aaattcccaaacctggccctgccccagacacagcccacaggctagggctg
atggaaaggccagagtccagcccagaggggaaaaagggaggacaggcaag
catttgcagtttattttagtgtatgtcctagaggctcttccttggctaag
ctggtagcttggctgtgctgttggtctgaggccctggttgctactgccta
ctgctgctagtacagtccaggcccaggtgacctttacctgcaagggaatg
cagcctaagagaagaccagcaccccaccactaccccatactggagacccg
tgcttgaggactattgggctggactctcaaaacactgtgtagagaacaat
ccttgcacttgtgttgtcacaagacacagctgggaacctattttgggcaa
cagagaaaagccaccaactgcagtcctgcccaaaagaagacagtgcaggg
ctctacacctgagtaggcgcctgctgtactcacttcaccaccgcctgtaa
agttagacagaagaacacatcatctctgaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_73713652_73714812
seq2: B6Ng01-313A14.b_45_1186

seq1  GAATTCTGCTTCTTCCCTAAGCCTCATGCCATACTTGGCCAGTGCCTGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTTCTTCCCTAAGCCTCATGCCATACTTGGCCAGTGCCTGCG  50

seq1  GTGGCCTTATCTACAGACTGTCTTAGACTATGCCCACCCTAAGCCATGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTTATCTACAGACTGTCTTAGACTATGCCCACCCTAAGCCATGCT  100

seq1  GTGGCATGTCTTAACCAGCAATGAAAAGCCCCCAGAGAGCCACTTGTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATGTCTTAACCAGCAATGAAAAGCCCCCAGAGAGCCACTTGTGAG  150

seq1  GAAACCAAAGAGAGTCATGTGGAGGCAATGGCCATGGCCTCTCTTCTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAAAGAGAGTCATGTGGAGGCAATGGCCATGGCCTCTCTTCTATC  200

seq1  TCTGGTTCATTGTTTGAACCAGACAATAGTATGAGTATTGTTTTGAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTCATTGTTTGAACCAGACAATAGTATGAGTATTGTTTTGAAAAC  250

seq1  GTCTAGCAGCACAGATCTCACCAGTCAGTGCCAACAAATGCCTCATGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGCAGCACAGATCTCACCAGTCAGTGCCAACAAATGCCTCATGATC  300

seq1  AGAAATAAGCAAGCAAGCAACAGAACAGCAGGCTGCTGCTCTCTATCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAGCAAGCAAGCAACAGAACAGCAGGCTGCTGCTCTCTATCCCT  350

seq1  GAGCTACCCAGGTGCTGCTCCTGGCTTTTGTACCTGGATCACACCTGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACCCAGGTGCTGCTCCTGGCTTTTGTACCTGGATCACACCTGGCA  400

seq1  AAGCAGGCTTCAGAGTCCAGCACTCCTGGGGACGGACCTAAGAGAATTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGCTTCAGAGTCCAGCACTCCTGGGGACGGACCTAAGAGAATTTC  450

seq1  AACATGCAGAAGGACAGACACTTCTGGACCACTCACAAATCAGTAGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCAGAAGGACAGACACTTCTGGACCACTCACAAATCAGTAGGAGG  500

seq1  ACAATATGGGGCCAGTCCTGCATCTAAAGATGTTCTGCATATCTCACCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATGGGGCCAGTCCTGCATCTAAAGATGTTCTGCATATCTCACCTC  550

seq1  AGCTACTGATCACAAATATGCTGGGCAGAAAGAACCCTGGCCTTCTAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTGATCACAAATATGCTGGGCAGAAAGAACCCTGGCCTTCTAAGC  600

seq1  ACCTGGGCTCCATGAGGCTTGGTTATTTGTTGGTTCTGGTTTGTTTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGCTCCATGAGGCTTGGTTATTTGTTGGTTCTGGTTTGTTTTCCT  650

seq1  TTACTCTGCCTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGACAATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTGCCTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGACAATCT  700

seq1  TACTGTAGCACAGGCTGGCCTCAAACCCATACCTGCTAGCCTCTTGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAGCACAGGCTGGCCTCAAACCCATACCTGCTAGCCTCTTGAGAT  750

seq1  CATGACTACAGACATTAGCTGCTCTACCAAGTTTACAGGTCCCTTCTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTACAGACATTAGCTGCTCTACCAAGTTTACAGGTCCCTTCTTCA  800

seq1  TCAAGTAATTCAAGTACTTAAAAGTTTCCATGAGGTCATTAGCCGTTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAATTCAAGTACTTAAAAGTTTCCATGAGGTCATTAGCCGTTGGT  850

seq1  GCCCTCAAGGGTGGTATCTATCATCGGTAACCTCCCCCATGGGCAAGTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCAAGGGTGGTATCTATCATCGGTAACCTCCCCCATGGGCAAGTAG  900

seq1  TACCACCTGCTGAATTGATCCTGATTTCATCAGCGAGTCAGTGGCCCATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCTGCTGAATTGATCCTGATTTCATCAGCGAGTCAGTGGCCCATA  950

seq1  AG-CCGTGATTCTAAAGTCTGCTTCTCACTCGTAAATAAATGATGC-TTT  998
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCCCGTGATTCTAAAGTCTGCTTCTCACTCGTAAATAAATGATGCTTTT  1000

seq1  CTTTCCAGCTGCGCCATTGGCTGTTGGTGTAAAGTGGAAGGAGACAGCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||||
seq2  CTTTCCAGCTGCGCCATTGGCTGGT-GTGTAAAGTGGA--GAGACAGCTG  1047

seq1  CCAGCTGGGCCATCTCACAACAGCGGGGACAGGGAGATCACAAAGGAAAC  1098
       |||||||  |||||||| ||||||||||||  ||||||||||  |||||
seq2  GCAGCTGG--CATCTCAC-ACAGCGGGGACA--GAGATCACAA--GAAAC  1090

seq1  CAACACGTCAAGAAAGGAGGGCCACTTCCACAGTCCCCTTTTGCCATATG  1148
        |||||||| |  | ||  | ||||| |||||||||   |||||| |||
seq2  --ACACGTCAGG--ATGA-AGTCACTT-CACAGTCCC---TTGCCA-ATG  1130

seq1  GAAAAATAATCCA  1161
      | ||| |||||||
seq2  G-AAAGTAATCCA  1142

seq1: chr13_73755920_73757048
seq2: B6Ng01-313A14.g_66_1197 (reverse)

seq1  GTTTCAGAGATGATGTGGTCTTCCTGGTCTACCTTTACCAGCGGTGGTG-  49
      ||||||||||||||||| |||||   ||||| ||||||  ||||||||| 
seq2  GTTTCAGAGATGATGTGTTCTTC--TGTCTAACTTTACAGGCGGTGGTGA  48

seq1  AGTGTGTACACGCA-GCGCCTCCTCA-GTGTAGAGCCCTGCACTTGTCTC  97
      |||| ||||| ||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||||| 
seq2  AGTGAGTACA-GCAGGCGCCTACTCAGGTGTAGAGCCCTGCAC-TGTCTT  96

seq1  TTTTTGGGCA-GACTTGGCAGGTGGTGGCTTTTCTCTGTTGCCCAAAATA  146
       ||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGGCAGGACT--GCAGTTGGTGGCTTTTCTCTGTTGCCCAAAATA  144

seq1  GGTT-CCAGCTGTGTCTTGTGACAACAC-AGTGC-AGGATTGTTCTCTAC  193
      |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  GGTTCCCAGCTGTGTCTTGTGACAACACAAGTGCAAGGATTGTTCTCTAC  194

seq1  ACAGTTGTTTTGAGAGTCCAG-CCAATAGTCCTCAAGCACGGGTCTCCAG  242
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAG-TGTTTTGAGAGTCCAGCCCAATAGTCCTCAAGCACGGGTCTCCAG  243

seq1  TATGGGGTAGTGGTGGGGTGCTGGTCTTCTCTTAGGCTGCATTCCC-TGC  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TATGGGGTAGTGGTGGGGTGCTGGTCTTCTCTTAGGCTGCATTCCCTTGC  293

seq1  AGGTAAAGGTCACCTGGGCCTGGACTGTACTAGCAGCAGTAGGCAGTAGC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAGGTCACCTGGGCCTGGACTGTACTAGCAGCAGTAGGCAGTAGC  343

seq1  AACCAGGGCCTCAGACCAACAGCACAGCCAAGCTACCAGCTTAGCCAAGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGGCCTCAGACCAACAGCACAGCCAAGCTACCAGCTTAGCCAAGG  393

seq1  AAGAGCCTCTAGGACATACACTAAAATAAACTGCAAATGCTTGCCTGTCC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCTCTAGGACATACACTAAAATAAACTGCAAATGCTTGCCTGTCC  443

seq1  TCCC-TTTTCCCCTCTGGGCTGGACTCTGGCCTTTCCATCAGCCCTAGCC  490
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTTTCCCCTCTGGGCTGGACTCTGGCCTTTCCATCAGCCCTAGCC  493

seq1  TGTGGGCTGTGTCTGGGGCAGGGCCAGGTTTGGGAATTTCCTAAAACAAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCTGTGTCTGGGGCAGGGCCAGGTTTGGGAATTTCCTAAAACAAA  543

seq1  CCTTAAAACTGATAGAGGTTCAGGCTACCCATCTCCTCTGACCTCAGAGC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAACTGATAGAGGTTCAGGCTACCCATCTCCTCTGACCTCAGAGC  593

seq1  TTGAGTCTCTGTTGAGGAAAAGGCTTCTGTATGGAGAGTTGCCGCCTCAC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCTCTGTTGAGGAAAAGGCTTCTGTATGGAGAGTTGCCGCCTCAC  643

seq1  CCTCCTTCCTCCAATAGTTGGCAGTGGAGGCTGCCCCACCCCCAATCTCC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCCTCCAATAGTTGGCAGTGGAGGCTGCCCCACCCCCAATCTCC  693

seq1  AATCTCCATATGGTGACAGCTCTGTCCTCTAGCTTCCTAAGCTGTGGCCA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCATATGGTGACAGCTCTGTCCTCTAGCTTCCTAAGCTGTGGCCA  743

seq1  TCCTCTTCTTCAGGATGAGCCTGGCTTCCCAAAGCTACGTCAGCCGCCTG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTCTTCAGGATGAGCCTGGCTTCCCAAAGCTACGTCAGCCGCCTG  793

seq1  CAGATGTTCTTGGGCTCGGACTGTTTGTCCATGCACCTGTGTGTCTGAGA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTTCTTGGGCTCGGACTGTTTGTCCATGCACCTGTGTGTCTGAGA  843

seq1  AGGATGTTGTCATAGCACAGCACCATATCCACATGCAGAATGAGGTCTTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTTGTCATAGCACAGCACCATATCCACATGCAGAATGAGGTCTTG  893

seq1  TTCCTACGTTTTCATATCCACACTTGGTTCCCTGACACACCTGAAGGCAG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACGTTTTCATATCCACACTTGGTTCCCTGACACACCTGAAGGCAG  943

seq1  AAGTCAGCTTGTGGGGAACCCTGACTTACCTGGTGCAGGGTTGTTCTTAG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGCTTGTGGGGAACCCTGACTTACCTGGTGCAGGGTTGTTCTTAG  993

seq1  GAGTCCCATATCAAGCCAGCAGAGCCCTTGAAGTGGTTCCGAGTATTTAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCATATCAAGCCAGCAGAGCCCTTGAAGTGGTTCCGAGTATTTAT  1043

seq1  GCAGAGACCCAGCTTCAAAGCTTTTGGTGAAAGTGGGCTTGTTTATTAAA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGACCCAGCTTCAAAGCTTTTGGTGAAAGTGGGCTTGTTTATTAAA  1093

seq1  GCTGAGGTCTGGTTGTTTGTGGGGCACCAGGGAGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGTCTGGTTGTTTGTGGGGCACCAGGGAGAATTC  1132