BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313O19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 30,257,009 - 30,405,476
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMboat1
Upstream geneCdkal1, E2f3
Downstream geneAgtr1a, Uqcrfs1, Dusp22, LOC666443, Irf4, Exoc2, Hus1b, EG432743, LOC100041257, LOC100041266
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313O19.bB6Ng01-313O19.g
ACCGA105003GA105004
length1,0141,093
definitionB6Ng01-313O19.b B6Ng01-313O19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,257,009 - 30,258,020)(30,404,378 - 30,405,476)
sequence
gaattcccatgcgcgagatactgctggcgtgatcatggctgtcgagaaga
tgtttgatgagttgagattgttccgcccctatggagtgtgcacatagcat
acctgatagtttcctgattgtctcaccaatggcaactttatgtgcaggga
ggcagctcatcatttgtcgtcagagtggccaggaacccactctcttaaga
taagtcatgttatcttagcaaaattactaagcacttttataggaagtttc
taggccaacaggaacctgatggatcattcacatgagatccagattttgct
attcagagcgttttaacactgcagggtaagacgaggagaggcaagcactc
gttctttacctcctttggatgacagtacagtttacctaagacagcattat
tacacctgtgcccatagcatctccataaaggttctctaatgaaatttata
ccagagattgacagcaatccttcttgctcctgtcacagacctagttagtg
gctgttacaggaccagggaaccaatatccccactgtaacaccaggtgtgc
ttggaaggactatcatgtttaagatagtagtaacttttaaaaaaaaatta
atttatgtgtatatacatgagtataatctatgtataccatgtgtgtgcag
ttgtctgtggagaccagaagatggcaccaggtcagagtaataggcaattg
agagctgcctaatactggtggtgggagcagaactgggcttcttcctagag
cagcaagtgtccttaactgctaagccatacctcagtagcaactcttaatt
taaacgtatttacgtcccgtgattctccacactggcgggccactagctgt
ttgataaggattgtgatgatgagtttcatcttacttggtagctctaagaa
gtttagcttctgctcagaaggaagtggcgtccttgggaaggggcaggcac
atcccaaacaaaattacaggcactttcatgtcctatttccttgtatgtca
ggcaatcttccccc
gaattctgaggtcctgcaccatatgaaatcaggaaggaggctgtagattg
tttcttggtttatagaggaatgtttaggtcccagagaaaatgtataagcc
ctaaaatatatcaattgcatcttgacccaacaaagatgatttctgtggta
taaaggagcataaatgtaatgggttaagaaataactgaaaagctgatgaa
ataataatatagactttcttaaatttgatagggaaaaaagaatttaagga
aaagataatactcgagaaaagttttcttcattttggggataaagtgcttt
gagtatgtgcatgcgagtgtatgtgtgcctgtggaaagtggatgtgtata
tcagctcctgtgtatatcagactgcctttcctactatttctcttttgagg
tttggatgatgccaccttattctttctcacaacccccaatgtaaatgttt
ctaaagaaggttctaagatggctaagagaaattcactttcattctgaagt
aattttgtcttacagaagagttcattgaaaatttaattacagagcttaac
cacatcaatttatttaggtaatttctacttaagtgcgcatgcaagggcct
gctttaatgatgttttaaaaacaattatttgtgcacactcatctcttcta
acttgatattccactttccagcaaccaattcatacatgtatgcacttcac
taaacacacctgtgcacatatgaacacacacacaaatatgcatacacata
tgctgttctctccatcacatacacatatgcatatgcatgtacacatacat
gcctgtgtgtatttgctgctgaaatgtggaatgatttcagtacagggaca
acaatttgcctaaaacataggtgcattatcaatgattaaatagagtattt
ttcacctgccccaaagacatgctgaggttaaccatagcaagagcaccttg
ctggctgtggcagttcatgtggacaagtactacactcagcaagtctaaac
aagaatagaccatgaaacttgtttcacatcaaaacagaaaaagttcaatc
ctctttttttttttctactttcagaaccaattggtttgaggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_30257009_30258020
seq2: B6Ng01-313O19.b_46_1059

seq1  GAATTCCCATGCGCGAGATACTGCTGGCGTGATCATGGCTGTCGAGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATGCGCGAGATACTGCTGGCGTGATCATGGCTGTCGAGAAGA  50

seq1  TGTTTGATGAGTTGAGATTGTTCCGCCCCTATGGAGTGTGCACATAGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATGAGTTGAGATTGTTCCGCCCCTATGGAGTGTGCACATAGCAT  100

seq1  ACCTGATAGTTTCCTGATTGTCTCACCAATGGCAACTTTATGTGCAGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATAGTTTCCTGATTGTCTCACCAATGGCAACTTTATGTGCAGGGA  150

seq1  GGCAGCTCATCATTTGTCGTCAGAGTGGCCAGGAACCCACTCTCTTAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTCATCATTTGTCGTCAGAGTGGCCAGGAACCCACTCTCTTAAGA  200

seq1  TAAGTCATGTTATCTTAGCAAAATTACTAAGCACTTTTATAGGAAGTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCATGTTATCTTAGCAAAATTACTAAGCACTTTTATAGGAAGTTTC  250

seq1  TAGGCCAACAGGAACCTGATGGATCATTCACATGAGATCCAGATTTTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAACAGGAACCTGATGGATCATTCACATGAGATCCAGATTTTGCT  300

seq1  ATTCAGAGCGTTTTAACACTGCAGGGTAAGACGAGGAGAGGCAAGCACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAGCGTTTTAACACTGCAGGGTAAGACGAGGAGAGGCAAGCACTC  350

seq1  GTTCTTTACCTCCTTTGGATGACAGTACAGTTTACCTAAGACAGCATTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTACCTCCTTTGGATGACAGTACAGTTTACCTAAGACAGCATTAT  400

seq1  TACACCTGTGCCCATAGCATCTCCATAAAGGTTCTCTAATGAAATTTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTGTGCCCATAGCATCTCCATAAAGGTTCTCTAATGAAATTTATA  450

seq1  CCAGAGATTGACAGCAATCCTTCTTGCTCCTGTCACAGACCTAGTTAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGATTGACAGCAATCCTTCTTGCTCCTGTCACAGACCTAGTTAGTG  500

seq1  GCTGTTACAGGACCAGGGAACCAATATCCCCACTGTAACACCAGGTGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTACAGGACCAGGGAACCAATATCCCCACTGTAACACCAGGTGTGC  550

seq1  TTGGAAGGACTATCATGTTTAAGATAGTAGTAACTTTTAAAAAAAAATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGGACTATCATGTTTAAGATAGTAGTAACTTTTAAAAAAAAATTA  600

seq1  ATTTATGTGTATATACATGAGTATAATCTATGTATACCATGTGTGTGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGTGTATATACATGAGTATAATCTATGTATACCATGTGTGTGCAG  650

seq1  TTGTCTGTGGAGACCAGAAGATGGCACCAGGTCAGAGTAATAGGCAATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGTGGAGACCAGAAGATGGCACCAGGTCAGAGTAATAGGCAATTG  700

seq1  AGAGCTGCCTAATACTGGTGGTGGGAGCAGAACTGGGCTTCTTCCTAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCCTAATACTGGTGGTGGGAGCAGAACTGGGCTTCTTCCTAGAG  750

seq1  CAGCAAGTGTCCTTAACTGCTAAGCCATACCTCAGTAGCAACTCTTAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGTGTCCTTAACTGCTAAGCCATACCTCAGTAGCAACTCTTAATT  800

seq1  TAAACGTATTTACGTCCCGTGATTCTCCACACTGGCGGGCCACTAGCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACGTATTTACGTCCCGTGATTCTCCACACTGGCGGGCCACTAGCTGT  850

seq1  TTGATAAGGATTGTGATGATGAGTTTCATCTTACTTGGTAGCTCTAAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAGGATTGTGATGATGAGTTTCATCTTACTTGGTAGCTCTAAGAA  900

seq1  GTTTAGCTTCTGCTCAGAAGGAAGTGGCGTCCTTGGGAAGGGGCAGGGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTTAGCTTCTGCTCAGAAGGAAGTGGCGTCCTTGGGAAGGGGCA-GGCA  949

seq1  CATCCCAAACAAAATTACAGGCACTTTCATGTCCTATTTCCTTGTATG-C  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CATCCCAAACAAAATTACAGGCACTTTCATGTCCTATTTCCTTGTATGTC  999

seq1  AGGC-ATCTCCCCC-  1012
      |||| |||| |||| 
seq2  AGGCAATCTTCCCCC  1014

seq1: chr13_30404378_30405476
seq2: B6Ng01-313O19.g_69_1161 (reverse)

seq1  CTCCTCTCAAAAACCAATT-GTTCTGAAAGTAGAAAAAAAAAAAGA-GAT  48
      ||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTCCTC----AAACCAATTGGTTCTGAAAGTAGAAAAAAAAAAAGAGGAT  46

seq1  GGAACTTTTTTCTGTTTTGATGTTGAAACAAGGTTTCATGGTCTATTCTT  98
       |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAAC-TTTTTCTGTTTTGATG-TGAAACAA-GTTTCATGGTCTATTCTT  93

seq1  GTTTAGACTTGCTGAGTGTAGTACTTGTCCACATGAACTGCCACAGCCAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGACTTGCTGAGTGTAGTACTTGTCCACATGAACTGCCACAGCCAG  143

seq1  CAAGGTGCTCTTGCTATGGTTAACCTCAGCATGTCTTTGGGGCAGGTGAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGCTCTTGCTATGGTTAACCTCAGCATGTCTTTGGGGCAGGTGAA  193

seq1  AAATACTCTATTTTAATCATTGATAATGCACCTATGTTTTAGGCAAATTT  248
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAATACTCTA-TTTAATCATTGATAATGCACCTATGTTTTAGGCAAA-TT  241

seq1  GTTGTCCCTGTACTG-AATCATTCCACATTTCAGCAGCAAATACACACAG  297
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCCCTGTACTGAAATCATTCCACATTTCAGCAGCAAATACACACAG  291

seq1  GCATGTATGTGTACATGCATATGCATATGTGTATGTGATGGAGAGAACAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTATGTGTACATGCATATGCATATGTGTATGTGATGGAGAGAACAG  341

seq1  CATATGTGTATGCATATTTGTGTGTGTGTTCATATGTGCACAGGTGTGTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGTATGCATATTTGTGTGTGTGTTCATATGTGCACAGGTGTGTT  391

seq1  TAGTGAAGTGCATACATGTATGAATTGGTTGCTGGAAAGTGGAATATCAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAGTGCATACATGTATGAATTGGTTGCTGGAAAGTGGAATATCAA  441

seq1  GTTAGAAGAGATGAGTGTGCACAAATAATTGTTTTTAAAACATCATTAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAGAGATGAGTGTGCACAAATAATTGTTTTTAAAACATCATTAAA  491

seq1  GCAGGCCCTTGCATGCGCACTTAAGTAGAAATTACCTAAATAAATTGATG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCCTTGCATGCGCACTTAAGTAGAAATTACCTAAATAAATTGATG  541

seq1  TGGTTAAGCTCTGTAATTAAATTTTCAATGAACTCTTCTGTAAGACAAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAAGCTCTGTAATTAAATTTTCAATGAACTCTTCTGTAAGACAAAA  591

seq1  TTACTTCAGAATGAAAGTGAATTTCTCTTAGCCATCTTAGAACCTTCTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCAGAATGAAAGTGAATTTCTCTTAGCCATCTTAGAACCTTCTTT  641

seq1  AGAAACATTTACATTGGGGGTTGTGAGAAAGAATAAGGTGGCATCATCCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACATTTACATTGGGGGTTGTGAGAAAGAATAAGGTGGCATCATCCA  691

seq1  AACCTCAAAAGAGAAATAGTAGGAAAGGCAGTCTGATATACACAGGAGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCAAAAGAGAAATAGTAGGAAAGGCAGTCTGATATACACAGGAGCT  741

seq1  GATATACACATCCACTTTCCACAGGCACACATACACTCGCATGCACATAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATACACATCCACTTTCCACAGGCACACATACACTCGCATGCACATAC  791

seq1  TCAAAGCACTTTATCCCCAAAATGAAGAAAACTTTTCTCGAGTATTATCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCACTTTATCCCCAAAATGAAGAAAACTTTTCTCGAGTATTATCT  841

seq1  TTTCCTTAAATTCTTTTTTCCCTATCAAATTTAAGAAAGTCTATATTATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTAAATTCTTTTTTCCCTATCAAATTTAAGAAAGTCTATATTATT  891

seq1  ATTTCATCAGCTTTTCAGTTATTTCTTAACCCATTACATTTATGCTCCTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATCAGCTTTTCAGTTATTTCTTAACCCATTACATTTATGCTCCTT  941

seq1  TATACCACAGAAATCATCTTTGTTGGGTCAAGATGCAATTGATATATTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCACAGAAATCATCTTTGTTGGGTCAAGATGCAATTGATATATTTT  991

seq1  AGGGCTTATACATTTTCTCTGGGACCTAAACATTCCTCTATAAACCAAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTATACATTTTCTCTGGGACCTAAACATTCCTCTATAAACCAAGA  1041

seq1  AACAATCTACAGCCTCCTTCCTGATTTCATATGGTGCAGGACCTCAGAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCTACAGCCTCCTTCCTGATTTCATATGGTGCAGGACCTCAGAAT  1091

seq1  TC  1099
      ||
seq2  TC  1093