BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314C08
Chromosome13 (Build37)
Map Location 89,458,956 - 89,533,444
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEdil3
Upstream geneLOC667230, EG435375
Downstream geneHapln1, EG667266, Vcan, LOC100042940, Xrcc4, Tmem167, LOC100043170
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314C08.bB6Ng01-314C08.g
ACCGA105167GA105168
length1,1531,169
definitionB6Ng01-314C08.b B6Ng01-314C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,532,292 - 89,533,444)(89,458,956 - 89,460,108)
sequence
gaattctgtgctatggtttggtatgttatgggatggagagtttaattaga
gaataaaaagagatagcactttaaatatattataaagggctgttacctat
tttggttttactagcttgtttttagttttaaaaaagattatttgtgtgta
tggctgttttgcctgcatgtatggttgtgaaccacatgtatgcagtgccc
atgacagcaagaagagggcattggatctcctggaactagagttactgatg
tggtagctgttatgtgggtgctggtcctttgcaaaggcatctcctattct
tcaccatggtgccacctcttcagtcctttttgttttagttagagcttcta
taaatggctttctccaacttgggacttcctctattagcctcttgtgctcg
agatcacatgctagagagcaaaggcttggtcttcagtagtatgaggtgag
cagtaggtagctgagccataaccatcctcatcccatcttcagatctttct
ctctttggctgtcagtcatattcatgttttgagattttaggatgctgtta
atgtagtaaatactggagtcaagaaataagcacaccattcttaaataaag
ctggaagaactgagatttagtacaggcaaaaatgaatgggcttggccaga
catgactccaacaaattcagcacaatgagctgtcattcattcagcaagca
ggtttcatacctcactctgaatttggacaggaaaaggaacccttgtaagt
tctcatttttgtctatctctgtgatcaaaaccgatcataatgatacctgc
aatctcatggaaataaccactagtcacacttcactgtctcttcctgcaca
ttagtcacaagaataggtgttccagccacacctagaagaacatagagaaa
ttcctgcccagagtctcattgtttgtggaaatgtaggagcagtagctaag
ctttcagtggatctgcgttttgttacatcattaacttgccacactaaaat
aaatgagttagtatgtatctatatcattcagagggcatacactcctcata
cagcctagtaaattagttttgtttgagaactattgatttaatagatagcc
aattagtttggtgtttctctactcactactccttaagtctaccctaacca
tta

gaattccaagtctcagtgtctcaaaaaacagaaatatctataaagtgtga
agttgacttcagaagccatgtacacacaatacacacacgcatgtgtagat
cctcaaacatccatgcctttgtatacattcattcttaaccatcctattca
ataagtaatacgtaaaatattactcttaaaaataaaatgaccaaaaaaat
aaataaataaaatgagcagttaccaactttaaattaacaatgtgtactac
aagtaagagaatgaacatatctatagagggaaagaggtatatgatcatgt
tctttgttcttccattttaggtttttcaaggcaattttgacaatgacact
cacaggaaaaatgtcatcgaccctcccatctatgcacgattcataagaat
ccttccttggtcctggtatggaaggatcactctgcggtcagagctgctgg
gctgcgcagaggaggaatgaagtgcggggccgcacatcccacaatgcttt
tctttattttcctataagtatctccacgaaatgaactgtgtgaagctgat
ggaaactgcatttgtttttttcaaagtgttcaaattatggtaggctactg
actgtctttttaggagttctaagcttgcctttttaataatttaatttggt
ttcctttgctcaactctcttatgtaatatcacactgtctgtgagttactc
ttcttgttctctgaattctatagattggttgaagtatagtaggcaaagca
agtcttctttttacagcaaaacttaaaaacaatctcacagtcatcagatg
gaagggttaagggagaactttggtcactattcaattaactcttataaaat
gttacaatgttagcaatacagttttttgttatgaatttgatcatcttgat
tgtttccctgtgtctaatgctgttagtatgtattacagagacttgggtga
aaattattttgatatgcaggaccattaatatgacaattctagtttttatt
ttttttcacttacaataaaaatactagtctttatgtttaattttattatt
atttatatgctacataaacaggccaaatattctttgtcaattgcattttt
cctcccttttattaaccttaaggtcagtttttaattataagacacccagg
acaccatatatttaaatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_89532292_89533444
seq2: B6Ng01-314C08.b_45_1197 (reverse)

seq1  TAATGG-TAGGGTAGAACTAAAGAATATTGAGTAGAAAGAAAACACAAAC  49
      |||||| |||||||||  ||| || || |||||||  |||||   |||||
seq2  TAATGGTTAGGGTAGACTTAAGGAGTAGTGAGTAG--AGAAACACCAAAC  48

seq1  T-ATTTGCTATCTAT--AATC-ATAGTTCTCAAAACAAAACTAATTTACT  95
      | ||| |||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGCTATCTATTAAATCAATAGTTCTC-AAACAAAACTAATTTACT  97

seq1  AGGCTGTATGAGGAGTGTATGCCCTCTGAAATGATATAGATACATTACTA  145
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  AGGCTGTATGAGGAGTGTATGCCCTCTG-AATGATATAGATACA-TACTA  145

seq1  ACTCATTTA-TTTAGTGTGGCAAGTTAATGATGTTAACAAAACGCAGATC  194
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTCATTTATTTTAGTGTGGCAAGTTAATGATG-TAACAAAACGCAGATC  194

seq1  CACTGAAAGCTTAGCTACTGCTCCTACATTTCCACAAACAATGAGACTCT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAAGCTTAGCTACTGCTCCTACATTTCCACAAACAATGAGACTCT  244

seq1  GGGCAGGAATTTCTCTATGTTCTTCTAGGTGTGGCTGGAACACCTATTCT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGAATTTCTCTATGTTCTTCTAGGTGTGGCTGGAACACCTATTCT  294

seq1  TGTGACTAATGTGCAGGAAGAGACAGTGAAGTGTGACTAGTGGTTATTTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTAATGTGCAGGAAGAGACAGTGAAGTGTGACTAGTGGTTATTTC  344

seq1  CATGAGATTGCAGGTATCATTATGATCGGTTTTGATCACAGAGATAGACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGATTGCAGGTATCATTATGATCGGTTTTGATCACAGAGATAGACA  394

seq1  AAAATGAGAACTTACAAGGGTTCCTTTTCCTGTCCAAATTCAGAGTGAGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGAACTTACAAGGGTTCCTTTTCCTGTCCAAATTCAGAGTGAGG  444

seq1  TATGAAACCTGCTTGCTGAATGAATGACAGCTCATTGTGCTGAATTTGTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAACCTGCTTGCTGAATGAATGACAGCTCATTGTGCTGAATTTGTT  494

seq1  GGAGTCATGTCTGGCCAAGCCCATTCATTTTTGCCTGTACTAAATCTCAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCATGTCTGGCCAAGCCCATTCATTTTTGCCTGTACTAAATCTCAG  544

seq1  TTCTTCCAGCTTTATTTAAGAATGGTGTGCTTATTTCTTGACTCCAGTAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCAGCTTTATTTAAGAATGGTGTGCTTATTTCTTGACTCCAGTAT  594

seq1  TTACTACATTAACAGCATCCTAAAATCTCAAAACATGAATATGACTGACA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTACATTAACAGCATCCTAAAATCTCAAAACATGAATATGACTGACA  644

seq1  GCCAAAGAGAGAAAGATCTGAAGATGGGATGAGGATGGTTATGGCTCAGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGAGAGAAAGATCTGAAGATGGGATGAGGATGGTTATGGCTCAGC  694

seq1  TACCTACTGCTCACCTCATACTACTGAAGACCAAGCCTTTGCTCTCTAGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTACTGCTCACCTCATACTACTGAAGACCAAGCCTTTGCTCTCTAGC  744

seq1  ATGTGATCTCGAGCACAAGAGGCTAATAGAGGAAGTCCCAAGTTGGAGAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATCTCGAGCACAAGAGGCTAATAGAGGAAGTCCCAAGTTGGAGAA  794

seq1  AGCCATTTATAGAAGCTCTAACTAAAACAAAAAGGACTGAAGAGGTGGCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTATAGAAGCTCTAACTAAAACAAAAAGGACTGAAGAGGTGGCA  844

seq1  CCATGGTGAAGAATAGGAGATGCCTTTGCAAAGGACCAGCACCCACATAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTGAAGAATAGGAGATGCCTTTGCAAAGGACCAGCACCCACATAA  894

seq1  CAGCTACCACATCAGTAACTCTAGTTCCAGGAGATCCAATGCCCTCTTCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACCACATCAGTAACTCTAGTTCCAGGAGATCCAATGCCCTCTTCT  944

seq1  TGCTGTCATGGGCACTGCATACATGTGGTTCACAACCATACATGCAGGCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCATGGGCACTGCATACATGTGGTTCACAACCATACATGCAGGCA  994

seq1  AAACAGCCATACACACAAATAATCTTTTTTAAAACTAAAAACAAGCTAGT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCCATACACACAAATAATCTTTTTTAAAACTAAAAACAAGCTAGT  1044

seq1  AAAACCAAAATAGGTAACAGCCCTTTATAATATATTTAAAGTGCTATCTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAAAATAGGTAACAGCCCTTTATAATATATTTAAAGTGCTATCTC  1094

seq1  TTTTTATTCTCTAATTAAACTCTCCATCCCATAACATACCAAACCATAGC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTCTCTAATTAAACTCTCCATCCCATAACATACCAAACCATAGC  1144

seq1  ACAGAATTC  1153
      |||||||||
seq2  ACAGAATTC  1153


seq1: chr13_89458956_89460108
seq2: B6Ng01-314C08.g_65_1233

seq1  GAATTCCAAGTCTCAGTGTCTCAAAAAACAGAAATATCTATAAAGTGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTCTCAGTGTCTCAAAAAACAGAAATATCTATAAAGTGTGA  50

seq1  AGTTGACTTCAGAAGCCATGTACACACAATACACACACGCATGTGTAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGACTTCAGAAGCCATGTACACACAATACACACACGCATGTGTAGAT  100

seq1  CCTCAAACATCCATGCCTTTGTATACATTCATTCTTAACCATCCTATTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAACATCCATGCCTTTGTATACATTCATTCTTAACCATCCTATTCA  150

seq1  ATAAGTAATACGTAAAATATTACTCTTAAAAATAAAATGACCAAAAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAATACGTAAAATATTACTCTTAAAAATAAAATGACCAAAAAAAT  200

seq1  AAATAAATAAAATGAGCAGTTACCAACTTTAAATTAACAATGTGTACTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAAATGAGCAGTTACCAACTTTAAATTAACAATGTGTACTAC  250

seq1  AAGTAAGAGAATGAACATATCTATAGAGGGAAAGAGGTATATGATCATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGAGAATGAACATATCTATAGAGGGAAAGAGGTATATGATCATGT  300

seq1  TCTTTGTTCTTCCATTTTAGGTTTTTCAAGGCAATTTTGACAATGACACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTTCTTCCATTTTAGGTTTTTCAAGGCAATTTTGACAATGACACT  350

seq1  CACAGGAAAAATGTCATCGACCCTCCCATCTATGCACGATTCATAAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAAAAATGTCATCGACCCTCCCATCTATGCACGATTCATAAGAAT  400

seq1  CCTTCCTTGGTCCTGGTATGGAAGGATCACTCTGCGGTCAGAGCTGCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTGGTCCTGGTATGGAAGGATCACTCTGCGGTCAGAGCTGCTGG  450

seq1  GCTGCGCAGAGGAGGAATGAAGTGCGGGGCCGCACATCCCACAATGCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCGCAGAGGAGGAATGAAGTGCGGGGCCGCACATCCCACAATGCTTT  500

seq1  TCTTTATTTTCCTATAAGTATCTCCACGAAATGAACTGTGTGAAGCTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTTTCCTATAAGTATCTCCACGAAATGAACTGTGTGAAGCTGAT  550

seq1  GGAAACTGCATTTGTTTTTTTCAAAGTGTTCAAATTATGGTAGGCTACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTGCATTTGTTTTTTTCAAAGTGTTCAAATTATGGTAGGCTACTG  600

seq1  ACTGTCTTTTTAGGAGTTCTAAGCTTGCCTTTTTAATAATTTAATTTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTTTTTAGGAGTTCTAAGCTTGCCTTTTTAATAATTTAATTTGGT  650

seq1  TTCCTTTGCTCAACTCTCTTATGTAATATCACACTGTCTGTGAGTTACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGCTCAACTCTCTTATGTAATATCACACTGTCTGTGAGTTACTC  700

seq1  TTCTTGTTCTCTGAATTCTATAGATTGGTTGAAGTATAGTAGGCAAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTTCTCTGAATTCTATAGATTGGTTGAAGTATAGTAGGCAAAGCA  750

seq1  AGTCTTCTTTTTACAGCAAAACTTAAAAACAATCTCACAGTCATCAGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCTTTTTACAGCAAAACTTAAAAACAATCTCACAGTCATCAGATG  800

seq1  GAAGGGTTAAGGGAGAACTTTGGTCACTATTCAATTAACTCTTATAAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTTAAGGGAGAACTTTGGTCACTATTCAATTAACTCTTATAAAAT  850

seq1  GTTACAATGTTAGCAATACAGTTTTTTGTTATGAATTTGATCATCTTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAATGTTAGCAATACAGTTTTTTGTTATGAATTTGATCATCTTGAT  900

seq1  TGTTTCCCTGTGTCTAATGCTGTTAGTATGTATTACAGAGACTT-GGTGA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTTTCCCTGTGTCTAATGCTGTTAGTATGTATTACAGAGACTTGGGTGA  950

seq1  AAATTA-TTTGATATGCAGGACCATTAATATGACAATTCTAGTTTT--AT  996
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
seq2  AAATTATTTTGATATGCAGGACCATTAATATGACAATTCTAGTTTTTATT  1000

seq1  TTTTTTCACTTACAAT-AAAATACTAAGTTCTTTATGTTTAATTTTA-TA  1044
      |||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTTTCACTTACAATAAAAATACTA--GTCTTTATGTTTAATTTTATTA  1048

seq1  TTATTTATATGCTACATAAACAGGCC-AATATTCTTTGTC-ATTGCATTT  1092
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  TTATTTATATGCTACATAAACAGGCCAAATATTCTTTGTCAATTGCATTT  1098

seq1  T--CTCCC-TTTATTTACCTTAAAGTCCTGTTTTTATTTAT-AGACAC--  1136
      |  ||||| |||||| ||||||| || | ||||||| |||| ||||||  
seq2  TTCCTCCCTTTTATTAACCTTAAGGT-CAGTTTTTAATTATAAGACACCC  1147

seq1  ---AGAACATATATT--AATAT  1153
         | | ||||||||  |||||
seq2  AGGACACCATATATTTAAATAT  1169


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |