BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320O18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 8,948,106 - 9,082,665
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIdi2, Gtpbp4, LOC667721
Upstream geneLOC791083, LOC382722, Adarb2, EG666941, Wdr37, LOC100039632, Idi1, EG382723, LOC100039655
Downstream geneLarp5, EG667727, LOC100039719, Dip2c, LOC666986, Zmynd11, Chrm3, LOC100039604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320O18.bB6Ng01-320O18.g
ACCGA110166GA110167
length1,0251,103
definitionB6Ng01-320O18.b B6Ng01-320O18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,948,106 - 8,949,112)(9,081,564 - 9,082,665)
sequence
gaattctctctacaaactgagctcttgggcttgcatgtttgtccaagacc
tggtagcaaaaagtagcatctcttggatcccagctttattctttctctac
atatttgattttgacagcagcaagtacaagctgtttggggaactagccca
actcagtctgctaatgtacagtccactggaaaaaaagcataacataatta
cagggcatggtgttttgatctgaaggagcaatggtagacagatggacagt
cacacagcgacagacagacagagaaacaccgtgagtggtaatatggaggc
ttcaaggacccatccacctgtaagtattggattaatagagccacatgcag
agttcctgaaagcatgaagtaataagaggagagccagatcgaatgtgaag
taggccaggagatggcctgtctaaggaccacatatctgactagggaataa
agtggaagatagatggatgcatggctaagtggatagacagatggatagaa
acaaatacagaaatatgtatgcatggatgtataggtagactgatagacag
aggatggatgcatacatgtgtggatgtacagatggatggatatacaccag
ataaattgatgaatggtctgctgtctagtcttatgccaacaaaacacaag
ttagagttatccgaaagaaagacaacttcagttttagaaaatacctccag
aaatgatcctaggtctgaacactgagtggagacagagcctttctcacttg
ggcaaagctgggtgaggagagagccctgagtagaccacaggtctggtgtc
atacaggcctggtggtaccaaccattgctcaaagtgacagcagccttgga
gcccttaattgcacgaaatgtacattagcacttcctgaagatgaacctta
gatacttcagagatcccagatcagaaggagcaactagccaagttgactcc
ctccctaaggtctatcaagggtttgggtctcagagcacagtctttccccg
tctcaggaatgctcccaatgctggg
gaattccatgatggaggagacagggtacatgaggctccaggcctcttagg
atctataggcagttaagggttgctggaggagggagagaattttctgtagt
aatgtagccatccataaggtgcccatgggcttttaaattacctctaagtt
gttctcttgtaagtgatcctagcagaattcatggggtcattaaaaaacaa
aacaaaacatggaagtagaaggggaagtcattgaaaagaatcaggaggga
gacaaggaagagtaagaaggtggtaaatatactcataaaacattatatac
atgtatcaaaatgccgtaatagaatccttattgtatataattaacacatg
ctaataagaacttataataaaaataagattgtacatgtatacatatatca
cattacaatccactccacacagatacacaactgacagacacacaactgaa
acaaaagtttcacataatatcggcaactcgtaccctgtatcacacatgtg
ctaaaacaactgtaaactgtacacttacggtggccacactggttttatgc
tgtaagatatttaacctctatcttaaaacacattatgaaataatacttga
cttttactttgtgccactttgattctagttttgttcattctggttgcagg
catttaagtctattcgtgctttgctgatgtcaaagctactactggcaaaa
cgctgacccagctgatgagaccacggaaactctggctcctgatttcctgc
cacccacataatctcctctatgtgcacaatctgctgcttttgaagatcag
gtttgaaaccctacatagaaacaggcgcttaattgtatgttagtaaatga
tatttcctgtattaatttgaaatttttatattattgagttaattaatttt
tctatcttgaatgatacaaatttcaacacgaatgccctttagggaccggg
gcagtagggtcagtgggaggactgactggtgtgtggtatagggagtggtt
gagctgcggctatgaagggatggtgtgcacaaggaaggaggtgcttcaat
tccttaccgaccggtgacgcctgacattgaatgtatggctgtatcacgca
ctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_8948106_8949112
seq2: B6Ng01-320O18.b_52_1076

seq1  GAATTCTCTCTACAAACTGAGCTCTTGGGCTTGCATGTTTGTCCAAGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTACAAACTGAGCTCTTGGGCTTGCATGTTTGTCCAAGACC  50

seq1  TGGTAGCAAAAAGTAGCATCTCTTGGATCCCAGCTTTATTCTTTCTCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGCAAAAAGTAGCATCTCTTGGATCCCAGCTTTATTCTTTCTCTAC  100

seq1  ATATTTGATTTTGACAGCAGCAAGTACAAGCTGTTTGGGGAACTAGCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGATTTTGACAGCAGCAAGTACAAGCTGTTTGGGGAACTAGCCCA  150

seq1  ACTCAGTCTGCTAATGTACAGTCCACTGGAAAAAAAGCATAACATAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTCTGCTAATGTACAGTCCACTGGAAAAAAAGCATAACATAATTA  200

seq1  CAGGGCATGGTGTTTTGATCTGAAGGAGCAATGGTAGACAGATGGACAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCATGGTGTTTTGATCTGAAGGAGCAATGGTAGACAGATGGACAGT  250

seq1  CACACAGCGACAGACAGACAGAGAAACACCGTGAGTGGTAATATGGAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCGACAGACAGACAGAGAAACACCGTGAGTGGTAATATGGAGGC  300

seq1  TTCAAGGACCCATCCACCTGTAAGTATTGGATTAATAGAGCCACATGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGACCCATCCACCTGTAAGTATTGGATTAATAGAGCCACATGCAG  350

seq1  AGTTCCTGAAAGCATGAAGTAATAAGAGGAGAGCCAGATCGAATGTGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTGAAAGCATGAAGTAATAAGAGGAGAGCCAGATCGAATGTGAAG  400

seq1  TAGGCCAGGAGATGGCCTGTCTAAGGACCACATATCTGACTAGGGAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAGGAGATGGCCTGTCTAAGGACCACATATCTGACTAGGGAATAA  450

seq1  AGTGGAAGATAGATGGATGCATGGCTAAGTGGATAGACAGATGGATAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGATAGATGGATGCATGGCTAAGTGGATAGACAGATGGATAGAA  500

seq1  ACAAATACAGAAATATGTATGCATGGATGTATAGGTAGACTGATAGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATACAGAAATATGTATGCATGGATGTATAGGTAGACTGATAGACAG  550

seq1  AGGATGGATGCATACATGTGTGGATGTACAGATGGATGGATATACACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGATGCATACATGTGTGGATGTACAGATGGATGGATATACACCAG  600

seq1  ATAAATTGATGAATGGTCTGCTGTCTAGTCTTATGCCAACAAAACACAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTGATGAATGGTCTGCTGTCTAGTCTTATGCCAACAAAACACAAG  650

seq1  TTAGAGTTATCCGAAAGAAAGACAAC-TCAG-TTTAGAAAATACCTCCAG  698
      |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTTATCCGAAAGAAAGACAACTTCAGTTTTAGAAAATACCTCCAG  700

seq1  AAATGATCCTAGGTCTGAACACTGAGTGGAGACAGAGCCTTTCTCACTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATCCTAGGTCTGAACACTGAGTGGAGACAGAGCCTTTCTCACTTG  750

seq1  GGC-AAGCTGGGTGAGGAGAGAG-CCTGAGTAGACCACAGGTCTGGTGTC  796
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGCTGGGTGAGGAGAGAGCCCTGAGTAGACCACAGGTCTGGTGTC  800

seq1  ATACAGGCCTGGTGGTACCAACCA-TGCTCAAGGTGACAGCAGCC-TGGA  844
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||
seq2  ATACAGGCCTGGTGGTACCAACCATTGCTCAAAGTGACAGCAGCCTTGGA  850

seq1  GCCAT--AATGCACGAAATGTACA-TAGCAC-TCCTG-AGATG-ACCCTA  888
      ||| |  | ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||| ||
seq2  GCCCTTAATTGCACGAAATGTACATTAGCACTTCCTGAAGATGAACCTTA  900

seq1  GATAC-TCAGAGATCCCAGA-CAAGAGGAGCAACTAGCCCAAGTGACT-C  935
      ||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||| |  ||||| |
seq2  GATACTTCAGAGATCCCAGATCAGAAGGAGCAACTAGCCAAGTTGACTCC  950

seq1  CTCCCAAAGGTCTATCTAGGGTTT-GGTCCCAG-GCACAGT-TCTTCCCG  982
      ||||| |||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||| | | ||||
seq2  CTCCCTAAGGTCTATCAAGGGTTTGGGTCTCAGAGCACAGTCTTTCCCCG  1000

seq1  TCTCAGGCATGCTCCCAATGCTGGG  1007
      ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGAATGCTCCCAATGCTGGG  1025

seq1: chr13_9081564_9082665
seq2: B6Ng01-320O18.g_68_1170 (reverse)

seq1  CAGTGCGTGATTCCAGGCATACAT--CATGTCA-GCGTCACCGTTCGTTA  47
      |||||||||| | ||| |||||||   |||||| ||||||||| ||| ||
seq2  CAGTGCGTGA-TACAGCCATACATTCAATGTCAGGCGTCACCGGTCGGTA  49

seq1  AAGTGAATTGGAGCACCTCC-TCCTTGTGCACA-CATCCCTTCATTAGCC  95
      |   |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  A--GGAATTGAAGCACCTCCTTCCTTGTGCACACCATCCCTTCA-TAGCC  96

seq1  GCAGGCTC-ACCACTCCCTATTACCACACACCAGTCAGTTCCTCCACTGA  144
      ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||||
seq2  GCA-GCTCAACCACTCCCTA-TACCACACACCAGTCAGTCCTCCCACTGA  144

seq1  CCCTACTG-CCCGGTCCCTAAA-GGCATTCGTGTTTGAAATTTGTATCAT  192
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCTACTGCCCCGGTCCCTAAAGGGCATTCGTG-TTGAAATTTGTATCAT  193

seq1  TCAAGATAGAAAAATTAATTAACTCAATAATATAAAAATTTCAAATTAAT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATAGAAAAATTAATTAACTCAATAATATAAAAATTTCAAATTAAT  243

seq1  ACAGGAAATATCATTTACTAACATACAATTAAGCGCCTGTTTCTATGTAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAATATCATTTACTAACATACAATTAAGCGCCTGTTTCTATGTAG  293

seq1  GGTTTCAAACCTGATCTTCAAAAGCAGCAGATTGTGCACATAGAGGAGAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCAAACCTGATCTTCAAAAGCAGCAGATTGTGCACATAGAGGAGAT  343

seq1  TATGTGGGTGGCAGGAAATCAGGAGCCAGAGTTTCCGTGGTCTCATCAGC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGGTGGCAGGAAATCAGGAGCCAGAGTTTCCGTGGTCTCATCAGC  393

seq1  TGGGTCAGCGTTTTGCCAGTAGTAGCTTTGACATCAGCAAAGCACGAATA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCAGCGTTTTGCCAGTAGTAGCTTTGACATCAGCAAAGCACGAATA  443

seq1  GACTTAAATGCCTGCAACCAGAATGAACAAAACTAGAATCAAAGTGGCAC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAATGCCTGCAACCAGAATGAACAAAACTAGAATCAAAGTGGCAC  493

seq1  AAAGTAAAAGTCAAGTATTATTTCATAATGTGTTTTAAGATAGAGGTTAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAAGTCAAGTATTATTTCATAATGTGTTTTAAGATAGAGGTTAA  543

seq1  ATATCTTACAGCATAAAACCAGTGTGGCCACCGTAAGTGTACAGTTTACA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTACAGCATAAAACCAGTGTGGCCACCGTAAGTGTACAGTTTACA  593

seq1  GTTGTTTTAGCACATGTGTGATACAGGGTACGAGTTGCCGATATTATGTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTTAGCACATGTGTGATACAGGGTACGAGTTGCCGATATTATGTG  643

seq1  AAACTTTTGTTTCAGTTGTGTGTCTGTCAGTTGTGTATCTGTGTGGAGTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTTGTTTCAGTTGTGTGTCTGTCAGTTGTGTATCTGTGTGGAGTG  693

seq1  GATTGTAATGTGATATATGTATACATGTACAATCTTATTTTTATTATAAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTAATGTGATATATGTATACATGTACAATCTTATTTTTATTATAAG  743

seq1  TTCTTATTAGCATGTGTTAATTATATACAATAAGGATTCTATTACGGCAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATTAGCATGTGTTAATTATATACAATAAGGATTCTATTACGGCAT  793

seq1  TTTGATACATGTATATAATGTTTTATGAGTATATTTACCACCTTCTTACT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATACATGTATATAATGTTTTATGAGTATATTTACCACCTTCTTACT  843

seq1  CTTCCTTGTCTCCCTCCTGATTCTTTTCAATGACTTCCCCTTCTACTTCC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTGTCTCCCTCCTGATTCTTTTCAATGACTTCCCCTTCTACTTCC  893

seq1  ATGTTTTGTTTTGTTTTTTAATGACCCCATGAATTCTGCTAGGATCACTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTGTTTTGTTTTTTAATGACCCCATGAATTCTGCTAGGATCACTT  943

seq1  ACAAGAGAACAACTTAGAGGTAATTTAAAAGCCCATGGGCACCTTATGGA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAACAACTTAGAGGTAATTTAAAAGCCCATGGGCACCTTATGGA  993

seq1  TGGCTACATTACTACAGAAAATTCTCTCCCTCCTCCAGCAACCCTTAACT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACATTACTACAGAAAATTCTCTCCCTCCTCCAGCAACCCTTAACT  1043

seq1  GCCTATAGATCCTAAGAGGCCTGGAGCCTCATGTACCCTGTCTCCTCCAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATAGATCCTAAGAGGCCTGGAGCCTCATGTACCCTGTCTCCTCCAT  1093

seq1  CATGGAATTC  1102
      ||||||||||
seq2  CATGGAATTC  1103