BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323J07
Chromosome13 (Build37)
Map Location 63,406,848 - 63,531,003
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFancc
Upstream geneLOC100041437, LOC100041979, LOC100041986, 8430426H19Rik, LOC100041455, 6720457D02Rik, EG665503, LOC100041493, LOC630857, EG630978, EG435366, LOC380850, LOC630951, Fbp2, Fbp1, LOC100042090, EG665524, 2010111I01Rik
Downstream genePtch1, C030010C08Rik, 0610007P08Rik, 9330134C04Rik, EG665575, Hsd17b3, Slc35d2, Zfp367, Habp4, Cdc14b, 1110018J18Rik, Ctsl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323J07.bB6Ng01-323J07.g
ACCGA112121GA112122
length7931,096
definitionB6Ng01-323J07.b B6Ng01-323J07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,530,089 - 63,531,003)(63,406,848 - 63,407,926)
sequence
gaattcactatgtagaccaggctggtcttgaactcacagacatctgcctg
cctctgcctcccaagtgctggaattaaaggcgtgtgccccactcttaaat
catcccctccttttgagatacaagtttttcttgttccttggcatgaggag
tctctaataggccttgatcatcctttttctgagccttttctgctgtgaga
agaaagagtccttgtacaaatcactctcctcttgcaatgggtcttcccat
atcgtcaggtcaggctggctttaaatccagaggtcaggcctgtgtctttg
agagccagggcttcagtcgtgggccatcacacttagcttttggaaattgc
ccatcactgaggggctacattcacttataagctatgaaatgaatttggaa
ttggtcagtgggggccggaactcagactcagaattctttgcatgacttta
atggttttagactcacaaatctgtggccaatcctggctccactcagtctc
agacagcctttggtttgttttcttgttctatagattaaccttttcttgga
agttcttctagacatttcacatttatataatatgaaataggtaactgtgt
ctggctttttccccctaacataatgattttgagattcacctaggtagtag
catgtatcagtcgtttagtcctgtttattgatgactagtatattgtatgt
tccgtgtttggatttccaggtgatggacatttaggttgagattattttag
tcattaagaataacagttatgtgattttgggggtgggggtggg
ggggccccttggctggtctgtggggtttacgaggtgggagggaggagcag
ccatccggctattcaggggacggttttatggcccccttcccacccattga
tgctgtcggagagattgatgaaccaataaggcagttctcttcagaccaat
gaccagacagtgtgagacagggaggagactggggcaagcggaggaagttt
cccaggatggggtgggctgctgaggagaccggctcttggtgttggcatgt
gtagccccagtgggaagactggccagaaagaagccctgccttggtggttg
atcccgctgggagtgtccatgtccgtgttctcggagaagcataggaaaca
agaggtacagtcaccagaatgtggcctcagcagctggcgatggccccaga
aacctggcatgacaggacgtgtgtgcaagcttgggttggagatacaatgc
cctttctcttcagctggcttgtaaaatcaaatctggccaattcagtgaaa
caggcttgggctggcttatgagtccccgaggacagaacaggaatgagtat
gggacctctcccatctgtcctgggtccaccactgtctcttgtctgtataa
tgaccttacctaggcactggcagggtggaccaggaacatggacggggcag
gccctaaccggctgtccattccatggcattccaggaaagcgatccaccag
actgtgttctgtcctggctacatagcttattgtggctatgtctggataca
gaatgtctggatacagagtaggtgtgtgccctgcggcttctcatttctta
agccacctttgtcattttgcctataattttctacacacacacacacacac
cttttagagcctggtacccagctgtagcactcaagagtcccaagttctag
gaagttcttgtctacttccagcaggtcctcccttgctgcctcacctgtcc
gatggattaacctaatagggagagtgtggcctttcttaaaccaaggtgga
aacttgaggcttgaaaagcctgcgggggagccgagtccgccttgagccta
acccaagcccttacctcaacttcctcaccttcacactgcactgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_63530089_63531003
seq2: B6Ng01-323J07.b_48_840 (reverse)

seq1  CCCACTATGGTAGGTGTCACTGAAAACAAGTGTTGATGAGGATGGATCAA  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GACCCTCACACACTGCTGCTGGGAATGTAGATGGCCACACAATTAAATTT  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACTACATAGCCCTGCCCACCCACCCCACCCCACCCCCAAAATCACATAAC  150
                        |||||    |||||||||||||||||||||||
seq2  ------------------CCCAC----CCCCACCCCCAAAATCACATAAC  28

seq1  TGTTATTCTTAATGACTAAAATAATCTCAACCTAAATGTCCATCACCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTCTTAATGACTAAAATAATCTCAACCTAAATGTCCATCACCTGG  78

seq1  AAATCCAAACACGGAACATACAATATACTAGTCATCAATAAACAGGACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAAACACGGAACATACAATATACTAGTCATCAATAAACAGGACTA  128

seq1  AACGACTGATACATGCTACTACCTAGGTGAATCTCAAAATCATTATGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGACTGATACATGCTACTACCTAGGTGAATCTCAAAATCATTATGTTA  178

seq1  GGGGGAAAAAGCCAGACACAGTTACCTATTTCATATTATATAAATGTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAAAAAGCCAGACACAGTTACCTATTTCATATTATATAAATGTGAA  228

seq1  ATGTCTAGAAGAACTTCCAAGAAAAGGTTAATCTATAGAACAAGAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTAGAAGAACTTCCAAGAAAAGGTTAATCTATAGAACAAGAAAACA  278

seq1  AACCAAAGGCTGTCTGAGACTGAGTGGAGCCAGGATTGGCCACAGATTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGGCTGTCTGAGACTGAGTGGAGCCAGGATTGGCCACAGATTTG  328

seq1  TGAGTCTAAAACCATTAAAGTCATGCAAAGAATTCTGAGTCTGAGTTCCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTAAAACCATTAAAGTCATGCAAAGAATTCTGAGTCTGAGTTCCG  378

seq1  GCCCCCACTGACCAATTCCAAATTCATTTCATAGCTTATAAGTGAATGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCACTGACCAATTCCAAATTCATTTCATAGCTTATAAGTGAATGTA  428

seq1  GCCCCTCAGTGATGGGCAATTTCCAAAAGCTAAGTGTGATGGCCCACGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTCAGTGATGGGCAATTTCCAAAAGCTAAGTGTGATGGCCCACGAC  478

seq1  TGAAGCCCTGGCTCTCAAAGACACAGGCCTGACCTCTGGATTTAAAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCCTGGCTCTCAAAGACACAGGCCTGACCTCTGGATTTAAAGCCA  528

seq1  GCCTGACCTGACGATATGGGAAGACCCATTGCAAGAGGAGAGTGATTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACCTGACGATATGGGAAGACCCATTGCAAGAGGAGAGTGATTTGT  578

seq1  ACAAGGACTCTTTCTTCTCACAGCAGAAAAGGCTCAGAAAAAGGATGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGACTCTTTCTTCTCACAGCAGAAAAGGCTCAGAAAAAGGATGATC  628

seq1  AAGGCCTATTAGAGACTCCTCATGCCAAGGAACAAGAAAAACTTGTATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTATTAGAGACTCCTCATGCCAAGGAACAAGAAAAACTTGTATCT  678

seq1  CAAAAGGAGGGGATGATTTAAGAGTGGGGCACACGCCTTTAATTCCAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGAGGGGATGATTTAAGAGTGGGGCACACGCCTTTAATTCCAGCA  728

seq1  CTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATGTCTGTGAGTTCAAGACCAGCCTGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATGTCTGTGAGTTCAAGACCAGCCTGGT  778

seq1  CTACATAGTGAATTC  915
      |||||||||||||||
seq2  CTACATAGTGAATTC  793

seq1: chr13_63406848_63407926
seq2: B6Ng01-323J07.g_72_1167

seq1  GGGGCCCCTTGGCTGGTCTGTGGGGTTTACGAGGTGGGAGGGAGGAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCCCTTGGCTGGTCTGTGGGGTTTACGAGGTGGGAGGGAGGAGCAG  50

seq1  CCATCCGGCTATTCAGGGGACGGTTTTATGGCCCCCTTCCCACCCATTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCGGCTATTCAGGGGACGGTTTTATGGCCCCCTTCCCACCCATTGA  100

seq1  TGCTGTCGGAGAGATTGATGAACCAATAAGGCAGTTCTCTTCAGACCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCGGAGAGATTGATGAACCAATAAGGCAGTTCTCTTCAGACCAAT  150

seq1  GACCAGACAGTGTGAGACAGGGAGGAGACTGGGGCAAGCGGAGGAAGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGACAGTGTGAGACAGGGAGGAGACTGGGGCAAGCGGAGGAAGTTT  200

seq1  CCCAGGATGGGGTGGGCTGCTGAGGAGACCGGCTCTTGGTGTTGGCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGATGGGGTGGGCTGCTGAGGAGACCGGCTCTTGGTGTTGGCATGT  250

seq1  GTAGCCCCAGTGGGAAGACTGGCCAGAAAGAAGCCCTGCCTTGGTGGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCCCAGTGGGAAGACTGGCCAGAAAGAAGCCCTGCCTTGGTGGTTG  300

seq1  ATCCCGCTGGGAGTGTCCATGTCCGTGTTCTCGGAGAAGCATAGGAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGCTGGGAGTGTCCATGTCCGTGTTCTCGGAGAAGCATAGGAAACA  350

seq1  AGAGGTACAGTCACCAGAATGTGGCCTCAGCAGCTGGCGATGGCCCCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTACAGTCACCAGAATGTGGCCTCAGCAGCTGGCGATGGCCCCAGA  400

seq1  AACCTGGCATGACAGGACGTGTGTGCAAGCTTGGGTTGGAGATACAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGGCATGACAGGACGTGTGTGCAAGCTTGGGTTGGAGATACAATGC  450

seq1  CCTTTCTCTTCAGCTGGCTTGTAAAATCAAATCTGGCCAATTCAGTGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCTTCAGCTGGCTTGTAAAATCAAATCTGGCCAATTCAGTGAAA  500

seq1  CAGGCTTGGGCTGGCTTATGAGTCCCCGAGGACAGAACAGGAATGAGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGGGCTGGCTTATGAGTCCCCGAGGACAGAACAGGAATGAGTAT  550

seq1  GGGACCTCTCCCATCTGTCCTGGGTCCACCACTGTCTCTTGTCTGTATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTCTCCCATCTGTCCTGGGTCCACCACTGTCTCTTGTCTGTATAA  600

seq1  TGACCTTACCTAGGCACTGGCAGGGTGGACCAGGAACATGGACGGGGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTACCTAGGCACTGGCAGGGTGGACCAGGAACATGGACGGGGCAG  650

seq1  GCCCTAACCGGCTGTCCATTCCATGGCATTCCAGGAAAGCGATCCACCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAACCGGCTGTCCATTCCATGGCATTCCAGGAAAGCGATCCACCAG  700

seq1  ACTGTGTTCTGTCCTGGCTACATAGCTTATTGTGGCTATGTCTGGATACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTTCTGTCCTGGCTACATAGCTTATTGTGGCTATGTCTGGATACA  750

seq1  GAATGTCTGGATACAGAGTAGGTGTGTGCCCTGCGGCTTCTCATTTCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTCTGGATACAGAGTAGGTGTGTGCCCTGCGGCTTCTCATTTCTTA  800

seq1  AGCCACCTTTGTCATTTTGCCTATAATTTCTTACACACACACACACACAC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCTTTGTCATTTTGCCTATAATTTTCTACACACACACACACACAC  850

seq1  C-TTTAGAGCCTGGTACCCAGCTGTAGCACTCAAGAGTCCCAAGTTCTAG  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGAGCCTGGTACCCAGCTGTAGCACTCAAGAGTCCCAAGTTCTAG  900

seq1  GAAGTTCTTGTCTAC-TCCAGCAGGTCCTCCCTTGCTGCC-CA-CTGTCC  946
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  GAAGTTCTTGTCTACTTCCAGCAGGTCCTCCCTTGCTGCCTCACCTGTCC  950

seq1  GATGGATTAACCT-ATAGGAGAAGTGTGGCCTT--CTAAACC-AGGTGG-  991
      ||||||||||||| |||||   |||||||||||   |||||| |||||| 
seq2  GATGGATTAACCTAATAGGGAGAGTGTGGCCTTTCTTAAACCAAGGTGGA  1000

seq1  AACTTGAGGCTTGAAAAG-CTGC-GGGGAGCCGAG-CCGCC-TGAGCCTA  1037
      |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  AACTTGAGGCTTGAAAAGCCTGCGGGGGAGCCGAGTCCGCCTTGAGCCTA  1050

seq1  ACACA--GCCTTACCTCA--CTCCTCACCTTCACACTGCAGTGTTG  1079
      || ||   ||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACCCAAGCCCTTACCTCAACTTCCTCACCTTCACACTGCACTGTTG  1096