BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328E20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 6,702,910 - 6,787,944
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700016G22Rik, Klf6, LOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
Downstream geneLOC667611, EG623516
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328E20.bB6Ng01-328E20.g
ACCGA115605GA115606
length1,1451,192
definitionB6Ng01-328E20.b B6Ng01-328E20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,786,792 - 6,787,944)(6,702,910 - 6,704,104)
sequence
gaattcagactgccacacaaggtaaggattgtaacatacgttggactaga
atcatttattagttggtatttttgtgtgcttctctttagaagaaaaagaa
aggcaaacgtctgcggaagagaaatcatatgtttgtaaagtatctagggc
aacagcatgccttctccttggtcagtttcccatctttcctaccagacaat
gggaacgaggtcaggcttctactgaaattattacaataataacagagttc
aatagattcaaagtggactaagtcagctttaaacatttcataacccaggt
tgagataagagactgtttccatctaatgagaaaatacagctaactctaat
atctcatgacttaagcattctaatggaatccagctatgtctttgtgtttc
tgtcatacctaaaaggtcccaaggaagacagttttagaatgctcataact
actttttgagagtggacattcctaagatacttccttcatctctctctctt
ttgatcactacctttgtttgtcaaaacagaatatgccagttgttttccta
tcccatggagtcgattctacctctcagaaaaagagtgacatatcacaggt
gaaacacaggactgttagccaattttggcctttaagaactagaattctta
atattaggcaagtaatcaagattctaaaagacaaataaagcaagttcgct
ctcatggatgatacctgtttctgacacaggcacatccagaaagaatgggt
ggctgagaaggaaaggggattttgaagagaggggacaggaggaatggcag
tggggggacatggatagagtacttgttgcacttaaatgaaagagtcactg
tgagaactgggagacagtttagttaggaagtgcacctgacacccaggacc
tacatggcaggaagagacaactgactcctgcaagcagtcctattatctgc
acatgtgtgatgggtcacatgcatacacacacatgcacatacacacacac
acacacgttaatacaaaaagtttaatgttattatgaactcatcacaatac
atatacactaatgcatttttaaatatacttcagagtacaccaaaacagat
aatactatgaagtagcagaaagctcagactatgcctgtgagcata

gaattcattagtactttaagctgtctgaataaactctttaagagcacact
gaatcaagatgaatatcttttgttgttaagtgctccctccggctatgtag
tttctatatttgtaaacaacttagcccattaattacaaatgtagaagcaa
agaaaatatgtttgaagatttatggaaagggggcaatgagcaggtcgtaa
agtgaataagttaaaaaaaaagtacaacataaagaaatgtacaaaaatgg
gatttatggaagactgacttgattagaacttttaataaaaaagcctgaag
ttttattttaataaagttattaaaggcatggctaaccttcagttttacca
ataagaacactagaaaatttgctatttattaattgttgagttatcttagc
gcccccccctttttagaaagagaagttgagaacatcagtaaggtaaggac
attaaaatttaaagctcacattattaatggtagctattttttgttttctt
tttatatgtgtatgtgttggtggtatgcatgcatgtgtatatgcgttcaa
atgtgcatggatgtatatgtatgtactgctatgcatatagtatgcactgc
tgtgcatacatgtattcattcatgaagaccagaagttgatatccagagtt
ttcctcagtcactatccatggtaaatattgaggcagggtgtctcttttga
atagaaatttctgattagaataatctatctatctagctctgcctatgact
tcatctccacaagtaccaggattacagggggtcaccatgccttccaacat
gtgtgtaggtgctggggatctggactatgaccctcatgcttgtgtagaaa
gtattttgcccattgaaccatctctcaagcccatctgtagctactttaat
cactgtaaggaaatgaaattcattgttgaactaaaatgattagagagtaa
ttatcttcaaaacctttcctaaatgtaggagaacttagccaagtaggccc
agcagcaatgctggcacatgtaccactgatacttccccactgagcaactt
aatctgctgcatggctagagactactgacactgatgcagatcaggtgatg
gagcagtcatgtaaagagaacggcacccacattctggctactggacaggc
tatggaatgctgggaagccaggtataaagggattgtgcccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_6786792_6787944
seq2: B6Ng01-328E20.b_44_1188 (reverse)

seq1  TATGCTCACA-GCATAGTCTGAGCTTTCTGCCTAATTTCATAGTATTTAT  49
      |||||||||| ||||||||||||||||||||   | |||||||||||   
seq2  TATGCTCACAGGCATAGTCTGAGCTTTCTGC--TACTTCATAGTATT--A  46

seq1  TCTGTTTTGGTGTACTTCCTGGAAGGTAATATTTAAAAATGCATTAGTGT  99
      ||||||||||||||||  || ||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTGGTGTACT--CT-GAAG--TATATTTAAAAATGCATTAGTGT  91

seq1  ATATGTATTGTGATGAGTTCATAATAACATTAAACTTTTTGTATTAACGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATTGTGATGAGTTCATAATAACATTAAACTTTTTGTATTAACGT  141

seq1  GTGTGTGTGTGTGTATGTGCATGTGTGTGTATGCATGTGACCCATCACAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTATGTGCATGTGTGTGTATGCATGTGACCCATCACAC  191

seq1  ATGTGCAGATAATAGGACTGCTTGCAGGAGTCAGTTGTCTCTTCCTGCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAGATAATAGGACTGCTTGCAGGAGTCAGTTGTCTCTTCCTGCCA  241

seq1  TGTAGGTCCTGGGTGTCAGGTGCACTTCCTAACTAAACTGTCTCCCAGTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTCCTGGGTGTCAGGTGCACTTCCTAACTAAACTGTCTCCCAGTT  291

seq1  CTCACAGTGACTCTTTCATTTAAGTGCAACAAGTACTCTATCCATGTCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTGACTCTTTCATTTAAGTGCAACAAGTACTCTATCCATGTCCC  341

seq1  CCCACTGCCATTCCTCCTGTCCCCTCTCTTCAAAATCCCCTTTCCTTCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGCCATTCCTCCTGTCCCCTCTCTTCAAAATCCCCTTTCCTTCTC  391

seq1  AGCCACCCATTCTTTCTGGATGTGCCTGTGTCAGAAACAGGTATCATCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCCATTCTTTCTGGATGTGCCTGTGTCAGAAACAGGTATCATCCA  441

seq1  TGAGAGCGAACTTGCTTTATTTGTCTTTTAGAATCTTGATTACTTGCCTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCGAACTTGCTTTATTTGTCTTTTAGAATCTTGATTACTTGCCTA  491

seq1  ATATTAAGAATTCTAGTTCTTAAAGGCCAAAATTGGCTAACAGTCCTGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAGAATTCTAGTTCTTAAAGGCCAAAATTGGCTAACAGTCCTGTG  541

seq1  TTTCACCTGTGATATGTCACTCTTTTTCTGAGAGGTAGAATCGACTCCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCTGTGATATGTCACTCTTTTTCTGAGAGGTAGAATCGACTCCAT  591

seq1  GGGATAGGAAAACAACTGGCATATTCTGTTTTGACAAACAAAGGTAGTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGGAAAACAACTGGCATATTCTGTTTTGACAAACAAAGGTAGTGA  641

seq1  TCAAAAGAGAGAGAGATGAAGGAAGTATCTTAGGAATGTCCACTCTCAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGAGAGAGAGATGAAGGAAGTATCTTAGGAATGTCCACTCTCAAA  691

seq1  AAGTAGTTATGAGCATTCTAAAACTGTCTTCCTTGGGACCTTTTAGGTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTTATGAGCATTCTAAAACTGTCTTCCTTGGGACCTTTTAGGTAT  741

seq1  GACAGAAACACAAAGACATAGCTGGATTCCATTAGAATGCTTAAGTCATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAACACAAAGACATAGCTGGATTCCATTAGAATGCTTAAGTCATG  791

seq1  AGATATTAGAGTTAGCTGTATTTTCTCATTAGATGGAAACAGTCTCTTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTAGAGTTAGCTGTATTTTCTCATTAGATGGAAACAGTCTCTTAT  841

seq1  CTCAACCTGGGTTATGAAATGTTTAAAGCTGACTTAGTCCACTTTGAATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCTGGGTTATGAAATGTTTAAAGCTGACTTAGTCCACTTTGAATC  891

seq1  TATTGAACTCTGTTATTATTGTAATAATTTCAGTAGAAGCCTGACCTCGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAACTCTGTTATTATTGTAATAATTTCAGTAGAAGCCTGACCTCGT  941

seq1  TCCCATTGTCTGGTAGGAAAGATGGGAAACTGACCAAGGAGAAGGCATGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTGTCTGGTAGGAAAGATGGGAAACTGACCAAGGAGAAGGCATGC  991

seq1  TGTTGCCCTAGATACTTTACAAACATATGATTTCTCTTCCGCAGACGTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCCTAGATACTTTACAAACATATGATTTCTCTTCCGCAGACGTTT  1041

seq1  GCCTTTCTTTTTCTTCTAAAGAGAAGCACACAAAAATACCAACTAATAAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCTTTTTCTTCTAAAGAGAAGCACACAAAAATACCAACTAATAAA  1091

seq1  TGATTCTAGTCCAACGTATGTTACAATCCTTACCTTGTGTGGCAGTCTGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTAGTCCAACGTATGTTACAATCCTTACCTTGTGTGGCAGTCTGA  1141

seq1  ATTC  1153
      ||||
seq2  ATTC  1145


seq1: chr13_6702910_6704104
seq2: B6Ng01-328E20.g_67_1258

seq1  GAATTCATTAGTACTTTAAGCTGTCTGAATAAACTCTTTAAGAGCACACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAGTACTTTAAGCTGTCTGAATAAACTCTTTAAGAGCACACT  50

seq1  GAATCAAGATGAATATCTTTTGTTGTTAAGTGCTCCCTCCGGCTATGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAAGATGAATATCTTTTGTTGTTAAGTGCTCCCTCCGGCTATGTAG  100

seq1  TTTCTATATTTGTAAACAACTTAGCCCATTAATTACAAATGTAGAAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATATTTGTAAACAACTTAGCCCATTAATTACAAATGTAGAAGCAA  150

seq1  AGAAAATATGTTTGAAGATTTATGGAAAGGGGGCAATGAGCAGGTCGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATATGTTTGAAGATTTATGGAAAGGGGGCAATGAGCAGGTCGTAA  200

seq1  AGTGAATAAGTTAAAAAAAAAGTACAACATAAAGAAATGTACAAAAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATAAGTTAAAAAAAAAGTACAACATAAAGAAATGTACAAAAATGG  250

seq1  GATTTATGGAAGACTGACTTGATTAGAACTTTTAATAAAAAAGCCTGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATGGAAGACTGACTTGATTAGAACTTTTAATAAAAAAGCCTGAAG  300

seq1  TTTTATTTTAATAAAGTTATTAAAGGCATGGCTAACCTTCAGTTTTACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTAATAAAGTTATTAAAGGCATGGCTAACCTTCAGTTTTACCA  350

seq1  ATAAGAACACTAGAAAATTTGCTATTTATTAATTGTTGAGTTATCTTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAACACTAGAAAATTTGCTATTTATTAATTGTTGAGTTATCTTAGC  400

seq1  GCCCCCCCCTTTTTAGAAAGAGAAGTTGAGAACATCAGTAAGGTAAGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCCCCTTTTTAGAAAGAGAAGTTGAGAACATCAGTAAGGTAAGGAC  450

seq1  ATTAAAATTTAAAGCTCACATTATTAATGGTAGCTATTTTTTGTTTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATTTAAAGCTCACATTATTAATGGTAGCTATTTTTTGTTTTCTT  500

seq1  TTTATATGTGTATGTGTTGGTGGTATGCATGCATGTGTATATGCGTTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGTGTATGTGTTGGTGGTATGCATGCATGTGTATATGCGTTCAA  550

seq1  ATGTGCATGGATGTATATGTATGTACTGCTATGCATATAGTATGCACTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATGGATGTATATGTATGTACTGCTATGCATATAGTATGCACTGC  600

seq1  TGTGCATACATGTATTCATTCATGAAGACCAGAAGTTGATATCCAGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATACATGTATTCATTCATGAAGACCAGAAGTTGATATCCAGAGTT  650

seq1  TTCCTCAGTCACTATCCATGGTAAATATTGAGGCAGGGTGTCTCTTTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCAGTCACTATCCATGGTAAATATTGAGGCAGGGTGTCTCTTTTGA  700

seq1  ATAGAAATTTCTGATTAGAATAATCTATCTATCTAGCTCTGCCTATGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAATTTCTGATTAGAATAATCTATCTATCTAGCTCTGCCTATGACT  750

seq1  TCATCTCCACAAGTACCAGGATTACAGGGGGTCACCATGCCTTCCAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCCACAAGTACCAGGATTACAGGGGGTCACCATGCCTTCCAACAT  800

seq1  GTGTGTAGGTGCTGGGGATCTGGACTATGACCCTCATGCTTGTGTAGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTAGGTGCTGGGGATCTGGACTATGACCCTCATGCTTGTGTAGAAA  850

seq1  GTATTTTGCCCATTGAACCATCTCTCAAGCCCATCTGTAGCTACTTTAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTGCCCATTGAACCATCTCTCAAGCCCATCTGTAGCTACTTTAAT  900

seq1  CACTGTAAGGAAATGAAATTCATTGTTGAACTAAAATGATTAGAGAGTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAAGGAAATGAAATTCATTGTTGAACTAAAATGATTAGAGAGTAA  950

seq1  TTATCTTCAAAACCTTTCCTAAATGTAGGAAGAACTTAGCCAAGTAGGCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTCAAAACCTTTCCTAAATGTAGG-AGAACTTAGCCAAGTAGGCC  999

seq1  CAGCAGCAATGCTGGCACATGTACCACTGATACTTCCCCCACTGAGGCAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  CAGCAGCAATGCTGGCACATGTACCACTGATACTT-CCCCACTGA-GCAA  1047

seq1  CCTTAAATCTGCTGGCATGGCTAGAGACTACTGACACTGATGCAGGATCA  1100
      |  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  C--TTAATCTGCT-GCATGGCTAGAGACTACTGACACTGATGCA-GATCA  1093

seq1  GGTGATGGAGCAAGTCAATTGGAAAGAG-ACAGCA-CCACA-TCTGGCTA  1147
      ||||||||||| |||||  || |||||| || ||| ||||| ||||||||
seq2  GGTGATGGAGC-AGTCA--TGTAAAGAGAACGGCACCCACATTCTGGCTA  1140

seq1  CTTGACAGCCAATGAAATGCTGGG-AGGCAGGTATAAAGG---TTTGCCC  1193
      || ||||| | ||| ||||||||| || ||||||||||||   | |||||
seq2  CTGGACAGGCTATGGAATGCTGGGAAGCCAGGTATAAAGGGATTGTGCCC  1190

seq1  AG  1195
      ||
seq2  AG  1192


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |