BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330C21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,071,787 - 5,169,988
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAkr1c14, Akr1c18, LOC100039262, Akr1c13, Akr1c19, Akr1c12, Akr1c6, Akr1c20, Akr1c21, Akr1e1, EG432721, EG432723
Downstream gene1700016G22Rik, Klf6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330C21.bB6Ng01-330C21.g
ACCGA116933GA116934
length1,1861,133
definitionB6Ng01-330C21.b B6Ng01-330C21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,071,787 - 5,072,993)(5,168,845 - 5,169,988)
sequence
gaattcagtgacttataaatctattttggtatgtagtggttcaatgtcat
gacaatggtctgtttttgttcccctttattaatgacattttgatcaaacc
tgaaataacccaatacttctagaagttgcatgtcaatgcttacttaagga
aatactttaaaataaattcaagaaaaaaaaaatttttccaatttgttaaa
tgctaaaaagtaaaggttcacatgagacatgtagagtgttgaatttagaa
tgaggagccaagaaaatctaaaaggaattctcttctctaaattatgtagt
tatcttttatttattcactctaacttgtcactttgctgagactgttttga
gggaaattagcagcagatgaagttggatttcagagcttaagacgacaaag
taaacaggtgctaatatagaaaattgtttccatctgtgattgctagtatg
ctttagaaatgcttttaactcttctgctcagagctaccagtgactgggtt
attaggaaagatgtagctgctcactatgggaagacttgattgggtccatt
atccattatgtcaaaggtctactaataaagaacctgctttctaatgcact
ggataagaatagtccctacaaacactttaaatgtattttctaattgaaag
catggtgtgcacttcagaaaaacggctcatcattgagcacagggtcccca
atggaggagttacagaaaggactaaaggagctgggtatggtactgagatc
tggaatgaattacagagattgttttgatgacacttgctggacctttagga
aactcagttgttcagctgcactgtcaaaactcaagaaaagtctgatatct
cttgacacagtgacaatgatgaactataacatatttatccatatacatac
accctttattcataacttgtctgtctctcattaatcaacttatatgtata
tcatataagttgtgtgtatatgtgtgtgtgtaagctttaatgcaagattt
ttatttctgatgagatgagagagtagaaacagagactggtttttactatg
agatcttaaactacagaatctgaatatgcagatttagaatacaaatcatt
tacttgaatacacaaactgccatgtatcctaatgaatgttacctgaactg
tctctgatgctcagaagacatttgcgagtcactctg

gaattcatttaatgctctcaactaagtttctcttgatcattgtattgcaa
acagttgcatggattaacagaactaagcaatattaatggaatagaaccaa
ctcaaatgtccaccaacagaacagattatgaaaatgtgacaaatcaacat
aatggaattttgtttatgtgcatataaaaaggaaaacgtataaaacttaa
aagtattatatgagtgaatgacccaatctcagacagacaaaaatatcttg
ttttctatcaaatttggatcctaacttctaatgtttgtgtgtatattaat
aagggcttgtataattttatgtagactatgatatagacaaccagaagagg
aaaacaaaacaaattcggaaaagagaaggggatgccacatgaaaggagaa
tgcttggggagggaaggagccctggaaaataaccactattgtgttgttgg
gacattctggctcaaagtaaaatgtgaacattttattcaatgtagtaact
gatcgaatacaagcaaaagaggtatgaagcacattccctgtaatgtgtgc
agttaagtgaatgctcacaagaaataatgcacagcaacagaacattcatg
tgtattttctatcttacagctttgcatatttcctgctttatgcatgccat
taatcttgtagttgagtaagctaaatgggacatggatgaatagcatgcct
gtatactttgacgtgtgctaatctaaagctagctagtcccctaatatttc
cattctgtgctcttttctctacatcttatattcagcatgagcttttttac
tgtctctgagaatggagcattagtggatgggtcatagtctcattatcttt
cagggtatttggagaatatcctttcccattataagtatcactcatggaaa
cagtgaaagaaggaggttacattgagaatcaatggcacttggaatttttc
ctgaccattccttgttggggagagtgagagttaatatatcttaaatctct
ctgagaggatatcctacatatgaacaagtgattaaacatgaatttgcgtt
caacaaagctgtgactttgctaaagtaagttgtaaatatttctcaattta
atctcatgcctagaccattggagtagtcacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5071787_5072993
seq2: B6Ng01-330C21.b_51_1236

seq1  GAATTCAGTGACTTATAAATCTATTTTGGTATGTAGTGGTTCAATGTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGACTTATAAATCTATTTTGGTATGTAGTGGTTCAATGTCAT  50

seq1  GACAATGGTCTGTTTTTGTTCCCCTTTATTAATGACATTTTGATCAAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGGTCTGTTTTTGTTCCCCTTTATTAATGACATTTTGATCAAACC  100

seq1  TGAAATAACCCAATACTTCTAGAAGTTGCATGTCAATGCTTACTTAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAACCCAATACTTCTAGAAGTTGCATGTCAATGCTTACTTAAGGA  150

seq1  AATACTTTAAAATAAATTCAAGAAAAAAAAAATTTTTCCAATTTGTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTTAAAATAAATTCAAGAAAAAAAAAATTTTTCCAATTTGTTAAA  200

seq1  TGCTAAAAAGTAAAGGTTCACATGAGACATGTAGAGTGTTGAATTTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAAAAGTAAAGGTTCACATGAGACATGTAGAGTGTTGAATTTAGAA  250

seq1  TGAGGAGCCAAGAAAATCTAAAAGGAATTCTCTTCTCTAAATTATGTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGCCAAGAAAATCTAAAAGGAATTCTCTTCTCTAAATTATGTAGT  300

seq1  TATCTTTTATTTATTCACTCTAACTTGTCACTTTGCTGAGACTGTTTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTTATTTATTCACTCTAACTTGTCACTTTGCTGAGACTGTTTTGA  350

seq1  GGGAAATTAGCAGCAGATGAAGTTGGATTTCAGAGCTTAAGACGACAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATTAGCAGCAGATGAAGTTGGATTTCAGAGCTTAAGACGACAAAG  400

seq1  TAAACAGGTGCTAATATAGAAAATTGTTTCCATCTGTGATTGCTAGTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGGTGCTAATATAGAAAATTGTTTCCATCTGTGATTGCTAGTATG  450

seq1  CTTTAGAAATGCTTTTAACTCTTCTGCTCAGAGCTACCAGTGACTGGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGAAATGCTTTTAACTCTTCTGCTCAGAGCTACCAGTGACTGGGTT  500

seq1  ATTAGGAAAGATGTAGCTGCTCACTATGGGAAGACTTGATTGGGTCCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAAAGATGTAGCTGCTCACTATGGGAAGACTTGATTGGGTCCATT  550

seq1  ATCCATTATGTCAAAGGTCTACTAATAAAGAACCTGCTTTCTAATGCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTATGTCAAAGGTCTACTAATAAAGAACCTGCTTTCTAATGCACT  600

seq1  GGATAAGAATAGTCCCTACAAACACTTTAAATGTATTTTCTAATTGAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAGAATAGTCCCTACAAACACTTTAAATGTATTTTCTAATTGAAAG  650

seq1  CATGGTGTGCACTTCAGAAAAACGGCTCATCATTGAGCACAGGGTCCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGTGCACTTCAGAAAAACGGCTCATCATTGAGCACAGGGTCCCCA  700

seq1  ATGGAGGAGTTACAGAAAGGACTAAAGGAGCTGGGTATGGTACTGAGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGAGTTACAGAAAGGACTAAAGGAGCTGGGTATGGTACTGAGATC  750

seq1  TGGAATGAATTACAGAGATTGTTTTGATGACACTTGCTGGACCTTTAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGAATTACAGAGATTGTTTTGATGACACTTGCTGGACCTTTAGGA  800

seq1  AACTCAGTTGTTCAGCTGCACTGTCAAAACTCAAGAAAAGTCTGATATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGTTGTTCAGCTGCACTGTCAAAACTCAAGAAAAGTCTGATATCT  850

seq1  CTTGACACAGTGACAATGATGAACTATAACATATTTATCCATATACATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACACAGTGACAATGATGAACTATAACATATTTATCCATATACATAC  900

seq1  ACCCTTTATTCATAACTTGTCTGTCTCTCATTAATCAACTTATATGTATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTATTCATAACTTGTCTGTCTCTCATTAATCAACTTATATGTATA  950

seq1  TCATATAAGTTGTGTGTATATGTGTGTGTGTAAGCTTTAATGCAAGATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAAGTTGTGTGTATATGTGTGTGTGTAAGCTTTAATGCAAGATTT  1000

seq1  TTATTTCTGATGAGATGAAGAAGAGTAGAAACAGAGACTTGGTTTTTACT  1050
      ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTATTTCTGATGAGATGA--GAGAGTAGAAACAGAGAC-TGGTTTTTACT  1047

seq1  ATGAGAATCTTAAACTACAGAATCTG-ATATGCAGATTTTAGGAAATACC  1099
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||| 
seq2  ATGAG-ATCTTAAACTACAGAATCTGAATATGCAGA-TTTAG--AATAC-  1092

seq1  AAAATTCATTTTAACTTTGAATAAACACAAAACTGGCAATGTTATCTCTA  1149
        || ||||||  || ||||||| ||   ||||| || ||| |||| |||
seq2  --AAATCATTT--AC-TTGAATACAC---AAACT-GCCATG-TATC-CTA  1131

seq1  TATGTAATTGTTATACATGACATGCCTCTGATGCTCAGAAGACATTTGC-  1198
       |||  | |||  ||| |||  || |||||||||||||||||||||||| 
seq2  -ATG--AATGT--TACCTGAACTGTCTCTGATGCTCAGAAGACATTTGCG  1176

seq1  AGTCA-TCTG  1207
      ||||| ||||
seq2  AGTCACTCTG  1186


seq1: chr13_5168845_5169988
seq2: B6Ng01-330C21.g_65_1197 (reverse)

seq1  AAAGTGCACTACTCCAAATGTGTCTAGGCATGAGAATTTAAATGAGAAAA  50
      |||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||| || |||| |||
seq2  AAAGTG-ACTACTCC-AATG-GTCTAGGCATGAG-ATTAAATTGAG-AAA  45

seq1  TATTTACAACTTTACTTTAGCCAAAGTCACAGCTTTG-TGAACGCAAATT  99
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATTTACAAC-TTACTTTAG-CAAAGTCACAGCTTTGTTGAACGCAAATT  93

seq1  CATGTTTAATCACTTGTTTTCATATGTAGGATATTCCTCTTCAGGAGAGA  149
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||
seq2  CATGTTTAATCACTTG--TTCATATGTAGGATA-TCCTC-TCA-GAGAGA  138

seq1  TTTAAAGATATATTAACTCTCACTCTCCCCAACAAGGAATGGTCAGGAAA  199
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT-AAGATATATTAACTCTCACTCTCCCCAACAAGGAATGGTCAGGAAA  187

seq1  AATTCCAAGTGCCATTGATTCTCAATGTAACCTCCTTCTTTCACTG-TTC  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATTCCAAGTGCCATTGATTCTCAATGTAACCTCCTTCTTTCACTGTTTC  237

seq1  CATGAGTGATACTTATAATGGGAAAGGATATTCTCCAAATACCCTGAAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTGATACTTATAATGGGAAAGGATATTCTCCAAATACCCTGAAAG  287

seq1  ATAATGAGACTATGACCCATCCACTAATGCTCCATTCTCAGAGACAGTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAGACTATGACCCATCCACTAATGCTCCATTCTCAGAGACAGTAA  337

seq1  AAAAGCTCATGCTGAATATAAGATGTAGAGAAAAGAGCACAGAATGGAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTCATGCTGAATATAAGATGTAGAGAAAAGAGCACAGAATGGAAA  387

seq1  TATTAGGGGACTAGCTAGCTTTAGATTAGCACACGTCAAAGTATACAGGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGGGACTAGCTAGCTTTAGATTAGCACACGTCAAAGTATACAGGC  437

seq1  ATGCTATTCATCCATGTCCCATTTAGCTTACTCAACTACAAGATTAATGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATTCATCCATGTCCCATTTAGCTTACTCAACTACAAGATTAATGG  487

seq1  CATGCATAAAGCAGGAAATATGCAAAGCTGTAAGATAGAAAATACACATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATAAAGCAGGAAATATGCAAAGCTGTAAGATAGAAAATACACATG  537

seq1  AATGTTCTGTTGCTGTGCATTATTTCTTGTGAGCATTCACTTAACTGCAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCTGTTGCTGTGCATTATTTCTTGTGAGCATTCACTTAACTGCAC  587

seq1  ACATTACAGGGAATGTGCTTCATACCTCTTTTGCTTGTATTCGATCAGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACAGGGAATGTGCTTCATACCTCTTTTGCTTGTATTCGATCAGTT  637

seq1  ACTACATTGAATAAAATGTTCACATTTTACTTTGAGCCAGAATGTCCCAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATTGAATAAAATGTTCACATTTTACTTTGAGCCAGAATGTCCCAA  687

seq1  CAACACAATAGTGGTTATTTTCCAGGGCTCCTTCCCTCCCCAAGCATTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACAATAGTGGTTATTTTCCAGGGCTCCTTCCCTCCCCAAGCATTCT  737

seq1  CCTTTCATGTGGCATCCCCTTCTCTTTTCCGAATTTGTTTTGTTTTCCTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCATGTGGCATCCCCTTCTCTTTTCCGAATTTGTTTTGTTTTCCTC  787

seq1  TTCTGGTTGTCTATATCATAGTCTACATAAAATTATACAAGCCCTTATTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTTGTCTATATCATAGTCTACATAAAATTATACAAGCCCTTATTA  837

seq1  ATATACACACAAACATTAGAAGTTAGGATCCAAATTTGATAGAAAACAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACACAAACATTAGAAGTTAGGATCCAAATTTGATAGAAAACAAG  887

seq1  ATATTTTTGTCTGTCTGAGATTGGGTCATTCACTCATATAATACTTTTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTGTCTGTCTGAGATTGGGTCATTCACTCATATAATACTTTTAA  937

seq1  GTTTTATACGTTTTCCTTTTTATATGCACATAAACAAAATTCCATTATGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATACGTTTTCCTTTTTATATGCACATAAACAAAATTCCATTATGT  987

seq1  TGATTTGTCACATTTTCATAATCTGTTCTGTTGGTGGACATTTGAGTTGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGTCACATTTTCATAATCTGTTCTGTTGGTGGACATTTGAGTTGG  1037

seq1  TTCTATTCCATTAATATTGCTTAGTTCTGTTAATCCATGCAACTGTTTGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTCCATTAATATTGCTTAGTTCTGTTAATCCATGCAACTGTTTGC  1087

seq1  AATACAATGATCAAGAGAAACTTAGTTGAGAGCATTAAATGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAATGATCAAGAGAAACTTAGTTGAGAGCATTAAATGAATTC  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |