BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330D22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 96,112,694 - 96,252,758
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAggf1, Crhbp, S100z
Upstream geneENSMUSG00000042857, Ap3b1, Tbca, Otp, Wdr41, Pde8b, Zbed3
Downstream geneF2rl1, F2r, Iqgap2, F2rl2, Sv2c, LOC667582, 1200014M14Rik, 9330128J19Rik, Polk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330D22.bB6Ng01-330D22.g
ACCGA116980GA116981
length866881
definitionB6Ng01-330D22.b B6Ng01-330D22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,251,895 - 96,252,758)(96,112,694 - 96,113,574)
sequence
gaattctccaggtggggcagtcggctctgcagttaagagtactggccgtt
ctagcagaggacccagttcaggtcccagcacccacatagtggctcacaac
tctcagtaactcctagttccagaggatccaactcctctttggcctcctag
ccacaccacgcaccagcaccatacacattaaataagcaattcatagacac
ataaacaaataaaatagaatttaaaaatctcaagcttgtgaatttcatcc
acctccgccctcccccgtccccagtcatctttcttttaaacttcttcact
cacttccacttgctccttctttggacactaactgtgatgtagaactgggc
gttttagctctgagagtccagagtcatgcatcgatgaaaggagtacacat
tgagacaacaatggctcttctgcgcatttgtcaccagtgtgtctgtgtcc
ccagggtgacagagccttgttgaaccctggtgttacctttgtttcttaat
gttttctggagatctcagaccggggctgggtttttttttccttttttttt
taattaggtattttcttcatttacatttccaatgctatcccaaaaatccc
cccacaccctcccccccactcccctacccacccactcccactttttggcc
ctggcattcccctgtactgaggcatataaagtttgcaagaccaatggggc
ctctctttccaatgatggccgactaggccatcttctgatacatgtgcagc
tagagacacgagctccgggggttactggttagttcatattgttgttccac
ctatagggttgcgttcccctttacctccttggggtgctttctcaagctcc
tacattgggggccctg
gaattcatgtccgcatcctaccatgggctaaggtgggtgtaagagaggga
cgggtgtgcaactctcctagaattgatgccacagttcggcctaagctgcc
ccttcagacatctttttgccccgtgcaggggacacttagacttctgggac
agatattttggaaaatgagtatcaagaatgtctctagagagaaattagtc
tccaaggatcctgaaaacatctatgactgtggaccaaattaaataggaag
cctgtagtggtgtatgggcagttaccaacactggagtgaatgggcggggt
tatagctcagaagcagggtggttggattagcaagcttgaaaccctgggtt
aaatccccagaaccatttaggttaaaaaaataaataaatctggggctgga
gagatagctcagtggttaagagcactgactgctcttccagaggtcctgaa
tttcaattcccaggaaccatgtgatagcacacaaccatctgtaatgggat
tcttctggtgtgtcagctacaatgtactcatatacataaataaatctatt
ttgtaaaaaaaaaaaaaatccaagcttcctgccacttaatggtcttaacc
atgccaaaccctaaccttggcctcagtctgctcatctgtaagatggaggt
aatatacatctcaccaggctggggtgaggaagacgcaagttagccaaaag
ctggcatctggttaggcccaatgactgggacttccatttcttactttatc
tgataaagagcccaaaggcaaccctccgcccatcagacaggaaagctccc
tggaggactcctaagtgaggtggtacagaagctacagatacagtttgtaa
agccattcttcctttcctaagccaaaggaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_96251895_96252758
seq2: B6Ng01-330D22.b_51_916 (reverse)

seq1  CAGGGCCCCCAATGTAGGAGCTAGAGAAAGCA-CCCAAGGAGCTAAAGGG  49
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  CAGGGCCCCCAATGTAGGAGCTTGAGAAAGCACCCCAAGGAGGTAAAGGG  50

seq1  AACTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTAACCCCC  99
       |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTAACCCCC  100

seq1  GGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCACATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCACATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCC  150

seq1  ATCATTGGAAAGAGAGG-CCCATTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCTCAG  198
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTGGAAAGAGAGGCCCCATTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCTCAG  200

seq1  TACAGGGGAATGCCAGGGCCAAAAAGTGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGGGAATGCCAGGGCCAAAAAGTGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTG  250

seq1  GGGGGGAGGGTGTGGGGGGATTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGAGGGTGTGGGGGGATTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGA  300

seq1  AGAAAATACCTAATTAAAAAAAAAAGGAAAAAAAAACCCAGCCCCGGTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATACCTAATTAAAAAAAAAAGGAAAAAAAAACCCAGCCCCGGTCT  350

seq1  GAGATCTCCAGAAAACATTAAGAAACAAAGGTAACACCAGGGTTCAACAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTCCAGAAAACATTAAGAAACAAAGGTAACACCAGGGTTCAACAA  400

seq1  GGCTCTGTCACCCTGGGGACACAGACACACTGGTGACAAATGCGCAGAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGTCACCCTGGGGACACAGACACACTGGTGACAAATGCGCAGAAG  450

seq1  AGCCATTGTTGTCTCAATGTGTACTCCTTTCATCGATGCATGACTCTGGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTGTTGTCTCAATGTGTACTCCTTTCATCGATGCATGACTCTGGA  500

seq1  CTCTCAGAGCTAAAACGCCCAGTTCTACATCACAGTTAGTGTCCAAAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGAGCTAAAACGCCCAGTTCTACATCACAGTTAGTGTCCAAAGAA  550

seq1  GGAGCAAGTGGAAGTGAGTGAAGAAGTTTAAAAGAAAGATGACTGGGGAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAGTGGAAGTGAGTGAAGAAGTTTAAAAGAAAGATGACTGGGGAC  600

seq1  GGGGGAGGGCGGAGGTGGATGAAATTCACAAGCTTGAGATTTTTAAATTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGGGCGGAGGTGGATGAAATTCACAAGCTTGAGATTTTTAAATTC  650

seq1  TATTTTATTTGTTTATGTGTCTATGAATTGCTTATTTAATGTGTATGGTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATTTGTTTATGTGTCTATGAATTGCTTATTTAATGTGTATGGTG  700

seq1  CTGGTGCGTGGTGTGGCTAGGAGGCCAAAGAGGAGTTGGATCCTCTGGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGCGTGGTGTGGCTAGGAGGCCAAAGAGGAGTTGGATCCTCTGGAA  750

seq1  CTAGGAGTTACTGAGAGTTGTGAGCCACTATGTGGGTGCTGGGACCTGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAGTTACTGAGAGTTGTGAGCCACTATGTGGGTGCTGGGACCTGAA  800

seq1  CTGGGTCCTCTGCTAGAACGGCCAGTACTCTTAACTGCAGAGCCGACTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCCTCTGCTAGAACGGCCAGTACTCTTAACTGCAGAGCCGACTGC  850

seq1  CCCACCTGGAGAATTC  864
      ||||||||||||||||
seq2  CCCACCTGGAGAATTC  866

seq1: chr13_96112694_96113574
seq2: B6Ng01-330D22.g_68_948

seq1  GAATTCATGTCCGCATCCTACCATGGGCTAAGGTGGGTGTAAGAGAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTCCGCATCCTACCATGGGCTAAGGTGGGTGTAAGAGAGGGA  50

seq1  CGGGTGTGCAACTCTCCTAGAATTGATGCCACAGTTCGGCCTAAGCTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTGTGCAACTCTCCTAGAATTGATGCCACAGTTCGGCCTAAGCTGCC  100

seq1  CCTTCAGACATCTTTTTGCCCCGTGCAGGGGACACTTAGACTTCTGGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGACATCTTTTTGCCCCGTGCAGGGGACACTTAGACTTCTGGGAC  150

seq1  AGATATTTTGGAAAATGAGTATCAAGAATGTCTCTAGAGAGAAATTAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTTGGAAAATGAGTATCAAGAATGTCTCTAGAGAGAAATTAGTC  200

seq1  TCCAAGGATCCTGAAAACATCTATGACTGTGGACCAAATTAAATAGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGATCCTGAAAACATCTATGACTGTGGACCAAATTAAATAGGAAG  250

seq1  CCTGTAGTGGTGTATGGGCAGTTACCAACACTGGAGTGAATGGGCGGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGTGGTGTATGGGCAGTTACCAACACTGGAGTGAATGGGCGGGGT  300

seq1  TATAGCTCAGAAGCAGGGTGGTTGGATTAGCAAGCTTGAAACCCTGGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTCAGAAGCAGGGTGGTTGGATTAGCAAGCTTGAAACCCTGGGTT  350

seq1  AAATCCCCAGAACCATTTAGGTTAAAAAAATAAATAAATCTGGGGCTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCCAGAACCATTTAGGTTAAAAAAATAAATAAATCTGGGGCTGGA  400

seq1  GAGATAGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAA  450

seq1  TTTCAATTCCCAGGAACCATGTGATAGCACACAACCATCTGTAATGGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATTCCCAGGAACCATGTGATAGCACACAACCATCTGTAATGGGAT  500

seq1  TCTTCTGGTGTGTCAGCTACAATGTACTCATATACATAAATAAATCTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGTGTGTCAGCTACAATGTACTCATATACATAAATAAATCTATT  550

seq1  TTGTAAAAAAAAAAAAAATCCAAGCTTCCTGCCACTTAATGGTCTTAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAAAAAAAAAAAATCCAAGCTTCCTGCCACTTAATGGTCTTAACC  600

seq1  ATGCCAAACCCTAACCTTGGCCTCAGTCTGCTCATCTGTAAGATGGAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAACCCTAACCTTGGCCTCAGTCTGCTCATCTGTAAGATGGAGGT  650

seq1  AATATACATCTCACCAGGCTGGGGTGAGGAAGACGCAAGTTAGCCAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACATCTCACCAGGCTGGGGTGAGGAAGACGCAAGTTAGCCAAAAG  700

seq1  CTGGCATCTGGTTAGGCCCAATGACTGGGACTTCCATTTCTTACTTTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATCTGGTTAGGCCCAATGACTGGGACTTCCATTTCTTACTTTATC  750

seq1  TGATAAAGAGCCCAAAGGCAACCCTCCGCCCATCAGAAAGGAAAGGCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TGATAAAGAGCCCAAAGGCAACCCTCCGCCCATCAGACAGGAAA-GCTCC  799

seq1  CTGGAGGACTCCTAAGTGAGGTGGCACAGAAGCCACAGAAACAGTTTGTA  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
seq2  CTGGAGGACTCCTAAGTGAGGTGGTACAGAAGCTACAGATACAGTTTGTA  849

seq1  AAGCCATTC-TCCTTCCCAAGCCCAAAGGAAC  881
      ||||||||| ||||| || |  ||||||||||
seq2  AAGCCATTCTTCCTTTCCTAAGCCAAAGGAAC  881