BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331B22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 76,051,655 - 76,153,234
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRhobtb3, LOC666553, LOC622313, Spata9, Rfesd
Upstream genePcsk1, LOC672443, LOC666764, LOC100042606, LOC100042986, Ell2, LOC666786, Glrx
Downstream geneLOC100043008, Gpr150, Arsk, AK129128, Gm276, Mctp1, LOC666603, EG666607
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331B22.bB6Ng01-331B22.g
ACCGA117577GA117578
length1,1771,140
definitionB6Ng01-331B22.b B6Ng01-331B22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,051,655 - 76,052,813)(76,152,101 - 76,153,234)
sequence
gaattctctgtgcacacgaggatattccaagttccagatgtttctgtccc
caatccctttaaacagttactccttggccacctctcaggtataagggttc
cagcaatgcagtccactgtcgggatggcaggcccatgagaggccagtaca
ggccagggaacagacttttgatcatgggcccagtaatctgagtcacgtgt
ctgagagcctcgttatagctctgtctaacagaactgtgtgtgccaatgga
aagctgcaaagcactctgaaatgtgagctgtatctaacactcaaggaatc
tctctctctctctctctctctcttttttttcttttttggtttttcgagac
aggtttctctgtatagtcctggctgtcctggaactcactttgtagaccag
ggtggcctcaaactcagaaatccacctccctctgcctcctgagtgctggg
attaaaggcgtgtgccaccacgcccggctttgaatctcattttgtattat
ttcaactaatattaaaatctaaatagcaatagccacatatgaaagcacag
gcagttatacaaagtgtttgttatttgctccaggtggtcacacccttttt
gatccattaatttatgccttatggaaagtacaaccagatgatggggctct
cttaaccccacaggcaggtatcctcttactcaggactgaaaggaatgcca
tacaactcttcatccctaaccgaaacataagattttaaatgctctttcac
ttcagtattatcatctctacctgcattcttataaataccataatctctta
cctcaagatttcagttacaaattactactcaaaaatctagagagagacct
gaggagatggctgaaatagaggtaaaatactggctgaccaagtgtgagga
tgtaagagtagaaacccagagcccttttgcagccagaagtggcaaaatga
gtctgtaacctcagcatccctgatgagagatgggaagtgcagacaggctg
tcctcaaaaggtcatcggccagctggtgtggtgttatgtaggcactagtg
acagcagacaggctatctcttacaggtgggaaatgtgtggacacatcaaa
gatgtctttcctgacctcgtacgcaccaatgcacaatacacagggtatgg
atgtaccacacaggtgtatggcacaca

gaattctttgtttagctctgtactccatttttaatagggttatttggttc
tctggagtcttaacttcttgagttctttttatatattggatataagccct
ctatcaaatgtagattttataaagatcttttctcaatctgttggttgctg
ttttgtctcattgacagtgtcccttgccttacagaagctttgcaatgtta
tgaggtcccatttgtcaattcttgatcttagagcataagccattggtgtt
ctgttcaggaaactttcccctgtgcccatgtgctcaaggctcttccccac
tttcttttctattagtttcagtgtatctggttctatgtggaggtccttga
tcctcttggatttgaggtttgtacaaagacataagaatggatcgatttgc
attcttgtacatgttgattgccagttaaactagcaccatttgttgaaaaa
tgattcttttttccactggattgtttttaaagaaggaaatcatctattcc
tcaaattgtgtagttgtctagttttatgatttcttttatttaattaaatg
aatttgttgtatacatggtgattatggttagctctagtttatattcttta
aaaacttatgtgcatataaaatgttcttagcatagtttattaattgtgta
ctgcaactcactttccaattagctaaatttagttattccatggtgtatgt
gtatgtcaggttgtatgctgtaaatacctacaaattttatgtcagtgtca
aaaagctacacgttttaaaaaagattttacttttttaaaaaatagatgaa
ctatatgtaggcatattaggcatgcctgaacagtttatcaatgtaacaaa
atttaaatttttaaagatgaacacatgaactcactgtctgaatggattgt
aatattcacagtatttaattaagaacaatatgggtgttaatttttaaata
attatcaataccataagtggtactatttatgatacaaaacgaaaactatt
atttgaacaagtaatactttccttaagccaagtacagctctaatcatact
tctcttgaacttgttatcagtagacagaagccctcctctgttccttcata
tcagccccgtcaaaagtttcctcatatagtttcttggttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_76051655_76052813
seq2: B6Ng01-331B22.b_48_1224

seq1  GAATTCTCTGTGCACACGAGGATATTCCAAGTTCCAGATGTTTCTGTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTGCACACGAGGATATTCCAAGTTCCAGATGTTTCTGTCCC  50

seq1  CAATCCCTTTAAACAGTTACTCCTTGGCCACCTCTCAGGTATAAGGGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCTTTAAACAGTTACTCCTTGGCCACCTCTCAGGTATAAGGGTTC  100

seq1  CAGCAATGCAGTCCACTGTCGGGATGGCAGGCCCATGAGAGGCCAGTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATGCAGTCCACTGTCGGGATGGCAGGCCCATGAGAGGCCAGTACA  150

seq1  GGCCAGGGAACAGACTTTTGATCATGGGCCCAGTAATCTGAGTCACGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGGAACAGACTTTTGATCATGGGCCCAGTAATCTGAGTCACGTGT  200

seq1  CTGAGAGCCTCGTTATAGCTCTGTCTAACAGAACTGTGTGTGCCAATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGCCTCGTTATAGCTCTGTCTAACAGAACTGTGTGTGCCAATGGA  250

seq1  AAGCTGCAAAGCACTCTGAAATGTGAGCTGTATCTAACACTCAAGGAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCAAAGCACTCTGAAATGTGAGCTGTATCTAACACTCAAGGAATC  300

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTCTTTTTTGGTTTTTCGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTCTTTTTTGGTTTTTCGAGAC  350

seq1  AGGTTTCTCTGTATAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCTCTGTATAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAG  400

seq1  GGTGGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTCCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTCCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGG  450

seq1  ATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCGGCTTTGAATCTCATTTTGTATTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCGGCTTTGAATCTCATTTTGTATTAT  500

seq1  TTCAACTAATATTAAAATCTAAATAGCAATAGCCACATATGAAAGCACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTAATATTAAAATCTAAATAGCAATAGCCACATATGAAAGCACAG  550

seq1  GCAGTTATACAAAGTGTTTGTTATTTGCTCCAGGTGGTCACACCCTTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTATACAAAGTGTTTGTTATTTGCTCCAGGTGGTCACACCCTTTTT  600

seq1  GATCCATTAATTTATGCCTTATGGAAAGTACAACCAGATGATGGGGCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCATTAATTTATGCCTTATGGAAAGTACAACCAGATGATGGGGCTCT  650

seq1  CTTAACCCCACAGGCAGGTATCCTCTTACTCAGGACTGAAAGGAATGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCCCACAGGCAGGTATCCTCTTACTCAGGACTGAAAGGAATGCCA  700

seq1  TACAACTCTTCATCCCTAACCGAAACATAAGATTTTAAATGCTCTTTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTCTTCATCCCTAACCGAAACATAAGATTTTAAATGCTCTTTCAC  750

seq1  TTCAGTATTATCATCTCTACCTGCATTCTTATAAATACCATAATCTCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTATTATCATCTCTACCTGCATTCTTATAAATACCATAATCTCTTA  800

seq1  CCTCAAGATTTCAGTTACAAATTACTACTCAAAAATCTAGAGAGAGACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGATTTCAGTTACAAATTACTACTCAAAAATCTAGAGAGAGACCT  850

seq1  GAGGAGATGGCTGAAATAGAGGTAAAATACTGGCTGACCAAGTGTGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGATGGCTGAAATAGAGGTAAAATACTGGCTGACCAAGTGTGAGGA  900

seq1  TGTAAGAGTAGAAACCCAGAGCCCTTTTGCAGCCAGAAGTGGCAAAATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAGTAGAAACCCAGAGCCCTTTTGCAGCCAGAAGTGGCAAAATGA  950

seq1  GTCTGTAACCTCAGCATCCCTGATGAGAGATGGGAAGTGCAGACAGGCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTAACCTCAGCATCCCTGATGAGAGATGGGAAGTGCAGACAGGCTG  1000

seq1  TCCTCAAAAGGTCATCGGCCAGCTGGTGTGGTG-TATGTAGGCACTAGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAAAGGTCATCGGCCAGCTGGTGTGGTGTTATGTAGGCACTAGTG  1050

seq1  ACAGCAAGACAGGCTATCTCTAACAAGGTGG--AATGTGTGGACCAACAT  1097
      ||||| ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||  ||||
seq2  ACAGC-AGACAGGCTATCTCTTAC-AGGTGGGAAATGTGTGGAC--ACAT  1096

seq1  CAAAGATTGTCTT--CTGACCTCGTACGCACAATGGCAC-ATACA-GGTG  1143
      |||||| ||||||  |||||||||||||||| |  |||| |||||  | |
seq2  CAAAGA-TGTCTTTCCTGACCTCGTACGCACCAATGCACAATACACAGGG  1145

seq1  TATGAATGTACACACA-----------------  1159
      |||| |||||| ||||                 
seq2  TATGGATGTAC-CACACAGGTGTATGGCACACA  1177


seq1: chr13_76152101_76153234
seq2: B6Ng01-331B22.g_65_1204 (reverse)

seq1  CAACCAAGAAAACTATA-GAG--AAC-TTTGAAGGGGCTGATAAGGAAGG  46
      |||||||| |||||||| |||  ||| ||||| ||||||||| | |||||
seq2  CAACCAAG-AAACTATATGAGGAAACTTTTGACGGGGCTGAT-ATGAAGG  48

seq1  AACAGA-GAGGGC-TCTGTCTACTGATAAC-AGTTTCAGAGAAGTATGAT  93
      |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||
seq2  AACAGAGGAGGGCTTCTGTCTACTGATAACAAGTTCAAGAGAAGTATGAT  98

seq1  TAGAGCCTTGTACTT-GCTT-AGGAAAGTATTACTTG-TCAAATAATAGT  140
      ||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGAGC--TGTACTTGGCTTAAGGAAAGTATTACTTGTTCAAATAATAGT  146

seq1  TTTCGTTTTGTATCATAAATAGTACCACTTATGGTATTGATAATTATTTA  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGTTTTGTATCATAAATAGTACCACTTATGGTATTGATAATTATTTA  196

seq1  AAAATTAACACCCATATTGTTCTTAATTAAATACTGTGAATATTACAATC  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAACACCCATATTGTTCTTAATTAAATACTGTGAATATTACAATC  246

seq1  CATTCAGACAGTGAGTTCATGTGTTCATCTTTAAAAATTTAAATTTTGTT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGACAGTGAGTTCATGTGTTCATCTTTAAAAATTTAAATTTTGTT  296

seq1  ACATTGATAAACTGTTCAGGCATGCCTAATATGCCTACATATAGTTCATC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGATAAACTGTTCAGGCATGCCTAATATGCCTACATATAGTTCATC  346

seq1  TATTTTTTAAAAAAGTAAAATCTTTTTTAAAACGTGTAGCTTTTTGACAC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTAAAAAAGTAAAATCTTTTTTAAAACGTGTAGCTTTTTGACAC  396

seq1  TGACATAAAATTTGTAGGTATTTACAGCATACAACCTGACATACACATAC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATAAAATTTGTAGGTATTTACAGCATACAACCTGACATACACATAC  446

seq1  ACCATGGAATAACTAAATTTAGCTAATTGGAAAGTGAGTTGCAGTACACA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGGAATAACTAAATTTAGCTAATTGGAAAGTGAGTTGCAGTACACA  496

seq1  ATTAATAAACTATGCTAAGAACATTTTATATGCACATAAGTTTTTAAAGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAAACTATGCTAAGAACATTTTATATGCACATAAGTTTTTAAAGA  546

seq1  ATATAAACTAGAGCTAACCATAATCACCATGTATACAACAAATTCATTTA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAACTAGAGCTAACCATAATCACCATGTATACAACAAATTCATTTA  596

seq1  ATTAAATAAAAGAAATCATAAAACTAGACAACTACACAATTTGAGGAATA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATAAAAGAAATCATAAAACTAGACAACTACACAATTTGAGGAATA  646

seq1  GATGATTTCCTTCTTTAAAAACAATCCAGTGGAAAAAAGAATCATTTTTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTTCCTTCTTTAAAAACAATCCAGTGGAAAAAAGAATCATTTTTC  696

seq1  AACAAATGGTGCTAGTTTAACTGGCAATCAACATGTACAAGAATGCAAAT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGGTGCTAGTTTAACTGGCAATCAACATGTACAAGAATGCAAAT  746

seq1  CGATCCATTCTTATGTCTTTGTACAAACCTCAAATCCAAGAGGATCAAGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCCATTCTTATGTCTTTGTACAAACCTCAAATCCAAGAGGATCAAGG  796

seq1  ACCTCCACATAGAACCAGATACACTGAAACTAATAGAAAAGAAAGTGGGG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCACATAGAACCAGATACACTGAAACTAATAGAAAAGAAAGTGGGG  846

seq1  AAGAGCCTTGAGCACATGGGCACAGGGGAAAGTTTCCTGAACAGAACACC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCTTGAGCACATGGGCACAGGGGAAAGTTTCCTGAACAGAACACC  896

seq1  AATGGCTTATGCTCTAAGATCAAGAATTGACAAATGGGACCTCATAACAT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTTATGCTCTAAGATCAAGAATTGACAAATGGGACCTCATAACAT  946

seq1  TGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAGGGACACTGTCAATGAGACAAAACAGCAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAGGGACACTGTCAATGAGACAAAACAGCAA  996

seq1  CCAACAGATTGAGAAAAGATCTTTATAAAATCTACATTTGATAGAGGGCT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGATTGAGAAAAGATCTTTATAAAATCTACATTTGATAGAGGGCT  1046

seq1  TATATCCAATATATAAAAAGAACTCAAGAAGTTAAGACTCCAGAGAACCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCAATATATAAAAAGAACTCAAGAAGTTAAGACTCCAGAGAACCA  1096

seq1  AATAACCCTATTAAAAATGGAGTACAGAGCTAAACAAAGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACCCTATTAAAAATGGAGTACAGAGCTAAACAAAGAATTC  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |